演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

ZNF12KOX3

zinc finger protein 12

ZNF12(zinc finger protein 12)是 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family 成員,具有轉錄抑制功能,可抑制 AP-1 與 SRE 介導的轉錄活性。

Homo sapiens7p22.1UniProt P17014
OFFICIAL SYMBOL
ZNF12
CHROMOSOME
7
UNIPROT
P17014
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

ZNF12 是一種蛋白質編碼基因,其產物為 zinc finger protein 12,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。此蛋白質長 697 個胺基酸,結構包含位於 N 端的 KRAB domain,以及多個 C2H2-type zinc finger。這些結構特徵構成其蛋白質家族識別資訊;其已註明的轉錄調控角色與作用方式另於功能段落說明。

Official symbol
ZNF12
Gene name
zinc finger protein 12
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:12902
UniProt
P17014
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
KOX3GIOT-3ZNF325

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 77p22.1
chr7 · 159,345,973 bp · GRCh38chr7p22.3 · 1–2800000 · gnegchr7p22.2 · 2800001–4500000 · gpos25chr7p22.1 · 4500001–7200000 · gnegchr7p21.3 · 7200001–13700000 · gpos100chr7p21.2 · 13700001–16500000 · gnegchr7p21.1 · 16500001–20900000 · gpos100chr7p15.3 · 20900001–25500000 · gnegchr7p15.2 · 25500001–27900000 · gpos50chr7p15.1 · 27900001–28800000 · gnegchr7p14.3 · 28800001–34900000 · gpos75chr7p14.2 · 34900001–37100000 · gnegchr7p14.1 · 37100001–43300000 · gpos75chr7p13 · 43300001–45400000 · gnegchr7p12.3 · 45400001–49000000 · gpos75chr7p12.2 · 49000001–50500000 · gnegchr7p12.1 · 50500001–53900000 · gpos75chr7p11.2 · 53900001–58100000 · gnegchr7p11.1 · 58100001–60100000 · acenchr7q11.1 · 60100001–62100000 · acenchr7q11.21 · 62100001–67500000 · gnegchr7q11.22 · 67500001–72700000 · gpos50chr7q11.23 · 72700001–77900000 · gnegchr7q21.11 · 77900001–86700000 · gpos100chr7q21.12 · 86700001–88500000 · gnegchr7q21.13 · 88500001–91500000 · gpos75chr7q21.2 · 91500001–93300000 · gnegchr7q21.3 · 93300001–98400000 · gpos75chr7q22.1 · 98400001–104200000 · gnegchr7q22.2 · 104200001–104900000 · gpos50chr7q22.3 · 104900001–107800000 · gnegchr7q31.1 · 107800001–115000000 · gpos75chr7q31.2 · 115000001–117700000 · gnegchr7q31.31 · 117700001–121400000 · gpos75chr7q31.32 · 121400001–124100000 · gnegchr7q31.33 · 124100001–127500000 · gpos75chr7q32.1 · 127500001–129600000 · gnegchr7q32.2 · 129600001–130800000 · gpos25chr7q32.3 · 130800001–132900000 · gnegchr7q33 · 132900001–138500000 · gpos50chr7q34 · 138500001–143400000 · gnegchr7q35 · 143400001–148200000 · gpos75chr7q36.1 · 148200001–152800000 · gnegchr7q36.2 · 152800001–155200000 · gpos25chr7q36.3 · 155200001–159345973 · gnegZNF12pq1 bp159,345,973 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr7:6,688,433–6,706,979
Gene span
18,547 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000405858 ★6,688,433–6,706,9475
ENST000004043606,688,433–6,700,9145
ENST000003426516,688,433–6,706,9796
ENST000011361316,688,433–6,706,9795
ENST000010101936,688,436–6,706,9793
ENST000010101946,688,438–6,706,9796
ENST000003949176,697,373–6,706,8434

顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

ZNF12 的功能註解指出,它是轉錄抑制因子,能抑制 activation protein 1(AP-1)介導的轉錄活性,也能抑制 serum response element(SRE)介導的轉錄活性。這表示其作用涉及兩種不同的轉錄調控路徑;來源支持的是對相關轉錄活性的抑制,未進一步說明抑制發生的分子步驟。

