演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

XPR1SYG1

xenotropic and polytropic retrovirus receptor 1

XPR1 編碼多次穿越細胞膜的無機離子轉運蛋白,可將磷酸根輸出細胞,並參與維持細胞內磷酸平衡。

Homo sapiens1q25.3UniProt Q9UBH6
OFFICIAL SYMBOL
XPR1
CHROMOSOME
1
UNIPROT
Q9UBH6
PDB / ALPHAFOLD
8X5F
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

XPR1(xenotropic and polytropic retrovirus receptor 1)是蛋白質編碼基因,產物為 696 個胺基酸的多次穿膜蛋白,屬於 SYG1(TC 2.A.94)家族。其蛋白質具有細胞質區段與多個跨膜螺旋,定位於細胞膜。來源所述的主要角色是無機離子轉運,尤其與磷酸根跨細胞膜移動相關;蛋白質序列與膜拓撲提供其執行膜轉運功能的結構基礎。

Official symbol
XPR1
Gene name
xenotropic and polytropic retrovirus receptor 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:12827
UniProt
Q9UBH6
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
SYG1X3SLC53A1

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 11q25.3
chr1 · 248,956,422 bp · GRCh38chr1p36.33 · 1–2300000 · gnegchr1p36.32 · 2300001–5300000 · gpos25chr1p36.31 · 5300001–7100000 · gnegchr1p36.23 · 7100001–9100000 · gpos25chr1p36.22 · 9100001–12500000 · gnegchr1p36.21 · 12500001–15900000 · gpos50chr1p36.13 · 15900001–20100000 · gnegchr1p36.12 · 20100001–23600000 · gpos25chr1p36.11 · 23600001–27600000 · gnegchr1p35.3 · 27600001–29900000 · gpos25chr1p35.2 · 29900001–32300000 · gnegchr1p35.1 · 32300001–34300000 · gpos25chr1p34.3 · 34300001–39600000 · gnegchr1p34.2 · 39600001–43700000 · gpos25chr1p34.1 · 43700001–46300000 · gnegchr1p33 · 46300001–50200000 · gpos75chr1p32.3 · 50200001–55600000 · gnegchr1p32.2 · 55600001–58500000 · gpos50chr1p32.1 · 58500001–60800000 · gnegchr1p31.3 · 60800001–68500000 · gpos50chr1p31.2 · 68500001–69300000 · gnegchr1p31.1 · 69300001–84400000 · gpos100chr1p22.3 · 84400001–87900000 · gnegchr1p22.2 · 87900001–91500000 · gpos75chr1p22.1 · 91500001–94300000 · gnegchr1p21.3 · 94300001–99300000 · gpos75chr1p21.2 · 99300001–101800000 · gnegchr1p21.1 · 101800001–106700000 · gpos100chr1p13.3 · 106700001–111200000 · gnegchr1p13.2 · 111200001–115500000 · gpos50chr1p13.1 · 115500001–117200000 · gnegchr1p12 · 117200001–120400000 · gpos50chr1p11.2 · 120400001–121700000 · gnegchr1p11.1 · 121700001–123400000 · acenchr1q11 · 123400001–125100000 · acenchr1q12 · 125100001–143200000 · gvarchr1q21.1 · 143200001–147500000 · gnegchr1q21.2 · 147500001–150600000 · gpos50chr1q21.3 · 150600001–155100000 · gnegchr1q22 · 155100001–156600000 · gpos50chr1q23.1 · 156600001–159100000 · gnegchr1q23.2 · 159100001–160500000 · gpos50chr1q23.3 · 160500001–165500000 · gnegchr1q24.1 · 165500001–167200000 · gpos50chr1q24.2 · 167200001–170900000 · gnegchr1q24.3 · 170900001–173000000 · gpos75chr1q25.1 · 173000001–176100000 · gnegchr1q25.2 · 176100001–180300000 · gpos50chr1q25.3 · 180300001–185800000 · gnegchr1q31.1 · 185800001–190800000 · gpos100chr1q31.2 · 190800001–193800000 · gnegchr1q31.3 · 193800001–198700000 · gpos100chr1q32.1 · 198700001–207100000 · gnegchr1q32.2 · 207100001–211300000 · gpos25chr1q32.3 · 211300001–214400000 · gnegchr1q41 · 214400001–223900000 · gpos100chr1q42.11 · 223900001–224400000 · gnegchr1q42.12 · 224400001–226800000 · gpos25chr1q42.13 · 226800001–230500000 · gnegchr1q42.2 · 230500001–234600000 · gpos50chr1q42.3 · 234600001–236400000 · gnegchr1q43 · 236400001–243500000 · gpos75chr1q44 · 243500001–248956422 · gnegXPR1pq1 bp248,956,422 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr1:180,632,006–180,890,279
Gene span
258,274 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000367590 ★180,632,022–180,890,27915
ENST00000367589180,632,016–180,890,27914
ENST00000876515180,632,016–180,890,27912
ENST00000876516180,632,016–180,890,27914
ENST00000876517180,632,016–180,890,27915
ENST00000876518180,632,016–180,890,27914
ENST00000876519180,632,016–180,890,2797
ENST00000919103180,632,016–180,890,27911
ENST00000919104180,632,016–180,890,27912
ENST00000919105180,632,016–180,890,2797
ENST00000948817180,632,016–180,890,27915
ENST00001093060180,632,016–180,774,2773

