基因總覽
YY1 transcription factor 是 YY transcription factor 家族的蛋白質編碼基因產物，具有多功能轉錄因子的特性。其蛋白質包含四個 C2H2 型鋅指，並有多段具不同分子作用註解的區域，包括與 SMAD1/SMAD4 複合體互動的區域、富含甘胺酸且與 HCFC1 互動的區域，以及與核基質關聯的區域。鋅指所在的 C 端區段與 DNA 結合相關。YY1 也被描述為染色質重塑複合體的組成成員；其基因調控作用會隨結合情境而異。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000262238 ★ | 100,239,144–100,282,788 | 5 |
| ENST00000554371 | 100,238,298–100,239,346 | 2 |
| ENST00001120030 | 100,239,011–100,282,788 | 3 |
| ENST00000553625 | 100,239,754–100,276,578 | 3 |
| ENST00000554804 | 100,239,759–100,278,142 | 4 |
| ENST00000704485 | 100,240,639–100,282,788 | 5 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
YY1 可結合轉錄起始位點附近的 DNA，對多種細胞與病毒基因產生正向或負向轉錄調控。其共識結合序列為 5'-CCGCCATNTT-3'；部分基因具有較長的結合基序，可能使 YY1 結合更強。該序列起始的 CG 二核苷酸若發生甲基化，YY1 的結合親和力會大幅降低。
YY1 的調控方向取決於結合位點所在的情境，作用方式包括直接活化或抑制轉錄、招募輔因子而間接調控，以及藉由干擾其他結合位點或改變 DNA 構形來影響轉錄。轉錄因子與細胞質蛋白也能調節其活性，並可能消除或完全抑制 YY1 介導的活化或抑制作用。例如，沒有腺病毒 E1A 蛋白時，YY1 會抑制轉錄；E1A 存在時則轉為活化因子。
在骨形態發生蛋白（BMP）介導的心臟特異性基因表現中，YY1 與 SMAD1、SMAD4 協同作用，並結合心臟活化區 BMP 反應元件中的 SMAD 結合元素。YY1 可能參與發育與分化；另有研究提出，它會將 PRC2/EED-EZH2 複合體帶至受轉錄抑制的目標基因，並將 PR-DUB 複合體招募至特定基因調控區域。
YY1 也參與 DNA 修復。在體外實驗中，它能結合 DNA 重組中間結構 Holliday junction，並參與調節增強子活化。此外，YY1 被提出是染色質重塑 INO80 complex 的核心組成部分，可能將該複合體導向 YY1 反應元件；INO80 complex 本身參與轉錄調控、DNA 複製，並可能參與 DNA 修復。
Promoter 與基因調控
>YY1 ENST00000262238 GRCh38 chr14:100238144-100239244 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ACCCCGCCGGGCGCTCGCGGCGAGATACCGGACGCTGCCCGCGTCGCCCGATTTTGTCCGTTCGGTCCTC CACACTCACCCCGCGGCCATCGCTCGCCCGAAGCCAGGCGACAAGAACAAACACCTCCCGACGCGAAAAA GGAAGCACAGGCGATTCTCGTCAAAGCAGACTTTATTGGGGCGACAGGGCCGCCCCGCACGCGCCAGCCG CTCCCCGCGCGGCCCCCGGGCCGCCCACCCGCCTCAACCCCGCTCCCGGCCGGCCCCTCCCTCCCTTCTC CTCAGGCTCCCGCCCCCGTGGTGCCCGGGGCCGCGCGGACCGCTCACCGGCTCCCAAGGCAGCGGCTGTA GCGGCGACGCCCCGTTCCCGAGTGCGGCCCCGGCCCGAGGCGGCGGGTTTTGTGGCTGTTGCACCGCGAA GGGCGGCAGCCGCGCGACACCGGGAAGCGGGAGGCGGTGGCGGCGGCGGCGGCGCGCTGACGTCACGCGC CGCGGGCCAGCCAGGGCGCGTGCGAGCCGCCCCGCCCCCGGTCCCATCGGCCCCAATCCGGGAGGAGCCC GGCGAGTGGGCGGGGCCGCGGAGGCCAGCGGACAGATCGATTGGCCGAGAGGAGAATCGAGAGGGCGAAC GGGCGAGTGGCAGCGAGGCGGGGCGGGCTGAGGCCAGCGCGGAAGTCTCGCGAGGCCGGGCCCGAGCAGA GTGTGGCGGCGGCGGCGAGATCTGGGCTCGGGTTGAGGAGTTGGTATTTGTGTGGAAGGAGGCGGAGGCG CAGGAGGAAGGGGGAAGCGGAGCGCCGGCCCGGAGGGCGGGAGGAGGCGCGGCCAGGGCGGGCGGTTGCG GCGAGGCGAGGCGAGGCGGGGAGCCGAGACGAGCAGCGGCCGAGCGAGCGCGGGCGCGGGCGCACCGAGG CGAGGGAGGCGGGGAAGCCCCGCCGCCGCCGCGGCGCCCGCCCCTTCCCCCGCCGCCCGCCCCCTCTCCC CCCGCCCGCTCGCCGCCTTCCTCCCTCTGCCTTCCTTCCCCACGGCCGGCCGCCTCCTCGCCCGCCCGCC CGCAGCCGAGGAGCCGAGGCCGCCGCGGCCGTGGCGGCGGAGCCCTCAGCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| YY1_2 ↗ | 14:100,238,889 | 正股 | 100,238,840–100,238,899 |
| YY1_1 ↗ | 14:100,239,144 | 正股 | 100,239,095–100,239,154 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_BPW4Z · enhancer · 100237335–100237959 · regulatory
ENSR14_CCXK3 · promoter · 100237960–100239154 · regulatory
ENSR14_5TKKQ8 · CTCF_binding_site · 100238946–100238967 · regulatory
ENSR14_5TKKSZ · CTCF_binding_site · 100239537–100239558 · regulatory
ENSR14_5TKKX9 · CTCF_binding_site · 100240033–100240054 · regulatory
ENSR14_93GR8Q · promoter · 100240149–100240649 · regulatory
ENSR14_5TKKZK · CTCF_binding_site · 100240313–100240334 · regulatory
ENSR14_5TKL23 · CTCF_binding_site · 100240420–100240441 · regulatory
ENSR14_5TKL2H · CTCF_binding_site · 100240517–100240538 · regulatory
ENSR14_CCXK8 · enhancer · 100240650–100241693 · regulatory
