基因總覽
ZNF10(zinc finger protein 10)是人類蛋白質編碼基因,其產物 Zinc finger protein 10 屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。此蛋白質長 573 個胺基酸,具有一個 KRAB domain,以及 11 個 C2H2 型 zinc finger,其中第 1 與第 11 個被註記為 atypical。這些序列特徵構成其蛋白質的主要結構特色;目前提供的功能註解則指出,它可能參與轉錄調控。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000248211 ★ | 133,130,627–133,159,465 | 5 |
| ENST00000869334 | 133,130,349–133,159,465 | 6 |
| ENST00000869335 | 133,130,351–133,159,465 | 7 |
| ENST00000869336 | 133,130,351–133,159,465 | 7 |
| ENST00000869337 | 133,130,351–133,159,465 | 7 |
| ENST00000869338 | 133,130,351–133,159,465 | 6 |
| ENST00000869339 | 133,130,351–133,159,465 | 7 |
| ENST00000915347 | 133,130,351–133,159,465 | 6 |
| ENST00000915348 | 133,130,351–133,159,465 | 6 |
| ENST00000915349 | 133,130,351–133,159,465 | 7 |
| ENST00000962635 | 133,130,351–133,159,465 | 7 |
| ENST00000962636 | 133,130,351–133,159,465 | 7 |
顯示 12/22 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF10 的蛋白質產物可能參與轉錄調控。此註解採用「可能」的表述,來源並未進一步說明其調控的基因、作用方向、細胞情境或具體分子機制,因此不能據此判定它會活化或抑制特定轉錄目標。
現有資料提供的是概括性的功能描述,未指出 ZNF10 參與哪些特定生物學過程,也未交代其轉錄調控作用如何發生。其 KRAB domain 與多個 zinc finger 的結構註解,以及與 TRIM28 的互作資料,分別描述蛋白質特徵和分子互作;但來源未直接說明這些資訊如何造成或調節轉錄效應。因此,對 ZNF10 功能的解讀應限於其可能參與轉錄調控,不延伸推定下游機制或生物學結果。
Promoter 與基因調控
>ZNF10 ENST00000248211 GRCh38 chr12:133129627-133130727 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TAGAAGAGAGACTGTGCTGTCCAAATTATTCATGAAGCTTGTAAAATCTTGTTAGTATAACGGGCAAGGA TAGTACACAAAAAGATTAAAACACAATCTTGTGAGCATAGGTGAAGTCAAAGGGAAACAGCCAATTGAAT ACACCAGAGTATTAAAGAAATAAAACCATATCGCATTCAACCACAGTATAAGGCAATAGGTGAAAAAAAC GATGGCTGTGATTCAACTCATTACTAGGTTTAGAGATTCAAGAGAGGCTGCTGGACAGAGGCGTGCACCC TTTAGCCCTCCCGTGTTGCTTAGAGAAGGAGGCAAACGCGCATCCCCGGCCCCCCAGCGCTCCCTGCGTG GCACCCGCAGCCAGCCCGGGACCCCTCCGCCCCGCGCGCCCCTGGTCCCCACTCGCTCCCCGCGCTCCAC TCGCACCCGGTAAGTAGCCCCTCCTCCCTCAAGGGCCTCTCCCACCGCCGCCTCCCGGGCAGGCTCCCTG CTGCTCAGACTCCCGTGAGGCGATCCCTGCACGCAGGAGAACTCAGCGGGCCAGGCTGATCCCACGAGGG ACTTGTCCCGGGTGAACGAGCCACAGGCCCGCATGCTCACCCGTCCTCAGTGCCTGCCTCCAGGCGTCCG CGGTCCCGCCCGAGGGGGACGCGAGGCCGAACTACGTTTCCCAGGAGCTCCTGCGCCGCCCCGCAGAGGG GCCTGGTCTGTGCGTCACGGACGCGCTCTGGGCCGAAGGCCCGCAGGGTCCGGCACAGAGTGGCGGCTGC GGCGCCGGCGACGAATCGCCGGCTCTAGGGTCCCGGGGCGCGCGGCTGACGGGCTGGGGGCGGAGCGTGG CCTGAACGCCAGGCTGGGGCGCGTGCGTAACGGTGTGTGTTGTGGGTGCGTGTGCGTGCGTTCGCAGCAG GGGCGGGCGTAGGACCAATGGGGGCGGGGCGCGTGCGCGTGCGTGACGTCAGGCCACGGGGAGGTGGCGC CGCCGTGCCGAGCCGGCCTCAGACTCACCTCTGACGCCGCTCTTCGCGCTCCGCTGGTGAATGGAGTCGC GTTCTCTGTTTTGCTGTTGCTGCTGCCTTTGTGACGGGATCGCTTTCTCCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF10_1 ↗ | 12:133,130,627 | 正股 | 133,130,578–133,130,637 |
| ZNF10_2 ↗ | 12:133,140,080 | 正股 | 133,140,031–133,140,090 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR12_BZFCN · enhancer · 133129558–133130262 · regulatory
