演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

XYLBFLJ10343

xylulokinase

XYLB 是編碼 xylulokinase 的蛋白質編碼基因,其產物屬於 FGGY kinase 家族,參與 D-xylulose 的磷酸化反應。

Homo sapiens3p22.2UniProt O75191
OFFICIAL SYMBOL
XYLB
CHROMOSOME
3
UNIPROT
O75191
PDB / ALPHAFOLD
4BC2
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

XYLB 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 xylulokinase,產物屬於 FGGY kinase 家族。現有資料將其描述為催化酵素,並指出其產物與葡萄糖代謝及脂質生成的調節可能有關;資料未提供更詳細的蛋白質結構或區域資訊。

Official symbol
XYLB
Gene name
xylulokinase
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:12839
UniProt
O75191
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
FLJ10343FLJ12539

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 33p22.2
chr3 · 198,295,559 bp · GRCh38chr3p26.3 · 1–2800000 · gpos50chr3p26.2 · 2800001–4000000 · gnegchr3p26.1 · 4000001–8100000 · gpos50chr3p25.3 · 8100001–11600000 · gnegchr3p25.2 · 11600001–13200000 · gpos25chr3p25.1 · 13200001–16300000 · gnegchr3p24.3 · 16300001–23800000 · gpos100chr3p24.2 · 23800001–26300000 · gnegchr3p24.1 · 26300001–30800000 · gpos75chr3p23 · 30800001–32000000 · gnegchr3p22.3 · 32000001–36400000 · gpos50chr3p22.2 · 36400001–39300000 · gnegchr3p22.1 · 39300001–43600000 · gpos75chr3p21.33 · 43600001–44100000 · gnegchr3p21.32 · 44100001–44200000 · gpos50chr3p21.31 · 44200001–50600000 · gnegchr3p21.2 · 50600001–52300000 · gpos25chr3p21.1 · 52300001–54400000 · gnegchr3p14.3 · 54400001–58600000 · gpos50chr3p14.2 · 58600001–63800000 · gnegchr3p14.1 · 63800001–69700000 · gpos50chr3p13 · 69700001–74100000 · gnegchr3p12.3 · 74100001–79800000 · gpos75chr3p12.2 · 79800001–83500000 · gnegchr3p12.1 · 83500001–87100000 · gpos75chr3p11.2 · 87100001–87800000 · gnegchr3p11.1 · 87800001–90900000 · acenchr3q11.1 · 90900001–94000000 · acenchr3q11.2 · 94000001–98600000 · gvarchr3q12.1 · 98600001–100300000 · gnegchr3q12.2 · 100300001–101200000 · gpos25chr3q12.3 · 101200001–103100000 · gnegchr3q13.11 · 103100001–106500000 · gpos75chr3q13.12 · 106500001–108200000 · gnegchr3q13.13 · 108200001–111600000 · gpos50chr3q13.2 · 111600001–113700000 · gnegchr3q13.31 · 113700001–117600000 · gpos75chr3q13.32 · 117600001–119300000 · gnegchr3q13.33 · 119300001–122200000 · gpos75chr3q21.1 · 122200001–124100000 · gnegchr3q21.2 · 124100001–126100000 · gpos25chr3q21.3 · 126100001–129500000 · gnegchr3q22.1 · 129500001–134000000 · gpos25chr3q22.2 · 134000001–136000000 · gnegchr3q22.3 · 136000001–139000000 · gpos25chr3q23 · 139000001–143100000 · gnegchr3q24 · 143100001–149200000 · gpos100chr3q25.1 · 149200001–152300000 · gnegchr3q25.2 · 152300001–155300000 · gpos50chr3q25.31 · 155300001–157300000 · gnegchr3q25.32 · 157300001–159300000 · gpos50chr3q25.33 · 159300001–161000000 · gnegchr3q26.1 · 161000001–167900000 · gpos100chr3q26.2 · 167900001–171200000 · gnegchr3q26.31 · 171200001–176000000 · gpos75chr3q26.32 · 176000001–179300000 · gnegchr3q26.33 · 179300001–183000000 · gpos75chr3q27.1 · 183000001–184800000 · gnegchr3q27.2 · 184800001–186300000 · gpos25chr3q27.3 · 186300001–188200000 · gnegchr3q28 · 188200001–192600000 · gpos75chr3q29 · 192600001–198295559 · gnegXYLBpq1 bp198,295,559 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr3:38,346,743–38,428,434
Gene span
81,692 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000207870 ★38,346,785–38,414,98519
ENST0000042732338,346,743–38,357,1583
ENST0000065059038,346,743–38,420,65118
ENST0000085443438,346,743–38,414,83618
ENST0000085443538,346,743–38,413,31916
ENST0000085443638,346,743–38,413,32117
ENST0000085443738,346,743–38,413,31320
ENST0000097943438,346,743–38,420,66519
ENST0000097944538,346,743–38,404,65418
ENST0000109577238,346,743–38,413,31918
ENST0000109577338,346,743–38,357,1623
ENST0000110732838,346,743–38,403,28918

