基因總覽
ZFPL1(zinc finger protein like 1)是蛋白質編碼基因,產物屬於 ZFPL1 family。其蛋白質具有鋅指相關區域,並包含跨膜區段,整體拓樸顯示大部分序列位於細胞質側,末端一小段位於腔內。來源資料將它與 cis-Golgi 的結構完整性及 ER 至 Golgi 的運輸效率相連結,並指出可能透過與 GOLGA2/GM130 互作參與 cis-Golgi 的維持。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000294258 ★ | 65,084,222–65,088,398 | 8 |
| ENST00000525509 | 65,084,219–65,085,012 | 2 |
| ENST00000890493 | 65,084,219–65,088,398 | 6 |
| ENST00000890494 | 65,084,219–65,088,398 | 5 |
| ENST00000973375 | 65,084,219–65,088,394 | 6 |
| ENST00000973376 | 65,084,219–65,088,395 | 8 |
| ENST00001137524 | 65,084,219–65,088,398 | 8 |
| ENST00000526334 | 65,084,242–65,087,011 | 6 |
| ENST00000526791 | 65,084,290–65,085,003 | 2 |
| ENST00000526945 | 65,084,329–65,086,982 | 6 |
| ENST00000890495 | 65,084,428–65,088,398 | 8 |
| ENST00000532200 | 65,084,519–65,087,068 | 5 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZFPL1 與 cis-Golgi 的完整性維持及 ER 至 Golgi 的有效運輸有關。來源將其描述為維持 cis-Golgi 完整性所必需的蛋白質,並指出它可能透過與 GOLGA2/GM130 的互作參與這項作用;因此,資料支持其在 Golgi 結構維持與細胞內運輸中的角色,但未進一步說明互作如何直接影響膜結構或運輸步驟。
在功能層次上,cis-Golgi 的完整性與 ER 至 Golgi 運輸效率是來源明確連結的兩項面向。ZFPL1 被認為有助於維持 cis-Golgi 的狀態,而其與 GOLGA2/GM130 的互作則被提出為可能的作用途徑。此機制具有不確定性,來源以「可能」描述,不能據此將互作視為已證實的唯一途徑,也無法推定其具體分子作用方式。
現有資料未交代 ZFPL1 對運輸效率的影響是否完全源自 cis-Golgi 完整性的改變,也未提供其他作用對象、調控條件或不同細胞情境的比較。因此,可據此概括其與 cis-Golgi 維持和 ER 至 Golgi 運輸效率相關,但不宜延伸為更廣泛的囊泡運輸功能或特定下游生理效應。
Promoter 與基因調控
>ZFPL1 ENST00000294258 GRCh38 chr11:65083222-65084322 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AATGCATGCAGGTGCCCACAGGCAAACTGTTTTTGCAGTACTGCAAAACAGCTCCCTGGGCAGATGTGAG GAGCCAATGTGTGCTGTCCAGCTCTAGAGTGACCCAGATTCTACTTAATTAAGTAGATGAAAGTGAACTC ACCCTAGGGCTCCTGCGAGGTGATTGGACAGCTGGGACCTGCGGGGGACAATACCAATTGATCACATAGC TGGTCCCCAGTTTTGCCCGCCTAACCACCCACAACACTCTCCTTAGCCTTTACCTCTACAGCATGGGCCA CGATCCTCTTTAAGACGATGGGCTTTCTGACTGCAGCCGCACTGGGTGTCTGGAGAAGAGGGATGAACGT GAGCTCAACATTAGGTGAGGGGCCACAAGGGGAGGAAGTGAGAAATCTGGGGCTCACCTTCGGCCAGATT TCAGGGAGGATGCTCGGGAGTTCAGAGCCTGATTTCCGCTGGGACCTCCGCAGAGGCTTAGTAGGAGATG GGGCCCTTGGCCCTGGAAAGAGAAAAAAGTTAAGTGGTAGAGGAGGACTCTAGACCTTAGAGTCCAGAGA ACAGGTTCTAGAGACAGCGAGAAGATTCCCAAACAAGCCCTTTTAAGGGCGCCTCCTCCGGCGGCGGCAG CGGGAGGGAAGAGGCCATCTTTCACCGGACTGCGTCCCCCAAACGGCTCGACCTCACGTCTCCCGCGCGC CCTCCGCTCACCGGAGCGCTGAGCGGCTCCTCCGGACCGCGTTCGCCTCCCAGACATAACTTAGGCTCCG TCTCGAGCTCCTCCAGCGCCGCCGCCCCGGGCGCGCGCCAACCGGGAAGGCCACTCGCTGCAAAAAACGT TCGAATTACCCGCCCTGCGGGAAAGGAAGCGGAAGTGACGTAGGGCTAGCGGTCTGCGGCCCTCGGAACC CCGAGTCTTTTCCACCCGTCTTCACCTCTAGCGGCAGCGGAGGCGTGGCCCAGGGGCGCGATGGCGTCAT CAGCGCGCGCCGCACCCGGAAGAGACGTGGCAGCGGAGGGATAATCGGGGCGGCCGGGGCTGAAGGGAGA GGCGCAGGAGCCCTGGGGAGAGTGGTCCCTGCCCTTCCGCGCCTCGAGCCA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZFPL1_1 ↗ | 11:65,084,222 | 正股 | 65,084,173–65,084,232 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:310 aa
