基因總覽
ZNF136(zinc finger protein 136)是蛋白質編碼基因,其產物屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。蛋白質全長 540 個胺基酸,序列包含位於 N 端的 KRAB 區域,以及排列於後段的 14 個 C2H2-type zinc finger,其中第一個被註記為退化型。這些結構註解構成其蛋白質的主要特徵;現有資料並未提供更進一步的家族分類或其他結構資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000343979 ★ | 12,163,096–12,189,871 | 4 |
| ENST00000892745 | 12,163,052–12,188,301 | 4 |
| ENST00001141138 | 12,163,052–12,189,871 | 4 |
| ENST00000425827 | 12,163,064–12,186,602 | 5 |
| ENST00000439995 | 12,163,064–12,186,843 | 3 |
| ENST00000652580 | 12,163,070–12,189,871 | 5 |
| ENST00000418338 | 12,163,116–12,186,157 | 5 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF136 可能參與轉錄調控,其抑制轉錄的能力會隨蛋白質所處的組合情境而不同。單獨存在時,它可能是較弱的抑制因子;若與含有 KRAB B-domain 的異源蛋白融合,則可能成為較強的抑制因子。這表示其抑制作用並非在所有情況下都相同,而與是否具有該融合形式相關。
目前提供的資料僅指出這種條件差異,未說明受調控的特定基因或轉錄標的,也沒有交代融合蛋白如何增強抑制作用。因此,ZNF136 的轉錄調控角色可描述為可能參與、且效力依融合情境而變化;不宜據此延伸推定具體的分子機制或生物學過程。
Promoter 與基因調控
>ZNF136 ENST00000343979 GRCh38 chr19:12162096-12163196 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTGCTTATCTGAGCTAGTTCAAATTTTCGCTTTACTTCCCTTTTGATTTCTTTACAGATTACGGAAATAG AACTTGTTTTTCCATGTATTTAATAATTTTATTCACTTGTTGGCAGTTTTTTATTTTCTTGGGTGAAAAT GAGTAGATTGATTTGGGAGGCGAAAGTGGGAGGTTCACTTGAGGCTAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGACA ACAAACGAAATCCCGTCTCTACAAAAAATTAAAGAATTTGCCGGGCTTGGTGGCATGTACCTGTAGTCTC TACTACTCAGGGGACTGAAGCGGAAGGTTCGCTTGAACCCAGGAGATGGAGGCTGCAGTGAGCTATGATC ATGCCATTGCACTCTAACCTGGGTGGCAGAGCTAGACCCTGTCTCAAATAAATAAATAAAGTAATAAATA AGTAAATAAAGTAATAAATAAGTAAATAAAGTAAAAAATAGAGAGAGATAAAGAGGTATGGTATGAGAAA GCCTTGGGCACGCTTCCCATATCCTCATCCCAAATTTCCGATCCCTGGGAATATCACGCCCTTTCTTCTG TTCCAGTCCTGCCTGGAACTCCCTGCGCACACCTGTGACTCCTCATGCAAGAGGTAGATGAAGAAATGAC CCACTGAGTACAGGAAGTATCTCCTTTGGTAAACCCGGATTAAGTTCTGCTAAAATGCAAGTATCTCCCA TCTCCCCATCCCCCGCAGACCAAGTACAGTGAAGGGGACGAGGGGAAGAAGTCCACCCTGCGTTTGAGGG CTGGGGCCAAGACCCCTCATTCCCGCTTCACTCATCTATGCTTCACATCTCCTGTCATTCACATCTGTCA AGATGCAGGGGGCAGAGCCCGAAGCTGTACCCAATCAGGGGCACCGGGGAGGAGCTCTGCGATCGGTCCA ATCAGGCGCGCCGTCGGGGACGCAGCTGCAGACGTTCAACCTTCTCGCGGGATTTTCATTTCTCGCGTCT GCCGTACTTGGTTTCGCTTCGCTAGTCCCAGAGGCCCAGAGTGGCTCGCCTGGAGTCTCTGTGGCGCGGT TTCCTGTACCTGCCTTGGGATCCGGAGGGAGGAAGCTGGGACACCCGGGAG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF136_1 ↗ | 19:12,163,099 | 正股 | 12,163,050–12,163,109 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_96SCC · promoter · 12162610–12163106 · regulatory
ENSR19_B4F6R · enhancer · 12163107–12164129 · regulatory
· motif · 12162923–12162936 · motif
