基因總覽
ZKSCAN8 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 zinc finger with KRAB and SCAN domains 8。其產物屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族;現有功能註解指出,它可能參與轉錄調控,但未提供更具體的調控對象或作用方式。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000330236 ★ | 28,141,883–28,159,460 | 6 |
| ENST00000885351 | 28,141,732–28,160,205 | 6 |
| ENST00000457389 | 28,141,831–28,160,205 | 7 |
| ENST00000885352 | 28,141,831–28,160,205 | 4 |
| ENST00000885353 | 28,141,831–28,160,205 | 6 |
| ENST00000948324 | 28,141,831–28,160,205 | 7 |
| ENST00000948325 | 28,141,831–28,160,205 | 7 |
| ENST00001135626 | 28,141,831–28,160,205 | 6 |
| ENST00000918693 | 28,147,983–28,160,205 | 5 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZKSCAN8 的蛋白質產物可能參與轉錄調控。現有註解僅指出這項可能功能,未進一步說明其調控的基因、作用方向、分子機制或所涉及的生物學過程,因此不能據此判定它如何影響特定轉錄事件。
Promoter 與基因調控
>ZKSCAN8 ENST00000330236 GRCh38 chr6:28140883-28141983 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACCAGCCTGGGCAACATAGTGAGACCCCCGCCCCGCCCCGCCACCCCGTTTCTACAAATTTTCTTTTTTA AGCTGAGGGTGGTGCACACCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGGGGCTAAGGTGGGAAGACTGCTTGAGCCCA GAAGGTTGAGTCTGCCGTGAGCTATGATCACACCACTACACTCTGCAATAGAGACCCTGTCTCAAAAAAA AAAAAAAAAGGCAAAAAAAGAAAAAAAGACTAACAAAGAAAGAATGAACATAGATTTGTTCCCCATATCT TGTGGTATTAAACCTAGGGTCTACTCTTCAAGCTTACATCATAGGTTTAGCATTAAAACAGCTAAGCAGC AAAGCAGATGCTGTAAGCGATAGAAATTCATTAAGATAGGAAAGAGTGGGAAATATGTAAAGATCCAAAA AGAATATATATTTAATTACGATTTTTTTGAATACTTAATAAAATATGCTATTCCTAAGTGCCATGCCATA GGGATTTCACAAAACTATGAACTGTGATTAGCAGGAATTCCTCATGAAGTTTGTACTCTATGTGAGAGGT CTGGATATGTTTATGAATCGAGAACAGTAAAGTACAGGGTATGTAACGGAGCCAAACGCGAATCCAGTTG GAATCCTAAGGATCCATGAAGTGCTCCCTCCTCCAACACTTTCCCAGCCTCCTATTCACAGCTCCAGCCT CCCCACGTCCGATATCTACCCCCAGGGGACCGTTACTATTGACAGCGAGCGCGCGGAGCTGCATGGGCAC ACAAGGCGGAGGGGACACCAAGGTCCGTTATTCCCCAGCACGTTCACTGCCCCAGCGACAGCGCAAGCCT GAGGCACGCAGACGCGGGAGGAACCCGAGGCACAGCACACAGCAGGTGAGGGGCGTGGTACTCCGGTACC CTCAGTCGGCCGACCATAGAGCTTGTAGACCTCCAGGACTCCTAGAGAGCTTCCGGAAGTGCCTTTGGGG CAAGATGCGTGCTGGCCGGTGTTGTGCCTCCGCAGATTTAGAAGTTAGTGGCCGGAGGGGCCTGGTCCGA GTACAGCTTTCATCGCCTTTACTCCCCGACCTTCCTTCGAGTCTGTTTATC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZKSCAN8_2 ↗ | 6:28,141,621 | 正股 | 28,141,572–28,141,631 |
| ZKSCAN8_1 ↗ | 6:28,141,883 | 正股 | 28,141,834–28,141,893 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR6_C4RDD · promoter · 28136770–28137809 · regulatory
ENSR6_B7KRF · promoter · 28141393–28141948 · regulatory
ENSR6_B7KRH · enhancer · 28141949–28142681 · regulatory
· motif · 28137080–28137097 · motif
· motif · 28137089–28137104 · motif
· motif · 28137751–28137764 · motif
· motif · 28137800–28137809 · motif
· motif · 28137800–28137811 · motif
· motif · 28137800–28137811 · motif
· motif · 28137800–28137813 · motif
· motif · 28137934–28137947 · motif
· motif · 28138102–28138115 · motif
· motif · 28139780–28139791 · motif
· motif · 28141599–28141612 · motif
· motif · 28141599–28141612 · motif
· motif · 28141600–28141613 · motif
· motif · 28141600–28141613 · motif
· motif · 28141842–28141853 · motif
