基因總覽
ZKSCAN7(zinc finger with KRAB and SCAN domains 7)是蛋白質編碼基因。現有資料將其產物歸入 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族,並指出它可能參與轉錄調控;此功能描述仍屬可能性,資料未進一步說明其作用機制。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000426540 ★ | 44,555,193–44,572,158 | 6 |
| ENST00000431636 | 44,555,193–44,583,483 | 6 |
| ENST00000341840 | 44,555,193–44,583,483 | 6 |
| ENST00000273320 | 44,555,193–44,572,158 | 6 |
| ENST00000896017 | 44,555,193–44,572,161 | 6 |
| ENST00000896018 | 44,555,193–44,572,158 | 6 |
| ENST00000896019 | 44,555,193–44,572,155 | 4 |
| ENST00000932839 | 44,555,193–44,572,159 | 4 |
| ENST00000946797 | 44,555,193–44,572,158 | 4 |
| ENST00000946798 | 44,555,193–44,572,157 | 4 |
| ENST00000946799 | 44,555,193–44,572,156 | 4 |
| ENST00000946800 | 44,555,193–44,572,157 | 4 |
顯示 12/18 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZKSCAN7 的蛋白質可能參與轉錄調控。現有功能註解僅指出這項可能性,未提供具體調控方式、作用對象或相關生物學過程,因此尚不能據此判定其如何影響基因表現,也不宜將此描述視為已確立的機制。
Promoter 與基因調控
>ZKSCAN7 ENST00000426540 GRCh38 chr3:44554193-44555293 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAAGATTGCTCCAAGAGATTACTTTTAAGCTTGTGGAAACTCTGGAGCAGGACTTCTGGTGTCTTTGTTT CTATCTTGGCTCACACAGATATATGAGGAACATATGTCAGGGCCAGGGTTAGGCCCAGGGCACCTTTGAA ATATTGCCATCCCTAGACAGTCCAGGAGACTGTTTACTTTGGGCCCTGTAAAGGACCTATCTCCTGTGCT ATAATAAAGATACACAGTTAACTTCATCACACCCTTTGCCCTTCACCCGTGGTCATTAACACACAGGGCC TGCTCAACCATGTTTGTAACAAGGACCAGTTCATATCCTCCTTCTGTATGCAAACCATTCTTCAAAGTGA AAGTCACCTGGGTACCACCTGCCACCCAGAGGCTAGACAACTGCCTACTAGGTTACAAACTGTCCCCACA CCTTCTCAGTTTATCTGCTTCTTGGTCTCCCTAGGAACCTCTACATGGACACCAGAATGCTGGTGCTGTC TTACGAAATATTAACCACATTTATGGGCCAAAATATCACAATTTCTAGACATGCTTCTTCATTTTTAAGA TGGGAGATGCTTGCTGCTCCCTTCACTGAGACTTCAGATTGGGCATCACACATGGTATAACTGACTGCTC AGGATATGCCAGGCCTTTTGCTATGTAGTGTCTGTTAACCTCATGCGGTGCTCCCAGCCCTGTGAGGTAC GCATTATGCTCTGCATTTTTTTCAGATGAGAAAACAGGCTTGGAGGTTGGGTATCTTTCCCAAGGACACC TGGAGGAGAAGGTGTAGAGCTGGGACGCGTCTGGATCCCCCGACTATGGCCTGAGAGCGGGATGTGAGTG GCCTGGGCCCTCGCGAGACCCCGACCCCGCCCGCGGCAGGTGGCCGGGCACAGCCGAGAAGTAAGCCCTG CCAGCTCTCCCGGGTGCGGGGACGCGCGCGCCCACCTTCGCAAACGAGACTTCCGGGATCCCGGAGGGGG CGGAAGTCGAGGCCTCTCTCGCTTCCGGCTCGGCCATTGTTTTTGGTCTAACGGGCAGTAGAGTGTCCGG CTTCGGTGCCGAGTGCCACCGCGAGTGGGCCGAGACGCGGAGGGAGGCGCG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZKSCAN7_1 ↗ | 3:44,555,193 | 正股 | 44,555,144–44,555,203 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR3_BBSQ2 · promoter · 44554703–44555218 · regulatory
ENSR3_BBSQ5 · enhancer · 44555219–44556059 · regulatory
ENSR3_5DGXRQ · CTCF_binding_site · 44555337–44555358 · regulatory
· motif · 44555115–44555128 · motif
