基因總覽
ZKSCAN1(zinc finger with KRAB and SCAN domains 1)是蛋白質編碼基因,產物屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族。其蛋白質具有 SCAN box、KRAB 區域及多個 C2H2 型鋅指,構成可辨識的結構特色。現有功能註釋指出它可能參與轉錄調控,但未提供更具體的作用機制。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000324306 ★ | 100,015,596–100,041,689 | 6 |
| ENST00000426572 | 100,015,570–100,034,271 | 8 |
| ENST00000875795 | 100,015,570–100,036,750 | 4 |
| ENST00000875797 | 100,015,570–100,035,046 | 7 |
| ENST00000931537 | 100,015,570–100,039,335 | 7 |
| ENST00000966834 | 100,015,570–100,034,270 | 7 |
| ENST00001102944 | 100,015,570–100,041,689 | 6 |
| ENST00001117200 | 100,015,570–100,046,205 | 6 |
| ENST00001117201 | 100,015,570–100,038,836 | 6 |
| ENST00001125574 | 100,015,570–100,034,297 | 5 |
| ENST00001139941 | 100,015,570–100,041,689 | 6 |
| ENST00000535170 | 100,015,572–100,041,688 | 4 |
顯示 12/18 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZKSCAN1 的功能註釋指出,它可能參與轉錄調控。這項描述保留了不確定性,並未明確界定其調控方向、作用標的或分子機制,因此不能據此判定它會促進或抑制特定基因的轉錄。
現有資料亦未說明 ZKSCAN1 在哪些生物學過程中發揮作用,或其轉錄調控可能帶來何種細胞層級結果。其含有 SCAN box、KRAB 區域及 C2H2 型鋅指等結構特徵,但僅憑這些結構註解,無法進一步推定具體的結合對象或調控方式。
Promoter 與基因調控
>ZKSCAN1 ENST00000324306 GRCh38 chr7:100014596-100015696 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AATACAAAAATTAACCAGGCATGGTGGTGTGCGCCTGTAGTCCCAGGTACTCAGGAGGCTAAGGCAGGAG AATCGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATGGTGCCACTGCACTGCAGGCTGGGTGA CAGAGCGAGACTCCATCTAAAAAAAAAAAGTAAATCTCTCCAAGCAGTAAGAGTCATGCAACCAAGCTAC TGAGTTTCTCCCATGAACTTGTCTCGGAACATAGTGGAAAGTCACAACCATTAAAGCCTGTAGTCCCCCC CACCCTTGCACAACGTGGCCCCCTCTTATGCGTGCCTTACCCTGCAAGGCAAAGATGAAGGCTGTAACTG TGGTAGGTTGTGAAAGCACTTTGAAGGTAAAAGTGTCTGTTGTTACTCTGAAAACTCCTTTTAAACGGCT ATAATAGCATATGCCACATGAGCAAAGCACAGAACCTTATAACTATGCTTGCTTGTGGAAAGACATCCCT TGTCCACGGGCCAAGTATTTGAAAATACCACTCCATATAGCTCCAGGGCCCTGAGAGAAGCTACCGTGGC AGCTTTGGGAAACCAGCCACCCTTGGCTTCACTTTGATCTTCCTCAGTCTACATCCTTGTTTCAGTTCCT TTGCCACAGACATACAATTACCAAGTACTATATTGCTTGATAATAACTATAATTACTACAAGGACTGCCT GAGATGAAAAAGACAGGTGAAATCGAACTTTCACATGGACTGGTGTCTGAGCTGGAGAGTCTGTTTGAGT TTGAGTAGGGGAAAGCCTGAAACCCCCCACCACCTGCTCCCGTTAGTCCCTGCATTAACTAGGGGCGGAC TGGGACCTGATCCTCCAAGCTGGAGGCTTGAAAACTCAAGGGCAGGCGCCTGGTCCAGCGATTCGGAAAC CGAGATGCAAAGTCCTCCCGCGCTCCTAGAGAGGACCCGGAAGCGCGGCGCGGTCCCGGAAGACGAGGTG GTGACACGCTTCCGGCCTTTGTGACTCATTGTGTCTGTGTCGAGGCGTCGGGAGGGCCTAAGTCCGTGTG CGGTGCCCTTCGGCCGGCCTGAGCCCCAGAGTCAGCTCCCCTTTCTCGCCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZKSCAN1_1 ↗ | 7:100,015,603 | 正股 | 100,015,554–100,015,613 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR7_93GNRW · enhancer · 100012707–100013093 · regulatory