· motif · 28141842–28141853 · motif
· motif · 28141844–28141853 · motif
· motif · 28142064–28142079 · motif
· motif · 28146717–28146726 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:578 aa
ZKSCAN8 蛋白長 578 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族。蛋白質包含 SCAN box(第 51–133 位)、KRAB 區域(第 220–316 位),以及九個 C2H2-type zinc finger(第 322–568 位,分布為連續區段)。另有兩段被註記為無序區,分別位於第 1–20 位及第 158–205 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZKSCAN8 蛋白質被註記位於細胞核;此定位註解未提供不同條件下的變化或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 23 個夥伴
- CHD3Q12873 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- DMWDG5E9A7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ELAVL4P26378-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRNP28799 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HLA-AQ5SUL5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- KAT5Q92993 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KIF1BO60333-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMNAP02545 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMO3Q8TAP4-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MAGOHP61326 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NEFLP07196 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NF2P35240 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PPIAP62937-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRPS1P60891 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RNF11Q9Y3C5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SETDB1Q15047-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPRED1Q7Z699 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TCEA2Q15560 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- WFS1O76024 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- YWHAGP61981 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF444Q8N0Y2-2 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ZNF587Q96SQ5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GTTGTGCCTCCGCAGATTTAGAAGTTAGTGGCCGGAGGGG40CCTGGTCCGAGTACAGCTTTCATCGCCTTTACTCCCCGAC80CTTCCTTCGAGTCTGTTTATCCGTTGCAGCCTCCCTTCCC120CACGACGGGGCGCCTCTGCAACTCACAAAGTACCCTTAGA160AAGAGGCCCTCAGAAGAGTCTTCTCTTAAGAAGATAAAGA200AGGTAGTGGAAACGAACTTCCTGAGCTTTTCAGGCTCTAA240TGGCTGAAGAATCAAGAAAGCCTTCAGCCCCATCCCCACC280AGACCAGACTCCTGAAGAGGATCTTGTAATCGTCAAGGTA320GAGGAGGATCATGGTTGGGACCAGGAATCTAGTCTGCATG360AAAGTAACCCTCTTGGCCAAGAAGTGTTCCGCCTGCGCTT400CAGGCAGTTACGCTACCAGGAGACACTAGGACCCCGAGAA440GCTCTGATCCAACTACGGGCCCTTTGCCATCAGTGGCTGA480GGCCAGATTTGAACACCAAGGAACAGATCCTGGAGCTGCT520GGTGCTGGAGCAGTTCTTGACCATCCTACCTGAGGAGCTC560CAGACACTGGTTAAGGAACATCAGCTAGAGAACGGAGAGG600AGGTGGTGACCCTATTAGAGGATTTGGAAAGGCAGATTGA640TATACTAGGACGACCAGTCTCAGCTCGCGTACATGGACAT680AGGGTACTCTGGGAGGAGGTAGTACATTCAGCATCTGCAC720CAGAGCCTCCAAATACTCAGCTCCAATCTGAGGCAACCCA760ACATAAATCTCCAGTGCCCCAAGAGTCACAAGAGAGAGCC800ATGTCTACTTCCCAGAGTCCTACTCGTTCCCAGAAAGGAA840GTTCTGGAGACCAGGAAATGACAGCTACACTTCTCACAGC880AGGGTTCCAGACTTTGGAGAAGATTGAAGACATGGCTGTG920TCCCTTATTCGAGAGGAGTGGCTTCTTGATCCATCACAGA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。