基因總覽
XPA 的正式名稱為 XPA, DNA damage recognition and repair factor，是一個蛋白質編碼基因，其產物屬於 XPA 家族。這種蛋白質參與核苷酸切除修復（NER），可辨識 DNA 受損區域，並與修復過程中的其他蛋白質協同作用。其 N 端區域與 CEP164 的互作，以及蛋白質內的鋅指區域與核定位訊號，構成來源所註明的特色。XPA 的主要角色是參與 DNA 損傷修復；其在 NER 中如何影響修復蛋白活性與複合體構形，則於功能段落說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000375128 ★ | 97,674,909–97,697,340 | 6 |
| ENST00001109479 | 97,653,139–97,697,408 | 7 |
| ENST00001109480 | 97,653,139–97,697,408 | 7 |
| ENST00001109481 | 97,653,139–97,697,408 | 4 |
| ENST00001133724 | 97,674,909–97,697,408 | 6 |
| ENST00000905836 | 97,674,910–97,697,408 | 3 |
| ENST00001102116 | 97,675,349–97,697,408 | 6 |
| ENST00000905837 | 97,675,369–97,697,408 | 4 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
XPA 參與 DNA 核苷酸切除修復（NER），並在修復啟動時結合受損 DNA 位點。它對不同光產物的結合親和力並不相同，也會依受損區域的轉錄狀態而變化，因此 XPA 對損傷位點的辨識受 DNA 損傷種類及局部狀態影響。
紫外線照射後形成的環丁烷嘧啶二聚體（CPD）是 DNA 損傷位點之一。來源指出，XPA 是紫外線誘發 CHEK1 磷酸化所必需，也參與 CEP164 被募集至 CPD 損傷位點的過程。這些描述連結了 XPA 與紫外線損傷後的訊號及修復相關因子募集，但未提供足以將這些作用延伸為其他下游結果的資訊。
在 NER 過程中，XPA 也協助調節 TFIIH 複合體中的兩種酵素活性：它促進 XPD/ERCC2 的 5′ 至 3′ 解旋酶活性，並促進 XPB/ERCC3 的 DNA 易位酶活性。這些作用發生於修復情境，與 TFIIH 參與轉錄時的狀態有所區別。
XPA 會連接 XPD/ERCC2 與 XPB/ERCC3，使兩者在 NER 中形成協調關係；同時使 DNA 保持在 XPB/ERCC3 活性位點附近，並穩定一種不同於轉錄中 TFIIH 的複合體構形。來源因此支持 XPA 在修復過程中兼具受損位點結合、酵素活性促進與複合體組織作用，有助於將 DNA 損傷辨識與 NER 的分子運作連結起來。
Promoter 與基因調控
>XPA ENST00000375128 GRCh38 chr9:97697240-97698340 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTTTATACGAGGTTTTGCAGCTTTATGTATATATGACCGATAAATTAGAACACTGAATTGTGTTTCTGAA AGGTTAACCATTGAACATTAGTGGGAAACATCAGTGTGTGAGGTTGTCTTTCTAAAAGCCAGTCCTAAAT GGTACATGTAGTAATTAGAAGTTAATGTTTTCTGGTTTCAATTAAGCATTATTTGTAACAAAGGGAAAGC ATACATTTTTGGGAAAGCCTGCTATGTTTCTTTTGTTACACTAGCCACACTTTTGGGAAGTCAGGATATT TGGCCCAGATCCAAACCCACTGTCTACCTGGCAGTAGCTCATCCTCACTGAAGGAATATTCCATGGGAAA GATAGCCAACCTTATGCATATCAGCCTTGGAGCAAGTCCTGCATTTGCCTGAGGTCACACAGCAAGTTAA CTGGGAGTTTCAACCCAGGTCTTCTCATTTTAAATCTAAGGCTGTGTCTCTAGGCCGTGTATCCAACATA AAATCAGGACTATCATCTGTTGGGCTCTATGACTGGCACTACTACTACTCACTGTTACCATTTTTTGAGG TCTTCTACGTGCCAGGTTATTGTCCTGGCAATCTAATCCTCCCAAAGACTCGGTAAATGGTTCCATAATT ATCCTCATTTTACCACTGAAGAAACTGAACTCTGGTTAAATAACTTGCCCAAGGTCACACAGACTTTAAC TGTCAAGAGCTCAGACTTAACCCAGGCCTGACTCCAAAGCCTATACTCTGAATCACCAAGCGAGACCTAT TTTAAAGGTGACCAGGTCGTGAGATATGATCTCAGCACGGACCCTTCTCCCGGATGACAAGAGAGCAGGT AGTTAGGCGGGTACTCCGTGTCCGCGCATACCCAGACTCCGCCCAGCGCCCGGGCAGGCCACCCCGAGCC CCTTAACTGCGCAGGCGCTCTCACTCAGAAAGGCCGCTGGGTGCGGGGAGCGCAGAGGCGGTGCAGGGCG GCTGGCTCGCCTCGGCGTGCAGTGCGCGTGCGTGGAGCTGGGAGCTAGGTCCTCGGAGTGGGCCAGAGAT GGCGGCGGCCGACGGGGCTTTGCCGGAGGCGGCGGCTTTAGAGCAACCCGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| XPA_1 ↗ | 9:97,697,319 | 負股 | 97,697,309–97,697,368 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR9_5SZFT3 · CTCF_binding_site · 97696801–97696822 · regulatory
ENSR9_93FQZZ · promoter · 97697330–97697830 · regulatory
ENSR9_84TK33 · enhancer · 97699403–97699536 · regulatory
· motif · 97693990–97694003 · motif
