基因總覽
ZNF12 是一種蛋白質編碼基因,其產物為 zinc finger protein 12,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。此蛋白質長 697 個胺基酸,結構包含位於 N 端的 KRAB domain,以及多個 C2H2-type zinc finger。這些結構特徵構成其蛋白質家族識別資訊;其已註明的轉錄調控角色與作用方式另於功能段落說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000405858 ★ | 6,688,433–6,706,947 | 5 |
| ENST00000404360 | 6,688,433–6,700,914 | 5 |
| ENST00000342651 | 6,688,433–6,706,979 | 6 |
| ENST00001136131 | 6,688,433–6,706,979 | 5 |
| ENST00001010193 | 6,688,436–6,706,979 | 3 |
| ENST00001010194 | 6,688,438–6,706,979 | 6 |
| ENST00000394917 | 6,697,373–6,706,843 | 4 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF12 的功能註解指出,它是轉錄抑制因子,能抑制 activation protein 1(AP-1)介導的轉錄活性,也能抑制 serum response element(SRE)介導的轉錄活性。這表示其作用涉及兩種不同的轉錄調控路徑;來源支持的是對相關轉錄活性的抑制,未進一步說明抑制發生的分子步驟。
在 AP-1 介導的情境中,ZNF12 的作用方向是降低轉錄活性,而非促進活化。來源未列出受影響的特定基因、細胞類型或生理條件,也未指出此效應是否依賴其他蛋白質或特定 DNA 結合序列,因此不宜延伸推定其調控對象或作用機制。
對 SRE 介導的轉錄活性,ZNF12 同樣具有抑制作用。這項註解將 AP-1 與 SRE 相關的轉錄抑制並列,但沒有提供兩者之間的因果關係、相對效力或作用先後資訊。現有資料因此支持將 ZNF12 描述為能限制這兩類轉錄活性的轉錄抑制因子;至於此功能如何影響更廣泛的生物過程,來源未提供足以作進一步說明的細節。
Promoter 與基因調控
>ZNF12 ENST00000405858 GRCh38 chr7:6706847-6707947 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AACTCCAGCATGCACAGCAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAATTAAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAA TCTGAGAAACAGACATATTTTCAGATCAGGAATATTGAAATGATTATGTAAATGGAGAAATGCAGTCAAA ACTGCATTTTCTCTAGTGGGGATTGTGGGAAGTCAACCAACTTCCACCAGACAGAACATAACTTGCATCG ATTACCTACAGTTTTCAAAGAGGTGTAAAATACCTCAAAGATAAGGAACAGGGTTGGAATCAAGTAACAT GGCTTTCTAAATGTGCTTCGTTTTCCATTAAGACGCAAATTTCTTCTTCTGCTTGCCTCATCCTCTTCAG GAAGTAGAGTTCTGGCTAATTTTTTTCTTCTTTCAATTCTGTACATATTCTCTGAGTTTTCTAGCTATCA CTAATTCAAAGTGATTTGGAAAAGCTGGAATTCTTTTTCTCCTTGTTGGGGCGAGGATGGTATCCTGTCC CAGGCTAATCCTCTATTATTTCATCCATGGGCTCTATTTACTGAAGTTTTCGTTAAATGTGTCATTGTGA TCATAAGCTAGCATGATGCACCCTCTTGTTCCATTTGTCACGGTTGCACATGGACATTGATTTTAAGCCT TGAGCTCTCCGGTAAGGCAGGACTGGCCCAGGCATGGTCTACGAGATGCTACAGGAAGCAGAGACTTTCT AGACGTTCCCTTAAAGATAGTCAAGACATCCCCATGAAGACGTTCCCTTAAACTAAGGAGAAATTTGAGT CTGGGGTTCGGCGTTGCCAATTCTCTTAGCATAGAGCCTCTTAACCGCTAGACCAGATAGAGACATTTCA AATGGCTCCTAAATTTGGGGAGCGCGTAGGCTCATGGGAAATAGAGTCACGGTATTTGTCCTGGGACCGG CGGCGGGTCCCGGGAGGCGGACTTCCGGTGCATTCCTGCGCATGTGCACCCCTCTCTGTGTGCGTGTTCG CGCATGCGCGCCGCGGCCGCAGTGCCCTCGCTTCCTGTGCGTCCCCAGGTCACCGCTCGCCCTAGTTCCC AGGCTTTGGCCTCCGGTGGGCGAGAATCGCGGAGCCTGCGGGGCTGGGCGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF12_1 ↗ | 7:6,706,947 | 負股 | 6,706,937–6,706,996 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR7_CMZ5 · enhancer · 6705876–6706912 · regulatory
