演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

ZMYM4KIAA0425

zinc finger MYM-type containing 4

ZMYM4 編碼 zinc finger MYM-type containing 4,該蛋白質具有多個 MYM-type zinc finger,並與細胞形態及細胞骨架組織的調控有關。

Homo sapiens1p34.3UniProt Q5VZL5
OFFICIAL SYMBOL
ZMYM4
CHROMOSOME
1
UNIPROT
Q5VZL5
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

ZMYM4 是位於人類第 1 號染色體 1p34.3 的蛋白質編碼基因,正式名稱為 zinc finger MYM-type containing 4。其產物 Zinc finger MYM-type protein 4 長 1,548 個胺基酸,屬於含有 MYM-type zinc finger 的蛋白質;序列註解列出九個此類鋅指區域。蛋白質另有數段被註解為無序區。這些序列特徵構成 ZMYM4 產物的基本分子輪廓;現有資料未提供更詳細的結構或家族功能資訊。

Official symbol
ZMYM4
Gene name
zinc finger MYM-type containing 4
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:13055
UniProt
Q5VZL5
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
KIAA0425ZNF198L3MYMZNF262

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 11p34.3
chr1 · 248,956,422 bp · GRCh38chr1p36.33 · 1–2300000 · gnegchr1p36.32 · 2300001–5300000 · gpos25chr1p36.31 · 5300001–7100000 · gnegchr1p36.23 · 7100001–9100000 · gpos25chr1p36.22 · 9100001–12500000 · gnegchr1p36.21 · 12500001–15900000 · gpos50chr1p36.13 · 15900001–20100000 · gnegchr1p36.12 · 20100001–23600000 · gpos25chr1p36.11 · 23600001–27600000 · gnegchr1p35.3 · 27600001–29900000 · gpos25chr1p35.2 · 29900001–32300000 · gnegchr1p35.1 · 32300001–34300000 · gpos25chr1p34.3 · 34300001–39600000 · gnegchr1p34.2 · 39600001–43700000 · gpos25chr1p34.1 · 43700001–46300000 · gnegchr1p33 · 46300001–50200000 · gpos75chr1p32.3 · 50200001–55600000 · gnegchr1p32.2 · 55600001–58500000 · gpos50chr1p32.1 · 58500001–60800000 · gnegchr1p31.3 · 60800001–68500000 · gpos50chr1p31.2 · 68500001–69300000 · gnegchr1p31.1 · 69300001–84400000 · gpos100chr1p22.3 · 84400001–87900000 · gnegchr1p22.2 · 87900001–91500000 · gpos75chr1p22.1 · 91500001–94300000 · gnegchr1p21.3 · 94300001–99300000 · gpos75chr1p21.2 · 99300001–101800000 · gnegchr1p21.1 · 101800001–106700000 · gpos100chr1p13.3 · 106700001–111200000 · gnegchr1p13.2 · 111200001–115500000 · gpos50chr1p13.1 · 115500001–117200000 · gnegchr1p12 · 117200001–120400000 · gpos50chr1p11.2 · 120400001–121700000 · gnegchr1p11.1 · 121700001–123400000 · acenchr1q11 · 123400001–125100000 · acenchr1q12 · 125100001–143200000 · gvarchr1q21.1 · 143200001–147500000 · gnegchr1q21.2 · 147500001–150600000 · gpos50chr1q21.3 · 150600001–155100000 · gnegchr1q22 · 155100001–156600000 · gpos50chr1q23.1 · 156600001–159100000 · gnegchr1q23.2 · 159100001–160500000 · gpos50chr1q23.3 · 160500001–165500000 · gnegchr1q24.1 · 165500001–167200000 · gpos50chr1q24.2 · 167200001–170900000 · gnegchr1q24.3 · 170900001–173000000 · gpos75chr1q25.1 · 173000001–176100000 · gnegchr1q25.2 · 176100001–180300000 · gpos50chr1q25.3 · 180300001–185800000 · gnegchr1q31.1 · 185800001–190800000 · gpos100chr1q31.2 · 190800001–193800000 · gnegchr1q31.3 · 193800001–198700000 · gpos100chr1q32.1 · 198700001–207100000 · gnegchr1q32.2 · 207100001–211300000 · gpos25chr1q32.3 · 211300001–214400000 · gnegchr1q41 · 214400001–223900000 · gpos100chr1q42.11 · 223900001–224400000 · gnegchr1q42.12 · 224400001–226800000 · gpos25chr1q42.13 · 226800001–230500000 · gnegchr1q42.2 · 230500001–234600000 · gpos50chr1q42.3 · 234600001–236400000 · gnegchr1q43 · 236400001–243500000 · gpos75chr1q44 · 243500001–248956422 · gnegZMYM4pq1 bp248,956,422 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr1:35,268,664–35,423,213
Gene span
154,550 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000314607 ★35,268,709–35,422,05830
ENST0000093322435,268,664–35,423,21329
ENST0000093322535,268,664–35,423,21330
ENST0000093322635,268,664–35,423,21330
ENST0000114524135,268,664–35,423,21330
ENST0000102626835,268,697–35,423,21330
ENST0000044144735,269,033–35,359,2294
ENST0000045794635,361,705–35,422,05824

顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

ZMYM4 的蛋白質產物是細胞形態與細胞骨架組織調控所必需的因子。來源指出其功能與這兩項細胞層級特徵的調節相關,將 ZMYM4 定位在維持細胞外形及安排細胞骨架的生物學過程中。

細胞形態描述細胞的外形與組織狀態,細胞骨架則是細胞內部的結構組織。ZMYM4 與兩者調控相關,表示其功能涵蓋細胞結構狀態的調節,而非僅關聯單一形態特徵。資料將其描述為「必需」,支持其對此類調控具有必要性,但未指出必要性的實驗條件,也未說明此結論適用的細胞或研究系統。

現有功能資料沒有交代 ZMYM4 如何影響細胞骨架組織、是否直接作用於細胞骨架成分,或透過何種分子途徑調節細胞形態。因此可確認的功能範圍限於細胞形態與細胞骨架組織的調控,不宜進一步推定特定作用機制、互作對象或下游結果。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 35268709 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>ZMYM4 ENST00000314607 GRCh38 chr1:35267709-35268809 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
ACAGAAGAGGAATGAATGAAGCCCTCATTCTTTTCAGCGATTTTCAGCTTAGGACCCAGTTTTGGAACAA
GATAGACCCAAATCTACTTCCTGGTTTCCTGCTTAGAAATAAGATGCTTATCCTTTAAGGCAGATTGTCA
AGCTCCTTCAATAGAGGTGAATGAGGACACCCATCATCTGCAAATCATTACATCTTCACAAGAGAATTAT
GATATTCTCCAAATACCATGAAACTTCAATTTTTAATCTTCTAGGGATATCAAATTAAACCAAATTTATC
TCTCGCCTGAAGACAGCCTGGAGGACTGAGACTGTAATCTTGATTCCAACTCCACACCAGCCATTAGTTA
CATTGGGACAAATTCCTTCCCATGATCAGGCTGCAATTTTATCATTGGGAGCACTGGAGTAAATGGTTCC
CTAAGATCCTTCTCCATTTTGATGTTCTAAGGATAAATTACTATTGAAGAAATTATTTCCAGTTGTTGGT
TCAATCTTCAAAATCACCAAAAGCTTTGATTTTAAGGTGAGGTTATAGGAGTTGGCTCTTGATATTCTAT
GCCTTGTGCTTCAGAACAGGCAGTCGAAAGGGAGGAAAGTTGGTTTTCCTTGAGATGACTGTCTTGTTCC
CTCATTGGTTTGGGATTCTTCATGTTCAGAGGTCCACTGAGAACTTCAGCTTACCATGACTTTCCCTCTT
CAATGGTACCACTGTAGTCAGGTGTAAGATGGTGATGTGGAACCCTTCACTGACATTGCACCCAATTCTC
CAGATTGTCTTTCCAGTAATTTCTTTCATTTCTCCTTCATCCCTGCGTCATGGTCCCTTTAAGGGAGCGG
CCATAGTTGAGTGGTGGGAGCAGCTGCTGGCAGCAAAGAGACTTGCAGGATTTGGCCTACCCATGGCCAC
TTACCGCGCACGCTCAGGACCGGGGGCTTGGTGGGAAAGGAAGGAGGGACTTAGGGTGCGCCTGCGCATC
AGGGGCGCGCGCAAGGGGCTGATTTGGTGATCCCTTTAAGAAACCGCAGGCGGAGGAATTTCTCTGAGAG
AAAATAATCCTACTCACGGGGCCCCTTGGAGGCCATTAACCCCCCGAGTCC
ZMYM4 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR1_B8ZZ2 · enhancer · 35264858–35265517 · regulatory

