基因總覽
ZKSCAN3 是蛋白質編碼基因，正式名稱為 zinc finger with KRAB and SCAN domains 3。其產物屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族，是一種轉錄因子；來源資料指出，它既可抑制特定基因的表現，也可促進轉錄。名稱中的 KRAB 與 SCAN 指向其蛋白質相關結構特徵，鋅指則與其 DNA 結合角色相符。其轉錄調節作用涉及自噬、溶酶體生合成與功能，以及腫瘤細胞的進展或移動。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000252211 ★ | 28,349,947–28,369,172 | 6 |
| ENST00000881832 | 28,349,911–28,367,561 | 6 |
| ENST00000935004 | 28,349,911–28,366,747 | 7 |
| ENST00001006041 | 28,349,911–28,366,746 | 6 |
| ENST00001082839 | 28,349,911–28,367,558 | 6 |
| ENST00001125519 | 28,349,911–28,367,560 | 5 |
| ENST00000377255 | 28,349,931–28,369,170 | 7 |
| ENST00001006040 | 28,349,931–28,369,186 | 6 |
| ENST00001082840 | 28,349,931–28,366,754 | 7 |
| ENST00001082841 | 28,349,931–28,366,745 | 6 |
| ENST00001125518 | 28,349,931–28,369,174 | 6 |
| ENST00001125520 | 28,349,931–28,366,762 | 5 |
顯示 12/17 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZKSCAN3 的蛋白質產物是轉錄因子，可辨識並結合共識序列 5'-[GT][AG][AGT]GGGG-3'，藉此調節目標基因的轉錄。它對自噬相關基因具有抑制作用，也會抑制參與溶酶體生合成或功能的基因表現；來源列出的例子包括 MAP1LC3B、ULK1 與 WIPI2。這些結果將 ZKSCAN3 的轉錄調控角色連結至細胞自噬和溶酶體相關過程。
ZKSCAN3 也被報告與 ITGB4 和 VEGF 啟動子處的染色質相關，顯示其作用不只限於抑制自噬相關基因。在不同腫瘤及骨髓瘤中，它還可作為轉錄活化因子，並促進癌細胞進展及／或移動。因此，ZKSCAN3 的轉錄作用會因目標基因與生物學情境而異：一方面抑制自噬及溶酶體相關基因，另一方面在腫瘤相關情境中促進轉錄，並與癌細胞的進展或移動相連。來源未進一步界定這些不同作用之間的分子條件。
Promoter 與基因調控
>ZKSCAN3 ENST00000252211 GRCh38 chr6:28348947-28350047 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCTCATATACATAGGTGTATATACATGTCTCATATACATAGGTGTATATACATGTCTCATATACATAGGT GTATATACATGTCTCATATACATAGGTGTATATACATGTCTCATATACATAGGTGTATATACATGTCTCA TATACATAGGTGTATATACATGTCTCATATACATAGGTGTATATATATGTCTCATATATAGGTGTATATA TATGTCTCATATATATAGGTGTATATATATGTCTCATATATATAGGTGTATATATATGTCTCATATATAT AGGTGTATATATATGTCTCATATATATAGGTATATATTTCAACTACTTATCCCTAATGAATAAAGTTACT AATGTTTCCATTCAGGTATCTTTTGTAAGTATTTGCTTCTGTGATAGATGTCTTTTAAAAATTCTATTTT TATAATTTTGATGGAGAATGTGATTGTGAACATGAATTTTAAAAAGTCCAGCCAACTTGCTAAACTCTCT TATTAATCATCATAATTTGAGTGTTAGATTATCTTGGATTTTTTATGTAAACCACGCAGCATGTTCCTTA AAATTTATGTATTTAGAATTCATATTCTAATTAGGCAATGCAATCAACTCTAAAATTAAAAGTACATTTA AAACATGCACCCTAACACTTTCCTTCTCACTCTTGTCCCCGTTTTCACTCAGTTTCTGACCGTTCACCTC TCGTAGGTAACCACCATTATTAATTTTCCGATTTTTCCAGGGCTTCTTTGTGCCACACACGCACACATAA TTTAGATTCTTTTTACTCTCTTCTATTCGCAAATATAGCAAATTATGAAAATAATTCTGCACCTTGCCTT TCTCCCTTAGTTATAGCTGGAAAAATAAAAATTTAAAAGCCTCTTTAATAGCAAAAGGGGAGGGGACACA AGGTGCCGAGCTAGCAAACGACAGAGTCTGTCAGGGAGGTGGCTAGAGAGGCCCGGAAGTGGCTTCTGTG CCCCGCCCTGCGGGTGGTTTGCTAGTTTCAAGCACTTTGTGAGTATGGGGTGAATCGGCGTCGGCCTTCC ACTGTGGGGTTAAATCTCATCCCGCGGCTCTCCTCCTGTCGGTCCTGCAGT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZKSCAN3_1 ↗ | 6:28,349,950 | 正股 | 28,349,901–28,349,960 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_9F8S3 · promoter · 28349583–28349960 · regulatory
ENSR6_58N34C · CTCF_binding_site · 28349848–28349869 · regulatory
ENSR6_B7LWL · enhancer · 28349961–28350695 · regulatory
ENSR6_9F8T9 · enhancer · 28353809–28354184 · regulatory
ENSR6_9F8TF · promoter · 28354185–28354685 · regulatory
· motif · 28349655–28349665 · motif
· motif · 28349842–28349852 · motif
· motif · 28349850–28349866 · motif
· motif · 28349906–28349917 · motif
· motif · 28349906–28349917 · motif
· motif · 28349908–28349917 · motif
· motif · 28350490–28350505 · motif
· motif · 28350490–28350505 · motif
· motif · 28354170–28354181 · motif
· motif · 28354321–28354332 · motif
在多發性骨髓瘤、結直腸癌與前列腺癌等多種腫瘤中，ZKSCAN3 蛋白質被報告有過度表現；此處描述的是蛋白質層級的表現情形。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：538 aa
