基因總覽
ZIC1（Zic family zinc finger 1）是蛋白質編碼基因，其產物屬於 GLI C2H2-type zinc-finger protein family。ZIC1 蛋白含有五個 C2H2-type zinc finger，其中前兩個為 atypical 類型；此外，序列中另有一段被註記為 disordered region。這些結構特徵構成此蛋白的基本分子輪廓。來源將 ZIC1 描述為轉錄活化因子，並指出它參與神經發生及中樞神經系統發育。其具體作用情境包括背側脊髓發育、小腦成熟，以及橋腦灰質核中苔狀纖維神經元的分布與軸突路徑選擇。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000282928 ★ | 147,409,365–147,416,719 | 3 |
| ENST00000488404 | 147,393,895–147,413,680 | 3 |
| ENST00001145117 | 147,409,356–147,417,103 | 3 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZIC1 可作為轉錄活化因子，並參與神經發生。來源指出，它在中樞神經系統（CNS）器官形成早期具有重要作用，也參與背側脊髓發育與小腦成熟；這些描述涵蓋神經系統形成及後續發育階段，但未進一步界定其作用機制或各階段的相對貢獻。
在神經迴路發育方面，ZIC1 參與橋腦灰質核（PGN）中苔狀纖維（MF）神經元的空間分布，並調節 MF 軸突路徑選擇。來源亦指出，ZIC1 促進 MF 神經元朝同側的小腦區域遷移。這些作用涉及神經元位置與軸突投射方向，與建立神經連結時的細胞分布和路徑安排相關；來源未提供其如何辨識目標區域或引導遷移的細節。
ZIC1 可結合最小 GLI 共識序列 5'-TGGGTGGTC-3'，此項結合資訊標示為 By similarity，應視為相似性推論。來源另指出，ZIC1 會將核內 GLI1 與 GLI3 保留於細胞質；然而，未說明此現象發生的條件或其對特定細胞過程的結果。因此，這項資訊可描述為與 GLI 蛋白位置調控相關，不宜延伸為更廣泛的調控結論。
此外，ZIC1 可能參與骨細胞中的剪切流機械轉導。此作用僅以可能性表述，來源沒有提供具體實驗情境、訊號途徑或下游結果。整體而言，現有資料支持 ZIC1 涉及神經系統發育、MF 神經元定位與軸突選路，並指出其轉錄活化及若干 GLI 相關作用；其他生物學角色則應保留來源所述的不確定性。
Promoter 與基因調控
>ZIC1 ENST00000282928 GRCh38 chr3:147408365-147409465 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAGGGGCCCAAGTAGGGAACAGGAGTGAGGAGAGACAGGGTTAGCGGGGGCAGTCGAAGGAGACAACGGA AAGGCAGAAAACAGAAAAATAACGCAAGAGAGAGAAAAAGTAAAGGAAACTGGCAACAACGTTTCAAATT TGCCATTAAAAAATTCAAACCTCAATAACCTGGGAACTTAAGCGCTTTCATCCACCTGTGTGTGTGAGTG TGTGTGTGTGTGTGTTTTCGGGGAGGGGGGTGCGGTGGTGCCGGAAGTCTGATTAGATAAAAGCGAGAAA TACAGAGGCTGCCGGTTACACTGAGAAATTACATTTTTTTGTAAAGAGAGCATAGTGCCCGTGTGCTCCC AAGATCTTAAATTATAAACAGGAGGGGGACAAAGCAAGAGGGAAACAAACTTCAAAAGGAGCAAATAACA AAAGCCTCTTTTGCTGCTCTTGAAGGGAGGGGGGAAGGGGGAAGAAAGAAAAGAAAGTTGCTGAATCGGG ACATTCTGGAAGTGCCTTTGCTGTGTTTACTAGCCCCATCCCCGCCTGCTGCACCCGGAGACGTCTGAAG TCTCTAATCGCTCAGCGAAAAGTTGGTTTCGGGAAGGGCAGCGCCGGGGTGCGGGAGGGCAAAGGAGGAA GAGGAATGCATATGACTGTGAGAAGGAAAAGTAATCGTGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAA GAAAGAAAAGAAAAAAGAAAAAAAATTTCCGTGAGAAGAGGGAAAAAATTTGGCTAAAAAAAAAGTTGCT ACTCCTGGCAGCCCTGGTTTGTCAAAAGGGGATGTCAAGCGCTTTACAATACCTGGGATTGATGAGGCGG GCGGGCCAATGAGCTGCGCGCGGCGCCTCGGCGCGCCCTCCGTTGGCGCGGCGGCTGAGGGCGGGGGGAA TGCGGGCGCACCAATGGGCGCCAGCGTCGGCAGCACGTGACACCTCCCCCCTGCTCCCATTCATCAAGGG GGGGACGGTGTCGTCCTTTCAATTCATTTATCTGCAGGAATGATTGCTGCTATCAGTCTCGCGCTCACCG CCCGGCTGAGGAGGTGAAAGTTTCTCCCCAGGAAGATAAACCGCAAAAGAC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZIC1_1 ↗ | 3:147,409,366 | 正股 | 147,409,317–147,409,376 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR3_CJLX6 · enhancer · 147407227–147408437 · regulatory
ENSR3_946HQ4 · promoter · 147408875–147409375 · regulatory
ENSR3_539N5X7 · CTCF_binding_site · 147409234–147409255 · regulatory
ENSR3_539N676 · CTCF_binding_site · 147410741–147410762 · regulatory
· motif · 147408600–147408610 · motif
· motif · 147409236–147409252 · motif
· motif · 147409261–147409271 · motif
· motif · 147409306–147409315 · motif
· motif · 147409306–147409315 · motif
· motif · 147409314–147409324 · motif
· motif · 147409513–147409523 · motif
· motif · 147409515–147409525 · motif
· motif · 147409519–147409529 · motif
· motif · 147410743–147410759 · motif
· motif · 147411893–147411903 · motif
· motif · 147413981–147413991 · motif
· motif · 147414015–147414025 · motif
