基因總覽
ZNF135(zinc finger protein 135)是位於第 19 號染色體的蛋白質編碼基因,所屬蛋白質家族為 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其蛋白質長 658 個胺基酸,結構上具有位於 N 端的 KRAB 結構域,以及多個 C2H2-type zinc finger;另有一段被註記為無序區域。這些結構特色界定了 ZNF135 蛋白質的基本組成;來源並指出它可能參與轉錄調控。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000313434 ★ | 58,059,282–58,069,755 | 5 |
| ENST00000359978 | 58,059,238–58,069,405 | 5 |
| ENST00000401053 | 58,059,238–58,069,755 | 4 |
| ENST00000890101 | 58,059,244–58,069,408 | 5 |
| ENST00001122233 | 58,059,259–58,074,018 | 5 |
| ENST00000511556 | 58,059,269–58,068,630 | 5 |
| ENST00001048134 | 58,059,269–58,064,716 | 4 |
| ENST00001130018 | 58,059,269–58,074,018 | 4 |
| ENST00000988320 | 58,059,276–58,064,741 | 4 |
| ENST00001122234 | 58,059,277–58,074,018 | 5 |
| ENST00000506786 | 58,059,280–58,069,405 | 5 |
| ENST00000890102 | 58,059,282–58,069,408 | 5 |
顯示 12/16 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF135 可能參與轉錄調控;此項功能的證據標示為「Probable」,因此應視為可能的角色,而非已確立的結論。現有資料沒有進一步說明它調控哪些基因、作用於何種轉錄步驟,或透過何種分子機制影響轉錄,故不宜延伸推定其靶標或調控方向。
另一項研究指出,ZNF135 對細胞形態與細胞骨架組織的調節是必要的。這項描述將其功能連結至細胞形態維持及細胞骨架的組織調控,但來源未交代相關細胞類型、實驗條件,也未具體說明細胞骨架如何改變或此蛋白質如何介入。因此,能支持的結論限於其在上述調節中的必要性,不能據此指定更細緻的作用途徑。
綜合而言,來源支持的功能重點包括可能參與轉錄調控,以及對細胞形態和細胞骨架組織調節具有必要性;兩者的證據表述與細節並不相同,應分別理解。資料未提供足以進一步描述其分子作用方式或其他生物學效應的資訊。
Promoter 與基因調控
>ZNF135 ENST00000313434 GRCh38 chr19:58058282-58059382 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTTGCCTTTGCTTTGTTTACATCAGTGCATTATGATTTTGAGCCATTATATCTCTTCATAATTGCCACTG TTTTAGGGCTTATGAAATTTAAAGTCTTAACTTGTGTGTTAACCAGCCAAATCTTTGCAAGTGTCTGTGT GTGGTACGAGAATTCGTATTGTGTTCTCTGCTGTTTTCAGAGTTGTTTCAGTCAAAGAAAAAAAAATGCC CGTCTTAAAACTTTTCCTCTGCTTCAAATACAGCTCCCAAGCCCAGGCTGATTGGAATTAATCTGTCCTC CCTTAAAAGGGCAAAAGCACAAGGCTCAGCCCTGGCTTTCCCAGCTCCTCTGGTCTCGCTGCTCCACGGA CGTGTGACGTACGCTGGTGAAACGAAGCCCGCTTGAATGGGGGCTTCACTATTGTGTGCTGCTGAACCTA GGCCTAGCGCCTGGCAGGCTTTGGTGAATGTTCAGAAAATGACAATTCATTTCGTGTCAGCGAGGGCACA CCAGCTTTGAATATTTTGCTGCTGTTCAAATGCACAATTTTGACAATTACCTAGCAATGTCCAAAGTCGT CATAATTGTTAGTGTCTTGCACGTGATGTTCCTTATAACCATGTAATAAATACAGTGTGAAGTCTCCATG GCTGCCTCAGTGTGGAAAATGCAAAGACTCCCGTGTGTGCGATCTTGGTGAATGTTTTGGTTGAAAGTAT GTGTTTTGAAAAAATCATTGCTTTGTTTGCAGCAGTAAAACTGACGGTAGAGTTTCCAACACGAAAGCCC GTGTGGTCGCGCCGGGAGCTCACGGCGTTCCAAGCGGCACTTATCCCGCGTTGATGCCCAGGCACCCCGC GCGCCCTGTTTCACCAGGCCCAGTCACTCCAGCTCCAGCAGCACTGAGAGCTCACGAACGCCAAGGGCGA GAGCGAGGTGGGGGAGGGCGGCCGGAAATGCGCGCGCGGCTCTCTGGGAAATGGAGTTAGGCTCGCGCCG GCGCAGTGTCGGCTGCCGGTGCCGCGGCCTTTGTCTCGCAGTCAGGAGGGTGAGCTAGGCCGGCGAGGAG GGGGAGGGGAGGCCAGGCCGGGCCGGGCCGGGCCGGGTGCGGGGGGTCCGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF135_1 ↗ | 19:58,059,282 | 正股 | 58,059,233–58,059,292 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_9T36C · enhancer · 58054882–58055327 · regulatory
