基因總覽
ZNF100(zinc finger protein 100)是位於人類第 19 號染色體 19p13.1 的蛋白質編碼基因。其產物屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family,序列註解包含 KRAB 區域及多個 C2H2 型鋅指;其中第一個鋅指被標示為退化型。現有功能資料僅指出它可能參與轉錄調控,未進一步說明具體作用方式或調控對象。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000358296 ★ | 21,722,771–21,767,579 | 5 |
| ENST00000305570 | 21,722,771–21,750,783 | 4 |
| ENST00000897459 | 21,722,771–21,767,628 | 4 |
| ENST00000925419 | 21,722,771–21,767,628 | 5 |
| ENST00000979368 | 21,722,771–21,767,628 | 5 |
| ENST00000979369 | 21,722,771–21,767,628 | 3 |
| ENST00001136907 | 21,722,771–21,767,628 | 5 |
| ENST00001069637 | 21,724,041–21,767,628 | 6 |
| ENST00000594401 | 21,727,931–21,750,712 | 5 |
| ENST00000598026 | 21,743,078–21,767,549 | 5 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF100 的功能資料指出,它可能參與轉錄調控。這項描述屬於可能性陳述,並未提供其調控方向、作用靶點或具體分子機制,因此目前只能將其功能概括為可能涉及轉錄調節,不能據此判定它會促進或抑制特定基因的轉錄。
Promoter 與基因調控
>ZNF100 ENST00000358296 GRCh38 chr19:21767479-21768579 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTTTAATCTATTTTCTCCATCTCTAAATACTGGAGTTCAAGTGTGTGGACAGAACTGAAGACATAGTTGT TTTTTCTCCTGTGGCCCCATCATCCTTTGTTCACTATCTGGTCTCTAAAAGAAAGGTGGGCAACAGGTGG CCAGCAGTTGTTTATTACCTGTGGCTATTTTATTCCTACTGCCCTCAGCTCTTTCTATGGGAACTATCTG GTCCACCCTAGGAACCAAAGAGAGATGTTTGTAGGGAGAGTCTCTTCTTTCACTCTCGCAGGAAAGAGAT GTTCAGGCCCTTCACACCGCTGACATCAGAGCTGCACTTCAATGTGACAGCTATTGTCCATGTGTGGCTA CTGGGTTCCCACAATGTGCCTGGTCTGAAATGCGATATGCTAGAAAGGTAAAATACAAAGTCAGCTTCAA AGATTTAGTTCCAAATATTTATATATTTTATCAATAATTACATATTTCTCACACATTAAAATGATAATAT TTTGAATATAATGGGTGAATTACATTGTTAACAATCAGTTCAACTTGTTTCTTTTTAAAGTTTGGCTACT AGAAAATTTCAAATCCACATGTGGCTGACATTCATTTTAGATGATTTTCTCTTTTCTAAAATCTCAGGCT GCCTGCTCAAAGGGCCAGAAGCCAGGAAGGTCATAAAAGCTGAAATTTTAAAATAATTGTTATATTCTTT TCACTTGTGTATAGCTATATAATGTATTATTTATTTATACATATGACCTTATACACAAATTTAAAGGCAA ATACTCTCTGGGATGGGCCTAGCTCAGCTGAGGGAGGAAGCCCTGTCAGAAGAGGGGGCAGTCTAGGCTG TCACTCTTTCTTCATTGAACCCGCATCTGATCACATCTTCTGTCACTCAAAGCCTGACAGGGCGGGGATT TAAGCATTATCCAACCAGGGACGCTGGGCTGGAAACCGTCCAATCAGGCATGCAGCTGGAGCGGACTGGA CGGCTTCCGGGTTTGGCGGGGTCTTTGTCTCTCGCTGTAGCCGGAGCTCCAGGTTTTGCTCTCACTTCTC TGTGTCTTCTGCTCCTAGGGGCCTAGCCTGTGTGGCCCTCTGACCTGCAGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF100_1 ↗ | 19:21,767,573 | 負股 | 21,767,563–21,767,622 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:542 aa
ZNF100 蛋白質長 542 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。序列註解列有位於第 35–107 個胺基酸的 KRAB 區域,以及 12 個 C2H2 型鋅指;第一個鋅指被註記為退化型,其餘 11 個未標示此特徵。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF100 的定位資料將其列於細胞核。 來源未提供定位變化的條件、動態或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- KRTAP12-2P59991 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GTCTTTGTCTCTCGCTGTAGCCGGAGCTCCAGGTTTTGCT40CTCACTTCTCTGTGTCTTCTGCTCCTAGGGGCCTAGCCTG80TGTGGCCCTCTGACCTGCAGATATTGGGAGATCCACAGCT120AAGACGCCAGGACCCCCTAGAAGCCTAGAAATGGATGACC160CGAGGTATGGAATGTGTCCTCTCAAGGGAGCAAGTGGATG200CCCTGGGGCTGAGAGGAGTCTTCTGGTGCAGTCTTATTTT240GAAAAGGGGCCATTGACGTTTAGGGATGTGGCCATAGAAT280TCTCTCTGGAGGAGTGGCAATGCCTGGACAGTGCTCAGCA320GGGTTTGTATAGGAAAGTGATGTTAGAGAACTACAGAAAC360CTGGTCTTCTTGGCAGGTATTGCTCTCACTAAGCCAGACC400TGATCACCTGTCTGGAGCAAGGAAAAGAGCCCTGGAATAT440AAAGAGACATGAGATGGTAGCCAAACCCCCAGTTATATGT480TCTCATTTTCCCCAAGACCTTTGGGCAGAGCAGGACATTA520AAGATTCTTTTCAAGAAGCGATTCTGAAAAAATATGGAAA560ATATGGACATGACAATTTACAGTTACAAAAAGGCTGTAAA600AGTGTGGATGAGTGTAAAGTGCACAAAGAACATGATAACA640AATTAAACCAGTGTTTGATAACTACCCAGAGCAACATATT680TCAATGTGATCCATCTGCAAAAGTCTTTCATACATTTTCA720AATTCAAACAGACATAAGATAAGACATACTAGAAAGAAAC760CTTTCAAATGTAAAAAATGTGAAAAATCATTTTGCATGCT800TTTACACCTAACTCAACATAAAAGATTTCATATTACAGAG840AATTCCTACCAATGTAAAGATTGTGGCAAAGCCTTCAACT880GGTTCTCAACCCTTACTACACACAGGAGAATTCATACTGG920AGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGGAAAGCATTT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。