基因總覽
ZNF138 是一個蛋白質編碼基因,其產物為 zinc finger protein 138,屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。現有資料指出,此蛋白可能參與轉錄調控,並具有抑制因子的角色;但資料未進一步說明其調控的基因或細胞過程。蛋白質長 262 個胺基酸,包含多個 C2H2 型鋅指區域,其中部分區域被註記為退化型。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000307355 ★ | 64,794,428–64,833,680 | 4 |
| ENST00000359735 | 64,794,374–64,833,681 | 4 |
| ENST00000494380 | 64,794,374–64,833,681 | 5 |
| ENST00000440155 | 64,794,374–64,833,681 | 3 |
| ENST00000440598 | 64,794,374–64,833,327 | 4 |
| ENST00001063846 | 64,794,374–64,833,681 | 5 |
| ENST00001104102 | 64,794,374–64,831,755 | 5 |
| ENST00001104105 | 64,794,374–64,831,752 | 4 |
| ENST00001104106 | 64,794,374–64,833,681 | 3 |
| ENST00001104107 | 64,794,374–64,820,410 | 4 |
| ENST00001124838 | 64,794,374–64,804,493 | 2 |
| ENST00001128951 | 64,794,374–64,799,507 | 2 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
zinc finger protein 138 可能參與轉錄調控,並可能以抑制因子的身分發揮作用。這表示其潛在角色與降低或抑制轉錄活動有關;不過,現有資料沒有指出受調控的特定基因、作用對象或調控發生的生物學情境,因此不能據此延伸出更具體的調控機制或生理結果。
Promoter 與基因調控
>ZNF138 ENST00000307355 GRCh38 chr7:64793428-64794528 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GTGCTAGTTTGAGGCGTAGGCTCAAATGGTTTTGCATGCTTCTGTTTTTCTTTCAGAAGGCTACTATCTC CGCGAAAAAAGCCCATGTTAGCCAGATGGAAGATAAAATAGTATGGGGAGGAGAAGCAAGTTGCCTCTGT TGACAGCCTCAGAAGCAGAAGCTCACCCCCAGAAGCACAGCTGCCTAGTCAACAAGCAGCTGATGATACA TGTCTGAAGGAACTCAGCTGAGGTCACAAGAATGGTCTCACTGAGCCCAGCCTAAATGACTAACCATCTC AATTAGAGTGAATTCCACCTGTTTATTCTTAAAGTTTGACTACTAGAAAATTTGGAATTCACATGTGCTC TGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGATCAGCCTGA CCAACATGGCAAAATTCTGTCTCTATTAAATATACAAAAAGTAGCCGGGCGTGGAGGCGGGTGCCTGTAA TCCCAATTACTCAGGAGGCTAAGGCAGGAGAATCACTTGAGCCCGAGATGCGGAGTTTGGGGTGAGCCGA AATCGTGCCACTGTGCTTGAGCCTGGGTGAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAGAAAAAAATCT CAGGCTGCCTGCTCAAAGGACCAGAAGCCAGTACGGTTATAAAATCTGGAATTTAAAAATAATTGTTATA TTCAGATGTGAATAGCTATATGTTATTTATAAATGCATACGACCTTATACACAAGGTTAAATGCAAATGC CCTCTGGGGTGGGCCTGACTCAGCTCAGGGAGGAAGCCCTTCTGGAAAAGGCTGCTGCTTAGGTTTAACT CTGTCTTCCTTCAGCCCAGCACCTGAGCACATCTGTCACTCAGGGCCTGAGGGGGCGGGTTGTTAAACGT TATCCAATCAGGGACGCCGGGCTGGGAACGGTCCAATCAGGCACCCAGCTGGAGCGGACATGACGTCTTC CGGGAGGCGGCGGGGTCTTTGTCTCGCTGCAGCGGGTGCTGCAGGTCTGGCCTTCACTTTTCTGCGTCCT CTTACTCCTAGAGGCCCAGCCTCTGTGGCGCTGTGATCTGGTTATTGGGAG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF138_1 ↗ | 7:64,794,428 | 正股 | 64,794,379–64,794,438 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:262 aa
zinc finger protein 138 長 262 個胺基酸,屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。序列註解標示六個 C2H2 型鋅指區域,位於第 110–132、138–160、166–188、194–216、222–244 及 250–262 個胺基酸;其中第二、第三、第五及第六個區域註記為退化型。
蛋白質三維結構
細胞內定位
zinc finger protein 138 的定位註記為細胞核;資料未提供定位改變的條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 18 個夥伴
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已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GTCTCGCTGCAGCGGGTGCTGCAGGTCTGGCCTTCACTTT40TCTGCGTCCTCTTACTCCTAGAGGCCCAGCCTCTGTGGCG80CTGTGATCTGGTTATTGGGAGATTCACAGCTAAGACGCCA120GGATCCCCCGGAAGCCTAGAAATGGGACCACTGACATTTA160TGGATGTGGCCATAGAGTTCTCTTTGGAGGAGTGGCAGTG200CCTGGACACTGCACAGCGGAATGTATATAGGCATGTGATG240TTAGAGAACTACAGAAACCTGGTTTTCTTGGACCTGATTA280CCTGTCTGGAACAAGGAAAAGAGCCCTGGAATATGAAGAG320ACATGAGATGGTGGTAGCCAAACATTCAGCTCTGTGTTCT360CGTTTTGCCCAAGACCTTTGGCTAGAGCAGAACATAAAAG400ATTCTTTCCAAAAAGTGACACTGAGCAGATATGGAAAATA440TGGACATAAGAATTTACAGTTAAGAAAAGGCTGTAAAAGT480GTGGATGAGTGTAAGGGACACCAAGGAGGTTTTAATGGAC520TTAACCAATGTTTGAAAATTACCACAAGCAAAATATTTCA560ATGTAATAAATATGTAAAAGTCATGCATAAATTTTCAAAT600TCAAATAGACACAAGATAAGACATACTGAAAATAAACATT640TCAGATGTAAAGAATGTGACAAATCACTTTGCATGCTTTC680ACGCCTAACTCAACATAAAAAAATTCATACTAGAGAGAAT720TTCTACAAATGTGAAGAGTGTGGAAAAACCTTTAACTGGT760CCACAAACCTTTCTAAACCTAAGAAAATTCATACTGGAGA800AAAACCCTACAAATGTGAAGTATGTGGAAAAGCCTTTCAC840CAATCCTCAATCCTTACTAAACATAAGATAATTCGTACTG880GAGAAAAACCCTATAAATGTGCACACTGTGGCAAAGCCTT920TAAACAGTCCTCACACCTTACTAGACATAAGATAATTCAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。