ZKSCAN3 蛋白質長 538 個胺基酸，屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。其序列含 SCAN box（第 46–128 位）及 KRAB 區域（第 214–274 位），並有七個 C2H2 型鋅指，分布於第 314–336、342–364、370–392、398–420、426–448、480–502 與 508–530 位。第 226–274 位另註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZKSCAN3 主要位於細胞核；在飢餓條件下會轉移至細胞質，使自噬及溶酶體生合成／功能相關目標基因得以表現。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 16 個夥伴
- EIF2S3P41091 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FKBP1AQ0VDC6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GFAPP14136 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GOLGA6L9A6NEM1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSPA2P54652 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IHO1Q8IYA8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- JPH3Q8WXH2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LZTS2Q9BRK4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MDM4O15151 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MEOX2Q6FHY5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PDE4DIPQ5VU43-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PMP22A0A6Q8PF08 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SARS1P49591 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SCAND1P57086 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRAF2Q12933 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZKSCAN3 是可結合共識序列 5'-[GT][AG][AGT]GGGG-3' 的轉錄因子，會抑制自噬及溶酶體生合成／功能相關基因（包括 MAP1LC3B、ULK1、WIPI2）的表現；它也與 ITGB4、VEGF 啟動子處的染色質相關，並可在多種腫瘤及骨髓瘤中促進轉錄、癌細胞進展及／或移動。 | 含實驗來源 | 證據與來源Transcriptional factor that binds to the consensus sequence 5'-[GT][AG][AGT]GGGG-3' and acts as a repressor of autophagy. Specifically represses expression of genes involved in autophagy and lysosome biogenesis/function such as MAP1LC3B, ULK1 or WIPI2. Associates with chromatin at the ITGB4 and VEGF promoters. Also acts as a transcription activator and promotes cancer cell progression and/or migration in various tumors and myelomas PMID 18940803 ↗ · PMID 21057542 ↗ · PMID 22531714 ↗ · PMID 23434374 ↗ |
| 細胞定位 | ZKSCAN3 主要位於細胞核；在飢餓條件下會轉移至細胞質，讓參與自噬及溶酶體生合成／功能的目標基因得以表現。資料另列出細胞核與細胞質兩處定位。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; Mainly localizes in the nucleus. Under starvation conditions translocates to the cytoplasm, allowing expression of target genes involved in autophagy and lysosome biogenesis/function |
| 調控 | 在多發性骨髓瘤、結直腸癌及前列腺癌等多種腫瘤中，ZKSCAN3 被報告於蛋白質層級過度表現；此描述限於蛋白質表現，不代表基因轉錄量的變化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Overexpressed in various tumors, such as multiple myeloma, colorectal and prostate cancers (at protein level) PMID 18940803 ↗ · PMID 21057542 ↗ · PMID 22531714 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCTAGTTTCAAGCACTTTGTGAGTATGGGGTGAATCGGCG40TCGGCCTTCCACTGTGGGGTTAAATCTCATCCCGCGGCTC80TCCTCCTGTCGGTCCTGCAGTTCTTTTGTCCCCGGGTAGA120GGGATCTTCTGCAGAAATAGCGCTGGAAGCTAGAGTGAGG160CCTGAGTACTGCCTTGGCCTAGGATGGCTAGAGAATTAAG200TGAAAGCACAGCCCTGGATGCCCAGTCTACAGAAGACCAG240ATGGAGCTTCTGGTCATAAAGGTGGAGGAAGAAGAAGCCG280GTTTTCCCAGTAGCCCAGATCTGGGTTCTGAGGGCTCCCG320CGAGCGCTTCCGAGGCTTCCGCTACCCGGAGGCTGCAGGC360CCCCGCGAGGCGCTGAGTCGGCTCCGAGAGCTCTGCCGAC400AGTGGCTGCAGCCTGAGATGCACAGCAAGGAGCAGATCCT440GGAGCTGCTGGTGCTGGAGCAGTTCCTGACCATCCTGCCG480GGGAATCTGCAGAGCTGGGTGCGGGAGCAGCATCCAGAGA520GCGGGGAGGAGGTGGTGGTGCTATTGGAGTATTTGGAGAG560GCAGCTGGATGAGCCGGCGCCGCAGGTTTCAGGTGTTGAC600CAGGGGCAAGAACTGCTCTGTTGCAAGATGGCACTATTGA640CACCAGCCCCAGGGTCACAAAGTAGCCAATTTCAGCTAAT680GAAGGCTCTGCTCAAGCATGAATCTGTGGGATCCCAGCCT720TTACAAGATAGAGTTCTCCAGGTCCCCGTGCTTGCCCATG760GAGGATGCTGCAGAGAAGATAAAGTGGTAGCTTCTAGGCT800TACTCCAGAGTCCCAGGGGTTGTTGAAAGTGGAAGATGTG840GCCCTGACCCTCACCCCTGAATGGACACAGCAGGATTCAT880CTCAGGGGAATCTCTGTAGAGATGAAAAGCAGGAGAACCA920TGGCAGCCTGGTCTCCCTGGGTGATGAAAAACAGACTAAG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。