顯示 12/20 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

xylulokinase 催化 D-xylulose 的磷酸化,生成 D-xylulose 5-phosphate。反應中 ATP 作為磷酸基來源,並生成 ADP 與 H⁺;其反應式為 D-xylulose + ATP = D-xylulose 5-phosphate + ADP + H⁺。

D-xylulose 5-phosphate 可能在葡萄糖代謝與脂質生成的調節中扮演重要角色。來源指出的是該產物可能具有這些調節作用,並未進一步說明 XYLB 如何影響相關過程,也未提供作用方向或具體機制。因此,XYLB 的功能可確定描述為催化上述磷酸化反應,而其產物在代謝調節中的角色仍保留來源所述的不確定性。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 38346785 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>XYLB ENST00000207870 GRCh38 chr3:38345785-38346885 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CCTACTTCCCAGCATCATTGTGACGATTAAATGTGCTCAGCAGGTTGCATAATTGTTTCTGATCTAGCTA
GTATCCAGTATTTGTCTATTGTCACAGGTGGTGACTGCTGGAGGGGCTGAGTCCCCAATAAGCTGTGAAT
GTCTTGGAGGACAAGTATGTTGGCCCCTTCTTGTTCTAGCAGTGAAGAGGATCCCATGTAGACTCCAAGC
AGCTCAAGTTCAGCAAGGGAGACAGACCATTGCAAGTGCATGAAAAGGGCACTGGTGGGCTGGGAAGTTC
GTAGGAGGAGCCTCTCACATGCTGGGTTTGGGGAGGAATTCTGGAAAGCAGTTAGTCTTAGGGACGGGAA
GGATGTAGCTGGTGGGACAGGCGCCCTCAGCTCCATGAATAAAAGGAGTGGGTCTGACTCTGGTTCTCAT
TCCCCTTTACCATGCCTGGCACACATTAGACCATCAATACCAATTGACTCCAGGAAGGAGTGTCTCCCCG
TGGGGGCATCAGGAGCCGCTGAGTTTAAATACACAGGTGGGATGTGACACACTGGGAACCATTCAGATTT
GCTGGATCTGGATAGGGCTTGTCAGGACTCAGTGCTTCCAACCCCAGGGCCCATTTCCCTGTGGCCCCTG
AGTCACCACCATGGGTGGACAGCTGCTCCAGTGCCAAGATACAGCCACAGAGGACGGCAGGCCCAGGGCC
TCCAGAAGGACAGGCAGGCTCCCTCTGAAAGACAAGCCGGCTTATAGCTGAAACCTCTGGCCCAGGCGTC
CTCTAAGGGAAGCCAGGCGGTGTCAGGGCACGGCCCATGAAGACATAAGATGAAGATGGGGAGAACCAGA
GGGGGTGCGCTTCGAAGGAAAGCGGGCTGCGTGGGGGCACCGTCGATTGCACAGGACGCGGTCCCGGCTC
GCGTAGCCCCGCAGGCGGCGCCAGAGCGCAAGCCCGCCTCGTGACTCCGGTCCACAGTCCGGCCGGGCGG
AGCTAGGGGCGGGCCCCTGCGTCTCTGGGCGCTGGAGCGCGGCGACTATCACGCCGCGTGGCGGACGGAC
GGACTGACGGACGCGCAGCCTTACCCGAAAGGCCATGGCGGAGCACGCCCC
XYLB 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
XYLB_1 ↗3:38,346,808正股38,346,759–38,346,818

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR3_5C2HQK · CTCF_binding_site · 38344002–38344023 · regulatory

