基因總覽
ZFP36L1（ZFP36 like 1 zinc finger CCCH-type）是蛋白質編碼基因，產物屬於含鋅指的 RNA 結合蛋白。其蛋白質具有兩個 C3H1-type zinc finger，這類結構特色與辨識 RNA 有關；蛋白質也含有參與 RNA 降解調控的區域。ZFP36L1 的主要角色是辨識特定 mRNA，並協助將 RNA 上的調控訊息連結至細胞內的 RNA 處理機制。其作用對象包括帶有 AU-rich element（ARE）的 mRNA，並涉及細胞質中的 RNA 穩定性調控；此外，來源亦指出它參與核內 mRNA 末端處理。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000439696 ★ | 68,787,662–68,793,067 | 2 |
| ENST00000336440 | 68,787,655–68,796,269 | 3 |
| ENST00001135672 | 68,787,662–68,796,269 | 2 |
| ENST00000557086 | 68,789,945–68,796,253 | 2 |
| ENST00000557022 | 68,789,955–68,796,081 | 2 |
| ENST00000553375 | 68,790,189–68,796,214 | 3 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZFP36L1 是鋅指 RNA 結合蛋白，可辨識多種 mRNA 3′非翻譯區（UTR）中的 AU-rich element（ARE）。它作為 RNA 結合接頭，將 ARE 上的訊息傳遞給 RNA 降解機制；藉由招募 CCR4-NOT 去腺苷酸化複合體及其他細胞質 RNA 降解組件，促進目標 mRNA 的 poly(A) 尾移除與後續降解，因而降低這些轉錄本支持蛋白質合成的能力。來源也指出，即使目標 RNA 沒有 poly(A) 尾，ZFP36L1 仍可能促進含 ARE mRNA 的降解，此項作用為相似性推定。
ZFP36L1 所調控的轉錄本與細胞狀態相關。例如，在高滲透壓刺激下，它促進礦物皮質激素受體 NR3C2 mRNA 降解；在造血／紅血球分化中，藉由促進轉錄因子 STAT5B mRNA 降解而負向調節分化，在單核球／巨噬細胞分化中則透過促進 CDK6 mRNA 降解而正向調節分化。胚胎幹細胞中，FGF 誘發的 MAPK 訊號路徑可促進其降解 NANOG 等與多能性相關的 mRNA，降低自我更新並正向調節中內胚層分化；對惡性 B 細胞的促凋亡作用則可能與 BCL2 mRNA 降解有關。
在發育中的 B 淋巴球，ZFP36L1 與 ZFP36L2 一同促進多種細胞週期調控因子 mRNA 降解，協助維持細胞靜止，並支持準確的 VDJ 重組及功能性免疫細胞形成。兩者也參與胸腺細胞發育，並藉由降解致癌轉錄因子 NOTCH1 mRNA，防止 T 細胞急性淋巴性白血病轉化。這些作用說明，調節特定 mRNA 的命運可連結細胞週期控制與免疫細胞發育。
ZFP36L1 也參與其他 RNA 處理過程：它可將目標 ARE-mRNA 傳送至處理小體，並參與壓力顆粒與處理小體的形成及融合。在內皮細胞中，它結合 DLL4 mRNA 上、位於較弱非典型 poly(A) 訊號中的 ARE，調節核內 mRNA 3′端成熟效率。此外，來源亦指出它參與血管生成、心內膜發育、角質形成細胞增殖、分化與凋亡，以及肌母細胞分化。
Promoter 與基因調控
>ZFP36L1 ENST00000439696 GRCh38 chr14:68792967-68794067 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GGAAGGGGCATTCAGGAAGGATTAGGGTTTTCTTGACTAAAAAGTTTAAAGATTGGATGCGTGAAAAGAA ACGGCACGCCTAGGCCTGGTAAAACAAACAATCGTCCCGGGTTGTGGTCTTTTTTTGCGGCGCCCCCCAC CCGCCCACACCCGGAGAGCGCCGGCTGCAAAGCGAGCGCGAGTGTCGACGCGTGCGGCGCACTAAATTGT GCCGCGCTCGCCCCCGCCAGACCATGTCCTCCTGGGGAAAAAGTTTCCCTAGTCCCCCCAGCAGCGCGCC CCACCCTACGCCCCGCTGGAAAAAAAACAGCAACATAAAATCCTAGGCTTGAACATTCTGTGCGTCCCAA ATTTCTAATGTCCTCGGCCTGCCCGGTTTGCCGAAGGGAGCCGAGTGTCGAAGAGAAGTCGGGAAAAGGT AAGTTGTGCAGACACTTGGGGAAGTTTCAAGGAGACCGCCAGCTCAAGATGGAAACCGCGGCCCGGGCGC TAAGGACGGGCTTCAGCTCCCGCTGGCAAAAAGAGAAAGTCGAGCCCGCCTTCCTGCCCAACAAAAAACA ACAACATGACAACAAGAACCCCGGAGGGAGTGGAATGAGTGACGTCACAGCCGCGCTCTGAGGCTGACAA AGGAGGGGGCGCGCCCCTCCCGCTCTGCGCCCGCGCGGCCCCGGAGAGGGGGCGCCTGAAGCGCCGGGTA GGGAAGTCAGCCGACTTGAAACTTTTCCTCTTAAAGAAAAAAAAAAAAAAGTTGTGCGCGGCTCACAGTG GGGTTTTTTTTTTCCGCCTTCTTTTCTCGTCTCCCCTCCCCCTTCTTCCTTTTGAAAGTTTCTTCTCCTC CCCCTGCCCCCCCTCCCCGCCTGACCGCATGGCTGATTCAACTCCAGTGTCAATCAACTTCTTTTTCCTC CTCTTCCTCATTTAAATAAGTTTAAAGCTCCTCCTCCCCCCGGCCCACCAAATCTGAACTTTATAAATTG GGCTTTGCGCGCCCCAGCCCGGAGTCAGAAAGGCGAGGGGCGCCGGGAACTGGCGTGTGGGACTCCAGAC AGGAGAGGCTGCGCCTTCCCCGCACCGGGACCTTCGCGACACACCAGATCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZFP36L1_1 ↗ | 14:68,793,064 | 負股 | 68,793,054–68,793,113 |