ENSR1_9HZXZ · enhancer · 35268256–35268578 · regulatory

ENSR1_832ZX4 · promoter · 35268579–35268719 · regulatory

ENSR1_C5HHB · enhancer · 35268720–35269984 · regulatory

· motif · 35268623–35268634 · motif

· motif · 35268623–35268634 · motif

· motif · 35268675–35268686 · motif

· motif · 35268675–35268686 · motif

· motif · 35268729–35268737 · motif

· motif · 35268729–35268744 · motif

· motif · 35268840–35268853 · motif

· motif · 35268894–35268907 · motif

· motif · 35268965–35268978 · motif

· motif · 35268971–35268984 · motif

· motif · 35269045–35269055 · motif

· motif · 35269874–35269883 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:1548 aa

1 aa1548 aa功能區域鋅指
依 Q5VZL5 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

Zinc finger MYM-type protein 4 長 1,548 個胺基酸,序列註解包含九個 MYM-type zinc finger:第 1 至第 6 個位於胺基酸 362–631,第 7 至第 9 個位於 708–829。另有三段區域被註解為無序區,分別位於 162–189、1124–1183 與 1231–1260。

鋅指MYM-type 1362–402 aa
鋅指MYM-type 2414–457 aa
鋅指MYM-type 3464–499 aa
鋅指MYM-type 4510–544 aa
鋅指MYM-type 5554–592 aa
鋅指MYM-type 6600–631 aa
鋅指MYM-type 7708–742 aa
鋅指MYM-type 8749–788 aa
鋅指MYM-type 9795–829 aa
功能區域Disordered162–189 aa
功能區域Disordered1124–1183 aa
功能區域Disordered1231–1260 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q5VZL5…

AlphaFold · Q5VZL5

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 6 個夥伴 · 最多顯示 50 個
KIAA0425ZMYM4CTCFFHL2ROR2RUNX1T1UBQLN1OPTN
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能ZMYM4 對細胞形態的調節及細胞骨架組織的調控具有必要性。這筆敘述指出其功能涉及上述兩項細胞層級過程,但未提供研究系統、實驗操作、測量方式或具體結果,因此不宜推定其分子作用途徑或影響方向。含實驗來源
證據與來源

Required for regulation of cell morphology and cytoskeletal organization

PMID 21834987 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000314607 · 7,366 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GATTTGGTGATCCCTTTAAGAAACCGCAGGCGGAGGAATT40
41TCTCTGAGAGAAAATAATCCTACTCACGGGGCCCCTTGGA80
81GGCCATTAACCCCCCGAGTCCCGGCCCCCACCCCGTCCCC120
121GGGCAGGCCCTCCCGCCCACGCGCGGACCCGTGGGATCTC160
161AGAAGCTGCGGCCCGGCGCGCGGCATCCGCCCCCTCCCCA200
201CTCTCGGCGCAAGGCCCGGCCGGGTCCGGGGAAGCTGCCG240
241CGAGGCGGCCGTGCCTGCAGTGTGGGCGGGGGCCGGGGGG280
281CCGAGAGGTACCGCCGCCACCGCGCGGGGAGCCGCAGCGG320
321TTCCGAGCGGGGCCCAACATGGCGGAGAGAGAGGTGGAGT360
361CCGGCCCCCGAAAGAGGTTTGAACAAAAAAGTGGTGCAGT400
401TTTTGATGAAATTGTAGAGAACTGTGGTGGTATCATGGAT440
441ACAGAAATGTCTGAAGATATAGACCACAACTTAACTCCTA480
481CCCTTGACAGCATGTCTTATGGAATGCCGAATCAAACAGG520
521ATCTGAAAATTCATTGCTGGATGAAGATGATTATTTTTTG560
561AACTCTGGGGATCTTGCAGGAATTCCAGTCGTTGGTAGTG600
601ACAATGAGGATGAACAGGATTTTAGTTCAAAGGACAATCT640
641TGTTTCTTCAATTCATACTGATGATAGCTTGGAAGTAGAG680
681AGAAGAGTCACACAGCATGAATCAGACAATGAAAATGAAA720
721TACAAATTCAAAATAAGTTAAAAAAAGACTTTCCTAAACA760
761ATTTGATCAGGTTTCTGTCTTTAAATCAATACGGAAAGAT800
801TTTAGTCTAGTAAGAGAAAACAGCAAAGAGACATTTTCTG840
841GAAAGGAGAAAAATAGAGACCTAACTTATGAACGTGAAAA880
881ACGGTTGGATAAACCCCATAAAGATTTGGATTCAAGGTTG920
921AAAAGCAGTTTTTTTGATAAAGCAGCTAATCAAGTTGAAG960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。