基因總覽
ZFY(zinc finger protein Y-linked)是位於 Y 染色體 Yp11.2 的蛋白質編碼基因,所屬蛋白質家族為 krueppel C2H2-type zinc-finger protein,並歸入 ZFX/ZFY subfamily。其蛋白質產物含有多個 C2H2 型鋅指區域;其中一個被註記為非典型型態。這些特徵界定了 ZFY 蛋白質的家族與結構輪廓。來源將其功能描述為可能的轉錄活化因子,並指出其可結合特定共識序列;相關分子作用細節見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000155093 ★ | 2,935,381–2,982,506 | 8 |
| ENST00000383052 | 2,935,201–2,982,579 | 8 |
| ENST00000625061 | 2,935,201–2,982,579 | 7 |
| ENST00001048227 | 2,935,201–2,982,579 | 7 |
| ENST00001109668 | 2,935,201–2,954,696 | 2 |
| ENST00001113316 | 2,935,201–2,962,908 | 3 |
| ENST00000963502 | 2,935,366–2,982,579 | 9 |
| ENST00001131399 | 2,935,366–2,982,579 | 8 |
| ENST00000890804 | 2,935,375–2,982,579 | 8 |
| ENST00000443793 | 2,935,505–2,961,286 | 3 |
| ENST00000449237 | 2,935,651–2,982,579 | 6 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZFY 的蛋白質產物被描述為可能的轉錄活化因子,表示它可能參與促進轉錄的調控過程。不過,現有資料以「可能」限定此功能,未提供其活化哪些基因、在何種生物過程中發揮作用,或活化效果如何受到調節,因此不宜將其描述擴大為已確立的特定生理角色。
資料指出,ZFY 蛋白質可結合共識序列 5'-AGGCCY-3'。這項資訊支持其具有序列辨識能力,並將其核酸結合特徵連結至可能的轉錄調控作用;但來源沒有說明該序列出現於哪些基因或基因組區域,也未提供結合後對轉錄產生何種方向或幅度的影響。
因此,依現有資訊可概括為:ZFY 可能透過辨識特定 DNA 共識序列參與轉錄活化。資料未進一步交代其具體靶標、作用條件或下游生物學結果,故此功能描述應保留在來源支持的層級,不延伸推定其調控網絡或生理效應。
Promoter 與基因調控
>ZFY ENST00000155093 GRCh38 chrY:2934381-2935481 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAGTAATGAAAACGCACAATACACGTTTTTGGAGTTCATCAGTACTATCTGTTTAATCAAATGCATTTTC CTCTCAGTCTCTAAAGCCTTTTTAAACTTTAAGAGGATAAATAATTTTGTAAGAAGACAATCCCAAAACC AATTGTTAGTTTACATTTATTAAAGGGTGTGCATAATTCATTGTTCATGAGACAATTACACAAAACTGAC ATTTCAAGGATGCCAAAAGATGAAACACTGCCATAAAGAACACACACTAGACATTACAAATCTTGGTCAA AATACCTACGTTAACGCAAAAAAAAAAATCAATTGGCTCAGTAATTGATTAGGATAATCCTCCCCTCCTC TTGCCTGTACACTGTGGCAAGTCCATTTACTTTCTTTTTTTTTTTTTTTAAAGCCAACAAAGGAGACAGT GGGGAATGCTATATGTCTGTATCTGCTTTCCTCCTCAACCCTAGGAATAAAGTAAACACGTTTACTGAGG GCGGGGGTCTAAGGGCCTGCAACAATGAGATCTGTCGCCTTGGCTAGGACTGGCGCCGAGAGGCGATAGG TCTCGGGAGAGCCTGGCGCAGGGTGTGGGAGATTAGGAATCCCAGGTCCACCGGAGATGGCAGGGGGTGG CCTGGCCCGGTGCGGGGCCGCTTGCCTGCACGCAACCAACTAAGGCGGTGGTGCGCAAGTAGTGGTGACG GCGGGCGCGCGGAGAAAAGGAACGTTGTGACGGAAACTCCAGCTGCCGGAGACCCCACCGCAGTGAGGTC ACTGGACTCCCCGGACTCGGGGCGTGACCGGCGCCGACCCGGGGCGCCGAGAGGCCCACCGGGCGGAGGG GGCCCAACTACCATCCCGCATTTTCCTGGGTCTCTCTCCCGGGCGGTGACGTGACGTGCTGACGGCGGGC CCGTGCCGGGGAGCTGGGCCGCTTTTTGTCAGCTCCGAACTCGGCCCCTCCTCCCTCCCTCCGCCCGCCC TACCAGCCGGAGCCCGGCCCAGTGCTCCAGAGAAAGGCCGTCCTGCAGCACCCGCCGCTGTCGCCGACCG CCCGCACATCCGTCGGGTGAGTCCCGCGTGCCCCCGCGGCCGCGGGGCCTA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSRY_BKPM · promoter · 2934761–2935661 · regulatory