· motif · 44555150–44555159 · motif
· motif · 44555150–44555161 · motif
· motif · 44555150–44555161 · motif
· motif · 44555163–44555176 · motif
· motif · 44555169–44555180 · motif
· motif · 44555192–44555201 · motif
· motif · 44555192–44555203 · motif
· motif · 44555192–44555203 · motif
· motif · 44555339–44555355 · motif
· motif · 44555415–44555431 · motif
· motif · 44555445–44555462 · motif
· motif · 44555557–44555570 · motif
· motif · 44556004–44556012 · motif
· motif · 44556004–44556019 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:754 aa
ZKSCAN7 蛋白質長 754 個胺基酸,屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。其序列含有 SCAN box、KRAB 區域及多個 C2H2 型鋅指,其中第 11 個鋅指被註記為退化型;另有兩段區域預測為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
現有資料未提供定位變化的條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 10 個夥伴
- SCAND1P57086 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- ZKSCAN4Q969J2 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- ZNF446Q9NWS9-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZSCAN12O43309 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZSCAN21Q9Y5A6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- PGBD1Q96JS3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TCEANCQ8N8B7-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZKSCAN4A0A0S2Z6X0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZSCAN22P10073 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZSCAN23Q3MJ62 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GCTTCCGGCTCGGCCATTGTTTTTGGTCTAACGGGCAGTA40GAGTGTCCGGCTTCGGTGCCGAGTGCCACCGCGAGTGGGC80CGAGACGCGGAGGGAGGCGCGGCCGGAGCTCGGGTCGCCG120ACGCTGGCCAGGACCGCGCTTCTTCCCGGCGGCAGGCGGC160GCGGTCCCCGTGACTCTCAGAAGCCGCCCGATGTAGAGCC200GCTTCTTTGTCTCATACCCCTGACCATTCGTGCGTGGCAC240GGAGCCGGGTATCTGCGGGTACAGCGATGAACAGGGCAGA280CGTGGCCAGGCCACACTACCATCACCCCTTTCTCCAACCC320TGAAAAACAGTTCCTGAGACCTGAACTATTGACCATCATT360TTAATCGGACCAACTGCAGCTGTAACAAGCTTCTCTTTGG400GGTCACAATGACCACTGCAGGCAGGGGAAATTTAGGCCTC440ATCCCCAGGAGCACTGCTTTCCAGAAGCAAGAGGGGCGCC480TGACTGTGAAGCAGGAGCCAGCAAACCAGACCTGGGGGCA520GGGCAGCAGTCTCCAGAAGAACTATCCTCCTGTCTGCGAA560ATCTTCCGGCTACACTTCAGGCAATTGTGTTACCACGAGA600TGTCTGGGCCGCAGGAAGCATTGAGCCGGCTTCGGGAGCT640CTGCCGCTGGTGGCTCATGCCAGAGGTGCACACCAAGGAG680CAGATCCTGGAGCTGCTGGTGCTTGAGCAGTTCCTGAGCA720TCCTCCCTGGGGAGCTCCGGACCTGGGTGCAGCTGCATCA760CCCTGAGAGTGGTGAGGAGGCTGTGGCTGTGGTGGAGGAT800TTCCAGAGACACCTCAGTGGATCAGAGGAGGTTTCAGCCC840CAGCACAGAAACAGGAAATGCATTTTGAGGAGACAACAGC880TCTGGGTACAACAAAGGAATCTCCTCCTACCTCACCCCTC920AGTGGGGGCTCAGCCCCTGGAGCCCACCTGGAGCCTCCTT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。