· motif · 97693990–97694003 · motif
· motif · 97694974–97694983 · motif
· motif · 97696803–97696819 · motif
· motif · 97696891–97696903 · motif
· motif · 97696893–97696900 · motif
· motif · 97696893–97696908 · motif
· motif · 97697284–97697294 · motif
· motif · 97697327–97697338 · motif
· motif · 97697327–97697338 · motif
· motif · 97697331–97697347 · motif
· motif · 97697412–97697423 · motif
· motif · 97697412–97697423 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：273 aa
XPA 蛋白質長 273 個胺基酸，屬於 XPA 家族。其第 105–129 位胺基酸區段註記為鋅指；第 4–97 位區段與 CEP164 互作，並與紫外線抗性相關。第 26–47 位則包含核定位訊號。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源未提供其定位隨條件改變的描述，也未指出異構型之間的定位差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 18 個夥伴
- ARID3AQ99856 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DVL3Q92997 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ERCC1P07992 · UniProt INTERACTION · 10 experiments · 2 筆來源紀錄
- HERC2O95714 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- MEOX2Q6FHY5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NDEL1Q9GZM8 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- PICK1Q9NRD5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- POLR1CO15160 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PSMB1P20618 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RPA2P15927 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
- SIRT1Q96EB6 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- SKILP12757 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNPHO15079 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TBC1D7Q9P0N9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM27P14373 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- VPS26CO14972 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- XAB2Q9HCS7 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ZNF655Q8N720 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
XPA 與 GPN1、HERC2 有互作；並直接與 RPA1、RPA2 互作，與 RPA 複合體建立關聯。紫外線照射後，XPA 可透過 N 端與 CEP164 互作。在 NER 中，XPA 結合 TFIIH 的 XPD/ERCC2 與 XPB/ERCC3，連接這兩種蛋白質；此處描述的是修復情境中的結合與橋接作用。
疾病與遺傳關聯
XPA 基因變異會造成 Xeroderma pigmentosum complementation group A（XP-A），這是一種常染色體隱性遺傳的色素性皮膚疾病。患者對日光高度敏感，日照部位罹癌傾向增加，皮膚可出現明顯雀斑及其他色素異常；部分患者也有神經學異常。來源指出，XP-A 患者的皮膚症狀最嚴重，且可出現進行性神經障礙。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | XPA 參與 DNA 核苷酸切除修復（NER），並在修復啟動時結合受損位點；其結合親和力依光產物種類及區域轉錄狀態而異。XPA 是紫外線誘發 CHEK1 磷酸化及 CEP164 募集至環丁烷嘧啶二聚體（CPD）損傷位點所必需。在 NER 中，它促進 XPD/ERCC2 的 5′ 至 3′ 解旋酶活性及 XPB/ERCC3 的 DNA 易位酶活性，並連接兩者、使 DNA 靠近 XPB/ERCC3 活性位點，穩定不同於轉錄中 TFIIH 的複合體構形。 | 含實驗來源 | 證據與來源Involved in DNA nucleotide excision repair (NER). Initiates repair by binding to damaged sites with various affinities, depending on the photoproduct and the transcriptional state of the region. Required for UV-induced CHEK1 phosphorylation and the recruitment of CEP164 to cyclobutane pyrimidine dimmers (CPD), sites of DNA damage after UV irradiation. During NER stimulates the 5'-3' helicase activity of XPD/ERCC2 and the DNA translocase activity of XPB/ERCC3. Connects XPD/ERCC2 and XPB/ERCC3 during NER, retaining DNA near the XPB/ERCC3 active site, and stabilizing the complex in a different conformation than in transcribing TFIIH PMID 19197159 ↗ · PMID 31253769 ↗ |