ENSRY_5NMCF · CTCF_binding_site · 2935525–2935546 · regulatory
ENSRY_BKPQ · enhancer · 2935662–2936452 · regulatory
ENSRY_5NMG4 · CTCF_binding_site · 2936099–2936120 · regulatory
ENSRY_5NMGS · CTCF_binding_site · 2936259–2936280 · regulatory
· motif · 2935444–2935460 · motif
· motif · 2935444–2935460 · motif
· motif · 2935527–2935543 · motif
· motif · 2935844–2935854 · motif
· motif · 2935903–2935913 · motif
· motif · 2936101–2936117 · motif
· motif · 2936261–2936277 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:801 aa
ZFY 蛋白質長 801 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族的 ZFX/ZFY subfamily。序列註解列出 13 個 C2H2 型 Zinc finger,分布於胺基酸 421–795;其中第 2 個被標示為非典型型態,其餘列為一般 C2H2 型。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 ZFY 蛋白質定位於細胞核;未提供定位變動條件或不同異構型之間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- DMRT3Q9NQL9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KAT14Q9H8E8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- L3MBTL2Q969R5 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZFY 蛋白質可能是轉錄活化因子,並可結合共識序列 5'-AGGCCY-3'。此描述保留其功能推論性,資料未進一步指定受調控的基因或轉錄效果。 | 含實驗來源 | 證據與來源Probable transcriptional activator. Binds to the consensus sequence 5'-AGGCCY-3' PMID 20028140 ↗ |
| 細胞定位 | ZFY 蛋白質定位於細胞核;此項資訊未說明定位的條件變化或異構型差異。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
AGTGCTCCAGAGAAAGGCCGTCCTGCAGCACCCGCCGCTG40TCGCCGACCGCCCGCACATCCGTCGGGTGAGTCCCGCGTG80CCCCCGCGGCCGCGGGGCCTAGTGCGCGCGCAGTAACCTG120TTTGTGGCCTGGTCGGCGTCCCGTAGGGCGCCCTCCCGCG160CTAGGCCGGCCGGCGTGGCGCTCGGCGCCGAACAGGCCCC200GAGGAGGCCGCAGTTAGGCCTAGTGATTATCCAGTTGCCC240TGAGCGGCTGCGGAGGTGCGCTCCATAAGCGGGCAGGGTG280GGAAAAGTTCGCCCGTTTGTCCGGAAGGCAGTTGATGGAC320CTGGGGTCGACACCACTGCGGACGCAGGGCACGGCACGGG360GGCGAGAAGGCGAAGGCTGCAGGCGTGAGGAGCTGTGACT400AATGAGAATTAAAGGCCATGGATGAAGATGAATTTGAATT440GCAGCCACAAGAGCCAAACTCATTTTTTGATGGAATAGGA480GCTGATGCTACACACATGGATGGTGATCAGATTGTTGTGG520AAATACAAGAAGCAGTTTTTGTTTCTAATATTGTGGATTC560TGACATAACTGTGCATAACTTTGTTCCTGATGACCCAGAC600TCAGTTGTAATCCAAGATGTTGTTGAAGATGTTGTCATAG640AGGAGGATGTTCAGTGCTCAGATATCTTAGAAGAGGCAGA680TGTATCTGAAAATGTCATCATTCCTGAGCAAGTGCTGGAC720TCAGATGTAACTGAAGAAGTTTCTTTACCACACTGCACAG760TCCCAGATGATGTTTTAGCTTCTGACATTACTTCAACCTC800AATGTCTATGCCAGAACATGTTTTAACGAGTGAATCCATG840CATGTGTGTGACATTGGACATGTTGAACATATGGTGCATG880ATAGTGTAGTGGAAGCAGAAATCATTACTGATCCTCTGAC920GAGTGACATAGTTTCAGAAGAAGTATTGGTAGCAGACTGT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。