· motif · 147414022–147414032 · motif
· motif · 147414036–147414046 · motif
· motif · 147414043–147414053 · motif
· motif · 147414049–147414059 · motif
· motif · 147414055–147414065 · motif
· motif · 147414058–147414068 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：447 aa
ZIC1 蛋白長 447 個胺基酸，屬於 GLI C2H2-type zinc-finger protein family。蛋白序列含五個 C2H2-type zinc finger：第 1、2 個為 atypical，第 3 至第 5 個為一般註記的 C2H2-type。第 5 個 zinc finger 與一段被註記為 disordered 的區域部分重疊；該區域位於蛋白質序列後段。
蛋白質三維結構
細胞內定位
當 MDFIC 過度表現時，ZIC1 會定位於細胞質；來源未提供其他條件下定位變化的細節。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 69 個夥伴
- ABHD11Q8NFV4-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AKAP8LQ9ULX6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ANKRD10Q9NXR5-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARID5AQ03989 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATP23Q9Y6H3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BATF3Q9NR55 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BBS4Q96RK4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BLZF1Q9H2G9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDPF1Q6NVV7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CFAP68Q9H5F2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CRXO43186 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CYSRT1A8MQ03 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DAPL1A0PJW8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DDIT4LQ96D03 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EEF1AKMT3Q96AZ1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM168BA1KXE4-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FOXH1O75593 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GAS2L3Q86XJ1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- INTS11Q5TA45 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KLHL26Q53HC5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT31Q15323 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT34O76011 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-8P60410 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP11-1Q8IUC1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP12-1P59990 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
ZIC1 透過第 3、4、5 個 C2H2-type domains 與 MDFIC 的相同類型結構域互作。另與 GLI1 及 GLI3 互作，且這些互作被描述為增強轉錄活化；ZIC1 也與 GLI2 互作，但來源未指出該互作的功能結果。上述互作資訊標示為 By similarity。
疾病與遺傳關聯
ZIC1 變異與 Craniosynostosis 6（CRS6）及 Structural brain anomalies with impaired intellectual development and craniosynostosis（BAIDCS）相關，來源將兩者描述為由影響 ZIC1 的變異所致。CRS6 涉及一個或多個顱縫過早融合；BAIDCS 可有小頭症、胼胝體缺如及小腦結構異常，並伴隨中度至重度智能發展受損。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZIC1 可活化轉錄並參與神經發生，在中樞神經系統器官形成早期、背側脊髓發育及小腦成熟中具有作用。它參與橋腦灰質核內苔狀纖維神經元的空間分布與軸突路徑選擇，並促進其朝同側小腦區域遷移；也可能參與骨細胞的剪切流機械轉導。另可將核內 GLI1、GLI3 保留於細胞質，並以 By similarity 註記結合最小 GLI 共識序列。 | 推論支持 | 證據與來源Acts as a transcriptional activator. Involved in neurogenesis. Plays important roles in the early stage of organogenesis of the CNS, as well as during dorsal spinal cord development and maturation of the cerebellum. Involved in the spatial distribution of mossy fiber (MF) neurons within the pontine gray nucleus (PGN). Plays a role in the regulation of MF axon pathway choice. Promotes MF migration towards ipsilaterally-located cerebellar territories. May have a role in shear flow mechanotransduction in osteocytes. Retains nuclear GLI1 and GLI3 in the cytoplasm. Binds to the minimal GLI-consensus sequence 5'-TGGGTGGTC-3' (By similarity) |