| 交互作用 | XPA 與 GPN1、HERC2 有互作，也直接與 RPA1、RPA2 互作並連結至 RPA 複合體。紫外線照射後，XPA 透過 N 端與 CEP164 互作；在 DNA 核苷酸切除修復（NER）期間，XPA 結合轉錄因子 IIH（TFIIH）中的 XPD/ERCC2 與 XPB/ERCC3，並在兩者之間形成橋接。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with GPN1. Interacts with RPA1 and RPA2; the interaction is direct and associates XPA with the RPA complex. Interacts (via N-terminus) with CEP164 upon UV irradiation. Interacts with HERC2. During NER binds XPD/ERCC2 and XPB/ERCC3 of transcription factor IIH (TFIIH), bridging the 2 proteins PMID 10563794 ↗ · PMID 19197159 ↗ · PMID 20304803 ↗ · PMID 31253769 ↗ · PMID 7700386 ↗ · PMID 9699634 ↗ |
| 細胞定位 | XPA 位於細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | XPA 基因變異會造成 Xeroderma pigmentosum complementation group A（XP-A），一種常染色體隱性遺傳的色素性皮膚疾病。患者對日光高度敏感，日照部位癌症風險傾向增加，皮膚有明顯雀斑及其他色素異常；部分患者有神經學異常。XP-A 患者的皮膚症狀最嚴重，並可能出現進行性神經障礙。 | 含實驗來源 | 證據與來源Xeroderma pigmentosum complementation group A XP-A An autosomal recessive pigmentary skin disorder characterized by solar hypersensitivity of the skin, high predisposition for developing cancers on areas exposed to sunlight and, in some cases, neurological abnormalities. The skin develops marked freckling and other pigmentation abnormalities. XP-A patients show the most severe skin symptoms and progressive neurological disorders. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 278700 PMID 10447254 ↗ · PMID 1339397 ↗ · PMID 1372103 ↗ · PMID 8504220 ↗ · PMID 9671271 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTGCGCGTGCGTGGAGCTGGGAGCTAGGTCCTCGGAGTG40GGCCAGAGATGGCGGCGGCCGACGGGGCTTTGCCGGAGGC80GGCGGCTTTAGAGCAACCCGCGGAGCTGCCTGCCTCGGTG120CGGGCGAGTATCGAGCGGAAGCGGCAGCGGGCACTGATGC160TGCGCCAGGCCCGGCTGGCTGCCCGGCCCTACTCGGCGAC200GGCGGCTGCGGCTACTGGAGGCATGGCTAATGTAAAAGCA240GCCCCAAAGATAATTGACACAGGAGGAGGCTTCATTTTAG280AAGAGGAAGAAGAAGAAGAACAGAAAATTGGAAAAGTTGT320TCATCAACCAGGACCTGTTATGGAATTTGATTATGTAATA360TGCGAAGAATGTGGGAAAGAATTTATGGATTCTTATCTTA400TGAACCACTTTGATTTGCCAACTTGTGATAACTGCAGAGA440TGCTGATGATAAACACAAGCTTATAACCAAAACAGAGGCA480AAACAAGAATATCTTCTGAAAGACTGTGATTTAGAAAAAA520GAGAGCCACCTCTTAAATTTATTGTGAAGAAGAATCCACA560TCATTCACAATGGGGTGATATGAAACTCTACTTAAAGTTA600CAGATTGTGAAGAGGTCTCTTGAAGTTTGGGGTAGTCAAG640AAGCATTAGAAGAAGCAAAGGAAGTCCGACAGGAAAACCG680AGAAAAAATGAAACAGAAGAAATTTGATAAAAAAGTAAAA720GAATTGCGGCGAGCAGTAAGAAGCAGCGTGTGGAAAAGGG760AGACGATTGTTCATCAACATGAGTATGGACCAGAAGAAAA800CCTAGAAGATGACATGTACCGTAAGACTTGTACTATGTGT840GGCCATGAACTGACATATGAAAAAATGTGATTTTTTAGTT880CAGTGACCTGTTTTATAGAATTTTATATTTAAATAAAGGA920AATTTAGATTGGTCCTTTTCAAAATTCAAAAAAAAAAGCA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。