演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

XGPBDX

Xg glycoprotein (Xg blood group)

XG 的基因身分與分類資料已收錄,功能註解尚待補充。

Homo sapiensXp22.33UniProt P55808
OFFICIAL SYMBOL
XG
CHROMOSOME
X
UNIPROT
P55808
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

XG 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 Xg glycoprotein (Xg blood group)。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 Xp22.33。

Official symbol
XG
Gene name
Xg glycoprotein (Xg blood group)
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:12806
UniProt
P55808
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
PBDX

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome XXp22.33
chrX · 156,040,895 bp · GRCh38chrXp22.33 · 1–4400000 · gnegchrXp22.32 · 4400001–6100000 · gpos50chrXp22.31 · 6100001–9600000 · gnegchrXp22.2 · 9600001–17400000 · gpos50chrXp22.13 · 17400001–19200000 · gnegchrXp22.12 · 19200001–21900000 · gpos50chrXp22.11 · 21900001–24900000 · gnegchrXp21.3 · 24900001–29300000 · gpos100chrXp21.2 · 29300001–31500000 · gnegchrXp21.1 · 31500001–37800000 · gpos100chrXp11.4 · 37800001–42500000 · gnegchrXp11.3 · 42500001–47600000 · gpos75chrXp11.23 · 47600001–50100000 · gnegchrXp11.22 · 50100001–54800000 · gpos25chrXp11.21 · 54800001–58100000 · gnegchrXp11.1 · 58100001–61000000 · acenchrXq11.1 · 61000001–63800000 · acenchrXq11.2 · 63800001–65400000 · gnegchrXq12 · 65400001–68500000 · gpos50chrXq13.1 · 68500001–73000000 · gnegchrXq13.2 · 73000001–74700000 · gpos50chrXq13.3 · 74700001–76800000 · gnegchrXq21.1 · 76800001–85400000 · gpos100chrXq21.2 · 85400001–87000000 · gnegchrXq21.31 · 87000001–92700000 · gpos100chrXq21.32 · 92700001–94300000 · gnegchrXq21.33 · 94300001–99100000 · gpos75chrXq22.1 · 99100001–103300000 · gnegchrXq22.2 · 103300001–104500000 · gpos50chrXq22.3 · 104500001–109400000 · gnegchrXq23 · 109400001–117400000 · gpos75chrXq24 · 117400001–121800000 · gnegchrXq25 · 121800001–129500000 · gpos100chrXq26.1 · 129500001–131300000 · gnegchrXq26.2 · 131300001–134500000 · gpos25chrXq26.3 · 134500001–138900000 · gnegchrXq27.1 · 138900001–141200000 · gpos75chrXq27.2 · 141200001–143000000 · gnegchrXq27.3 · 143000001–148000000 · gpos100chrXq28 · 148000001–156040895 · gnegXGpq1 bp156,040,895 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chrX:2,751,798–2,816,500
Gene span
64,703 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000644266 ★2,752,040–2,816,50011
ENST000004195132,751,798–2,816,5009
ENST000005094842,751,798–2,816,5008
ENST000003811742,751,798–2,816,50010
ENST000010996562,751,798–2,816,5009
ENST000010996572,751,798–2,816,5008
ENST000010996582,751,798–2,816,5009
ENST000010996592,751,798–2,816,5007
ENST000010996602,751,798–2,816,5007
ENST000010996612,751,798–2,816,5009
ENST000010996622,751,798–2,816,5007
ENST000010996632,751,798–2,816,5009

顯示 12/24 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用;有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 2752040 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>XG ENST00000644266 GRCh38 chrX:2751040-2752140 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GCGGAGGTTGTAGTGAGTTGAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGACTCTGTCTC
AAAAAAAAAAAAGGAAGATATTTCATAGAAGACAACTCCCAAACACCAGGTCAACAACATGAACAGACTT
AACACTCCAGATGCTCAAATTTGCAGAGAGAAAAGTCCAAGGTTTATTTCTCCTTTTGGGTCTGTTTGCC
ATGAATCCTGCTTCTCTGGGAATTTAGAAGCTGCCCTCATAACTAAGACTGATTTTCCCCTTTCTCCTGC
AGTTAATCTATTTACCAGAGGACTTCAAAGCTGTTTGCAAATGGTAACTTTTTAAGTGCTTGCCTACTGC
TTCATGGTAGGTAGAGTGTAAGGGTTAACCCACGAGTTGTATATGGATAAATTAGACACACTCACAGATC
TGCAGGGAAGAATATAATTAAAACCATTGTGAAAGCAGGAGTCATCATCGAACTCAGCTATCCAGTCATG
TTTCTTCTCCAAGGAGATTTCAAACAGAAGATGTAAATTTTGGTAGTTACATAAAATGTCTCAGATTTAA
ATGAAAGACACAAAAAGCCACATATCTCCTTTTCCTGAACAACCGTCTCTGCTGAAATATTAGTTCTGCC
ACCTACAAAGACAACTGAAGGCTGAGGATAAAAAATGCCTCTTGGAAGTCACTGAGTTTGTTAGGTATAA
AAGCCAAGACTTCAACTGAGGTCTTTGCACTGATGTGTACATTAACCCCACACTGGGTATCACTGTACAA
TCATGTCCTGCAGGAGGAAGATTACAGGCGGCCAGTGTCTTCTCTGGTTTCTGGGTTGGTGACTTTGAAC
TTGCTACAGCTCCCACACCCGCAGCGAGCAGAGTTGCCAAGCAAGTGTGCCGGCTTCCAGAAGCCTGAGA
TGCCCATTGGTGCTTGGGAACCACCCCAGTTTCCCCATCGTCTGTGCTGCTGCAGATTGGTTGGGGCAGC
CCGGGGAGGCTGGCTCCGACACACGACTGAGTGTGCCTACACTGGTCCCACAGGTTTTCAGCTGTGGAGT
TTGGGATCTGAGCTTGGAGCCCATTTGTTTCTGGCAGTTCCGCTCATATTT
XG 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
XG_1 ↗X:2,752,071正股2,752,022–2,752,081
XG_2 ↗X:2,752,247正股2,752,198–2,752,257