| ZFP36L1_3 ↗ | 14:68,793,278 | 負股 | 68,793,268–68,793,327 |
| ZFP36L1_2 ↗ | 14:68,796,249 | 負股 | 68,796,239–68,796,298 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_5L6T55 · CTCF_binding_site · 68789102–68789123 · regulatory
ENSR14_5L6TBG · CTCF_binding_site · 68790260–68790281 · regulatory
ENSR14_932B8G · promoter · 68793057–68793557 · regulatory
ENSR14_BHMLZ · enhancer · 68794558–68795239 · regulatory
ENSR14_932B94 · promoter · 68795240–68795740 · regulatory
ENSR14_932B9D · promoter · 68796239–68796739 · regulatory
· motif · 68788160–68788175 · motif
· motif · 68788883–68788894 · motif
· motif · 68788884–68788895 · motif
· motif · 68789104–68789120 · motif
· motif · 68789199–68789214 · motif
· motif · 68789223–68789234 · motif
· motif · 68789831–68789846 · motif
· motif · 68789837–68789849 · motif
· motif · 68789839–68789846 · motif
· motif · 68790262–68790278 · motif
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· motif · 68790687–68790704 · motif
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· motif · 68791971–68791993 · motif
· motif · 68792047–68792055 · motif
· motif · 68792262–68792273 · motif
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· motif · 68792446–68792459 · motif
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· motif · 68792865–68792875 · motif
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· motif · 68793217–68793227 · motif
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· motif · 68793278–68793289 · motif
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· motif · 68793425–68793438 · motif
· motif · 68793457–68793472 · motif
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· motif · 68793458–68793471 · motif
· motif · 68793474–68793484 · motif
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· motif · 68794362–68794378 · motif
· motif · 68794418–68794431 · motif
· motif · 68794452–68794462 · motif
· motif · 68794483–68794496 · motif
· motif · 68794495–68794506 · motif
· motif · 68794495–68794506 · motif
· motif · 68794994–68795004 · motif
· motif · 68795229–68795237 · motif
· motif · 68795351–68795364 · motif
· motif · 68795387–68795397 · motif
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· motif · 68795627–68795637 · motif
· motif · 68795632–68795642 · motif
· motif · 68795643–68795656 · motif
· motif · 68795643–68795656 · motif
· motif · 68795650–68795660 · motif
· motif · 68795754–68795765 · motif
· motif · 68795782–68795797 · motif
· motif · 68795905–68795918 · motif
· motif · 68795919–68795935 · motif
· motif · 68795926–68795939 · motif
· motif · 68795987–68796000 · motif
· motif · 68796130–68796139 · motif
· motif · 68796130–68796141 · motif
· motif · 68796130–68796141 · motif
· motif · 68796236–68796256 · motif
· motif · 68796446–68796459 · motif
· motif · 68796491–68796500 · motif
