基因總覽
XRCC3 是蛋白質編碼基因，其產物為 X-ray repair cross complementing 3。此蛋白屬於 RecA family 的 RAD51 subfamily，與 RAD51 paralog 蛋白相關。來源將它定位為同源重組修復路徑的一員，並指出它可參與由多種蛋白組成的修復複合體。這些資訊勾勒出 XRCC3 的基本性質：它是 RAD51 家族中、與 DNA 修復相關的蛋白質，而非非編碼 RNA。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000555055 ★ | 103,697,617–103,715,451 | 10 |
| ENST00000554913 | 103,697,569–103,715,504 | 10 |
| ENST00000352127 | 103,697,569–103,715,504 | 9 |
| ENST00000553264 | 103,697,569–103,712,104 | 8 |
| ENST00000554974 | 103,697,569–103,715,459 | 4 |
| ENST00000881941 | 103,697,569–103,715,504 | 10 |
| ENST00000881942 | 103,697,569–103,715,504 | 10 |
| ENST00000881943 | 103,697,569–103,715,504 | 11 |
| ENST00000881944 | 103,697,569–103,715,504 | 9 |
| ENST00000881945 | 103,697,569–103,715,504 | 11 |
| ENST00000881946 | 103,697,569–103,715,504 | 8 |
| ENST00000881947 | 103,697,569–103,715,451 | 10 |
顯示 12/66 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
XRCC3 參與雙股 DNA 的同源重組修復（HRR）。此修復路徑被認為可處理染色體片段化、易位與缺失。XRCC3 是 RAD51 paralog 蛋白複合體 CX3 的一員；該複合體參與 BRCA1-BRCA2 依賴的同源重組路徑。來源指出，DNA 受損後，CX3 的作用發生在 RAD51 被招募之後，顯示它參與修復流程中較後續的步驟。
CX3 主要結合 Holliday junction（HJ）四條雙股臂交會處，也會結合複製叉交界。XRCC3 因此與 HJ 的解析及同源重組中間產物在修復後期的處理有關。這項功能可能連結至 CX3 複合體，並且似乎在有絲分裂細胞週期進行期間涉及 GEN1；來源對此關聯採審慎描述，並未將其表述為唯一或已完全確立的機制。
XRCC3 也屬於由 PALB2 作為支架、含有 BRCA2 與 RAD51C 的同源重組複合體。此複合體被認為可能參與同源重組 DNA 修復。另在氧化壓力條件下，XRCC3 與 RAD51、RAD51C 一同參與調節粒線體 DNA 的拷貝數。這些資料顯示，XRCC3 的相關作用不僅涉及核內 DNA 修復，也包括特定壓力條件下粒線體 DNA 拷貝數的調節。
Promoter 與基因調控
>XRCC3 ENST00000555055 GRCh38 chr14:103715351-103716451 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CCCTGCGGGGCCGCCAGCTCCAGCGCTTCCGCGGACAGCACGCGCCCTCCCCACCGAGCCTGCGAGGAAG GCGCTCCGCCTTCCACTTTCTCGGGAGCGAGCCCCAGCTCTCGGGACGCAGTCCACACGCGCTAGCCCAG CACGAACCGGCCTCGGGCAGGGCCGCACCCACCCCCGGGACCAGCCCGCGCCCCGCACCCCGCCTCCCGG CGCCCGCCCTGGACAGGTGCCTCCTGCCCTCCCGGGACCCCCGCACCGGGACACCGCGCGCCTCCCGCCC TCCCCGCGGGCGTAGGAGCCTGAGGCGGCGGCCCGGGGACGCGGCCAACCTGGGAGAGAGCGGGGGCGGG GGCCGGCTGGGGAAGGGGCCGCCCGGAGGCGGAGGGGTCGTCGCGGGAGCCTGGAAGCCCGCGGGGCCGG GCCGGGGCGGCGGGGCGGGTCGGAGGCGCTGGCCGGGGCGACGGCCACCCACCTCCTTGTCCGGGACCCA CTGCGGCTCCTCCAGGCCGAACGGGCTTCCGAAGGCGCGGTGTTCGGGCACCATGCGCAGGCCGCTCGGG GAGCGCACCAGCTTCTTGGCGTCGCGGCGCGCGGACACCTCGGAGGACATGACGCCGCCTCAGCCTCTCG GCCAGCGGCCCCGCACCCGGCCCCTCGCCCAGCCCGGGGCACCGCCCGCCCCGCCCCGGTCCGCGCGCGG CTGACAGCGCCGGCGTCCAATCGCCAAGCCCGCCACGGAGCGCGGACTAATCGGAGCTTGAACTCCGCCC CATCGCTGCCCTCTCCAATCCGTGTAAGGGCACCGCCCCTGCAACCCTGAGGTCGATCACCAATCGGCGG CGAGGGCTGGCCCGGGTACGCTCCGCCCCTCTCAGGGAGATTGAGACTTTGGATTGGTTAGTTAGTCAGT