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSRX_846Z9 · enhancer · 2751377–2751577 · regulatory

ENSRX_846ZK · promoter · 2751828–2752062 · regulatory

ENSRX_BJQ7 · enhancer · 2752063–2752724 · regulatory

ENSRX_8473M · enhancer · 2755448–2755647 · regulatory

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:180 aa

1 aa180 aa功能區域訊號胜肽跨膜區拓樸區域
依 P55808 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

Xg glycoprotein (Xg blood group) 長 180 個胺基酸,屬於 CD99 family。其 N 端含訊號胜肽(第 1–21 位),胞外區位於第 22–142 位,並包含第 28–133 位的無序區;第 143–163 位為螺旋型跨膜區,C 端第 164–180 位位於細胞質。

訊號胜肽1–21 aa
拓樸區域Extracellular22–142 aa
跨膜區Helical143–163 aa
拓樸區域Cytoplasmic164–180 aa
功能區域Disordered28–133 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · P55808…

AlphaFold · P55808

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cell membrane

Xg glycoprotein (Xg blood group) 位於細胞膜,是單次穿膜的 I 型膜蛋白。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
細胞定位Xg glycoprotein (Xg blood group) 定位於細胞膜,並屬於單次穿膜的 I 型膜蛋白。含實驗來源
證據與來源

Cell membrane / Single-pass type I membrane protein

PMID 7533029 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000644266 · 2,943 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ACACGACTGAGTGTGCCTACACTGGTCCCACAGGTTTTCA40
41GCTGTGGAGTTTGGGATCTGAGCTTGGAGCCCATTTGTTT80
81CTGGCAGTTCCGCTCATATTTTCCACTTGAAGACATCGCC120
121TCCCTTCCTTCCAAGCTGGGAGACCAGAAGTCAACAACAG160
161GAGGGTGGAGAGGCCGGGTCTCACAATCCGCTTGGCTGGG200
201GAGTCCACTGAGGTTCTTGCATCCTGAAGCAAACCATGGA240
241GAGCTGGTGGGGACTTCCCTGTCTTGCGTTCCTGTGTTTT280
281CTAATGCACGCCCGAGGTCAAAGAGACTTTGATTTGGCAG320
321ATGCCCTTGATGACCCTGAACCCACCAAGAAGCCAAACTC360
361AGATATCTACCCAAAGCCAAAACCACCTTACTACCCACAG400
401CCCGAGAATCCCGACAGCGGTGGAAATATCTACCCAAGGC440
441CAAAGCCACGCCCTCAACCCCAGCCTGGCAATTCCGGCAA480
481CAGTGGAGGTTACTTCAATGATGTGGACCGTGATGACGGA520
521CGCTACCCGCCCAGGCCCAGGCCACGGCCGCCTGCAGGAG560
561GTGGCGGCGGTGGCTACTCCAGTTATGGCAACTCCGACAA600
601CACGCACGGAAGAGGGGGCTATAGACTCAACTCTCGTTAT640
641GGAAATACTTATGGTGGAGATCACCATTCAACGTATGGCA680
681ATCCAGAAGGCAATATGGTAGCAAAAATCGTGTCTCCCAT720
721CGTATCCGTGGTGGTGGTGACACTGCTGGGAGCAGCAGCC760
761AGTTATTTCAAACTAAACAATAGGAGAAATTGTTTCAGGA800
801CCCATGAACCAGAAAATGTCTGAAGATGTTAAGATCCCCT840
841GATTACTTTGAGAAAAACAACTAAAACAAGAACCGTGTTT880
881ATCACTGTTGTGGAGATTTCCTTTTATTCTTGACACAATT920
921TGATGACCTAAAGTGTGTTTTCTTCTGTGTAAAGTACATG960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。