基因總覽
ZFP36L2(ZFP36 like 2 zinc finger CCCH-type)是蛋白質編碼基因,其產物屬於含鋅指的 RNA 結合蛋白。蛋白質長 494 個胺基酸,具有兩個 C3H1 型鋅指,並含有已註記的 RNA 結合區域。這些結構特徵與其辨識 RNA 的能力相符;它主要作用於細胞質中帶有 AU-rich element(ARE)的 mRNA,協助調節這些轉錄本的穩定性。ZFP36L2 在不同生物學情境中參與脂肪生成、血球分化、淋巴球發育、卵母細胞成熟及周邊神經元完整性等過程。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000282388 ★ | 43,222,402–43,226,606 | 2 |
| ENST00000929033 | 43,221,825–43,226,603 | 2 |
| ENST00001116673 | 43,221,825–43,226,612 | 2 |
| ENST00001122686 | 43,221,825–43,226,612 | 3 |
| ENST00001144421 | 43,221,825–43,226,612 | 2 |
| ENST00000948981 | 43,222,415–43,226,612 | 2 |
| ENST00000929034 | 43,223,992–43,226,612 | 2 |
| ENST00001116674 | 43,223,992–43,226,612 | 2 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZFP36L2 會結合多種 mRNA 3′ 非翻譯區(3′-UTR)中的 AU-rich element(ARE),並作為連接 RNA 與降解機制的適配蛋白。它招募 CCR4-NOT deadenylase complex,可能也招募其他細胞質 RNA 降解機制成分,使目標 mRNA 的 poly(A) 尾端被移除(去腺苷化),進而促進轉錄本降解並降低蛋白質合成。此作用使 ZFP36L2 能將訊號變化連結至 mRNA 命運調控。
在特定刺激下,ZFP36L2 促進 LDLR mRNA 降解:phorbol 12-myristate 13-acetate(PMA)處理時,此作用依賴 p38 MAPK。於早期脂肪生成中,它透過促進即時早期基因(IEGs)的 ARE 介導 mRNA 降解,正向調節此過程;在成熟周邊神經元,則藉由促進轉錄抑制因子 REST mRNA 降解,參與維持神經元完整性。它也透過促進 LHCGR mRNA 降解,參與排卵及卵母細胞減數分裂成熟。
在紅血球分化方面,ZFP36L2 是負向調節因子。它結合在紅血球終末分化期間誘導或高度表現的 mRNA,促進其降解;在此情境下,這種作用可促進 glucocorticoid 誘導的紅血球細胞自我更新,並抑制紅血球分化。
ZFP36L2 與 ZFP36L1 一同促進多種細胞週期調節因子的 mRNA 經 ARE 介導降解,有助於維持發育中 B 淋巴球的靜止狀態,並支持正確的 VDJ 重組及功能性免疫細胞形成。兩者也透過促進致癌轉錄因子 NOTCH1 mRNA 降解,參與胸腺細胞發育並防止 T 細胞急性淋巴性白血病(T-ALL)轉化。
Promoter 與基因調控
>ZFP36L2 ENST00000282388 GRCh38 chr2:43226506-43227606 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGGAGGGAAGAGGCTGGGAGGACGCAACAGGCCCAGGCTGTGCCGGGCGGGGAGCCTCGGCAGGCAGCTG CACCCCCAGCCCCAGAGGGCTGGGGAAGGCCGGCCCGACCAGCAGACGGAAAGGTGGCGCTAAGTCGCCT TCAAGCCCGCACGGCTCTCCCGGCCTTTCCTCCTGTCCTCAGAGTCAGCTCCCCCGCCCGGGACGTCCCG CGCCACTCCGCGCCTTTGGCCCTGGCTCAAGGTCTTGTGATGTGATTAGCAAAGCCAGCGCCTTGTCCTC AGACACTCAGCCCTGCCCGGCAGGCCCCGGCGCTCAAGCCCTGTTTACTGAGCCTGGGCGGGGAGGGGGC GGAGAAACGAGCCCGGGCTCCACCGGCAAGACTGCCGCGGCGGCCGCCCGCGTGGCCACCCCCACCCCCA CCGCGACTCCACGTGCAGTCGGGCTGGAGCCGCCACCGACTGGACGCAGGCCCCGAGCCCCCGCCTCCTG GCCGGGGCACCCTTTGCAAACCCGCCGGGCCGCGGGGATGGTTGCGATATTCTGGCATTTTGCAATTCCC GCGCCCAGTACAAAACCGAAGGTGGGAGCTTAAAGCTCCACAGGTCCGCCTCGGAGAACAGGGCAGGGAA AGACACGTCCAGGGCTGCAGAATCCCGGCCACGCTAAACGTACCGGGGCTCTCCGACCGCGCAGCCCCGG AGGAGAACAGCCGTGCCTTCCCGCCGCCACCCGGCGGCATCCACTGGGGCCGAGAGCTACACGCCACACC GGCCGCCCGGGCCGCCGGCCCCGCCCGGAGGCCTCCAGCACCCTCCCCCGGAGGAAAAAAATTGGCGGCG GCCAATGGGAGGCCGGGAAGGCGCCTGACGTCCGCGAGCGGGCGGGCGGCGTTGCCTGGAGACCCCGGCG GGGGCCGAGTTCTGTCCCCTCCCCCGGCGCGCCCGCCCCGCCGCAGCCGCACTCCCGGGCTCTATATAGG GCGCGCGCTCGGAGGCCGCCGAGTTCCAGCAGTCCGCGAGCTGCCGTCGGCTCCGCGGGGGGGGCGGGCC GGGCACCCCGGGGCGCGGAGGAGCGCTCCTCGCTTCTCTCCTTCCCCCCTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZFP36L2_1 ↗ | 2:43,226,604 | 負股 | 43,226,594–43,226,653 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR2_5D6HH6 · CTCF_binding_site · 43223789–43223810 · regulatory