ENSR19_9T36H · promoter · 58055328–58055831 · regulatory
ENSR19_5HMNNK · CTCF_binding_site · 58055728–58055749 · regulatory
ENSR19_BFJ4Q · promoter · 58058749–58059292 · regulatory
ENSR19_BFJ4S · enhancer · 58059293–58060078 · regulatory
· motif · 58055730–58055746 · motif
· motif · 58059255–58059266 · motif
· motif · 58059255–58059266 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:658 aa
ZNF135 蛋白質長 658 個胺基酸,含有位於第 14–85 位的 KRAB 結構域;第 171–196 位被註記為無序區域。蛋白質序列另有 16 個 C2H2-type zinc finger,分布於第 214–656 位。這些結構註解描述其區域組成,並不單獨確立各區域的具體功能。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF135 的定位資料指向細胞核;來源未提供定位改變的條件、異構型差異或動態變化資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- ANKS1AQ49AR9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMO4P61968 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SCNM1Q9BWG6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- WWOXQ9NZC7-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZNF135 可能參與轉錄調控,但此功能的證據屬於「Probable」,應保留其推論性。另有研究指出,ZNF135 對細胞形態與細胞骨架組織的調節是必要的;來源未進一步交代作用機制或實驗條件。 | 含實驗來源 | 證據與來源May be involved in transcriptional regulation (Probable). Required for regulation of cell morphology and cytoskeletal organization PMID 21834987 ↗ |
| 細胞定位 | ZNF135 蛋白質定位於細胞核。這筆資料僅提供核內定位資訊,未描述定位變化的條件、異構型差異或細胞內動態。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GCCGCGGCCTTTGTCTCGCAGTCAGGAGGAGCAGGGCCAG40CCGTTCCTGCCAGAAGCCAGGGCATGACCCCTGGGGTGCG80CGTCTCCACAGACCCGGAGCAAGTGACGTTTGAGGACGTG120GTAGTGGGCTTCAGCCAGGAGGAGTGGGGGCAGCTGAAGC160CTGCCCAGAGGACCCTGTACCGTGATGTAATGCTGGACAC200CTTCAGGCTTCTGGTCTCTGTGGGACATTGGTTACCGAAG240CCGAATGTCATCTCCCTGCTGGAGCAAGAGGCAGAGCTGT280GGGCGGTGGAGTCTAGACTTCCCCAAGGCGTGTACCCAGA320CTTGGAAACTAGACCCAAAGTCAAACTGTCAGTTCTAAAG360CAAGGCATCTCTGAAGAAATATCCAACAGTGTCATCTTGG400TAGAAAGATTCCTGTGGGATGGTCTGTGGTACTGCAGGGG440TGAGGACACTGAGGGCCACTGGGAATGGAGTTGTGAGAGT480CTAGAGAGCCTGGCAGTGCCGGTGGCCTTCACGCCTGTGA520AGACGCCTGTTCTGGAGCAGTGGCAGAGGAATGGGTTTGG560GGAAAACATAAGTCTGAACCCTGATCTCCCACATCAACCA600ATGACTCCTGAAAGACAAAGCCCCCACACATGGGGAACAC640GTGGAAAAAGGGAGAAGCCAGACCTAAATGTTTTACAGAA680AACCTGTGTAAAAGAGAAACCCTACAAATGTCAGGAATGC720GGAAAGGCCTTTAGTCACAGCTCAGCACTTATCGAACACC760ACCGGACGCACACAGGAGAGAGACCTTACGAATGTCACGA800ATGCTTAAAAGGCTTCCGGAACAGCTCGGCACTTACCAAA840CACCAGAGAATCCATACTGGGGAGAAACCCTATAAATGCA880CTCAGTGTGGGAGGACCTTCAACCAAATTGCCCCACTGAT920CCAGCACCAGAGAACTCACACAGGTGAGAAGCCCTATGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。