ENSR12_536BGJ3 · CTCF_binding_site · 133130088–133130109 · regulatory
ENSR12_BZFCR · promoter · 133130263–133130994 · regulatory
ENSR12_93XSPQ · enhancer · 133130995–133131437 · regulatory
· motif · 133130090–133130106 · motif
· motif · 133130190–133130206 · motif
· motif · 133130339–133130355 · motif
· motif · 133130484–133130495 · motif
· motif · 133130484–133130495 · motif
· motif · 133130564–133130575 · motif
· motif · 133130564–133130575 · motif
· motif · 133130568–133130584 · motif
· motif · 133130570–133130581 · motif
· motif · 133130570–133130581 · motif
· motif · 133130577–133130590 · motif
· motif · 133130577–133130590 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:573 aa
Zinc finger protein 10 長 573 個胺基酸,屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其 N 端有 KRAB domain(第 14–85 位),另有 11 個 C2H2 型 zinc finger,分布於第 206–539 位;第 1 個與第 11 個 zinc finger 標註為 atypical,其餘為 C2H2-type。
蛋白質三維結構
細胞內定位
Zinc finger protein 10 定位於細胞核。 來源未提供其定位隨條件變化或異構型而異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- CARD10Q9BWT7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM28Q13263 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
ZNF10 透過 KRAB domain 與 TRIM28 互作;TRIM28 參與互作的區域為 RBCC domain。此資料支持兩者存在分子互作,但未提供更完整的複合體組成或該互作所造成的功能結果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZNF10 的蛋白質產物可能參與轉錄調控;這項註解僅指出可能的功能,未說明調控方向、特定目標或作用機制。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | ZNF10 透過 KRAB domain 與 TRIM28 互作,而 TRIM28 參與互作的區域為 RBCC domain。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | ZNF10 蛋白質定位於細胞核。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGACTCACCTCTGACGCCGCTCTTCGCGCTCCGCTGGTGA40ATGGAGTCGCGTTCTCTGTTTTGCTGTTGCTGCTGCCTTT80GTGACGGGATCGCTTTCTCCCATCGAACCTTCTAGTTGCT120TATTGCAGCTTTGTCTCCTCAGCACTCTGCTGTCACTCAA160GGAAGTATCATCAAGAACAAGGAGGGCATGGATGCTAAGT200CACTAACTGCCTGGTCCCGGACACTGGTGACCTTCAAGGA240TGTATTTGTGGACTTCACCAGGGAGGAGTGGAAGCTGCTG280GACACTGCTCAGCAGATCGTGTACAGAAATGTGATGCTGG320AGAACTATAAGAACCTGGTTTCCTTGGGTTATCAGCTTAC360TAAGCCAGATGTGATCCTCCGGTTGGAGAAGGGAGAAGAG400CCCTGGCTGGTGGAGAGAGAAATTCACCAAGAGACCCATC440CTGATTCAGAGACTGCATTTGAAATCAAATCATCAGTTTC480CAGCAGGAGCATTTTTAAAGATAAGCAATCCTGTGACATT520AAAATGGAAGGAATGGCAAGGAATGATCTCTGGTATTTGT560CATTAGAAGAAGTCTGGAAATGTAGAGACCAGTTAGACAA600GTATCAGGAAAACCCAGAGAGACATTTGAGGCAAGTGGCA640TTCACCCAAAAGAAAGTACTTACTCAGGAGAGAGTCTCTG680AAAGTGGTAAATATGGGGGAAACTGTCTTCTTCCTGCTCA720GCTAGTACTGAGAGAGTATTTCCATAAACGTGACTCACAT760ACTAAAAGTTTAAAACATGATTTAGTTCTTAATGGTCATC800AGGACAGTTGTGCAAGTAACAGTAATGAATGTGGTCAAAC840TTTCTGTCAAAACATTCACCTTATTCAGTTTGCAAGAACT880CACACAGGTGATAAATCCTACAAATGCCCTGATAATGACA920ACTCTCTTACTCATGGTTCATCTCTTGGTATATCAAAGGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。