在 AP-1 介導的情境中,ZNF12 的作用方向是降低轉錄活性,而非促進活化。來源未列出受影響的特定基因、細胞類型或生理條件,也未指出此效應是否依賴其他蛋白質或特定 DNA 結合序列,因此不宜延伸推定其調控對象或作用機制。

對 SRE 介導的轉錄活性,ZNF12 同樣具有抑制作用。這項註解將 AP-1 與 SRE 相關的轉錄抑制並列,但沒有提供兩者之間的因果關係、相對效力或作用先後資訊。現有資料因此支持將 ZNF12 描述為能限制這兩類轉錄活性的轉錄抑制因子;至於此功能如何影響更廣泛的生物過程,來源未提供足以作進一步說明的細節。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 6706947 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>ZNF12 ENST00000405858 GRCh38 chr7:6706847-6707947 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
AACTCCAGCATGCACAGCAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAATTAAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAA
TCTGAGAAACAGACATATTTTCAGATCAGGAATATTGAAATGATTATGTAAATGGAGAAATGCAGTCAAA
ACTGCATTTTCTCTAGTGGGGATTGTGGGAAGTCAACCAACTTCCACCAGACAGAACATAACTTGCATCG
ATTACCTACAGTTTTCAAAGAGGTGTAAAATACCTCAAAGATAAGGAACAGGGTTGGAATCAAGTAACAT
GGCTTTCTAAATGTGCTTCGTTTTCCATTAAGACGCAAATTTCTTCTTCTGCTTGCCTCATCCTCTTCAG
GAAGTAGAGTTCTGGCTAATTTTTTTCTTCTTTCAATTCTGTACATATTCTCTGAGTTTTCTAGCTATCA
CTAATTCAAAGTGATTTGGAAAAGCTGGAATTCTTTTTCTCCTTGTTGGGGCGAGGATGGTATCCTGTCC
CAGGCTAATCCTCTATTATTTCATCCATGGGCTCTATTTACTGAAGTTTTCGTTAAATGTGTCATTGTGA
TCATAAGCTAGCATGATGCACCCTCTTGTTCCATTTGTCACGGTTGCACATGGACATTGATTTTAAGCCT
TGAGCTCTCCGGTAAGGCAGGACTGGCCCAGGCATGGTCTACGAGATGCTACAGGAAGCAGAGACTTTCT
AGACGTTCCCTTAAAGATAGTCAAGACATCCCCATGAAGACGTTCCCTTAAACTAAGGAGAAATTTGAGT
CTGGGGTTCGGCGTTGCCAATTCTCTTAGCATAGAGCCTCTTAACCGCTAGACCAGATAGAGACATTTCA
AATGGCTCCTAAATTTGGGGAGCGCGTAGGCTCATGGGAAATAGAGTCACGGTATTTGTCCTGGGACCGG
CGGCGGGTCCCGGGAGGCGGACTTCCGGTGCATTCCTGCGCATGTGCACCCCTCTCTGTGTGCGTGTTCG
CGCATGCGCGCCGCGGCCGCAGTGCCCTCGCTTCCTGTGCGTCCCCAGGTCACCGCTCGCCCTAGTTCCC
AGGCTTTGGCCTCCGGTGGGCGAGAATCGCGGAGCCTGCGGGGCTGGGCGC
ZNF12 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
ZNF12_1 ↗7:6,706,947負股6,706,937–6,706,996

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR7_CMZ5 · enhancer · 6705876–6706912 · regulatory

ENSR7_87BQC · promoter · 6706913–6707093 · regulatory

ENSR7_94MTQ · enhancer · 6707094–6707517 · regulatory

· motif · 6706958–6706969 · motif

· motif · 6706958–6706969 · motif

· motif · 6706990–6707001 · motif

· motif · 6706990–6707001 · motif

· motif · 6707009–6707018 · motif

· motif · 6707706–6707718 · motif

· motif · 6708423–6708437 · motif

· motif · 6708423–6708438 · motif

· motif · 6710093–6710106 · motif

· motif · 6710100–6710113 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:697 aa

