基因總覽
ZNF112 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 zinc finger protein 112。其蛋白質產物長913個胺基酸,屬於 Krüppel C2H2 型鋅指蛋白家族。序列註解包含位於 N 端的 KRAB 結構域,以及多個 C2H2 型鋅指,其中部分被註記為退化型。這些特徵界定了蛋白質的家族與結構組成;其可能參與的生物學角色,仍應依現有功能資料所述的推測性質理解。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000354340 ★ | 44,326,555–44,356,680 | 4 |
| ENST00001131299 | 44,307,664–44,367,193 | 6 |
| ENST00001131300 | 44,307,664–44,356,712 | 5 |
| ENST00001131301 | 44,307,664–44,356,709 | 6 |
| ENST00001131302 | 44,307,664–44,356,684 | 4 |
| ENST00001131303 | 44,307,664–44,356,680 | 5 |
| ENST00000911245 | 44,326,555–44,356,687 | 5 |
| ENST00000911246 | 44,326,555–44,356,680 | 4 |
| ENST00000337401 | 44,326,943–44,356,712 | 5 |
| ENST00000911247 | 44,327,382–44,356,684 | 4 |
| ENST00000587909 | 44,329,521–44,356,682 | 3 |
| ENST00000590687 | 44,329,708–44,367,205 | 4 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF112 可能參與轉錄調控。現有資料僅將這項角色列為可能性,未進一步說明其調控方向、作用的基因或轉錄調控的分子機制,因此不能據此判定它會促進或抑制轉錄,也不能將其視為已確立的功能。資料亦未提供相關生物學過程或具體功能後果的描述。
Promoter 與基因調控
>ZNF112 ENST00000354340 GRCh38 chr19:44356580-44357680 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTTGCCTTATGACTTGCATTTCATCATCAGTAGTTAAAGCAGAGGAAACGTGGGAACCATTTACTGTTTC TGCTTATGGCCTCATCAACGGTTGCATCTGTTTTTTTGTGGATTCTTGGCATCCACGTTCTTGTGGATCT TGCAACAAACACATTATGGTAGGTAGCAGCAGCACTATCAGTTTCAGACGCGTCCACACCAAAATGGAAT AAAAAGGTAATCGAGTCAAAGAAAGGTTGAGATCCTGTATTCCTTAAATTCGGTGTCCAGTACAAATCAG CCCAATTTCCTTTAAGTACCTGCATTTTTAGCGCACACATCGCTTCCATTCTGTAATTCTTTTCTTTTTT CTTCCTGTATTGCAAGCTTCTCTGTTCTCTCCTTTATGGGATATTTTCTTGGTAAGTAGGTAGGTAGGTA GGTAAAGTCCGCTTTGGTTGAGTTTATTTGGGTTTGTGTCGCGTTTGAAGAAAAATAAATTCAAACTCTA GGGGGAAGGCAGTAGAACTGGACTAGCAGTATAAAATTGGATGGCTAACCAAAAGAGAATAGTGACTATA CAAATACTGACTATCCAAACGAGAAAGAGACGACTTAAGGGAAAGTGCTACCCTGCAAGAAATTCCGGGA ATTGTCCAGAAGATCCACAGGGTCAGAGACACACGCGCCAGGAAAGGCGCCTTTCATGCACGGTCCGCTG GGTAAAACAGAGAAATATATATACGAGCTCTCTGTCTTTGGAAGCATTTCGGTTCCAGGAAGGGGGAGTT AAGGAATTCCTTTGGGACCGGCACATGTGAAATATCATCCAGGCTCTCAGCTTGGCACCCGGTACTTGCG TCCTAGGCAGGCAGATAAGTGGAGAGTTTTTCTAGGAATTCTGGGAAATGTAGTTTGGGAGCCCCGTGTA GTCGGGTAACTTCCGCTCTAGGAGGCTGAGGCCGTCTCCCTGATCCCGTCGGGAATTCTGGGAAGCGTAG TCCAGGAGGTCTCGGTAGGCAGAGCCACTTCCGCCCCAGGTACGCTAGGCCGCGGCCTTCGTTCCTCCCA GAAAGGTGAGCGCTCCCCGCCCTGCTTCCTGCTCCTTCCGTCCATACTGAT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF112_1 ↗ | 19:44,356,680 | 負股 | 44,356,670–44,356,729 |
| ZNF112_2 ↗ | 19:44,367,155 | 負股 | 44,367,145–44,367,204 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_BBRNB · enhancer · 44356047–44356669 · regulatory
ENSR19_9MLCQ · promoter · 44356670–44357170 · regulatory
· motif · 44356664–44356675 · motif
· motif · 44356666–44356675 · motif
· motif · 44356752–44356763 · motif
· motif · 44356754–44356763 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:913 aa
ZNF112 蛋白質長913個胺基酸,序列包含位於第8至79位的 KRAB 結構域。另註記17個 C2H2 型鋅指區域,其中第1至4個被標為退化型,其餘列為 C2H2 型;這些註解描述蛋白質的結構組成,不足以單獨推定各區域的具體作用。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF112 的定位資料標示為細胞核;現有資訊未描述定位變化條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AGAGCCACTTCCGCCCCAGGTACGCTAGGCCGCGGCCTTC40GTTCCTCCCAGAAAGGAGATGGTGACATTCAAGGATGTTG80CTGTGGTCTTCACTGAGGAGGAGCTGGGGCTGCTGGACTC120TGTCCAGAGGAAGCTGTACCGAGATGTGATGCTGGAGAAC160TTCAGGAACCTGCTCTTAGTAGCACATCAGCCCTTCAAGC200CAGACCTAATATCCCAGCTGGAGAGAGAAGAAAAGCTTTT240GATGGTGGAGACAGAAACCCCAAGAGATGGATGTTCAGGA280AGGAAGAATCAACAAAAGATGGAGAGTATTCAGGAAGTAA320CAGTAAGCTACTTTTCCCCCAAAGAGCTTTCCTCCCGTCA360GACCTGGCAACAAAGTGCAGGTGGGTTAATCAGGTGTCAA400GATTTCCTGAAAGTTTTTCAAGGGAAGAATTCTCAGTTGC440AAGAACAAGGTAATTCCCTCGGCCAGGTTTGGGCAGGAAT480ACCAGTTCAGATTTCTGAAGATAAGAACTATATATTCACT520CATATAGGGAATGGCTCCAATTATATAAAAAGTCAAGGGT560ATCCATCTTGGAGGGCACATCATTCTTGGAGGAAAATGTA600TCTGAAAGAGTCACATAATTATCAGTGTAGATGTCAGCAA640ATTTCCATGAAAAATCATTTCTGTAAGTGTGACAGTGTCA680GTTGGCTCTCACATCACAATGATAAACTGGAAGTACACAG720AAAAGAAAACTACAGCTGCCATGACTGTGGAGAAGATATC760ATGAAGGTATCATTACTTAATCAGGAGTCAATTCAAACAG800AGGAGAAGCCCTATCCATGTACTGGGTATAGAAAAGCCTT840CAGTAATGACTCCAGCTCTGAGGTTCATCAGCAGTTCCAC880TTGGAAGGGAAGCCCTATACATACAGTTCATGTGGAAAGG920GCTGTAATTATAGTTCACTTCTTCATATTCATCAAAATAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。