· motif · 68796518–68796527 · motif
· motif · 68797160–68797166 · motif
ZFP36L1 的調控依細胞類型與刺激而異：缺氧會使內皮細胞中的蛋白質量下降；角質形成細胞中，TGF-beta、細胞激素、TNF、EGF、dexamethasone 及傷口刺激可使其上升，傷口誘導作用依賴 p38 MAPK。PTH 在類成骨細胞中透過 cAMP/PKA 訊號增加其表現；TPA 伴隨單核球／巨噬細胞分化時也會上調，而 butyrate 則會在大腸直腸癌細胞中使其下降。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：338 aa
ZFP36L1 蛋白質長 338 個胺基酸，含兩個 C3H1-type zinc finger，分別位於第 114–142 與第 152–180 位。第 1–111 位區域對結合 mRNA 降解酵素及啟動 mRNA 降解已被指出是必要且足夠的；第 185–338 位區域則是啟動 mRNA 降解所必需。另有註解指出第 93–113 位及第 273–338 位屬於無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZFP36L1 可在細胞核與細胞質之間穿梭，此移動依賴 XPO1/CRM1；此項穿梭描述為相似性推定。 它也被報告存在於細胞質壓力顆粒及處理小體，與其參與 RNA 處理及顆粒動態的角色相符。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cytoplasmic granule。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- MAPK14Q16539 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- YWHAGP61981 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
ZFP36L1 與細胞質 CCR4-NOT 去腺苷酸化複合體及 RNA exosome 複合體相關聯，參與含 ARE mRNA 的去腺苷酸化與降解；它也與 CNOT1、CNOT6、CNOT7、DCP1A、DCP2、EXOSC2 及 XRN1 互作。CNOT6、DCP2 與 EXOSC2 的互作涉及 N 端。PMA 處理會以 p38 MAPK 依賴方式抑制其與 CNOT7 的互作。磷酸化形式的 ZFP36L1 另與 YWHAB 互作，此作用依賴 AKT1；與 YWHAZ 的互作則與 p38 MAPK 及 AKT 訊號途徑相關，後者為相似性推定。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZFP36L1 結合多種 mRNA 3′UTR 的 ARE，並招募 CCR4-NOT 去腺苷酸化複合體及細胞質 RNA 降解組件，促進 mRNA 去腺苷酸化與降解；也可能在無 poly(A) 尾時促進降解。其作用涉及脂肪生成、分化、細胞週期、胚胎幹細胞命運、免疫細胞發育及其他 RNA 處理，部分作用依據相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Zinc-finger RNA-binding protein that destabilizes several cytoplasmic AU-rich element (ARE)-containing mRNA transcripts by promoting their poly(A) tail removal or deadenylation, and hence provide a mechanism for attenuating protein synthesis. Acts as a 3'-untranslated region (UTR) ARE mRNA-binding adapter protein to communicate signaling events to the mRNA decay machinery. Functions by recruiting the CCR4-NOT deadenylase complex and components of the cytoplasmic RNA decay machinery to the bound ARE-containing mRNAs, and hence promotes ARE-mediated mRNA deadenylation and decay processes. Also induces the degradation of ARE-containing mRNAs even in absence of poly(A) tail (By similarity). Binds to 3'-UTR ARE of numerous mRNAs. Positively regulates early adipogenesis by promoting ARE-mediated mRNA decay of immediate early genes (IEGs) (By similarity). Promotes ARE-mediated mRNA decay of mineralocorticoid receptor NR3C2 mRNA in response to hypertonic stress. Negatively regulates hematopoietic/erythroid cell differentiation by promoting ARE-mediated mRNA decay of the transcription factor STAT5B mRNA. Positively regulates monocyte/macrophage cell differentiation by promoting ARE-mediated mRNA decay of the cyclin-dependent kinase CDK6 mRNA. Promotes degradation of ARE-containing pluripotency-associated mRNAs in embryonic stem cells (ESCs), such as NANOG, through a fibroblast