顯示 12/14 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

XPR1 的蛋白質產物是無機離子轉運蛋白,能介導磷酸根由細胞內向外輸送,跨越細胞膜。其轉運反應可概括為磷酸根輸入與輸出相等,反映其作為磷酸根輸出者的作用。這項運輸功能使細胞能調節磷酸根通量,而非讓磷酸根持續滯留於細胞內。

維持磷酸平衡是 XPR1 的重要生物學作用。磷酸根若在細胞內累積,可能促成磷酸鈣沉澱;XPR1 介導的輸出可避免或限制這種累積,並有助於保留鈣訊號。來源指出,這項功能與細胞內磷酸含量、磷酸鈣沉澱的可能性及鈣訊號維持相連,但未將其描述為唯一的調控途徑。

XPR1 也會結合肌醇六磷酸(Ins6P)及相近的肌醇多磷酸,例如 5-diphospho-inositol pentakisphosphate(5-InsP7)。這些分子是重要的細胞內訊號分子,並涉及磷酸通量調節;因此,XPR1 的磷酸轉運作用與細胞內肌醇多磷酸訊號有所關聯。來源未進一步說明這些分子如何改變轉運的具體步驟或方向,故不宜將其作用描述得更為確定。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 180632022 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>XPR1 ENST00000367590 GRCh38 chr1:180631022-180632122 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
ACAAACCTATGTGAGGTAAGGCTGCAGTGAACCATGATGGTGTGACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAAG
CGAGACCAAAAAAAAAAATGTTAGAATCAAGGGACAAAGTACATGTAAGAGGTTTAGAATAGCACTTGGT
ACAGGAACAGTGAGTGCTCAATAAATTATTATTAGGTCTCCTCCACCCAGGGTAGGACCTGGGTTTCTGT
CCTGAATTGGGACTTCCAAGACAATCACTCCCACACTCAATGTAGTACAGAGCTCTGTGAGTGATCTCTG
CCCATGTTCCCCAGGGACACTTCAGCCTGGGTGCTGGGCCTGTTTCCGGTTTTACTGGGGTGGGCTTAGA
GCTGTACTTCTACGGGGTTCTCTTTCCTCTCAACGTTGGTTTCCCTCCCAACCCTCACCCCCAACCCCAG
GAAGCTCAGTTTACAAGTGCGGTCGGTACCCTCATTTGGTGTTTTTATTGGCTTTTCTGATAGCCCCTGG
ACTAGACAATTACATTGAAATTCAGAAGCAGCATGCACTTTTTGGCATTGATGTCTTTAATTAAATTCAA
TAAGCACTTATTGAGCACCTAGAGTGTGTAAAATACTGTTCCTTTAAATACATTTAGTCCTGAACTGTTT
TAGCTTCTTAGTTTGGATTAGTGCTGATCCATTTCTTAAAGGTTTTATGAAGCATAAATATCAAAATGGA
AAAATATTTGCACAGTTCTTTGTAAATATAAACGTCTTGTGTGGATTATTGTTGCTACAGTATTAATATT
AACTGCAGTAACAACACTGCTGCTTCCCAGACAGGCGGTAGAAAGCAGCTGTAGGCCAACAGGAGCCAGA
CTGAAGAGATCCAGGGAGGTGCCTCCAGCACGTACGGCCCACAAGGGGCGGAGTCTTAAGAAGCGTACCC
AAGCCCCACCCCTTACAGCACCCCCTTCGTCAGGGCGGTGTAGGCGGTTACCATGGCGATGACGTCCAGA
GGGCGGGGAGGGGCGGGGCTATGGAGAGGAGGAGGAAGATGGCGGGCGGGCTGCTCTGAAGAGACCTCGG
CGGCGGCGGAGGAGGAGAGAAGCGCAGCGCCGCGCCGCGCCGGGGCCCATG
XPR1 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
XPR1_1 ↗1:180,632,022正股180,631,973–180,632,032

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR1_94MNR5 · promoter · 180631532–180632042 · regulatory

