基因總覽
ZNF133 的正式名稱為 zinc finger protein 133,屬於蛋白質編碼基因,其產物歸於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族。蛋白質序列具有 N 端 KRAB domain,以及多個 C2H2-type zinc finger;其中末端一個 zinc finger 被標註為非典型。序列另有兩段被註解為無序區。這些結構特徵界定了 ZNF133 的蛋白質組成;其可能參與的生物學角色,來源描述為轉錄調控中的抑制作用。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000425686 ★ | 18,288,527–18,316,996 | 7 |
| ENST00000628216 | 18,288,265–18,316,996 | 5 |
| ENST00000854065 | 18,288,265–18,316,996 | 6 |
| ENST00000963487 | 18,288,280–18,316,996 | 4 |
| ENST00000396026 | 18,288,283–18,316,996 | 6 |
| ENST00000622607 | 18,288,283–18,316,996 | 5 |
| ENST00000854066 | 18,288,283–18,316,996 | 4 |
| ENST00000377671 | 18,288,477–18,316,996 | 7 |
| ENST00000854067 | 18,288,497–18,316,996 | 7 |
| ENST00000854068 | 18,288,497–18,316,996 | 4 |
| ENST00000854069 | 18,288,497–18,316,996 | 5 |
| ENST00000854070 | 18,288,497–18,316,996 | 5 |
顯示 12/76 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF133 可能參與轉錄調控,且被描述為可能以抑制因子的方式作用。這項功能敘述指出了其可能的調控方向,但並未提供特定受調控基因、作用步驟或細胞條件,因此無法據此進一步界定其影響範圍。
現有資料未說明 ZNF133 如何產生抑制作用,也沒有指出其作用所需的分子互作、辨識序列或下游變化。因而可支持的結論限於:ZNF133 可能是轉錄調控中的抑制因子;其具體分子機制及相關生物學過程尚無法由這些資料確定。
Promoter 與基因調控
>ZNF133 ENST00000425686 GRCh38 chr20:18287527-18288627 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GAGAGCTACAAAAGAATTTTAGGAAATTCTCATCTCCCTGGCCCTTCAGACAGTGGTCATTTTCTTGGTC TTCCAAGAGAATGACAAAGTTTCAGAAAGCCTATCTGAGGAAGGTGAAGGGCAGTGAGAGGGTGCACGGG TGGAAAAGCCCTCTCAAGAGTGACGTGGGCCTTCCCCTCGAGCTCCCCAGATGGGGCGTCCCAGATGGCA CCAGCGCAATCTTGTTCTCAACCAGGATCCCGGACAAAGACCTAGAGATCCAAGCCGACGGCAGGCCAAG CTCTGGCCCGAGACTGAGGCTTCTGCTTCTCAGGAGATGAGAGTTTAACAATAACTTCGTGGATTTCAAA AAGAAGAAAAAGGTCTCAGGGCACCGGAAAAGGTGTATTCGGGTTGAGGGCGTGGGCTCAGAATCGGGTC TACCTCGTACGGGATGTGAGACTTCAGGCAGACTGCTCGGCCTTTTCAAGGCTTTAAATGGAGCTAAAGG GTATACGACATGACGTTCGCCCGGTGTTTAGGAATATGGGGCGTGACTTTCCAAGCAGGCGGCTGGAGCC AGGGAGACCACAGGCCGCTGCAACACAAACCAGCACCTGAACAAGCTTGGTCAGCCAGCGGTACACCTCC GCCAACCCCAGAAGCCGAACAGATGCGCCCCGAAACGTCATTTCCGCGCGCCAAGGGGCGGGGCCGGTAC CGGGTGCGGAAGTCGCTCCAGGGGTCACTGGGAAGTGTAGTTTTCGAGACAGAGGCGCTCAGAAGGAGGG TCACAGTAGGGCCAGGCACTCTTCTCGGGAGCTCCTACGTGTTTTATGCACGTGGTTAAGAAAAAAGAGG GAGAATTCAGGTGCCACAGTGGCCATTCTCCGGTGACCGGAGCGTGTTACTCAGAAACGGATCCGTCAGA GGCCAATGGGAGCTGCCGGCCTTCAGGGCGCGCCTGGTGGCGCCGAGCATCCTGGGAGGTGTGGTCCGGG CGCTGTGCCGAGGATTCGGGGTAGTGTAGTCCTGGCGCCCCGCTGGAGGAGCTCCCCAGCTGGTGGCTGG AGCGACCCCTTGTTCTTTGGTGGCGCTGGTGAGTGAGGCTCCCGCGGGACC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF133_1 ↗ | 20:18,288,527 | 正股 | 18,288,478–18,288,537 |