CACGTTAGCGCCGCTTCGTCTCTGATTGGTGTAGCCCACTCAGGGTGCTAGGCGCCTATTGGAGGAGAAG GCCGAGAGGAGCAGGACGGCGGGAAGAGGAGTGCGGAACCCGCGGGAGGTGAGGCCCGCCGAGCCGGGCT GCGAGCCGGGCTGCGAGCCGGGCGGCAGCGGGGTCGGAGGTCGTGGGCGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| XRCC3_1 ↗ | 14:103,715,451 | 負股 | 103,715,441–103,715,500 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_CD9T9 · enhancer · 103711029–103712093 · regulatory
ENSR14_93J6GC · promoter · 103712094–103712594 · regulatory
ENSR14_D75X8 · enhancer · 103713377–103715432 · regulatory
ENSR14_93J6HB · promoter · 103715433–103715820 · regulatory
ENSR14_CD9TM · enhancer · 103715821–103717249 · regulatory
ENSR14_5WDMZ2 · CTCF_binding_site · 103716067–103716088 · regulatory
ENSR14_BQKQL · enhancer · 103718404–103718992 · regulatory
· motif · 103714904–103714919 · motif
· motif · 103714909–103714921 · motif
· motif · 103714912–103714919 · motif
· motif · 103714912–103714927 · motif
· motif · 103715308–103715321 · motif
· motif · 103715312–103715322 · motif
· motif · 103715316–103715329 · motif
· motif · 103715319–103715331 · motif
· motif · 103715322–103715329 · motif
· motif · 103715351–103715364 · motif
· motif · 103715359–103715372 · motif
· motif · 103715582–103715592 · motif
· motif · 103715642–103715652 · motif
· motif · 103715764–103715774 · motif
· motif · 103716069–103716085 · motif
壓力誘發時，粒線體中的 XRCC3 水準會增加；來源未進一步說明此變化的分子調控方式。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：346 aa
X-ray repair cross complementing 3 屬於 RecA family 的 RAD51 subfamily。來源未提供其結構域、序列區段或其他蛋白質結構註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
XRCC3 可見於細胞核、細胞質、核周區域及粒線體。 DNA 損傷發生前，它已在細胞核形成離散焦點；這些焦點會在 DNA 修復過程中持續存在。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- PALB2Q86YC2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RAD51Q06609 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- RAD51CO43502 · UniProt INTERACTION · 12 experiments
- SWSAP1Q6NVH7 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
XRCC3 與 RAD51C、SWSAP1、ZSWIM7 及 PALB2 有交互作用，也可在體外與 RAD51 互作。XRCC3 和 RAD51C 組成 CX3 複合體，後者呈環狀、扁平圓盤排列，中央有通道。XRCC3 另與 FANCD2、BRCA2 及磷酸化的 FANCG 形成複合體。PALB2 可直接與 XRCC3 互作，並可能作為含 PALB2、BRCA2、RAD51C、RAD51 與 XRCC3 的同源重組複合體支架；與 SWSAP1、ZSWIM7 的互作則與同源重組修復有關。
疾病與遺傳關聯