ENSR2_9M67Z · promoter · 43223893–43224393 · regulatory
ENSR2_5D6HN8 · CTCF_binding_site · 43224882–43224903 · regulatory
ENSR2_5D6HPB · CTCF_binding_site · 43225115–43225136 · regulatory
ENSR2_9M68G · promoter · 43225571–43226071 · regulatory
ENSR2_BBKLR · enhancer · 43226072–43226595 · regulatory
ENSR2_9M68P · promoter · 43226596–43226875 · regulatory
ENSR2_5D6J2F · CTCF_binding_site · 43226866–43226887 · regulatory
ENSR2_9M68S · enhancer · 43226876–43227141 · regulatory
ENSR2_5D6J3N · CTCF_binding_site · 43227140–43227161 · regulatory
ENSR2_9M68W · promoter · 43227142–43227642 · regulatory
ENSR2_5D6J6B · CTCF_binding_site · 43227709–43227730 · regulatory
ENSR2_9M694 · promoter · 43227734–43228234 · regulatory
ENSR2_BBKM9 · enhancer · 43229235–43229978 · regulatory
ENSR2_5D6JHJ · CTCF_binding_site · 43229696–43229717 · regulatory
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ENSR2_5D6JQB · CTCF_binding_site · 43231159–43231180 · regulatory
· motif · 43221750–43221763 · motif
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· motif · 43225263–43225279 · motif
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· motif · 43225299–43225308 · motif
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· motif · 43226324–43226341 · motif
· motif · 43226374–43226384 · motif
· motif · 43226375–43226388 · motif
· motif · 43226414–43226424 · motif
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· motif · 43226557–43226567 · motif
· motif · 43226559–43226569 · motif
· motif · 43226559–43226572 · motif
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· motif · 43227142–43227158 · motif
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· motif · 43227711–43227727 · motif
· motif · 43227818–43227828 · motif
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· motif · 43228002–43228015 · motif
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· motif · 43228470–43228485 · motif
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· motif · 43228559–43228572 · motif
· motif · 43228866–43228874 · motif
ZFP36L2 在結腸直腸癌細胞中可受 butyrate 上調;角質形成細胞受傷後也會上調。在角質形成細胞中,GM-CSF 造成強烈上調;TGF-beta、EGF、TNF、FGF1 與 glucocorticoid dexamethasone 則造成中度上調。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:494 aa
ZFP36L2 蛋白質長 494 個胺基酸,含兩個 C3H1 型鋅指:第 153–181 位與第 191–219 位。第 170–211 位註記為 RNA 結合區,第 153–158 位另有 RNA 結合基序註記。第 93–113、257–293 與 397–494 位為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZFP36L2 位於細胞核與細胞質之間,並以依賴 XPO1/CRM1 的方式在兩者間穿梭。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- SFNP31947 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- YWHAEP62258 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
ZFP36L2 與細胞質 CCR4-NOT deadenylase complex 關聯,促進帶有 ARE 的 mRNA 去腺苷化與降解;資料亦記載它與 CNOT7 及 CNOT6L 互作。PMA 處理會以 p38 MAPK 依賴方式抑制 ZFP36L2 與 CNOT7 的互作。
疾病與遺傳關聯
