基因總覽
XCL2(X-C motif chemokine ligand 2)是由蛋白質編碼基因 XCL2 產生的蛋白質,屬於 intercrine gamma 家族。其蛋白質全長為 114 個胺基酸,序列包含位於 N 端的訊號序列;另有一段位於蛋白質末端、被註記為無序的區域。資料顯示 XCL2 具有對淋巴球的趨化活性,這是目前來源所支持的主要生物學特性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000367819 ★ | 168,540,768–168,543,997 | 3 |
| ENST00001101058 | 168,540,765–168,544,113 | 3 |
| ENST00001143305 | 168,540,765–168,544,113 | 3 |
| ENST00001101059 | 168,540,820–168,544,113 | 3 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
XCL2 具有趨化活性,可促使淋巴球朝其作用方向移動。這項活性具有細胞類型上的選擇性:來源指出,XCL2 對淋巴球有趨化作用,但對單核球或嗜中性球沒有相同活性。
現有資料僅支持上述趨化特性,未提供其作用機制、發生條件或其他相關生物學過程的細節,因此不進一步推論其分子作用方式或生理影響。
Promoter 與基因調控
>XCL2 ENST00000367819 GRCh38 chr1:168543897-168544997 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGTAATCCTACTCCTGGTTATTAAAGGGAAGTAATTCAGTGTATATTAATGAAATCGACCTTATAGTTCT GATCTTTATAATAAGTTATAAGAAAATGGTTTAATTTGTATGTGTATATATTTACTCGAAGTAGAAATAT GAAGGCTAAAAAAATGGGAAGATATTTAAATTGGTGTTAAAACAGCATTTAAAATTACCACAATTATGAG AACACATGTATGCCAATGCAGATTCACTGGAAAAATATTGAAAATGAAAACTGTCAGATGGTAAGATTAT AATTTTATTTCTTTTTTAATTTGAAATAAATTGGTACAGCACAGCTTTTCAAAAGCTTCTATAAATGTGT ATGTTAAGTTGTAATAAAGCAAACACATGCATGTAGACATGCTTAAACAGTTATTTAATTGTTTCTTGGG TACCTGGGGAGATGGGGTGAAGAAAGGGGGGTGACTTGAATGAAGGTGGAGGAGAAAAATGAGAACCAAG AAAGCAAAGGATCGAGAAGCTCAGTGTGGCAGCAGCCTCTCTTCCCCTCCTGAGAGAGTCAAAGGGTGGC ATCAGGGACTCATGATCCATGGTTGTGGAAGCCTCATGTCACACTGGATGTCACATGAGGTGGGATGGAA CACAGTGACCACCCCACCTCATTTCCTTTACAGCTTCCGTGGTGGGCCATGGCAGTGAACAGCCTTCAGG CATGTCTACGGTGGAAGATCTGAATTCAGGCTGGTGGCAGGAGACAACACAACCACGTTTTCTTTTATGC ATGCATTTGGTTTAATTGACACATTAACCACAGACAAAGGGGTAAAGGCCACAAGGCGATAGGTTAGTAT GAACAGGGAAAGGGACATTTTTTTTTTTTAAGAAAAATAAAAGCATCAGTATTGCAAAGACTTTCCATGA TCCTATACCCACCTCGAAAGCCCCCTCTCACCACAGGAAGTGCACTGACCATTGGAGGCATAAAAGAGAT CCTCAAAGAGCCCGATCCTCACTCTCCCTGCACAGCTCAGCGGGACCTCAGCCATGAGACTTCTCATCCT GGCCCTCCTTGGCATCTGCTCTCTCACTGCATACATTGTGGAAGGTAAGTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| XCL2_1 ↗ | 1:168,543,997 | 負股 | 168,543,987–168,544,046 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_86XRJ9 · enhancer · 168546019–168546253 · regulatory
ENSR1_53GMD86 · CTCF_binding_site · 168546118–168546139 · regulatory
· motif · 168544364–168544379 · motif
· motif · 168545582–168545604 · motif
· motif · 168545582–168545604 · motif
· motif · 168546120–168546136 · motif
· motif · 168546195–168546208 · motif
· motif · 168546195–168546208 · motif
· motif · 168546197–168546206 · motif
· motif · 168546197–168546206 · motif
· motif · 168546208–168546217 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:114 aa
XCL2 蛋白質長 114 個胺基酸,屬於 intercrine gamma 家族。其第 1 至 21 位胺基酸為訊號序列;第 91 至 114 位胺基酸區域則註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
XCL2 被註記為分泌型蛋白質。 來源未提供定位改變的條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- CCL5P13501 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CXCL12P48061 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- KRTAP1-3Q8IUG1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-9P60411 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NOTCH2NLAQ7Z3S9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
ACTCTCCCTGCACAGCTCAGCGGGACCTCAGCCATGAGAC40TTCTCATCCTGGCCCTCCTTGGCATCTGCTCTCTCACTGC80ATACATTGTGGAAGGTGTAGGGAGTGAAGTCTCACATAGG120AGGACCTGTGTGAGCCTCACTACCCAGCGACTGCCAGTTA160GCAGAATCAAGACCTACACCATCACGGAAGGCTCCTTGAG200AGCAGTAATTTTTATTACCAAACGTGGCCTAAAAGTCTGT240GCTGATCCACAAGCCACGTGGGTGAGAGACGTGGTCAGGA280GCATGGACAGGAAATCCAACACCAGAAATAACATGATCCA320GACCAAGCCAACAGGAACCCAGCAATCGACCAATACAGCT360GTGACCCTGACTGGCTAGTAGTCTCTGGCACCCTGTCCGT400CTCCAGCCAGCCAGCTCATTTCACTTTACACCCTCATGGA440CTGAGATTATACTCACCTTTTATGAAAGCACTGCATGAAT480AAAATTATTCCTTTGTATTTTTACTTTTAAATGTCTTCTG520TATTCACTTATATGTTCTAATTAATAAATTATTTATTATT560AA562cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。