| 交互作用 | ZIC1 透過第 3、4、5 個 C2H2-type domains 與 MDFIC 的相同類型結構域互作。ZIC1 也與 GLI1、GLI2、GLI3 互作；其中與 GLI1 及 GLI3 的互作會增強轉錄活化。這些互作資訊標示為 By similarity。 | 推論支持 | 證據與來源Interacts (via the C2H2-type domains 3, 4 and 5) with MDFIC (via the C2H2-type domains 3, 4 and 5). Interacts with GLI1; the interaction enhances transcription activation. Interacts with GLI2. Interacts with GLI3; the interaction enhances transcription activation (By similarity) |
| 細胞定位 | ZIC1 定位於細胞核及細胞質；在 MDFIC 過度表現時，ZIC1 定位於細胞質。 | 推論支持 | |
| 疾病關聯 | Craniosynostosis 6（CRS6）是顱縫早期融合的一種形式，可能涉及一條或多條顱縫。顱骨生長速度可能無法配合發育中腦部的需求，造成頭形異常，有時也會增加顱內壓；若發生顱內壓升高，需及時處理以避免永久性神經發育障礙。此疾病被描述為由影響 ZIC1 的變異所致。 | 含實驗來源 | 證據與來源Craniosynostosis 6 CRS6 A form of craniosynostosis, a primary abnormality of skull growth involving premature fusion of one or more cranial sutures. The growth velocity of the skull often cannot match that of the developing brain resulting in an abnormal head shape and, in some cases, increased intracranial pressure, which must be treated promptly to avoid permanent neurodevelopmental disability. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 616602 PMID 26340333 ↗ |
| 疾病關聯 | Structural brain anomalies with impaired intellectual development and craniosynostosis（BAIDCS）可表現為小頭症、胼胝體缺如、腦室與後顱窩形態異常、雙側小腦半球發育不全、枕角擴大，以及小腦蚓部部分缺如並伴小腦半球融合。智能發展受損程度為中度至重度；也可能出現雙側冠狀縫早閉、脊柱側彎及脊髓栓繫。此疾病被描述為由影響 ZIC1 的變異所致。 | 含實驗來源 | 證據與來源Structural brain anomalies with impaired intellectual development and craniosynostosis BAIDCS A disease characterized by microcephaly, agenesis of corpus callosum, abnormal conformation of the ventricles and posterior fossa, hypoplasia of both cerebellar hemispheres, colpocephaly, and partial absence of the cerebellar vermis with fusion of the cerebellar hemispheres. Intellectual development is moderately to severely impaired. Bicoronal synostosis, scoliosis, and tethered cord may be present. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 618736 PMID 26340333 ↗ · PMID 30391508 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AATTCATTTATCTGCAGGAATGATTGCTGCTATCAGTCTC40GCGCTCACCGCCCGGCTGAGGAGGTGAAAGTTTCTCCCCA80GGAAGATAAACCGCAAAAGACAATATTGTGCATGATTTGC120GCCTTTTCTTTGGCTTTTTCTTTCTTTCTTCACCCCCCCA160CCCACTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAAAAGCAGAGAGGGA200AAAACGGAGAGTGAAGGAGCGAGGAGGCGAGCGTGAGAGA240AAGGAGAGAGAGAGAAAAGAAAGGGCGAGGGGCTAGTGGA280GAAGTAAGGAGGGGCGCGCTGCGCGAGGCGGAGAGAGGGC320GAAGCAGTCGCGGCACTGGCGCTCACATTCCTCTATGCTA360CAAATCCAGGAGGAAGTTTTTTTTTAGGGGGCTGAGATGC400TCCATGCCTTTCCCCGGGCAGCCTTGACGCGCGGCCCTCT440CGGCAGAGACTGAGCGGCGAGAAAGTGCGAGCCGGGCCGG480CAGAATCTGCCTGGCGGGCGCTGGAGCCTGCGTTACTCGC520GGCCCGCAGCCGTCCGGCTACTTTGCGTTTGGCCCGGCCA560GCGCCCGGGCGCGCCGCGCCATTGCCTGCAGGCTAGGACT600TCGCGAGGTGGGTCGACTCCCCCTCCCTCCTCCTCTTCTT640CCTCCTCTTCCTCCTCCTCTTGTTCCTCCTCCTCCTCCCG680ATTTTCCCTCCTCGGCTGGCGAGGGTGGGGGGGGCGGGGG720AGGCCGGGGCTCGCCCCGAGCAGCCACGATGCTCCTGGAC760GCCGGCCCCCAGTACCCAGCGATCGGCGTGACCACCTTTG800GCGCGTCCCGCCACCACTCCGCGGGCGACGTGGCCGAACG840AGACGTGGGCCTGGGCATCAACCCGTTCGCCGACGGCATG880GGCGCCTTCAAGCTCAACCCCAGTTCGCACGAGCTGGCTT920CGGCCGGCCAGACGGCCTTCACGTCGCAGGCGCCAGGCTA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。