ENSR14_5TKL3F · CTCF_binding_site · 100240715–100240736 · regulatory
· motif · 100236431–100236445 · motif
· motif · 100238035–100238052 · motif
· motif · 100238263–100238272 · motif
· motif · 100238276–100238290 · motif
· motif · 100238373–100238386 · motif
· motif · 100238432–100238445 · motif
· motif · 100238483–100238500 · motif
· motif · 100238534–100238551 · motif
· motif · 100238600–100238613 · motif
· motif · 100238618–100238631 · motif
· motif · 100238618–100238631 · motif
· motif · 100238624–100238640 · motif
· motif · 100238664–100238677 · motif
· motif · 100238704–100238717 · motif
· motif · 100238782–100238798 · motif
· motif · 100238809–100238820 · motif
· motif · 100238809–100238820 · motif
· motif · 100238846–100238859 · motif
· motif · 100238902–100238915 · motif
· motif · 100238948–100238964 · motif
· motif · 100239072–100239085 · motif
· motif · 100239075–100239088 · motif
· motif · 100239109–100239122 · motif
· motif · 100239345–100239362 · motif
· motif · 100239460–100239477 · motif
· motif · 100239539–100239555 · motif
· motif · 100239867–100239876 · motif
· motif · 100240000–100240010 · motif
· motif · 100240035–100240051 · motif
· motif · 100240042–100240052 · motif
· motif · 100240059–100240072 · motif
· motif · 100240067–100240080 · motif
· motif · 100240073–100240086 · motif
· motif · 100240100–100240110 · motif
· motif · 100240103–100240118 · motif
· motif · 100240151–100240161 · motif
· motif · 100240232–100240245 · motif
· motif · 100240315–100240331 · motif
· motif · 100240383–100240396 · motif
· motif · 100240389–100240402 · motif
· motif · 100240422–100240438 · motif
· motif · 100240512–100240522 · motif
· motif · 100240519–100240535 · motif
· motif · 100240551–100240561 · motif
· motif · 100240553–100240566 · motif
· motif · 100240572–100240587 · motif
· motif · 100240640–100240656 · motif
· motif · 100240640–100240656 · motif
· motif · 100240649–100240662 · motif
· motif · 100240717–100240733 · motif
· motif · 100241500–100241512 · motif
· motif · 100242281–100242292 · motif
· motif · 100243167–100243178 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：414 aa
YY1 transcription factor 長 414 個胺基酸，屬於 YY transcription factor 家族。蛋白質含四個 C2H2 型鋅指，位於第 296–320、325–347、353–377 與 383–407 個胺基酸。第 295–414 個胺基酸區段與 DNA 結合相關；第 116–260 個胺基酸的富含甘胺酸區域參與 HCFC1 互動。其他註解區域涉及 SMAD1/SMAD4 複合體互動、核基質關聯及轉錄抑制。
蛋白質三維結構
細胞內定位
YY1 與核基質相關；來源未提供定位改變的條件或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 50 個夥伴
- ACTL6AO96019 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- ALOXE3Q9BYJ1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARRB1P49407 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CBX5P45973 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CEP76Q8TAP6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CYSRT1A8MQ03 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DMWDG5E9A7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ESM1Q9NQ30 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FHL2Q14192 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- GMCL1Q96IK5 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- GPR37O15354 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRNP28799 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- IL10P22301 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- INO80Q9ULG1 