ENSR3_B9LGS · promoter · 38346270–38346808 · regulatory

ENSR3_C5RPZ · enhancer · 38346809–38347848 · regulatory

ENSR3_835FX6 · enhancer · 38347980–38348173 · regulatory

ENSR3_9K7ZC · enhancer · 38348909–38349199 · regulatory

ENSR3_835FZ7 · enhancer · 38349770–38349979 · regulatory

· motif · 38344004–38344020 · motif

· motif · 38346721–38346737 · motif

· motif · 38346742–38346757 · motif

· motif · 38346867–38346877 · motif

· motif · 38347715–38347730 · motif

· motif · 38347715–38347730 · motif

· motif · 38349073–38349086 · motif

· motif · 38349073–38349086 · motif

· motif · 38350130–38350143 · motif

· motif · 38350514–38350528 · motif

· motif · 38350514–38350529 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:536 aa

xylulokinase 屬於 FGGY kinase 家族。現有資料未提供其結構域、功能區域或序列特徵的進一步註解。

07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 4BC2…

PDB · 4BC2

X-ray · 1.97 A · A/B/C=1-536

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
FLJ10343XYLB
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

xylulokinase 以單體形式存在。現有資料未指出其他實體結合夥伴或其所屬複合體。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能xylulokinase 催化 D-xylulose 磷酸化,生成 D-xylulose 5-phosphate。此產物可能在葡萄糖代謝與脂質生成的調節中具有重要作用;來源未將這項可能的調節作用描述為已確立的結果。含實驗來源
證據與來源

Phosphorylates D-xylulose to produce D-xylulose 5-phosphate, a molecule that may play an important role in the regulation of glucose metabolism and lipogenesis

PMID 23179721 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性D-xylulose + ATP = D-xylulose 5-phosphate + ADP + H(+)含實驗來源
證據與來源

D-xylulose + ATP = D-xylulose 5-phosphate + ADP + H(+)

PMID 23179721 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用Monomer含實驗來源
證據與來源

Monomer

PMID 23179721 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000207870 · 3,667 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GTCTCTGGGCGCTGGAGCGCGGCGACTATCACGCCGCGTG40
41GCGGACGGACGGACTGACGGACGCGCAGCCTTACCCGAAA80
81GGCCATGGCGGAGCACGCCCCTCGCCGCTGCTGCCTGGGC120
121TGGGACTTCAGCACGCAGCAGGTAAAGGTTGTTGCTGTTG160
161ATGCAGAGTTGAATGTCTTCTATGAGGAAAGTGTGCATTT200
201TGACAGAGATCTTCCAGAATTTGGGACTCAGGGTGGTGTT240
241CATGTGCACAAGGATGGGCTGACGGTCACTTCTCCAGTAC280
281TAATGTGGGTCCAGGCACTGGATATCATCTTGGAGAAGAT320
321GAAGGCTTCGGGCTTCGACTTCTCTCAAGTCCTAGCCTTG360
361TCCGGGGCGGGCCAGCAACACGGAAGTATATACTGGAAGG400
401CTGGAGCCCAGCAGGCACTGACAAGCTTATCACCAGACCT440
441CCGGCTACACCAGCAGCTGCAGGACTGTTTCTCCATCAGC480
481GACTGCCCGGTGTGGATGGACTCCAGCACCACAGCCCAGT520
521GCCGCCAGCTGGAGGCTGCTGTGGGTGGTGCTCAGGCTCT560
561CAGCTGCCTCACGGGGTCCCGTGCCTATGAGCGTTTTACA600
601GGGAACCAAATTGCAAAAATTTACCAGCAGAACCCCGAGG640
641CCTACTCACATACGGAGAGAATTTCTTTGGTCAGTAGCTT680
681TGCTGCTTCCCTGTTCCTTGGCTCTTACTCCCCTATTGAC720
721TACAGTGATGGTTCTGGAATGAATTTGTTGCAGATACAGG760
761ATAAAGTCTGGTCCCAGGCTTGCCTTGGTGCCTGTGCACC800
801TCATTTAGAGGAGAAGCTTAGCCCACCAGTACCATCATGC840
841TCAGTTGTGGGAGCCATTTCTTCCTACTACGTCCAGCGCT880
881ACGGATTTCCTCCAGGATGCAAAGTGGTGGCCTTCACTGG920
921GGACAACCCAGCGTCGCTGGCAGGCATGAGACTGGAGGAA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。