乳癌易感性與影響 XRCC3 的變異有關。乳癌具有病因及遺傳異質性，現有資料不表示 XRCC3 變異是單一或充分的致病原因。至於皮膚惡性黑色素瘤 CMM6，變異 p.Thr341Met 曾被報告與風險增加相關；後續研究指出該變異在同源性導向 DNA 修復中具有功能，但 XRCC3 與 CMM6 的關聯尚未獲確認。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | XRCC3 參與雙股 DNA 的同源重組修復，該路徑被認為可修復染色體片段化、易位與缺失。它是 BRCA1-BRCA2 依賴路徑中的 RAD51 paralog 複合體 CX3 成員；DNA 損傷後，CX3 在 RAD51 招募之後作用，並結合 Holliday junction 交會處及複製叉交界，參與修復後期的中間產物處理。其作用可能與 GEN1 有關；在氧化壓力下，XRCC3 也與 RAD51、RAD51C 一同調節粒線體 DNA 拷貝數。 | 含實驗來源 | 證據與來源Involved in the homologous recombination repair (HRR) pathway of double-stranded DNA, thought to repair chromosomal fragmentation, translocations and deletions. Part of the RAD51 paralog protein complex CX3 which acts in the BRCA1-BRCA2-dependent HR pathway. Upon DNA damage, CX3 acts downstream of RAD51 recruitment; the complex binds predominantly to the intersection of the four duplex arms of the Holliday junction (HJ) and to junctions of replication forks. Involved in HJ resolution and thus in processing HR intermediates late in the DNA repair process; the function may be linked to the CX3 complex and seems to involve GEN1 during mitotic cell cycle progression. Part of a PALB2-scaffolded HR complex containing BRCA2 and RAD51C and which is thought to play a role in DNA repair by HR. Plays a role in regulating mitochondrial DNA copy number under conditions of oxidative stress in the presence of RAD51 and RAD51C PMID 14716019 ↗ · PMID 20413593 ↗ · PMID 23108668 ↗ · PMID 23149936 ↗ |
| 交互作用 | XRCC3 與 RAD51C、RAD51、SWSAP1、ZSWIM7 及 PALB2 有交互作用，並與 FANCD2、BRCA2 和磷酸化 FANCG 形成複合體。XRCC3 與 RAD51C 組成環狀扁平圓盤狀的 CX3 複合體，該複合體可在體外與 RAD51 互作。PALB2 直接與 XRCC3 互作，並可能作為含多種修復蛋白的同源重組複合體支架。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with RAD51C and RAD51. Part of the CX3 complex consisting of RAD51C and XRCC3; the complex has a ring-like structure arranged into a flat disk around a central channel; CX3 can interact with RAD51 in vitro. Forms a complex with FANCD2, BRCA2 and phosphorylated FANCG. Interacts with SWSAP1 and ZSWIM7; involved in homologous recombination repair. Interacts directly with PALB2 which may serve as a scaffold for a HR complex containing PALB2, BRCA2, RAD51C, RAD51 and XRCC3 PMID 11744692 ↗ · PMID 11751635 ↗ · PMID 11842113 ↗ · PMID 14704354 ↗ · PMID 21965664 ↗ · PMID 24141787 ↗ |
| 細胞定位 | XRCC3 位於細胞核、細胞質、核周區域及粒線體。DNA 損傷發生前，XRCC3 會在細胞核累積成離散焦點，且這些焦點在 DNA 修復的整段時間內持續存在。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; Cytoplasm, perinuclear region; Mitochondrion; Accumulates in discrete nuclear foci prior to DNA damage, and these foci persist throughout the time course of DNA repair |