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- KRTAP1-3Q8IUG1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP1-5Q9BYS1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-5P60370 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-8P60410 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-9P60411 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP12-2P59991 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP12-3P60328 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP17-1Q9BYP8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP2-4Q9BYR9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP4-2Q9BYR5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP4-5Q9BYR2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
YY1 透過涵蓋第一、第二個鋅指的區域與 YAF2 互動，並直接透過富含甘胺酸區域與 HCFC1 互動。它也透過 C 端鋅指與 BAP1 的 ULD 結構域直接互動，此互動需要 HCFC1。YY1 是 INO80 complex 的組成部分，亦與 EED、EZH2、SFMBT2 互動，並與 SMAD1、SMAD4 同處一個複合體。它還是 PR-DUB 複合體的輔助組成部分；另有資料指出 YY1、SIN3A 與 HDAC1 同處一個複合體。
疾病與遺傳關聯
YY1 基因變異與 Gabriele-de Vries syndrome（GADEVS）相關，該病為常染色體顯性神經發育疾病。其特徵包括精神運動發展遲緩與智能障礙；多數患者另有行為及進食問題、動作異常、輕度遠端骨骼異常與面部特徵異常。來源將疾病歸因於影響 YY1 基因的變異。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | YY1 會在轉錄起始位點附近結合 DNA，依結合情境正向或負向調控多種細胞與病毒基因。其結合受 DNA 基序及起始 CG 的甲基化影響，並可直接調控、招募輔因子或改變 DNA 結合與構形；其轉錄作用也受其他蛋白調節。YY1 參與 BMP 介導的心臟基因表現，並與發育分化、轉錄抑制、DNA 修復、增強子調控及 PR-DUB 招募相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Multifunctional transcription factor that exhibits positive and negative control on a large number of cellular and viral genes by binding to sites overlapping the transcription start site. Binds to the consensus sequence 5'-CCGCCATNTT-3'; some genes have been shown to contain a longer binding motif allowing enhanced binding; the initial CG dinucleotide can be methylated greatly reducing the binding affinity. The effect on transcription regulation is depending upon the context in which it binds and diverse mechanisms of action include direct activation or repression, indirect activation or repression via cofactor recruitment, or activation or repression by disruption of binding sites or conformational DNA changes. Its activity is regulated by transcription factors and cytoplasmic proteins that have been shown to abrogate or completely inhibit YY1-mediated activation or repression. For example, it acts as a repressor in absence of adenovirus E1A protein but as an activator in its presence. Acts synergistically with the SMAD1 and SMAD4 in bone morphogenetic protein (BMP)-mediated cardiac-specific gene expression. Binds to SMAD binding elements (SBEs) (5'-GTCT/AGAC-3') within BMP response element (BMPRE) of cardiac activating regions. May play an important role in development and differentiation. Proposed to recruit the PRC2/EED-EZH2 complex to target genes that are transcriptional repressed. Involved in DNA repair. In vitro, binds to DNA recombination intermediate structures (Holliday junctions). Plays a role in regulating enhancer activation. Recruits the PR-DUB complex to specific gene-regulatory regions PMID 11158321 ↗ · PMID 15329343 ↗ · PMID 1655281 ↗ · PMID 17721549 ↗ · PMID 18026119 ↗ · PMID 20805357 ↗ · PMID 24326773 ↗ · PMID 25787250 ↗ · PMID 28575647 ↗ |
| 功能 | YY1 被提出是染色質重塑 INO80 complex 的核心組成部分。該複合體參與轉錄調控與 DNA 複製，並可能參與 DNA 修復；YY1 也被提出可將 INO80 complex 導向 YY1 反應元件。 | 含實驗來源 | 證據與來源Proposed core component of the chromatin remodeling INO80 complex which is involved in transcriptional regulation, DNA replication and probably DNA repair; proposed to target the INO80 complex to YY1-responsive elements PMID 17721549 ↗ · PMID 18026119 ↗ |