growth factor (FGF)-induced MAPK-dependent signaling pathway, and hence attenuates ESC self-renewal and positively regulates mesendoderm differentiation (By similarity). May play a role in mediating pro-apoptotic effects in malignant B-cells by promoting ARE-mediated mRNA decay of BCL2 mRNA. In association with ZFP36L2 maintains quiescence on developing B lymphocytes by promoting ARE-mediated decay of several mRNAs encoding cell cycle regulators that help B cells progress through the cell cycle, and hence ensuring accurate variable-diversity-joining (VDJ) recombination and functional immune cell formation (By similarity). Together with ZFP36L2 is also necessary for thymocyte development and prevention of T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) transformation by promoting ARE-mediated mRNA decay of the oncogenic transcription factor NOTCH1 mRNA (By similarity). Participates in the delivery of target ARE-mRNAs to processing bodies (PBs). In addition to its cytosolic mRNA-decay function, plays a role in the regulation of nuclear mRNA 3'-end processing; modulates mRNA 3'-end maturation efficiency of the DLL4 mRNA through binding with an ARE embedded in a weak non-canonical polyadenylation (poly(A)) signal in endothelial cells. Also involved in the regulation of stress granule (SG) and P-body (PB) formation and fusion. Plays a role in vasculogenesis and endocardial development (By similarity). Plays a role in the regulation of keratinocyte proliferation, differentiation and apoptosis. Plays a role in myoblast cell differentiation (By similarity) PMID 12198173 ↗ · PMID 15467755 ↗ · PMID 15538381 ↗ · PMID 15687258 ↗ · PMID 15967811 ↗ · PMID 17030608 ↗ · PMID 17369404 ↗ · PMID 18326031 ↗ · PMID 19179481 ↗ · PMID 20702587 ↗ · PMID 21832157 ↗ · PMID 24700863 ↗ · PMID 25014217 ↗ · PMID 25106868 ↗ · PMID 26542173 ↗ · PMID 27182009 ↗ |
| 交互作用 | ZFP36L1 與 CCR4-NOT 去腺苷酸化複合體及 RNA exosome 複合體相關，並與 CNOT1、CNOT6、CNOT7、DCP1A、DCP2、EXOSC2、XRN1、YWHAB 和 YWHAZ 互作。部分互作涉及 N 端或磷酸化形式；PMA 可透過 p38 MAPK 依賴方式抑制其與 CNOT7 的互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Associates with the cytoplasmic CCR4-NOT deadenylase and RNA exosome complexes to trigger ARE-containing mRNA deadenylation and decay processes. Interacts with CNOT1. Interacts (via N-terminus) with CNOT6. Interacts with CNOT7; this interaction is inhibited in response to phorbol 12-myristate 13-acetate (PMA) treatment in a p38 MAPK-dependent manner. Interacts with DCP1A. Interacts (via N-terminus) with DCP2. Interacts (via N-terminus) with EXOSC2. Interacts with XRN1. Interacts (via phosphorylated form) with YWHAB; this interaction occurs in a protein kinase AKT1-dependent manner. Interacts (via phosphorylated form) with YWHAZ; this interaction occurs in a p38 MAPK- and AKT-signaling pathways (By similarity) PMID 12198173 ↗ · PMID 15467755 ↗ · PMID 15538381 ↗ · PMID 15687258 ↗ · PMID 15967811 ↗ · PMID 17030608 ↗ · PMID 17369404 ↗ · PMID 18326031 ↗ · PMID 19179481 ↗ · PMID 20702587 ↗ · PMID 21832157 ↗ · PMID 24700863 ↗ · PMID 25014217 ↗ · PMID 25106868 ↗ · PMID 26542173 ↗ · PMID 27182009 ↗ |