ZFPL1 蛋白質長 310 個胺基酸,屬於 ZFPL1 family。序列含有退化型 B box-type zinc finger(胺基酸 1–43)與退化型 RING-type zinc finger(53–101);145–231 為無序區。拓樸註解顯示胺基酸 1–266 位於細胞質側,267–287 為螺旋型跨膜區,288–310 位於腔內。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZFPL1 位於 Golgi apparatus 的 cis-Golgi network membrane,並註記為單次穿膜蛋白。 拓樸資料指出其大部分序列朝向細胞質,跨膜區之後的末端則位於腔內;來源未提供定位改變條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 60 個夥伴
- AHNAK2Q8IVF2-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BIKQ13323 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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- GPR42O15529 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HIBADHP31937 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KASH5Q8N6L0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KLRC1P26715 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LDLRAD1Q5T700 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
ZFPL1 與 GOLGA2/GM130 有互作記錄。功能資料提出,ZFPL1 可能藉由此互作協助維持 cis-Golgi 完整性;這是可能的功能關係描述,來源未提供更細節的複合體組成或互作機制。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZFPL1 是維持 cis-Golgi 完整性及促進 ER 至 Golgi 有效運輸所需的蛋白質。資料並提出,它可能透過與 GOLGA2/GM130 互作,參與 cis-Golgi 完整性的維持;此處的作用途徑帶有可能性,並非已確定的機制。 | 含實驗來源 | 證據與來源Required for cis-Golgi integrity and efficient ER to Golgi transport. Involved in the maintenance of the integrity of the cis-Golgi, possibly via its interaction with GOLGA2/GM130 PMID 18323775 ↗ |
| 交互作用 | ZFPL1 與 GOLGA2/GM130 有互作。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | ZFPL1 位於 Golgi apparatus 的 cis-Golgi network membrane,並屬於單次穿膜蛋白。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGAGACGTGGCAGCGGAGGGATAATCGGGGCGGCCGGGGC40TGAAGGGAGAGGCGCAGGAGCCCTGGGGAGAGTGGTCCCT80GCCCTTCCGCGCCTCGAGCCATCGCTACCGCCCTTCGGAA120CCAGTGCAGCGGCCGATCAGTAAACACAGAGACTGGGGAT160CGATCATGGGGCTTTGTAAGTGCCCCAAGAGAAAGGTGAC200CAACCTGTTCTGCTTCGAACATCGGGTCAACGTCTGCGAG240CACTGCCTGGTAGCCAATCACGCCAAGTGCATCGTCCAGT280CCTACCTGCAATGGCTCCAAGATAGCGACTACAACCCCAA320TTGCCGCCTGTGCAACATACCCCTGGCCAGCCGAGAGACG360ACCCGCCTTGTCTGCTATGATCTCTTTCACTGGGCCTGCC400TCAATGAACGTGCTGCCCAGCTACCCCGAAACACGGCACC440TGCCGGCTATCAGTGCCCCAGCTGCAATGGCCCCATCTTC480CCCCCAACCAACCTGGCTGGCCCCGTGGCCTCCGCACTGA520GAGAGAAGCTGGCCACAGTCAACTGGGCCCGGGCAGGACT560GGGCCTCCCTCTGATCGATGAGGTGGTGAGCCCAGAGCCC600GAGCCCCTCAACACGTCTGACTTCTCTGACTGGTCTAGTT640TTAATGCCAGCAGTACCCCTGGACCAGAGGAGGTAGACAG680CGCCTCTGCTGCCCCAGCCTTCTACAGCCAGGCCCCCCGG720CCCCCAGCTTCCCCAGGCCGGCCCGAGCAGCACACAGTGA760TCCACATGGGCAATCCTGAGCCCTTGACTCACGCCCCTAG800GAAGGTGTATGATACGCGGGATGATGACCGGACACCAGGC840CTCCATGGAGACTGTGACGATGACAAGTACCGACGTCGGC880CGGCCTTGGGTTGGCTGGCCCGGCTGCTAAGGAGCCGGGC920TGGGTCTCGGAAGCGGCCGCTGACCCTGCTCCAGCGGGCG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。