· motif · 12162923–12162936 · motif
· motif · 12163084–12163094 · motif
· motif · 12163260–12163269 · motif
· motif · 12163475–12163487 · motif
· motif · 12163477–12163490 · motif
· motif · 12163477–12163492 · motif
· motif · 12163521–12163538 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:540 aa
ZNF136 蛋白長 540 個胺基酸,N 端第 4–90 位為 KRAB domain。其後有 14 個 C2H2-type zinc finger,分布於第 140–526 位;其中第一個(第 140–162 位)註記為退化型,其餘 13 個為 C2H2-type。
蛋白質三維結構
細胞內定位
現有資料未提供定位隨條件改變的資訊,也未指出異構型間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- CCNDBP1O95273 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- CEP70Q8NHQ1 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- CLK2P49760 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MDFIQ99750 · UniProt INTERACTION · 12 experiments
- MTUS2Q5JR59 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- STX1AQ16623 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM28Q13263 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZNF136 可能參與轉錄調控。單獨存在時,它可能是較弱的抑制因子;若與含有 KRAB B-domain 的異源蛋白融合,則可能形成較強的抑制因子,顯示其抑制作用與融合情境有關。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源May be involved in transcriptional regulation as a weak repressor when alone, or a potent one when fused with a heterologous protein containing a KRAB B-domain |
| 細胞定位 | ZNF136 位於細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GCTAGTCCCAGAGGCCCAGAGTGGCTCGCCTGGAGTCTCT40GTGGCGCGGTTTCCTGTACCTGCCTTGGGATCCGGAGGGA80GGAAGCTGGGACACCCGGGAGTCAGGAAATGGACTCGGTG120GCTTTTGAGGATGTAGATGTGAACTTCACCCAGGAGGAGT160GGGCTTTGCTAGATCCTTCCCAGAAGAATCTCTACAGAGA200TGTGATGTGGGAAACCATGAGGAATCTGGCCTCTATAGGG240AAAAAATGGAAGGACCAGAACATTAAAGATCACTACAAAC280ACCGAGGGAGAAATCTAAGAAGTCATATGTTAGAAAGACT320CTATCAAACTAAGGATGGTAGTCAGCGTGGAGGAATTTTT360AGCCAGTTTGCAAATCAGAATCTGAGCAAGAAAATCCCTG400GAGTGAAACTCTGTGAAAGCATTGTATATGGAGAAGTCAG440CATGGGTCAGTCATCCCTTAATAGACACATCAAAGATCAC480AGTGGACATGAACCAAAGGAATATCAGGAATATGGAGAGA520AGCCAGATACACGTAACCAGTGTTGGAAACCCTTCAGTTC560TCACCACTCCTTTCGAACACATGAGATAATTCACACTGGA600GAGAAACTCTATGATTGTAAGGAATGTGGAAAAACCTTCT640TTTCTCTCAAAAGAATTAGAAGACACATCATCACACACAG680TGGATATACACCATATAAATGTAAGGTGTGTGGGAAAGCT720TTTGATTATCCCAGTAGATTTCGAACACATGAAAGAAGTC760ACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTCAGGAATGTGGAAA800AGCCTTCACTTGTATCACAAGTGTTCGAAGACACATGATA840AAGCACACTGGAGATGGACCTTATAAATGTAAGGTATGTG880GGAAACCCTTTCATTCTCTGAGTTCATTTCAAGTGCATGA920AAGAATTCACACTGGAGAAAAACCCTTTAAATGTAAGCAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。