| 交互作用 | YY1 透過第一、第二個鋅指所在區域與 YAF2 互動，並是 INO80 complex 的一部分。它與 EED、EZH2、SFMBT2 互動，且與 SMAD1、SMAD4 同處複合體；另有資料指出它與 SIN3A、HDAC1 同處複合體。YY1 是 PR-DUB 複合體的輔助組成部分，並直接透過富含甘胺酸區域與 HCFC1、透過 C 端鋅指與 BAP1 互動；後者需要 HCFC1。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with YAF2 through the region encompassing the first and second zinc fingers. Component of the chromatin remodeling INO80 complex; specifically part of a complex module associated with the DBINO domain of INO80. Interacts with EED and EZH2; the interactions are indicative for an association with the PRC2/EED-EZH2 complex. Interacts with SFMBT2. Found in a complex with SMAD1 and SMAD4. Found in a complex with YY1, SIN3A and HDAC1 (By similarity). Accessory component of the polycomb repressive deubiquitinase (PR-DUB) complex, at least composed of BAP1, one of ASXL1, ASXL2 or (probably) ASXL3 and one of MBD5 or MBD6; the PR-DUB core associates with a number of accessory proteins, including FOXK1, FOXK2, KDM1B, HCFC1, YY1 and OGT. Interacts (via Gly-rich region) with HCFC1; the interaction is direct. Interacts (via C-terminal zinc-finger domains) with BAP1 (via ULD domain); the interaction is direct and requires HCFC1 PMID 11158321 ↗ · PMID 15329343 ↗ · PMID 17721549 ↗ · PMID 18026119 ↗ · PMID 18922472 ↗ · PMID 20805357 ↗ · PMID 21303910 ↗ · PMID 23385818 ↗ · PMID 9016636 ↗ |
| 細胞定位 | YY1 位於細胞核基質，並與核基質相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus matrix; Associated with the nuclear matrix PMID 18026119 ↗ · PMID 23385818 ↗ · PMID 9493912 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 YY1 基因的變異會導致 Gabriele-de Vries syndrome，這是一種常染色體顯性神經發育疾病。患者有精神運動發展遲緩與智能障礙；多數患者另有行為及進食問題、動作異常、輕度遠端骨骼異常和面部特徵異常。 | 含實驗來源 | 證據與來源Gabriele-de Vries syndrome GADEVS An autosomal dominant neurodevelopmental disorder characterized by delayed psychomotor development and intellectual disability. Most patients have behavioral and feeding problems, movement abnormalities, mild distal skeletal anomalies, and dysmorphic facial features. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 617557 PMID 21076407 ↗ · PMID 28575647 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CTCCCTCTGCCTTCCTTCCCCACGGCCGGCCGCCTCCTCG40CCCGCCCGCCCGCAGCCGAGGAGCCGAGGCCGCCGCGGCC80GTGGCGGCGGAGCCCTCAGCCATGGCCTCGGGCGACACCC120TCTACATCGCCACGGACGGCTCGGAGATGCCGGCCGAGAT160CGTGGAGCTGCACGAGATCGAGGTGGAGACCATCCCGGTG200GAGACCATCGAGACCACAGTGGTGGGCGAGGAGGAGGAGG240AGGACGACGACGACGAGGACGGCGGCGGTGGCGACCACGG280CGGCGGGGGCGGCCACGGGCACGCCGGCCACCACCACCAC320CACCATCACCACCACCACCACCCGCCCATGATCGCTCTGC360AGCCGCTGGTCACCGACGACCCGACCCAGGTGCACCACCA400CCAGGAGGTGATCCTGGTGCAGACGCGCGAGGAGGTGGTG440GGCGGCGACGACTCGGACGGGCTGCGCGCCGAGGACGGCT480TCGAGGATCAGATTCTCATCCCGGTGCCCGCGCCGGCCGG520CGGCGACGACGACTACATTGAACAAACGCTGGTCACCGTG560GCGGCGGCCGGCAAGAGCGGCGGCGGCGGCTCGTCGTCGT600CGGGAGGCGGCCGCGTCAAGAAGGGCGGCGGCAAGAAGAG640CGGCAAGAAGAGTTACCTCAGCGGCGGGGCCGGCGCGGCG680GGCGGCGGCGGCGCCGACCCGGGCAACAAGAAGTGGGAGC720AGAAGCAGGTGCAGATCAAGACCCTGGAGGGCGAGTTCTC760GGTCACCATGTGGTCCTCAGATGAAAAAAAAGATATTGAC800CATGAGACAGTGGTTGAAGAACAGATCATTGGAGAGAACT840CACCTCCTGATTATTCAGAATATATGACAGGAAAGAAACT880TCCTCCTGGAGGAATACCTGGCATTGACCTCTCAGATCCC920AAACAACTGGCAGAATTTGCTAGAATGAAGCCAAGAAAAA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。