基因總覽
XYLB 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 xylulokinase,產物屬於 FGGY kinase 家族。現有資料將其描述為催化酵素,並指出其產物與葡萄糖代謝及脂質生成的調節可能有關;資料未提供更詳細的蛋白質結構或區域資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000207870 ★ | 38,346,785–38,414,985 | 19 |
| ENST00000427323 | 38,346,743–38,357,158 | 3 |
| ENST00000650590 | 38,346,743–38,420,651 | 18 |
| ENST00000854434 | 38,346,743–38,414,836 | 18 |
| ENST00000854435 | 38,346,743–38,413,319 | 16 |
| ENST00000854436 | 38,346,743–38,413,321 | 17 |
| ENST00000854437 | 38,346,743–38,413,313 | 20 |
| ENST00000979434 | 38,346,743–38,420,665 | 19 |
| ENST00000979445 | 38,346,743–38,404,654 | 18 |
| ENST00001095772 | 38,346,743–38,413,319 | 18 |
| ENST00001095773 | 38,346,743–38,357,162 | 3 |
| ENST00001107328 | 38,346,743–38,403,289 | 18 |
顯示 12/20 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
xylulokinase 催化 D-xylulose 的磷酸化,生成 D-xylulose 5-phosphate。反應中 ATP 作為磷酸基來源,並生成 ADP 與 H⁺;其反應式為 D-xylulose + ATP = D-xylulose 5-phosphate + ADP + H⁺。
D-xylulose 5-phosphate 可能在葡萄糖代謝與脂質生成的調節中扮演重要角色。來源指出的是該產物可能具有這些調節作用,並未進一步說明 XYLB 如何影響相關過程,也未提供作用方向或具體機制。因此,XYLB 的功能可確定描述為催化上述磷酸化反應,而其產物在代謝調節中的角色仍保留來源所述的不確定性。
Promoter 與基因調控
>XYLB ENST00000207870 GRCh38 chr3:38345785-38346885 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCTACTTCCCAGCATCATTGTGACGATTAAATGTGCTCAGCAGGTTGCATAATTGTTTCTGATCTAGCTA GTATCCAGTATTTGTCTATTGTCACAGGTGGTGACTGCTGGAGGGGCTGAGTCCCCAATAAGCTGTGAAT GTCTTGGAGGACAAGTATGTTGGCCCCTTCTTGTTCTAGCAGTGAAGAGGATCCCATGTAGACTCCAAGC AGCTCAAGTTCAGCAAGGGAGACAGACCATTGCAAGTGCATGAAAAGGGCACTGGTGGGCTGGGAAGTTC GTAGGAGGAGCCTCTCACATGCTGGGTTTGGGGAGGAATTCTGGAAAGCAGTTAGTCTTAGGGACGGGAA GGATGTAGCTGGTGGGACAGGCGCCCTCAGCTCCATGAATAAAAGGAGTGGGTCTGACTCTGGTTCTCAT TCCCCTTTACCATGCCTGGCACACATTAGACCATCAATACCAATTGACTCCAGGAAGGAGTGTCTCCCCG TGGGGGCATCAGGAGCCGCTGAGTTTAAATACACAGGTGGGATGTGACACACTGGGAACCATTCAGATTT GCTGGATCTGGATAGGGCTTGTCAGGACTCAGTGCTTCCAACCCCAGGGCCCATTTCCCTGTGGCCCCTG AGTCACCACCATGGGTGGACAGCTGCTCCAGTGCCAAGATACAGCCACAGAGGACGGCAGGCCCAGGGCC TCCAGAAGGACAGGCAGGCTCCCTCTGAAAGACAAGCCGGCTTATAGCTGAAACCTCTGGCCCAGGCGTC CTCTAAGGGAAGCCAGGCGGTGTCAGGGCACGGCCCATGAAGACATAAGATGAAGATGGGGAGAACCAGA GGGGGTGCGCTTCGAAGGAAAGCGGGCTGCGTGGGGGCACCGTCGATTGCACAGGACGCGGTCCCGGCTC GCGTAGCCCCGCAGGCGGCGCCAGAGCGCAAGCCCGCCTCGTGACTCCGGTCCACAGTCCGGCCGGGCGG AGCTAGGGGCGGGCCCCTGCGTCTCTGGGCGCTGGAGCGCGGCGACTATCACGCCGCGTGGCGGACGGAC GGACTGACGGACGCGCAGCCTTACCCGAAAGGCCATGGCGGAGCACGCCCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| XYLB_1 ↗ | 3:38,346,808 | 正股 | 38,346,759–38,346,818 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR3_5C2HQK · CTCF_binding_site · 38344002–38344023 · regulatory
