基因總覽
ZKSCAN5 是人類的蛋白質編碼基因,正式名稱為 zinc finger with KRAB and SCAN domains 5。現有資料未提供其轉錄本或蛋白質的基本性質、家族歸屬與結構細節;目前僅有可能參與轉錄調控的概括性註記,不能據此進一步確定其調控方式或生物學作用。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000326775 ★ | 99,504,662–99,534,700 | 7 |
| ENST00000451158 | 99,504,634–99,535,360 | 7 |
| ENST00000864576 | 99,504,634–99,535,360 | 7 |
| ENST00000864577 | 99,504,634–99,535,360 | 7 |
| ENST00000925940 | 99,504,634–99,535,360 | 5 |
| ENST00000925941 | 99,504,634–99,535,360 | 5 |
| ENST00000925942 | 99,504,634–99,535,360 | 5 |
| ENST00000925943 | 99,504,634–99,535,360 | 7 |
| ENST00000970506 | 99,504,634–99,535,360 | 7 |
| ENST00001018732 | 99,504,634–99,535,360 | 5 |
| ENST00001106867 | 99,504,634–99,527,390 | 6 |
| ENST00001134851 | 99,504,634–99,535,360 | 7 |
顯示 12/30 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZKSCAN5 的功能註記指出,它可能參與轉錄調控。這項描述帶有不確定性,表示目前資料僅提示其與轉錄調控相關,並未確認它在此過程中的具體作用,也未說明調控的基因、作用方向或分子機制。
Promoter 與基因調控
>ZKSCAN5 ENST00000326775 GRCh38 chr7:99503662-99504762 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGGCTGGGGCCTGGAAACTATAAAGCACCATATGAAAAGGAGAGCACTGGGAGGTCGATGCGGGCGCATC ACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGGGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAA TAAGCCGGGCGTGGTGAGTGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCGAAAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCCCGAA CCTGGGAGCAGAGGTTACAGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGGGACAACGAGACTCC GTCTCAAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAACGGGAGATTATTACTAAGAGATGGGGTCTCACTATGTT GCCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGCGATCCCGGCTCACTGCATCCTCAGCCTCCCGGGTCCAAGTGATTCT CCTGCCTCAGCCTCCCAAGTGGCTGAGATTACAGGCTCGCGCCACCACGCCCAGCTAAGTTTTTGTATTT TTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGGCCTCAGGTGATCCACCCA CCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGCATTACAGGTGTGAGTCACCGAGCCCGGCCAAGGGAGGGTATTTCTAA TAGACAGGGGTCTCGCTATGTTGCCCGAGCTGGTCTCGAACTCTTGGGCTCAAGCGATCCTGCTTCTTCA GCCTGTCCACTAGCTAGGCTTACAAGCGTGGGACCCCGCGCCTGGCTGAAGAGAGGTATCATTAAGGACG AGACCCCCTTGGCCAGGGAAGCCCTGCGTAAGCAACGCCCCTCTCTTCAAAGGGATGCCCCGCTCCCTCC GCCCACTCCCAGCCTTCCAGCCTTGGCTCCCGAGGACACGACTCCGGGCCCTGCCACCTTCTGATAGGCT CGCGAGACCGAGGCTGCAAAGAGAGCCGCCCCCCATTGGCCAACCGGCGAGTCCCGCGCGCCACCTCCTG GGAGATGTAGTTCCGGGAACAGCTGGCCCCTGCGACTCGCGGGTGTGACGTTGAAGATGTCGGCCTTCTG AGCCGACTGCGGTGGTCAAGAGGTGGGTTTGTTTGGAAAGTGGGTGGTGAG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZKSCAN5_4 ↗ | 7:99,499,900 | 正股 | 99,499,851–99,499,910 |
| ZKSCAN5_3 ↗ | 7:99,504,675 | 正股 | 99,504,626–99,504,685 |
| ZKSCAN5_1 ↗ | 7:99,504,990 | 正股 | 99,504,941–99,505,000 |
| ZKSCAN5_2 ↗ | 7:99,505,260 | 正股 | 99,505,211–99,505,270 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:839 aa
ZKSCAN5 蛋白長 839 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族。序列註解包含 SCAN box(51–132)與 KRAB(218–291),另有 13 個 C2H2 型鋅指註解,其中第 11 個標示為 atypical。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZKSCAN5 的定位註記為細胞核;資料未提供定位改變的條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- ATXN10Q9UBB4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GFAPP14136 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GLE1Q53GS7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPRED1Q7Z699 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SUV39H1O43463 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AGCTGGCCCCTGCGACTCGCGGGTGTGACGTTGAAGATGT40CGGCCTTCTGAGCCGACTGCGGTGGTCAAGAGTGTAACAC80AGCCAGCCTCGAAGACTTCCCTCTGAGTTGGAATGATAAT120GACCGAATCCCGAGAAGTTATAGACTTAGACCCCCCAGCT160GAGACTTCCCAGGAGCAGGAAGACCTTTTCATAGTGAAGG200TGGAAGAAGAAGACTGCACCTGGATGCAGGAGTACAACCC240GCCAACGTTTGAGACTTTTTACCAGCGCTTCAGGCACTTC280CAGTACCATGAGGCTTCAGGACCCCGGGAGGCTCTCAGCC320AACTCCGGGTGCTCTGCTGTGAGTGGCTGAGGCCCGAGCT360GCACACGAAGGAGCAGATCCTGGAGCTGCTGGTGCTGGAG400CAGTTCCTGACCATCCTGCCTGAAGAGTTCCAGCCCTGGG440TGAGGGAACATCACCCTGAAAGTGGAGAAGAGGCGGTGGC480CGTGATAGAAAATATACAGCGAGAACTTGAGGAACGCAGA520CAGCAGATTGTTGCCTGCCCTGATGTGCTTCCTCGGAAGA560TGGCAACACCTGGAGCAGTGCAGGAGTCCTGCAGCCCCCA600TCCCCTGACCGTGGACACCCAGCCTGAGCAAGCGCCACAG640AAGCCTCGTCTCCTGGAGGAAAATGCCCTTCCTGTTCTCC680AAGTTCCTTCCCTTCCCCTGAAGGACAGCCAGGAGCTGAC720AGCTTCACTTCTCTCAACTGGGTCCCAGAAGTTGGTGAAA760ATTGAAGAGGTGGCTGATGTGGCTGTATCCTTCATCCTGG800AGGAATGGGGGCATTTGGACCAGTCCCAGAAGTCCCTTTA840TAGGGATGACAGGAAGGAGAACTATGGGAGTATTACTTCC880ATGGGTTATGAGTCCAGGGACAATATGGAGCTCATAGTGA920AGCAGATTTCTGATGACTCTGAATCACACTGGGTGGCGCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。