ENSR1_CMWXL · enhancer · 180632043–180633429 · regulatory

ENSR1_53KH5LS · CTCF_binding_site · 180632333–180632354 · regulatory

ENSR1_94MNRQ · enhancer · 180633704–180634118 · regulatory

ENSR1_94MNSG · enhancer · 180636174–180636565 · regulatory

· motif · 180630929–180630940 · motif

· motif · 180631044–180631060 · motif

· motif · 180631060–180631075 · motif

· motif · 180631060–180631075 · motif

· motif · 180631307–180631320 · motif

· motif · 180631307–180631320 · motif

· motif · 180631592–180631614 · motif

· motif · 180631592–180631614 · motif

· motif · 180631934–180631944 · motif

· motif · 180631964–180631981 · motif

· motif · 180631977–180631992 · motif

· motif · 180631977–180631992 · motif

· motif · 180632000–180632010 · motif

· motif · 180632005–180632015 · motif

· motif · 180632010–180632020 · motif

· motif · 180632038–180632048 · motif

· motif · 180632335–180632351 · motif

· motif · 180632372–180632387 · motif

· motif · 180632372–180632387 · motif

· motif · 180632374–180632387 · motif

· motif · 180632640–180632652 · motif

· motif · 180632643–180632650 · motif

· motif · 180632643–180632658 · motif

· motif · 180636350–180636365 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:696 aa

1 aa696 aa結構域功能區域跨膜區拓樸區域
依 Q9UBH6 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

XPR1 蛋白質長 696 個胺基酸,屬於 SYG1(TC 2.A.94)家族。已列出的拓撲特徵包括第 1–228 位胺基酸的細胞質區段、穿膜螺旋及短的細胞外區段;其跨膜區域包含多段螺旋結構。

拓樸區域Cytoplasmic1–228 aa
跨膜區Helical; Name=1229–259 aa
拓樸區域Extracellular260–264 aa
跨膜區Helical; Name=2265–296 aa
拓樸區域Cytoplasmic297–309 aa
跨膜區Helical; Name=3310–337 aa
拓樸區域Extracellular338–343 aa
跨膜區Helical; Name=4344–365 aa
拓樸區域Cytoplasmic384–388 aa
跨膜區Discontinuously helical; Name=5389–422 aa
拓樸區域Extracellular423–429 aa
跨膜區Discontinuously helical; Name=6430–471 aa
拓樸區域Cytoplasmic472–472 aa
跨膜區Helical; Name=7473–503 aa
拓樸區域Extracellular504–506 aa
跨膜區Helical; Name=8507–534 aa
拓樸區域Cytoplasmic535–553 aa
跨膜區Discontinuously helical; Name=9554–585 aa
拓樸區域Extracellular586–587 aa
跨膜區Helical; Name=10588–626 aa
拓樸區域Cytoplasmic627–696 aa
結構域SPX2–224 aa
結構域EXS439–643 aa
功能區域Important for inositol polyphosphate binding158–165 aa
功能區域Disordered673–696 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 8X5F…

PDB · 8X5F

EM · 2.96 A · A/B=1-696

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cell membrane

XPR1 是多次穿越膜的蛋白質,定位於細胞膜。 來源未提供不同異構型或條件變化下的定位差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
SYG1XPR1
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

XPR1 可形成同源二聚體(homodimer)。此資料描述的是蛋白質之間的複合體形式,未列出其他互作夥伴。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

XPR1 基因變異與常染色體顯性遺傳的特發性基底核鈣化第 6 型(IBGC6)相關;資料將此病因歸於影響該基因的變異。患者可能沒有症狀,也可能出現程度不一的神經精神表現,包括帕金森症、肌張力不全、顫抖、共濟失調、失智、精神病、癲癇或慢性頭痛。血清鈣、磷酸鹽、鹼性磷酸酶及副甲狀腺素濃度可維持正常;病理特徵為受影響腦區的血管及血管周圍鈣化,主要成分為磷酸鈣。

個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

5 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 5 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能XPR1 是無機離子轉運蛋白,可介導磷酸根跨越細胞膜向外輸送,並在磷酸平衡中扮演重要角色。此作用可避免細胞內磷酸根累積及可能形成的磷酸鈣沉澱,進而維持鈣訊號;XPR1 亦會結合 Ins6P 與 5-InsP7 等肌醇多磷酸,這些細胞內訊號分子參與磷酸通量調節。含實驗來源
證據與來源

Inorganic ion transporter that mediates phosphate ion export across the plasma membrane. Plays a major role in phosphate homeostasis, preventing intracellular phosphate accumulation and possible calcium phosphate precipitation, ultimately preserving calcium signaling. Binds inositol hexakisphosphate (Ins6P) and similar inositol polyphosphates, such as 5-diphospho-inositol pentakisphosphate (5-InsP7), which are important intracellular signaling molecules involved in regulation of phosphate flux