| ZNF133_2 ↗ | 20:18,298,064 | 正股 | 18,298,015–18,298,074 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR20_B5LZT · promoter · 18287793–18288561 · regulatory
ENSR20_B5LZZ · enhancer · 18288562–18289364 · regulatory
ENSR20_56B5WD · CTCF_binding_site · 18288575–18288596 · regulatory
· motif · 18284974–18284987 · motif
· motif · 18285003–18285016 · motif
· motif · 18286600–18286609 · motif
· motif · 18288091–18288106 · motif
· motif · 18288210–18288220 · motif
· motif · 18288229–18288240 · motif
· motif · 18288334–18288350 · motif
· motif · 18288334–18288350 · motif
· motif · 18288343–18288352 · motif
· motif · 18288343–18288352 · motif
· motif · 18288490–18288499 · motif
· motif · 18288491–18288501 · motif
· motif · 18288577–18288593 · motif
· motif · 18288712–18288725 · motif
· motif · 18288719–18288736 · motif
· motif · 18288786–18288799 · motif
· motif · 18288873–18288890 · motif
· motif · 18288959–18288970 · motif
· motif · 18288985–18288996 · motif
· motif · 18289071–18289084 · motif
· motif · 18289071–18289084 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:654 aa
ZNF133 是 654 個胺基酸的蛋白質,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族。其 N 端含 KRAB domain;序列中標註 15 個 zinc finger,前 14 個為 C2H2-type,末端一個為非典型 C2H2-type。另有兩段序列被註解為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF133 的定位資料指出其位於細胞核;來源未提供定位隨條件或異構型改變的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- FOSP01100 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- KRTAP10-7P60409 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GTAGTGTAGTCCTGGCGCCCCGCTGGAGGAGCTCCCCAGC40TGGTGGCTGGAGCGACCCCTTGTTCTTTGGTGGCGCTGAT80CTACCTTCTGAGATATCATCCTTCTTCAGGGAGATAAGGA120AAAAAAGCCACAGGGTCCCGGAGAGCCAGGGGAATGCTTC160AAAAGTTCTGCTGCCTGAGAGTAACGTCACAGTAATGGAA200CGGGAAGATTCTGGAATCTGTGTCCCCACCTAGACAACGA240TTATACTGGCAGGATCTATCAGGTGTACCTATTTTGGAAC280TCTGGAGTCTAGTTGAAGGCCTCCAGTTCCCAGGGGGAAG320GAAGCATGGAGGTGTGTCCTCCATTTGGAAGTAGTGCTAA360GAAAATTAAAAGAATAAAACTGGGCAGGGGCATGAGAATA400GGATGCAAAGATGAATTTTTGGACTGAGTGGCCAAGAAGC440TCCATGGTGAGCACTCACAGTCTAAGGCTGGAAGTTTAAT480GAACTGTTTTCTACATTTCACAGGCACACATGGCATTCAG520GGATGTGGCTGTGGATTTCACCCAGGATGAGTGGAGGCTG560CTGAGCCCTGCTCAAAGGACTCTGTACAGAGAGGTGATGC600TGGAGAACTACAGCAACCTGGTCTCACTGGGAATTTCATT640TTCTAAACCAGAACTCATCACCCAGCTGGAGCAAGGGAAA680GAGACCTGGAGAGAGGAAAAAAAATGTTCACCGGCAACCT720GTCCAGCAGATCCAGAGCCAGAGCTCTACCTCGATCCTTT760CTGCCCTCCGGGTTTCTCCAGTCAGAAATTCCCCATGCAG800CATGTGCTGTGTAATCATCCCCCCTGGATCTTCACATGCT840TGTGTGCAGAAGGTAACATCCAGCCTGGGGATCCGGGCCC880AGGGGACCAGGAGAAGCAGCAACAAGCCTCTGAGGGGAGA920CCCTGGAGTGATCAAGCAGAAGGTCCTGAGGGAGAAGGTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。