ENSR7_87BQC · promoter · 6706913–6707093 · regulatory
ENSR7_94MTQ · enhancer · 6707094–6707517 · regulatory
· motif · 6706958–6706969 · motif
· motif · 6706958–6706969 · motif
· motif · 6706990–6707001 · motif
· motif · 6706990–6707001 · motif
· motif · 6707009–6707018 · motif
· motif · 6707706–6707718 · motif
· motif · 6708423–6708437 · motif
· motif · 6708423–6708438 · motif
· motif · 6710093–6710106 · motif
· motif · 6710100–6710113 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:697 aa
zinc finger protein 12 長 697 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。蛋白質 N 端第 8–79 位為 KRAB domain;第 269–683 位分布 15 個 C2H2-type zinc finger,排列為連續區段。這些特徵依序列註解標示。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源未提供定位改變的條件、動態或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- CARD10Q9BWT7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MCCP23508 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MDFIQ99750 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NDEL1Q9GZM8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- STX1AQ16623 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZNF12 是轉錄抑制因子,可抑制 activation protein 1(AP-1)介導的轉錄活性,也可抑制 serum response element(SRE)介導的轉錄活性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Transcriptional repressor which suppresses activation protein 1 (AP-1)- and serum response element (SRE)-mediated transcriptional activity PMID 16806083 ↗ |
| 細胞定位 | ZNF12 定位於細胞核。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGTGCCCTCGCTTCCTGTGCGTCCCCAGGTCACCGCTCGC40CCTAGTTCCCAGGCTTTGGCCTCCGGTGGGCGAGAATCGC80GGAGCCTGCGGGGCTGGGCGCCGAAGAGCCGGGCCGGCAC120CCAAGCGGGCGCGGGGCTGTGCGGGCCAGGCGGAGGCTCA160AGCGGGGATCCCCGAGCACGACCCCCGGAGCCGACGGCGC200TGGGGCCCAAGGGGCCGGCCGGGCGGTGACGACGGCGGAG240GCGAAGGGGCGGCGGGACCCGGGCCCGGCCCGTGTGCGTC280CTCGACGGCCCGGCCCCGGCTCCGCAGGACGGTGAGCCCC320AGGGAGACGGATCTGGGCTCCGGGAGGGACGCCCCGCCTG360GATTTGTCCCGTAGGCCCGGCCCGGGCCCCTCTGGAGCAG400AACGGCCTTGGTGAGGTGGACAGGAAGGGACCTCGCGAGC440AGACGCGCGCCCGCGACAGCAATCCCGCCCCGGCCTGTCG480GGAGCGGTGGGGCAGAGGCTGCGGAGCCCCAGGAGGATCT520GCCTCCGCTTTCACAGTCCTCCAGATTTTTCCAAGAGCAG560CAGAAAATGAATAAATCCCTGGGGCCAGTGTCATTCAAGG600ACGTGGCTGTGGACTTCACCCAGGAGGAATGGCAGCAGCT640GGATCCTGAGCAGAAGATAACTTACAGGGATGTGATGCTG680GAGAACTACAGCAATCTAGTTTCTGTGGGGTATCACATTA720TCAAACCGGATGTTATCAGCAAGTTGGAGCAAGGAGAAGA760GCCATGGATAGTAGAAGGAGAATTCCTACTTCAGAGCTAT800CCAGATGAAGTCTGGCAAACTGATGACCTAATAGAGAGAA840TCCAGGAAGAGGAAAATAAACCTTCAAGGCAAACTGTGTT880CATTGAGACCCTGATTGAAGAGAGAGGTAATGTTCCTGGT920AAAACTTTTGATGTAGAAACGAACCCTGTTCCTTCAAGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。