基因總覽
ZMYM4 是位於人類第 1 號染色體 1p34.3 的蛋白質編碼基因,正式名稱為 zinc finger MYM-type containing 4。其產物 Zinc finger MYM-type protein 4 長 1,548 個胺基酸,屬於含有 MYM-type zinc finger 的蛋白質;序列註解列出九個此類鋅指區域。蛋白質另有數段被註解為無序區。這些序列特徵構成 ZMYM4 產物的基本分子輪廓;現有資料未提供更詳細的結構或家族功能資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000314607 ★ | 35,268,709–35,422,058 | 30 |
| ENST00000933224 | 35,268,664–35,423,213 | 29 |
| ENST00000933225 | 35,268,664–35,423,213 | 30 |
| ENST00000933226 | 35,268,664–35,423,213 | 30 |
| ENST00001145241 | 35,268,664–35,423,213 | 30 |
| ENST00001026268 | 35,268,697–35,423,213 | 30 |
| ENST00000441447 | 35,269,033–35,359,229 | 4 |
| ENST00000457946 | 35,361,705–35,422,058 | 24 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZMYM4 的蛋白質產物是細胞形態與細胞骨架組織調控所必需的因子。來源指出其功能與這兩項細胞層級特徵的調節相關,將 ZMYM4 定位在維持細胞外形及安排細胞骨架的生物學過程中。
細胞形態描述細胞的外形與組織狀態,細胞骨架則是細胞內部的結構組織。ZMYM4 與兩者調控相關,表示其功能涵蓋細胞結構狀態的調節,而非僅關聯單一形態特徵。資料將其描述為「必需」,支持其對此類調控具有必要性,但未指出必要性的實驗條件,也未說明此結論適用的細胞或研究系統。
現有功能資料沒有交代 ZMYM4 如何影響細胞骨架組織、是否直接作用於細胞骨架成分,或透過何種分子途徑調節細胞形態。因此可確認的功能範圍限於細胞形態與細胞骨架組織的調控,不宜進一步推定特定作用機制、互作對象或下游結果。
Promoter 與基因調控
>ZMYM4 ENST00000314607 GRCh38 chr1:35267709-35268809 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACAGAAGAGGAATGAATGAAGCCCTCATTCTTTTCAGCGATTTTCAGCTTAGGACCCAGTTTTGGAACAA GATAGACCCAAATCTACTTCCTGGTTTCCTGCTTAGAAATAAGATGCTTATCCTTTAAGGCAGATTGTCA AGCTCCTTCAATAGAGGTGAATGAGGACACCCATCATCTGCAAATCATTACATCTTCACAAGAGAATTAT GATATTCTCCAAATACCATGAAACTTCAATTTTTAATCTTCTAGGGATATCAAATTAAACCAAATTTATC TCTCGCCTGAAGACAGCCTGGAGGACTGAGACTGTAATCTTGATTCCAACTCCACACCAGCCATTAGTTA CATTGGGACAAATTCCTTCCCATGATCAGGCTGCAATTTTATCATTGGGAGCACTGGAGTAAATGGTTCC CTAAGATCCTTCTCCATTTTGATGTTCTAAGGATAAATTACTATTGAAGAAATTATTTCCAGTTGTTGGT TCAATCTTCAAAATCACCAAAAGCTTTGATTTTAAGGTGAGGTTATAGGAGTTGGCTCTTGATATTCTAT GCCTTGTGCTTCAGAACAGGCAGTCGAAAGGGAGGAAAGTTGGTTTTCCTTGAGATGACTGTCTTGTTCC CTCATTGGTTTGGGATTCTTCATGTTCAGAGGTCCACTGAGAACTTCAGCTTACCATGACTTTCCCTCTT CAATGGTACCACTGTAGTCAGGTGTAAGATGGTGATGTGGAACCCTTCACTGACATTGCACCCAATTCTC CAGATTGTCTTTCCAGTAATTTCTTTCATTTCTCCTTCATCCCTGCGTCATGGTCCCTTTAAGGGAGCGG CCATAGTTGAGTGGTGGGAGCAGCTGCTGGCAGCAAAGAGACTTGCAGGATTTGGCCTACCCATGGCCAC TTACCGCGCACGCTCAGGACCGGGGGCTTGGTGGGAAAGGAAGGAGGGACTTAGGGTGCGCCTGCGCATC AGGGGCGCGCGCAAGGGGCTGATTTGGTGATCCCTTTAAGAAACCGCAGGCGGAGGAATTTCTCTGAGAG AAAATAATCCTACTCACGGGGCCCCTTGGAGGCCATTAACCCCCCGAGTCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_B8ZZ2 · enhancer · 35264858–35265517 · regulatory
ENSR1_9HZXZ · enhancer · 35268256–35268578 · regulatory