PMID 23791524 ↗ · PMID 25938945 ↗ · PMID 27080106 ↗ · PMID 31043717 ↗ · PMID 39169184 ↗ · PMID 39325866 ↗ · PMID 39747008 ↗ · PMID 39814721 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性phosphate(in) = phosphate(out)含實驗來源
證據與來源

phosphate(in) = phosphate(out)

PMID 23791524 ↗ · PMID 25938945 ↗ · PMID 31043717 ↗ · PMID 39169184 ↗ · PMID 39325866 ↗ · PMID 39747008 ↗ · PMID 39814721 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用Homodimer含實驗來源
證據與來源

Homodimer

PMID 39169184 ↗ · PMID 39325866 ↗ · PMID 39747008 ↗ · PMID 39814721 ↗

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細胞定位XPR1 是多次穿膜蛋白,定位於細胞膜。含實驗來源
證據與來源

Cell membrane / Multi-pass membrane protein

PMID 23791524 ↗ · PMID 31043717 ↗ · PMID 39169184 ↗ · PMID 39325866 ↗ · PMID 39747008 ↗ · PMID 39814721 ↗

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疾病關聯特發性基底核鈣化第 6 型(IBGC6)為常染色體顯性疾病,XPR1 基因變異可致病。患者可能無症狀,或有多種神經精神表現;血清鈣、磷酸鹽、鹼性磷酸酶及副甲狀腺素可正常,病理特徵為腦區血管及血管周圍磷酸鈣鈣化。含實驗來源
證據與來源

Basal ganglia calcification, idiopathic, 6 IBGC6 A form of basal ganglia calcification, an autosomal dominant condition characterized by symmetric calcification in the basal ganglia and other brain regions. Affected individuals can either be asymptomatic or show a wide spectrum of neuropsychiatric symptoms, including parkinsonism, dystonia, tremor, ataxia, dementia, psychosis, seizures, and chronic headache. Serum levels of calcium, phosphate, alkaline phosphatase and parathyroid hormone are normal. The neuropathological hallmark of the disease is vascular and pericapillary calcification, mainly of calcium phosphate, in the affected brain areas. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 616413

PMID 25938945 ↗ · PMID 31043717 ↗

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情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 5 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000367590 · 8,484 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATGGAGAGGAGGAGGAAGATGGCGGGCGGGCTGCTCTGAA40
41GAGACCTCGGCGGCGGCGGAGGAGGAGAGAAGCGCAGCGC80
81CGCGCCGCGCCGGGGCCCATGTGGGGAGGAGTCGGAGTCG120
121CTGTTGCCGCCGCCGCCTGTAGCTGCTGGACCCGAGTGGG160
161AGTGAGGGGGAAACGGCAGGATGAAGTTCGCCGAGCACCT200
201CTCCGCGCACATCACTCCCGAGTGGAGGAAGCAATACATC240
241CAGTATGAGGCTTTCAAGGATATGCTGTATTCAGCTCAGG280
281ACCAGGCACCTTCTGTGGAAGTTACAGATGAGGACACAGT320
321AAAGAGGTATTTTGCCAAGTTTGAAGAGAAGTTTTTCCAA360
361ACCTGTGAAAAAGAACTTGCCAAAATCAACACATTTTATT400
401CAGAGAAGCTCGCAGAGGCTCAGCGCAGGTTTGCTACACT440
441TCAGAATGAGCTTCAGTCATCACTGGATGCACAGAAAGAA480
481AGCACTGGTGTTACTACGCTGCGACAACGCAGAAAGCCAG520
521TCTTCCACTTGTCCCATGAGGAACGTGTCCAACATAGAAA560
561TATTAAAGACCTTAAACTGGCCTTCAGTGAGTTCTACCTC600
601AGTCTAATCCTGCTGCAGAACTATCAGAATCTGAATTTTA640
641CAGGGTTTCGAAAAATCCTGAAAAAGCATGACAAGATCCT680
681GGAAACATCTCGTGGAGCAGATTGGCGAGTGGCTCACGTA720
721GAGGTGGCCCCATTTTATACATGCAAGAAAATCAACCAGC760
761TTATCTCTGAAACTGAGGCTGTAGTGACCAATGAACTTGA800
801AGATGGTGACAGACAAAAGGCTATGAAGCGTTTACGTGTC840
841CCCCCTTTGGGAGCTGCTCAGCCTGCACCAGCATGGACTA880
881CTTTTAGAGTTGGCCTATTTTGTGGAATATTCATTGTACT920
921GAATATTACCCTTGTGCTTGCCGCTGTATTTAAACTTGAA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。