ZFP36L2 相關變異可造成常染色體隱性女性不孕症「Oocyte/zygote/embryo maturation arrest 13」,其特徵包括胚胎發育停滯與胚胎著床失敗。另有一名急性骨髓性白血病患者被發現帶有破壞 ZFP36L2 的移碼突變;此個案提示 ZFP36L2 功能缺陷可能涉及某些血液腫瘤的致病過程,但不能據此視為已確立因果關係。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZFP36L2 結合多種 3′-UTR 中的 ARE,並招募 CCR4-NOT deadenylase complex 等 RNA 降解成分,促進 mRNA 去腺苷化與降解、降低蛋白質合成。它參與 LDLR、IEGs、REST、LHCGR、紅血球分化相關轉錄本及細胞週期調節因子的調控;與 ZFP36L1 協同影響 B 淋巴球靜止、VDJ 重組、胸腺細胞發育及 NOTCH1 mRNA 降解。部分作用與 PMA/p38 MAPK 或特定細胞發育情境相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Zinc-finger RNA-binding protein that destabilizes several cytoplasmic AU-rich element (ARE)-containing mRNA transcripts by promoting their poly(A) tail removal or deadenylation, and hence provide a mechanism for attenuating protein synthesis. Acts as a 3'-untranslated region (UTR) ARE mRNA-binding adapter protein to communicate signaling events to the mRNA decay machinery. Functions by recruiting the CCR4-NOT deadenylase complex and probably other components of the cytoplasmic RNA decay machinery to the bound ARE-containing mRNAs, and hence promotes ARE-mediated mRNA deadenylation and decay processes. Binds to 3'-UTR ARE of numerous mRNAs. Promotes ARE-containing mRNA decay of the low-density lipoprotein (LDL) receptor (LDLR) mRNA in response to phorbol 12-myristate 13-acetate (PMA) treatment in a p38 MAPK-dependent manner. Positively regulates early adipogenesis by promoting ARE-mediated mRNA decay of immediate early genes (IEGs). Plays a role in mature peripheral neuron integrity by promoting ARE-containing mRNA decay of the transcriptional repressor REST mRNA. Plays a role in ovulation and oocyte meiotic maturation by promoting ARE-mediated mRNA decay of the luteinizing hormone receptor LHCGR mRNA. Acts as a negative regulator of erythroid cell differentiation: promotes glucocorticoid-induced self-renewal of erythroid cells by binding mRNAs that are induced or highly expressed during terminal erythroid differentiation and promotes their degradation, preventing erythroid cell differentiation. In association with ZFP36L1 maintains quiescence on developing B lymphocytes by promoting ARE-mediated decay of several mRNAs encoding cell cycle regulators that help B cells progress through the cell cycle, and hence ensuring accurate variable-diversity-joining (VDJ) recombination process and functional immune cell formation. Together with ZFP36L1 is also necessary for thymocyte development and prevention of T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) transformation by promoting ARE-mediated mRNA decay of the oncogenic transcription factor NOTCH1 mRNA PMID 14981510 ↗ · PMID 20506496 ↗ · PMID 25106868 ↗ · PMID 34611029 ↗ |
| 交互作用 | ZFP36L2 與細胞質 CCR4-NOT deadenylase complex 關聯,促進帶有 ARE 的 mRNA 去腺苷化與降解。它也與 CNOT7、CNOT6L 互作;其中 ZFP36L2 與 CNOT7 的互作會在 PMA 處理後,以 p38 MAPK 依賴方式受到抑制。 | 含實驗來源 | 證據與來源Associates with the cytoplasmic CCR4-NOT deadenylase to trigger ARE-containing mRNA deadenylation and decay processes. Interacts with CNOT7; this interaction is inhibited in response to phorbol 12-myristate 13-acetate (PMA) treatment in a p38 MAPK-dependent manner. Interacts with CNOT6L PMID 25106868 ↗ · PMID 34611029 ↗ |