| 細胞定位 | ZFP36L1 位於細胞核、細胞質及細胞質顆粒，包括處理小體與壓力顆粒；它可依賴 XPO1/CRM1 在細胞核與細胞質間穿梭，此穿梭資訊為相似性推定。來源亦報告其位於處理小體並為細胞質壓力顆粒的組成成分。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; Cytoplasmic granule; Cytoplasm, P-body; Shuttles between the nucleus and the cytoplasm in a XPO1/CRM1-dependent manner (By similarity). Component of cytoplasmic stress granules. Localizes in processing bodies (PBs) PMID 12198173 ↗ · PMID 15967811 ↗ · PMID 17369404 ↗ |
| 調控 | ZFP36L1 在內皮細胞中受缺氧下調；角質形成細胞中的 TGF-beta、細胞激素、TNF、EGF、dexamethasone 及傷口刺激會使其上調，傷口反應依賴 p38 MAPK。PTH 可透過 cAMP/PKA 在類成骨細胞中上調它；TPA 伴隨單核球／巨噬細胞分化時也會上調，而 butyrate 會在大腸直腸癌細胞中使其下調。 | 含實驗來源 | 證據與來源Down-regulated under hypoxic conditions in endothelial cells (at protein level). Up-regulated by growth factor (TGF-beta), cytokines, tumor necrosis factor (TNF) and epidermal growth factor (EGF) in keratinocytes. Up-regulated also by glucocorticoid dexamethasone in keratinocytes. Up-regulated in keratinocytes in response to wounding in a p38 MAPK-dependent manner. Up-regulated by the parathyroid hormone (PTH) in osteoblast-like cells in a cAMP/PKA-dependent manner. Up-regulated in response to adrenocorticotropic hormone (ACTH). Up-regulated during monocyte/macrophage differentiation in response to phorbol ester 12-O-tetradecanoylphorbol-13-acetate (TPA). Down-regulated by butyrate in colorectal cancer cells PMID 10367403 ↗ · PMID 15465005 ↗ · PMID 19179481 ↗ · PMID 20166898 ↗ · PMID 21832157 ↗ · PMID 26542173 ↗ · PMID 27182009 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GGAGTCAGAAAGGCGAGGGGCGCCGGGAACTGGCGTGTGG40GACTCCAGACAGGAGAGGCTGCGCCTTCCCCGCACCGGGA80CCTTCGCGACACACCAGATCCTCGCCCCTGGCTCGCGCGA120ACGCACAGGATGACCACCACCCTCGTGTCTGCCACCATCT160TCGACTTGAGCGAAGTTTTATGCAAGGGTAACAAGATGCT200CAACTATAGTGCTCCCAGTGCAGGGGGTTGCCTGCTGGAC240AGAAAGGCAGTGGGCACCCCTGCTGGTGGGGGCTTCCCTC280GGAGGCACTCAGTCACCCTGCCCAGCTCCAAGTTCCACCA320GAACCAGCTCCTCAGCAGCCTCAAGGGTGAGCCAGCCCCC360GCTCTGAGCTCGCGAGACAGCCGCTTCCGAGACCGCTCCT400TCTCGGAAGGGGGCGAGCGGCTGCTGCCCACCCAGAAGCA440GCCCGGGGGCGGCCAGGTCAACTCCAGCCGCTACAAGACG480GAGCTGTGCCGCCCCTTTGAGGAAAACGGTGCCTGTAAGT520ACGGGGACAAGTGCCAGTTCGCACACGGCATCCACGAGCT560CCGCAGCCTGACCCGCCACCCCAAGTACAAGACGGAGCTG600TGCCGCACCTTCCACACCATCGGCTTTTGCCCCTACGGGC640CCCGCTGCCACTTCATCCACAACGCTGAAGAGCGCCGTGC680CCTGGCCGGGGCCCGGGACCTCTCCGCTGACCGTCCCCGC720CTCCAGCATAGCTTTAGCTTTGCTGGGTTTCCCAGTGCCG760CTGCCACCGCCGCTGCCACCGGGCTGCTGGACAGCCCCAC800GTCCATCACCCCACCCCCTATTCTGAGCGCCGATGACCTC840CTGGGCTCACCTACCCTGCCCGATGGCACCAATAACCCTT880TTGCCTTCTCCAGCCAGGAGCTGGCAAGCCTCTTTGCCCC920TAGCATGGGGCTGCCCGGGGGTGGCTCCCCGACCACCTTC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。