基因總覽
ZNF107 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 zinc finger protein 107。其產物屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family,蛋白質序列含有多個 C2H2-type zinc finger,呈現此類鋅指蛋白的結構特色。現有功能註釋指出,ZNF107 可能參與轉錄調控;但目前提供的資料未進一步說明其調控對象、作用方式或具體生物學情境。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000620827 ★ | 64,666,133–64,711,577 | 4 |
| ENST00000929762 | 64,666,105–64,713,616 | 3 |
| ENST00001102514 | 64,666,105–64,706,565 | 5 |
| ENST00001102516 | 64,666,105–64,679,638 | 3 |
| ENST00001114084 | 64,666,105–64,692,763 | 3 |
| ENST00001128863 | 64,666,105–64,699,283 | 4 |
| ENST00001130477 | 64,666,105–64,691,500 | 2 |
| ENST00000423627 | 64,666,133–64,713,616 | 7 |
| ENST00001141816 | 64,666,133–64,713,616 | 4 |
| ENST00000613690 | 64,666,134–64,708,656 | 3 |
| ENST00000344930 | 64,666,198–64,713,616 | 5 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
現有註釋將 ZNF107 的可能功能指向轉錄調控,但僅指出它可能參與此過程,並未確定其作用方向或調控的基因與轉錄事件。因此,這項資訊支持將 ZNF107 視為可能涉入轉錄調控的蛋白質,不能據此判定它是轉錄活化因子或抑制因子。
資料未提供 ZNF107 如何影響轉錄的分子機制,也沒有說明其是否直接辨識 DNA、與哪些分子作用,或其調控活動發生於何種細胞與生物學條件。因而,目前無法由這項註釋延伸出特定的靶序列、調控路徑或下游效應。
其 C2H2-type zinc finger 結構與已註釋的可能轉錄調控角色並存,但來源沒有明確建立兩者之間的作用關係。就現有資料而言,ZNF107 的功能描述應限於「可能參與轉錄調控」;更細節的功能意義與作用方式尚未由所提供的資料界定。
Promoter 與基因調控
>ZNF107 ENST00000620827 GRCh38 chr7:64665133-64666233 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCACTTTAATGTGACAGCTATTGGCCATGTATGGCTACTGGGTGTCCGGAATGTGGCTGGTCAGAACTGC GATGTGCTAGAAAGGTAAAATACAGAGTTAAAGATTTAGTTCCAAAAATATACACACTTTATTAATAATT ACATATTGCTCAGATATTAATATAATATTTTTGATATAGTGGGTTAATTAAATGGTTAGAATGAATTCCA CCTGTTTCTTCTTCCTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCACTCCGTCGTCCAGGCT GGAGTGCAGTGGCACTATCTCGGTTCACTGCAAGCTCTGCCTCCTGGGTTCACACCATTCTCCTGCCTCA GCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCCCCCGCCACCGCGCCGGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAG ACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCACCACGGCCTCC CAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTGGCCTTCTTCTTCCTTCTTGAAGTTTGACTGCT AGAAAATTTAGAATACACATGTGGCTCACGTTTTATTTCAGAGGATTGCCTCCTTTTTAAACTCTCAATC GGCCTGCTCAAAGGACCAGAATTCAGAAAGGGCATAAAATCTGGAATTTTAAAATAATTGTTATATTATT TTCATGTGTGAATAGCCACATAATATATTATTTATAAATGCATATGACTTTATATACAGGTTAAATGCAA ATGCCTTCTGGGGTGGACCTGGCTCAACTCAGGGAGGAGCCCTGCCTGAAAAGGCTGCAGCTTAGGTTTC ACTTTATCTTCTTCCAGCCCAGCATCTGAGCACAGCTTCTGTCACTCAGGGCCTGAGGGAGCAGGGCAGC AAACGTTATCCAATCAGGACTGCTGGGCTGGGAACCGTCCAATCAGGCACGCAGCTGGAGCGGACAGGAC GGCTTCCGGGATTTGGCGGGGCCTTTGTCTCTGGCTGCAGCCGGAGCTCCTGCTCTCCTCCTCACTGCTC AGTGTCCTCTGCTCCTAGAGGCCCAGCCTCTGTGTCCCTGTGACCTGCAGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF107_1 ↗ | 7:64,666,133 | 正股 | 64,666,084–64,666,143 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR7_BGSHL · promoter · 64665643–64666208 · regulatory