| 細胞定位 | ZFP36L2 位於細胞核與細胞質,並以依賴 XPO1/CRM1 的方式在細胞核和細胞質之間穿梭。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; Shuttles between the nucleus and the cytoplasm in a XPO1/CRM1-dependent manner PMID 34611029 ↗ |
| 調控 | ZFP36L2 在結腸直腸癌細胞中受 butyrate 上調,在角質形成細胞受傷後也會上調。角質形成細胞中,GM-CSF 引起強烈上調;TGF-beta、EGF、TNF、FGF1 與 glucocorticoid dexamethasone 則引起中度上調。 | 含實驗來源 | 證據與來源Up-regulated by butyrate in colorectal cancer cells. Up-regulated in keratinocytes after wounding. Up-regulated strongly by granulocyte macrophage colony-stimulating factor (GM-CSF) in keratinocytes. Up-regulated moderately by transforming growth factor (TGF-beta), epidermal growth factor (EGF), tumor necrosis factor (TNF) and fibroblast growth factor (FGF1) in keratinocytes. Up-regulated also by glucocorticoid dexamethasone in keratinocytes PMID 10367403 ↗ · PMID 20166898 ↗ · PMID 27182009 ↗ |
| 疾病關聯 | Oocyte/zygote/embryo maturation arrest 13 是一種常染色體隱性女性不孕症,特徵為胚胎發育停滯及胚胎著床失敗。來源指出,此病由影響 ZFP36L2 的變異造成。 | 含實驗來源 | 證據與來源Oocyte/zygote/embryo maturation arrest 13 OZEMA13 An autosomal recessive female infertility disorder characterized by embryonic development arrest and embryo implantation failure. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 620154 PMID 34611029 ↗ |
| 疾病關聯 | 一名急性骨髓性白血病患者被發現帶有破壞 ZFP36L2 的移碼突變。此個案提示 ZFP36L2 功能缺陷可能參與某些血液腫瘤的致病過程,但來源並未將此關聯描述為已確立的因果關係。 | 含實驗來源 | 證據與來源A frameshift mutation disrupting ZFP36L2 have been found in a patient with acute myeloid leukemia, suggesting that defective ZFP36L2 might be involved in the pathogenesis of certain types of hematological cancers PMID 21109922 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GAGTTCCAGCAGTCCGCGAGCTGCCGTCGGCTCCGCGGGG40GGGGCGGGCCGGGCACCCCGGGGCGCGGAGGAGCGCTCCT80CGCTTCTCTCCTTCCCCCCTGCCGCACTCCGCCGGACCCT120CCCGCCGGCCCGCGCCGCTGCACTCGCCCTCTCCTCTCGC160CCCCCGGCAAACTTTCGGCCCCTCCCCGCCCCTCGCCCGT200TATTCGTCGTGGCTCAAGCCCGGCCACGCCGCCCCAAGGG240CTCCTCCCGACCTCCCGGCCTGCCGCTCCGGCCACTGCGG280GATCCAGAAACATGTCGACCACACTTCTGTCCGCCTTCTA320CGATGTCGACTTCTTGTGCAAGACAGAGAAATCCCTGGCC360AACCTCAACCTGAACAACATGCTGGACAAGAAGGCGGTGG400GGACGCCTGTGGCCGCCGCCCCCAGCTCGGGCTTCGCGCC440GGGATTCCTCCGACGGCACTCGGCCAGCAACCTGCATGCA480CTCGCCCACCCCGCGCCCAGCCCCGGCAGCTGCTCGCCCA520AGTTCCCGGGCGCCGCTAACGGCAGCAGCTGCGGCAGCGC560GGCGGCCGGCGGTCCGACCTCCTACGGCACCCTTAAGGAG600CCGTCGGGGGGCGGCGGCACAGCCCTGCTCAACAAGGAGA640ACAAATTCCGGGACCGCTCGTTTAGCGAGAACGGCGATCG680CAGCCAGCACCTCCTGCACCTGCAGCAGCAGCAGAAGGGG720GGCGGCGGCTCCCAGATCAACTCCACGCGCTACAAGACCG760AGCTGTGCCGGCCCTTCGAGGAGAGCGGCACGTGCAAGTA800CGGCGAAAAGTGCCAGTTCGCGCATGGCTTCCACGAGCTG840CGCAGCCTGACTCGCCATCCGAAGTACAAGACCGAGCTGT880GCCGCACCTTTCATACCATCGGCTTCTGCCCCTATGGGCC920GCGCTGCCACTTCATCCACAACGCGGACGAGCGGCGGCCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。