ENSR3_B9LGS · promoter · 38346270–38346808 · regulatory
ENSR3_C5RPZ · enhancer · 38346809–38347848 · regulatory
ENSR3_835FX6 · enhancer · 38347980–38348173 · regulatory
ENSR3_9K7ZC · enhancer · 38348909–38349199 · regulatory
ENSR3_835FZ7 · enhancer · 38349770–38349979 · regulatory
· motif · 38344004–38344020 · motif
· motif · 38346721–38346737 · motif
· motif · 38346742–38346757 · motif
· motif · 38346867–38346877 · motif
· motif · 38347715–38347730 · motif
· motif · 38347715–38347730 · motif
· motif · 38349073–38349086 · motif
· motif · 38349073–38349086 · motif
· motif · 38350130–38350143 · motif
· motif · 38350514–38350528 · motif
· motif · 38350514–38350529 · motif
蛋白質結構域與序列
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
xylulokinase 以單體形式存在。現有資料未指出其他實體結合夥伴或其所屬複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | xylulokinase 催化 D-xylulose 磷酸化,生成 D-xylulose 5-phosphate。此產物可能在葡萄糖代謝與脂質生成的調節中具有重要作用;來源未將這項可能的調節作用描述為已確立的結果。 | 含實驗來源 | 證據與來源Phosphorylates D-xylulose to produce D-xylulose 5-phosphate, a molecule that may play an important role in the regulation of glucose metabolism and lipogenesis PMID 23179721 ↗ |
| 分子活性 | D-xylulose + ATP = D-xylulose 5-phosphate + ADP + H(+) | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | Monomer | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GTCTCTGGGCGCTGGAGCGCGGCGACTATCACGCCGCGTG40GCGGACGGACGGACTGACGGACGCGCAGCCTTACCCGAAA80GGCCATGGCGGAGCACGCCCCTCGCCGCTGCTGCCTGGGC120TGGGACTTCAGCACGCAGCAGGTAAAGGTTGTTGCTGTTG160ATGCAGAGTTGAATGTCTTCTATGAGGAAAGTGTGCATTT200TGACAGAGATCTTCCAGAATTTGGGACTCAGGGTGGTGTT240CATGTGCACAAGGATGGGCTGACGGTCACTTCTCCAGTAC280TAATGTGGGTCCAGGCACTGGATATCATCTTGGAGAAGAT320GAAGGCTTCGGGCTTCGACTTCTCTCAAGTCCTAGCCTTG360TCCGGGGCGGGCCAGCAACACGGAAGTATATACTGGAAGG400CTGGAGCCCAGCAGGCACTGACAAGCTTATCACCAGACCT440CCGGCTACACCAGCAGCTGCAGGACTGTTTCTCCATCAGC480GACTGCCCGGTGTGGATGGACTCCAGCACCACAGCCCAGT520GCCGCCAGCTGGAGGCTGCTGTGGGTGGTGCTCAGGCTCT560CAGCTGCCTCACGGGGTCCCGTGCCTATGAGCGTTTTACA600GGGAACCAAATTGCAAAAATTTACCAGCAGAACCCCGAGG640CCTACTCACATACGGAGAGAATTTCTTTGGTCAGTAGCTT680TGCTGCTTCCCTGTTCCTTGGCTCTTACTCCCCTATTGAC720TACAGTGATGGTTCTGGAATGAATTTGTTGCAGATACAGG760ATAAAGTCTGGTCCCAGGCTTGCCTTGGTGCCTGTGCACC800TCATTTAGAGGAGAAGCTTAGCCCACCAGTACCATCATGC840TCAGTTGTGGGAGCCATTTCTTCCTACTACGTCCAGCGCT880ACGGATTTCCTCCAGGATGCAAAGTGGTGGCCTTCACTGG920GGACAACCCAGCGTCGCTGGCAGGCATGAGACTGGAGGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。