1 aa697 aa結構域鋅指
依 P17014 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

zinc finger protein 12 長 697 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。蛋白質 N 端第 8–79 位為 KRAB domain;第 269–683 位分布 15 個 C2H2-type zinc finger,排列為連續區段。這些特徵依序列註解標示。

結構域KRAB8–79 aa
鋅指C2H2-type 1269–291 aa
鋅指C2H2-type 2297–319 aa
鋅指C2H2-type 3325–347 aa
鋅指C2H2-type 4353–375 aa
鋅指C2H2-type 5381–403 aa
鋅指C2H2-type 6409–431 aa
鋅指C2H2-type 7437–459 aa
鋅指C2H2-type 8465–487 aa
鋅指C2H2-type 9493–515 aa
鋅指C2H2-type 10521–543 aa
鋅指C2H2-type 11549–571 aa
鋅指C2H2-type 12577–599 aa
鋅指C2H2-type 13605–627 aa
鋅指C2H2-type 14633–655 aa
鋅指C2H2-type 15661–683 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · P17014…

AlphaFold · P17014

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleus

來源未提供定位改變的條件、動態或異構型差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 5 個夥伴 · 最多顯示 50 個
KOX3ZNF12CARD10MCCMDFINDEL1STX1A
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能ZNF12 是轉錄抑制因子,可抑制 activation protein 1(AP-1)介導的轉錄活性,也可抑制 serum response element(SRE)介導的轉錄活性。含實驗來源
證據與來源

Transcriptional repressor which suppresses activation protein 1 (AP-1)- and serum response element (SRE)-mediated transcriptional activity

PMID 16806083 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位ZNF12 定位於細胞核。含實驗來源
證據與來源

Nucleus

PMID 16806083 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000405858 · 5,075 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGTGCCCTCGCTTCCTGTGCGTCCCCAGGTCACCGCTCGC40
41CCTAGTTCCCAGGCTTTGGCCTCCGGTGGGCGAGAATCGC80
81GGAGCCTGCGGGGCTGGGCGCCGAAGAGCCGGGCCGGCAC120
121CCAAGCGGGCGCGGGGCTGTGCGGGCCAGGCGGAGGCTCA160
161AGCGGGGATCCCCGAGCACGACCCCCGGAGCCGACGGCGC200
201TGGGGCCCAAGGGGCCGGCCGGGCGGTGACGACGGCGGAG240
241GCGAAGGGGCGGCGGGACCCGGGCCCGGCCCGTGTGCGTC280
281CTCGACGGCCCGGCCCCGGCTCCGCAGGACGGTGAGCCCC320
321AGGGAGACGGATCTGGGCTCCGGGAGGGACGCCCCGCCTG360
361GATTTGTCCCGTAGGCCCGGCCCGGGCCCCTCTGGAGCAG400
401AACGGCCTTGGTGAGGTGGACAGGAAGGGACCTCGCGAGC440
441AGACGCGCGCCCGCGACAGCAATCCCGCCCCGGCCTGTCG480
481GGAGCGGTGGGGCAGAGGCTGCGGAGCCCCAGGAGGATCT520
521GCCTCCGCTTTCACAGTCCTCCAGATTTTTCCAAGAGCAG560
561CAGAAAATGAATAAATCCCTGGGGCCAGTGTCATTCAAGG600
601ACGTGGCTGTGGACTTCACCCAGGAGGAATGGCAGCAGCT640
641GGATCCTGAGCAGAAGATAACTTACAGGGATGTGATGCTG680
681GAGAACTACAGCAATCTAGTTTCTGTGGGGTATCACATTA720
721TCAAACCGGATGTTATCAGCAAGTTGGAGCAAGGAGAAGA760
761GCCATGGATAGTAGAAGGAGAATTCCTACTTCAGAGCTAT800
801CCAGATGAAGTCTGGCAAACTGATGACCTAATAGAGAGAA840
841TCCAGGAAGAGGAAAATAAACCTTCAAGGCAAACTGTGTT880
881CATTGAGACCCTGATTGAAGAGAGAGGTAATGTTCCTGGT920
921AAAACTTTTGATGTAGAAACGAACCCTGTTCCTTCAAGAA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。