基因總覽
XG 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 Xg glycoprotein (Xg blood group)。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 Xp22.33。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000644266 ★ | 2,752,040–2,816,500 | 11 |
| ENST00000419513 | 2,751,798–2,816,500 | 9 |
| ENST00000509484 | 2,751,798–2,816,500 | 8 |
| ENST00000381174 | 2,751,798–2,816,500 | 10 |
| ENST00001099656 | 2,751,798–2,816,500 | 9 |
| ENST00001099657 | 2,751,798–2,816,500 | 8 |
| ENST00001099658 | 2,751,798–2,816,500 | 9 |
| ENST00001099659 | 2,751,798–2,816,500 | 7 |
| ENST00001099660 | 2,751,798–2,816,500 | 7 |
| ENST00001099661 | 2,751,798–2,816,500 | 9 |
| ENST00001099662 | 2,751,798–2,816,500 | 7 |
| ENST00001099663 | 2,751,798–2,816,500 | 9 |
顯示 12/24 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>XG ENST00000644266 GRCh38 chrX:2751040-2752140 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCGGAGGTTGTAGTGAGTTGAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGACTCTGTCTC AAAAAAAAAAAAGGAAGATATTTCATAGAAGACAACTCCCAAACACCAGGTCAACAACATGAACAGACTT AACACTCCAGATGCTCAAATTTGCAGAGAGAAAAGTCCAAGGTTTATTTCTCCTTTTGGGTCTGTTTGCC ATGAATCCTGCTTCTCTGGGAATTTAGAAGCTGCCCTCATAACTAAGACTGATTTTCCCCTTTCTCCTGC AGTTAATCTATTTACCAGAGGACTTCAAAGCTGTTTGCAAATGGTAACTTTTTAAGTGCTTGCCTACTGC TTCATGGTAGGTAGAGTGTAAGGGTTAACCCACGAGTTGTATATGGATAAATTAGACACACTCACAGATC TGCAGGGAAGAATATAATTAAAACCATTGTGAAAGCAGGAGTCATCATCGAACTCAGCTATCCAGTCATG TTTCTTCTCCAAGGAGATTTCAAACAGAAGATGTAAATTTTGGTAGTTACATAAAATGTCTCAGATTTAA ATGAAAGACACAAAAAGCCACATATCTCCTTTTCCTGAACAACCGTCTCTGCTGAAATATTAGTTCTGCC ACCTACAAAGACAACTGAAGGCTGAGGATAAAAAATGCCTCTTGGAAGTCACTGAGTTTGTTAGGTATAA AAGCCAAGACTTCAACTGAGGTCTTTGCACTGATGTGTACATTAACCCCACACTGGGTATCACTGTACAA TCATGTCCTGCAGGAGGAAGATTACAGGCGGCCAGTGTCTTCTCTGGTTTCTGGGTTGGTGACTTTGAAC TTGCTACAGCTCCCACACCCGCAGCGAGCAGAGTTGCCAAGCAAGTGTGCCGGCTTCCAGAAGCCTGAGA TGCCCATTGGTGCTTGGGAACCACCCCAGTTTCCCCATCGTCTGTGCTGCTGCAGATTGGTTGGGGCAGC CCGGGGAGGCTGGCTCCGACACACGACTGAGTGTGCCTACACTGGTCCCACAGGTTTTCAGCTGTGGAGT TTGGGATCTGAGCTTGGAGCCCATTTGTTTCTGGCAGTTCCGCTCATATTT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| XG_1 ↗ | X:2,752,071 | 正股 | 2,752,022–2,752,081 |
| XG_2 ↗ | X:2,752,247 | 正股 | 2,752,198–2,752,257 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSRX_846Z9 · enhancer · 2751377–2751577 · regulatory
ENSRX_846ZK · promoter · 2751828–2752062 · regulatory
ENSRX_BJQ7 · enhancer · 2752063–2752724 · regulatory
ENSRX_8473M · enhancer · 2755448–2755647 · regulatory
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:180 aa
Xg glycoprotein (Xg blood group) 長 180 個胺基酸,屬於 CD99 family。其 N 端含訊號胜肽(第 1–21 位),胞外區位於第 22–142 位,並包含第 28–133 位的無序區;第 143–163 位為螺旋型跨膜區,C 端第 164–180 位位於細胞質。
蛋白質三維結構
細胞內定位
Xg glycoprotein (Xg blood group) 位於細胞膜,是單次穿膜的 I 型膜蛋白。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | Xg glycoprotein (Xg blood group) 定位於細胞膜,並屬於單次穿膜的 I 型膜蛋白。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ACACGACTGAGTGTGCCTACACTGGTCCCACAGGTTTTCA40GCTGTGGAGTTTGGGATCTGAGCTTGGAGCCCATTTGTTT80CTGGCAGTTCCGCTCATATTTTCCACTTGAAGACATCGCC120TCCCTTCCTTCCAAGCTGGGAGACCAGAAGTCAACAACAG160GAGGGTGGAGAGGCCGGGTCTCACAATCCGCTTGGCTGGG200GAGTCCACTGAGGTTCTTGCATCCTGAAGCAAACCATGGA240GAGCTGGTGGGGACTTCCCTGTCTTGCGTTCCTGTGTTTT280CTAATGCACGCCCGAGGTCAAAGAGACTTTGATTTGGCAG320ATGCCCTTGATGACCCTGAACCCACCAAGAAGCCAAACTC360AGATATCTACCCAAAGCCAAAACCACCTTACTACCCACAG400CCCGAGAATCCCGACAGCGGTGGAAATATCTACCCAAGGC440CAAAGCCACGCCCTCAACCCCAGCCTGGCAATTCCGGCAA480CAGTGGAGGTTACTTCAATGATGTGGACCGTGATGACGGA520CGCTACCCGCCCAGGCCCAGGCCACGGCCGCCTGCAGGAG560GTGGCGGCGGTGGCTACTCCAGTTATGGCAACTCCGACAA600CACGCACGGAAGAGGGGGCTATAGACTCAACTCTCGTTAT640GGAAATACTTATGGTGGAGATCACCATTCAACGTATGGCA680ATCCAGAAGGCAATATGGTAGCAAAAATCGTGTCTCCCAT720CGTATCCGTGGTGGTGGTGACACTGCTGGGAGCAGCAGCC760AGTTATTTCAAACTAAACAATAGGAGAAATTGTTTCAGGA800CCCATGAACCAGAAAATGTCTGAAGATGTTAAGATCCCCT840GATTACTTTGAGAAAAACAACTAAAACAAGAACCGTGTTT880ATCACTGTTGTGGAGATTTCCTTTTATTCTTGACACAATT920TGATGACCTAAAGTGTGTTTTCTTCTGTGTAAAGTACATG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。