ENSR7_BPSWR · promoter · 100015082–100015609 · regulatory
ENSR7_CCWXZ · enhancer · 100015610–100016849 · regulatory
· motif · 100015319–100015332 · motif
· motif · 100015394–100015403 · motif
· motif · 100015508–100015523 · motif
· motif · 100015508–100015523 · motif
· motif · 100015539–100015550 · motif
· motif · 100015539–100015550 · motif
· motif · 100015541–100015550 · motif
· motif · 100015582–100015591 · motif
· motif · 100015596–100015604 · motif
· motif · 100015628–100015643 · motif
· motif · 100015687–100015698 · motif
· motif · 100016014–100016027 · motif
· motif · 100016014–100016027 · motif
· motif · 100016097–100016107 · motif
· motif · 100017334–100017348 · motif
· motif · 100020342–100020353 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:563 aa
ZKSCAN1 蛋白質長 563 個胺基酸,屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族。序列包含 SCAN box(第 56–138 位)、KRAB 區域(第 227–300 位)及六個 C2H2 型鋅指(第 377–539 位)。另有兩段被註記為無序區,分別位於第 1–51 位與第 257–373 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZKSCAN1 的定位註記為細胞核;資料未提供其定位隨條件改變或不同異構型間差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- MAPK7Q13164 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- OPTNQ96CV9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZSCAN32Q9NX65 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GTGACTCATTGTGTCTGTGTCGAGGCGTCGGGAGGGCCTA40AGTCCGTGTGCGGTGCCCTTCGGCCGGCCTGAGCCCCAGA80GTCAGCTCCCCTTTCTCGCCCAGCGCCCCCAGGCCGCTCC120CGGGGCTCACGGAATAGTAAAGAAACACATCATAAAACCT160CCCAGGACATAAAGGTGAGCACAGACCCTGTTTGGATCAA200GTCAGTTCCTGGAGCCTGAATGATGACTGCTGAATCACGG240GAAGCCACGGGTCTGTCCCCACAGGCTGCACAGGAGAAGG280ATGGTATCGTAATAGTGAAGGTGGAAGAGGAAGATGAGGA320AGACCACATGTGGGGGCAGGATTCCACCCTACAGGACACG360CCTCCTCCAGACCCAGAGATATTCCGCCAACGCTTCAGGC400GCTTCTGTTACCAGAACACTTTTGGGCCCCGAGAGGCTCT440CAGTCGGCTGAAGGAACTTTGTCATCAGTGGCTGCGGCCA480GAAATAAACACCAAGGAACAGATCCTGGAGCTTCTGGTGC520TAGAGCAGTTTCTTTCCATCCTGCCCAAGGAGCTCCAGGT560CTGGCTGCAGGAATACCGCCCCGATAGTGGAGAGGAGGCC600GTGACCCTTCTAGAAGACTTGGAGCTTGATTTATCAGGAC640AACAGGTCCCAGGTCAAGTTCATGGACCTGAGATGCTCGC680AAGGGGGATGGTGCCTCTGGATCCAGTTCAGGAGTCCTCG720AGCTTTGACCTTCATCACGAGGCCACCCAGTCCCACTTCA760AACATTCGTCTCGGAAACCCCGCCTCTTACAGTCACGAGC800TCTTCCTGCTGCCCACATTCCTGCACCCCCTCATGAGGGT840AGTCCCAGAGACCAGGCGATGGCATCTGCACTATTCACAG880CGGATTCCCAGGCAATGGTGAAGATCGAGGACATGGCTGT920GTCCCTCATTCTGGAGGAATGGGGATGTCAGAATCTGGCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。