ENSR1_832ZX4 · promoter · 35268579–35268719 · regulatory
ENSR1_C5HHB · enhancer · 35268720–35269984 · regulatory
· motif · 35268623–35268634 · motif
· motif · 35268623–35268634 · motif
· motif · 35268675–35268686 · motif
· motif · 35268675–35268686 · motif
· motif · 35268729–35268737 · motif
· motif · 35268729–35268744 · motif
· motif · 35268840–35268853 · motif
· motif · 35268894–35268907 · motif
· motif · 35268965–35268978 · motif
· motif · 35268971–35268984 · motif
· motif · 35269045–35269055 · motif
· motif · 35269874–35269883 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:1548 aa
Zinc finger MYM-type protein 4 長 1,548 個胺基酸,序列註解包含九個 MYM-type zinc finger:第 1 至第 6 個位於胺基酸 362–631,第 7 至第 9 個位於 708–829。另有三段區域被註解為無序區,分別位於 162–189、1124–1183 與 1231–1260。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
- CTCFP49711 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FHL2Q14192 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ROR2A1L4F5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RUNX1T1Q06455-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBQLN1Q9UMX0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- OPTNQ96CV9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZMYM4 對細胞形態的調節及細胞骨架組織的調控具有必要性。這筆敘述指出其功能涉及上述兩項細胞層級過程,但未提供研究系統、實驗操作、測量方式或具體結果,因此不宜推定其分子作用途徑或影響方向。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GATTTGGTGATCCCTTTAAGAAACCGCAGGCGGAGGAATT40TCTCTGAGAGAAAATAATCCTACTCACGGGGCCCCTTGGA80GGCCATTAACCCCCCGAGTCCCGGCCCCCACCCCGTCCCC120GGGCAGGCCCTCCCGCCCACGCGCGGACCCGTGGGATCTC160AGAAGCTGCGGCCCGGCGCGCGGCATCCGCCCCCTCCCCA200CTCTCGGCGCAAGGCCCGGCCGGGTCCGGGGAAGCTGCCG240CGAGGCGGCCGTGCCTGCAGTGTGGGCGGGGGCCGGGGGG280CCGAGAGGTACCGCCGCCACCGCGCGGGGAGCCGCAGCGG320TTCCGAGCGGGGCCCAACATGGCGGAGAGAGAGGTGGAGT360CCGGCCCCCGAAAGAGGTTTGAACAAAAAAGTGGTGCAGT400TTTTGATGAAATTGTAGAGAACTGTGGTGGTATCATGGAT440ACAGAAATGTCTGAAGATATAGACCACAACTTAACTCCTA480CCCTTGACAGCATGTCTTATGGAATGCCGAATCAAACAGG520ATCTGAAAATTCATTGCTGGATGAAGATGATTATTTTTTG560AACTCTGGGGATCTTGCAGGAATTCCAGTCGTTGGTAGTG600ACAATGAGGATGAACAGGATTTTAGTTCAAAGGACAATCT640TGTTTCTTCAATTCATACTGATGATAGCTTGGAAGTAGAG680AGAAGAGTCACACAGCATGAATCAGACAATGAAAATGAAA720TACAAATTCAAAATAAGTTAAAAAAAGACTTTCCTAAACA760ATTTGATCAGGTTTCTGTCTTTAAATCAATACGGAAAGAT800TTTAGTCTAGTAAGAGAAAACAGCAAAGAGACATTTTCTG840GAAAGGAGAAAAATAGAGACCTAACTTATGAACGTGAAAA880ACGGTTGGATAAACCCCATAAAGATTTGGATTCAAGGTTG920AAAAGCAGTTTTTTTGATAAAGCAGCTAATCAAGTTGAAG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。