| 調控 | 壓力誘發時，粒線體中的 XRCC3 水準會增加；此敘述未提供其他調控條件或機制細節。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 乳癌是一種源自乳腺上皮組織的常見惡性腫瘤，具有病因與遺傳異質性；不同家族或個案可能涉及不同基因位點。影響 XRCC3 的變異與乳癌易感性相關，但來源未指出此關聯代表單一變異足以致病。 | 含實驗來源 | 證據與來源Breast cancer BC A common malignancy originating from breast epithelial tissue. Breast neoplasms can be distinguished by their histologic pattern. Invasive ductal carcinoma is by far the most common type. Breast cancer is etiologically and genetically heterogeneous. Important genetic factors have been indicated by familial occurrence and bilateral involvement. Mutations at more than one locus can be involved in different families or even in the same case. Disease susceptibility is associated with variants affecting the gene represented in this entry MIM: 114480 PMID 12023982 ↗ |
| 疾病關聯 | 皮膚惡性黑色素瘤 CMM6 是源自黑色素細胞的惡性腫瘤，可能新發或由既有良性痣發展。p.Thr341Met 曾被報告與 CMM6 風險增加相關；後續研究顯示此變異在同源性導向 DNA 修復中具有功能，但 XRCC3 與 CMM6 的關聯尚未獲確認。 | 含實驗來源 | 證據與來源Melanoma, cutaneous malignant 6 CMM6 A malignant neoplasm of melanocytes, arising de novo or from a pre-existing benign nevus, which occurs most often in the skin but may also involve other sites. Disease susceptibility may be associated with variants affecting the gene represented in this entry. Variant p.Thr341Met has been reported to be associated with an increased risk for CMM6. Further studies have shown that this variant is functional in homology-directed DNA repair, and the association of XRCC3 with CMM6 has not been confirmed MIM: 613972 PMID 11059748 ↗ · PMID 12037675 ↗ · PMID 12376526 ↗ · PMID 26137085 ↗ · PMID 26922354 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GGGAAGAGGAGTGCGGAACCCGCGGGAGGATGTGCACAGA40GGGCCCAGGAGGAGCCTCAGGAGCCGGACTGCCGTTGGCC80AACCGAGTCCCCAGGGAGACACTTAAGGGAAATTAAACTG120CAGAGTGCAAGAGATGCCTCAGTCAAGTCAGCCAAAAACA160CGCGGGTCATCCCCAAGCCCCAGAGAGTGACAGAGCCCCG200ATGACACGGACACCTCGGCTGCTGTCACTTCCCTGGTTCG240GGCCTCCCACAGGCTTTGAATTGAAGGCGAGTGCCTCAGA280ATTTGCATCCATTGTTCTGTCTTTCCTGGGAAGTTATTCA320TCCTGGTGGCCAGCCCACCGACAAAATGGATTTGGATCTA360CTGGACCTGAATCCCAGAATTATTGCTGCAATTAAGAAAG400CCAAACTGAAATCGGTAAAGGAGGTTTTACACTTTTCTGG440ACCAGACTTGAAGAGACTGACCAACCTCTCCAGCCCCGAG480GTCTGGCACTTGCTGAGAACGGCCTCCTTACACTTGCGGG520GAAGCAGCATCCTTACAGCACTGCAGCTGCACCAGCAGAA560GGAGCGGTTCCCCACGCAGCACCAGCGCCTGAGCCTGGGC600TGCCCGGTGCTGGACGCGCTGCTCCGCGGTGGCCTGCCCC640TGGACGGCATCACTGAGCTGGCCGGACGCAGCTCGGCAGG680GAAGACCCAGCTGGCGCTGCAGCTCTGCCTGGCTGTGCAG720TTCCCGCGGCAGCACGGAGGCCTGGAGGCTGGAGCCGTCT760ACATCTGCACGGAAGACGCCTTCCCGCACAAGCGCCTGCA800GCAGCTCATGGCCCAGCAGCCGCGGCTGCGCACTGACGTT840CCAGGAGAGCTGCTTCAGAAGCTCCGATTTGGCAGCCAGA880TCTTCATCGAGCACGTGGCCGATGTGGACACCTTGTTGGA920GTGTGTGAATAAGAAGGTCCCCGTACTGCTGTCTCGGGGC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。