ENSR7_BGSHN · enhancer · 64666209–64666992 · regulatory
ENSR7_5K7N7S · CTCF_binding_site · 64666468–64666489 · regulatory
· motif · 64666113–64666122 · motif
· motif · 64666113–64666124 · motif
· motif · 64666340–64666349 · motif
· motif · 64666470–64666486 · motif
· motif · 64666477–64666487 · motif
· motif · 64667094–64667106 · motif
· motif · 64667096–64667118 · motif
· motif · 64667096–64667118 · motif
· motif · 64667713–64667726 · motif
· motif · 64667713–64667726 · motif
· motif · 64668377–64668388 · motif
· motif · 64668912–64668925 · motif
· motif · 64669234–64669249 · motif
· motif · 64669239–64669251 · motif
· motif · 64669242–64669249 · motif
· motif · 64669270–64669283 · motif
· motif · 64669270–64669283 · motif
· motif · 64669576–64669588 · motif
· motif · 64669578–64669585 · motif
· motif · 64669578–64669593 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:783 aa
ZNF107 蛋白質長 783 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。序列註釋標出 25 個 zinc finger,其中部分標記為 atypical;這些結構區段分布於蛋白質前段至接近末端的位置。資料未提供其他功能區域的註釋。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF107 的定位註釋為細胞核;現有資料未描述其定位是否會隨條件改變,也未提供異構型間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- HOOK2Q96ED9-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-8P60410 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- U2AF2P26368-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GCCTTTGTCTCTGGCTGCAGCCGGAGCTCCTGCTCTCCTC40CTCACTGCTCAGTGTCCTCTGCTCCTAGAGGCCCAGCCTC80TGTGTCCCTGTGACCTGCAGATATTGGGAGATCCACAGCT120AAGACGCCGGGACTCCCTGGAAACCTAGAAATGGAACCAC160TGACATTTAAAGATGTCGCCATAGAATTCTCTCTGGAGGA200GTGGCAATGCCTGGATACTGCACAGCGGGATTTATATAGG240AATGTGTTGTTAGAGAACTACAGAAACCTGGTCTTTTTGG280GTATTGCTGTCTCTAAGCCATATCTGATCACCTGTCTGGA320GCAAAAAAAAGAGCCCTGGAATATAAAAAGACATGAGATG360GTAGCCAAACCCCCAGTAATGTCTTTTCATTTTGCCCAAG400ACCTTTGGCCAGAGCAGAACATAAAAGATTCTTTCCAGAA440AGTGACACTGAGAAGATACGGAAAATGTGAATATGAGAAT480TTACAGTTAAGAAAAGGCTGTAAACATGTGGATGAGTGTA520CGGGGCACAAAGGAGGTCATAATACAGTTAACCAATGTTT560GACAGCTACCCCAAGCAAAATATTCCAGTGTAATAAATAT600GTGAAAGTCTTTGATAAATTTTCAAATTCAAATAGATATA640AGAGAAGACATACAGGAAACAAACACTTCAAATGTAAAGA680ATGTAGCAAATCATTTTGCGTGCTTTCACAACTAACTCAG720CATAGAAGAATTCATACTAGAGTGAATTCCTACAAATGTG760AAGAATGTGGAAAAGCCTTTAACTGGTTCTCAACTCTTAC800TAAACATAAGAGAATTCATACTGGAGAAAAGCCCTACAAA840TGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTTTAACCAGTCCTCACAAC880TTACTAGGCATAAGATAATTCATACTGAAGAGAAACCCAA920CAAATGTGAAGAATGTGGCAAGGCCTTTAAACAGGCCTCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。