演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

XCL2SCM-1b

X-C motif chemokine ligand 2

XCL2(X-C motif chemokine ligand 2)是 intercrine gamma 家族的蛋白質,具有對淋巴球的趨化活性,但對單核球或嗜中性球沒有此活性。

Homo sapiens1q24.2UniProt Q9UBD3
OFFICIAL SYMBOL
XCL2
CHROMOSOME
1
UNIPROT
Q9UBD3
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

XCL2(X-C motif chemokine ligand 2)是由蛋白質編碼基因 XCL2 產生的蛋白質,屬於 intercrine gamma 家族。其蛋白質全長為 114 個胺基酸,序列包含位於 N 端的訊號序列;另有一段位於蛋白質末端、被註記為無序的區域。資料顯示 XCL2 具有對淋巴球的趨化活性,這是目前來源所支持的主要生物學特性。

Official symbol
XCL2
Gene name
X-C motif chemokine ligand 2
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10646
UniProt
Q9UBD3
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
SCM-1bSCYC2

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 11q24.2
chr1 · 248,956,422 bp · GRCh38chr1p36.33 · 1–2300000 · gnegchr1p36.32 · 2300001–5300000 · gpos25chr1p36.31 · 5300001–7100000 · gnegchr1p36.23 · 7100001–9100000 · gpos25chr1p36.22 · 9100001–12500000 · gnegchr1p36.21 · 12500001–15900000 · gpos50chr1p36.13 · 15900001–20100000 · gnegchr1p36.12 · 20100001–23600000 · gpos25chr1p36.11 · 23600001–27600000 · gnegchr1p35.3 · 27600001–29900000 · gpos25chr1p35.2 · 29900001–32300000 · gnegchr1p35.1 · 32300001–34300000 · gpos25chr1p34.3 · 34300001–39600000 · gnegchr1p34.2 · 39600001–43700000 · gpos25chr1p34.1 · 43700001–46300000 · gnegchr1p33 · 46300001–50200000 · gpos75chr1p32.3 · 50200001–55600000 · gnegchr1p32.2 · 55600001–58500000 · gpos50chr1p32.1 · 58500001–60800000 · gnegchr1p31.3 · 60800001–68500000 · gpos50chr1p31.2 · 68500001–69300000 · gnegchr1p31.1 · 69300001–84400000 · gpos100chr1p22.3 · 84400001–87900000 · gnegchr1p22.2 · 87900001–91500000 · gpos75chr1p22.1 · 91500001–94300000 · gnegchr1p21.3 · 94300001–99300000 · gpos75chr1p21.2 · 99300001–101800000 · gnegchr1p21.1 · 101800001–106700000 · gpos100chr1p13.3 · 106700001–111200000 · gnegchr1p13.2 · 111200001–115500000 · gpos50chr1p13.1 · 115500001–117200000 · gnegchr1p12 · 117200001–120400000 · gpos50chr1p11.2 · 120400001–121700000 · gnegchr1p11.1 · 121700001–123400000 · acenchr1q11 · 123400001–125100000 · acenchr1q12 · 125100001–143200000 · gvarchr1q21.1 · 143200001–147500000 · gnegchr1q21.2 · 147500001–150600000 · gpos50chr1q21.3 · 150600001–155100000 · gnegchr1q22 · 155100001–156600000 · gpos50chr1q23.1 · 156600001–159100000 · gnegchr1q23.2 · 159100001–160500000 · gpos50chr1q23.3 · 160500001–165500000 · gnegchr1q24.1 · 165500001–167200000 · gpos50chr1q24.2 · 167200001–170900000 · gnegchr1q24.3 · 170900001–173000000 · gpos75chr1q25.1 · 173000001–176100000 · gnegchr1q25.2 · 176100001–180300000 · gpos50chr1q25.3 · 180300001–185800000 · gnegchr1q31.1 · 185800001–190800000 · gpos100chr1q31.2 · 190800001–193800000 · gnegchr1q31.3 · 193800001–198700000 · gpos100chr1q32.1 · 198700001–207100000 · gnegchr1q32.2 · 207100001–211300000 · gpos25chr1q32.3 · 211300001–214400000 · gnegchr1q41 · 214400001–223900000 · gpos100chr1q42.11 · 223900001–224400000 · gnegchr1q42.12 · 224400001–226800000 · gpos25chr1q42.13 · 226800001–230500000 · gnegchr1q42.2 · 230500001–234600000 · gpos50chr1q42.3 · 234600001–236400000 · gnegchr1q43 · 236400001–243500000 · gpos75chr1q44 · 243500001–248956422 · gnegXCL2pq1 bp248,956,422 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr1:168,540,765–168,544,113
Gene span
3,349 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000367819 ★168,540,768–168,543,9973
ENST00001101058168,540,765–168,544,1133
ENST00001143305168,540,765–168,544,1133
ENST00001101059168,540,820–168,544,1133

顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

XCL2 具有趨化活性,可促使淋巴球朝其作用方向移動。這項活性具有細胞類型上的選擇性:來源指出,XCL2 對淋巴球有趨化作用,但對單核球或嗜中性球沒有相同活性。

現有資料僅支持上述趨化特性,未提供其作用機制、發生條件或其他相關生物學過程的細節,因此不進一步推論其分子作用方式或生理影響。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 168543997 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>XCL2 ENST00000367819 GRCh38 chr1:168543897-168544997 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
AGTAATCCTACTCCTGGTTATTAAAGGGAAGTAATTCAGTGTATATTAATGAAATCGACCTTATAGTTCT
GATCTTTATAATAAGTTATAAGAAAATGGTTTAATTTGTATGTGTATATATTTACTCGAAGTAGAAATAT
GAAGGCTAAAAAAATGGGAAGATATTTAAATTGGTGTTAAAACAGCATTTAAAATTACCACAATTATGAG
AACACATGTATGCCAATGCAGATTCACTGGAAAAATATTGAAAATGAAAACTGTCAGATGGTAAGATTAT
AATTTTATTTCTTTTTTAATTTGAAATAAATTGGTACAGCACAGCTTTTCAAAAGCTTCTATAAATGTGT
ATGTTAAGTTGTAATAAAGCAAACACATGCATGTAGACATGCTTAAACAGTTATTTAATTGTTTCTTGGG
TACCTGGGGAGATGGGGTGAAGAAAGGGGGGTGACTTGAATGAAGGTGGAGGAGAAAAATGAGAACCAAG
AAAGCAAAGGATCGAGAAGCTCAGTGTGGCAGCAGCCTCTCTTCCCCTCCTGAGAGAGTCAAAGGGTGGC
ATCAGGGACTCATGATCCATGGTTGTGGAAGCCTCATGTCACACTGGATGTCACATGAGGTGGGATGGAA
CACAGTGACCACCCCACCTCATTTCCTTTACAGCTTCCGTGGTGGGCCATGGCAGTGAACAGCCTTCAGG
CATGTCTACGGTGGAAGATCTGAATTCAGGCTGGTGGCAGGAGACAACACAACCACGTTTTCTTTTATGC
ATGCATTTGGTTTAATTGACACATTAACCACAGACAAAGGGGTAAAGGCCACAAGGCGATAGGTTAGTAT
GAACAGGGAAAGGGACATTTTTTTTTTTTAAGAAAAATAAAAGCATCAGTATTGCAAAGACTTTCCATGA
TCCTATACCCACCTCGAAAGCCCCCTCTCACCACAGGAAGTGCACTGACCATTGGAGGCATAAAAGAGAT
CCTCAAAGAGCCCGATCCTCACTCTCCCTGCACAGCTCAGCGGGACCTCAGCCATGAGACTTCTCATCCT
GGCCCTCCTTGGCATCTGCTCTCTCACTGCATACATTGTGGAAGGTAAGTG
XCL2 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
XCL2_1 ↗1:168,543,997負股168,543,987–168,544,046

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR1_86XRJ9 · enhancer · 168546019–168546253 · regulatory

ENSR1_53GMD86 · CTCF_binding_site · 168546118–168546139 · regulatory

· motif · 168544364–168544379 · motif

· motif · 168545582–168545604 · motif

· motif · 168545582–168545604 · motif

· motif · 168546120–168546136 · motif

· motif · 168546195–168546208 · motif

· motif · 168546195–168546208 · motif

· motif · 168546197–168546206 · motif

· motif · 168546197–168546206 · motif

· motif · 168546208–168546217 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:114 aa

1 aa114 aa功能區域訊號胜肽
依 Q9UBD3 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

XCL2 蛋白質長 114 個胺基酸,屬於 intercrine gamma 家族。其第 1 至 21 位胺基酸為訊號序列;第 91 至 114 位胺基酸區域則註記為無序區。

訊號胜肽1–21 aa
功能區域Disordered91–114 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9UBD3…

AlphaFold · Q9UBD3

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。細胞外定位以細胞周圍、與細胞膜保持距離的圓點表示。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Secreted

XCL2 被註記為分泌型蛋白質。 來源未提供定位改變的條件或異構型差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 5 個夥伴 · 最多顯示 50 個
SCM-1bXCL2CCL5CXCL12KRTAP1-3KRTAP10-9NOTCH2NLA
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能XCL2 具有促使淋巴球移動的趨化活性;這項作用具有細胞類型選擇性,來源指出其對單核球與嗜中性球不具相同的趨化活性。推論支持
證據與來源

Chemotactic activity for lymphocytes but not for monocytes or neutrophils

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位Secreted資料庫紀錄
證據與來源

Secreted

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000367819 · 562 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ACTCTCCCTGCACAGCTCAGCGGGACCTCAGCCATGAGAC40
41TTCTCATCCTGGCCCTCCTTGGCATCTGCTCTCTCACTGC80
81ATACATTGTGGAAGGTGTAGGGAGTGAAGTCTCACATAGG120
121AGGACCTGTGTGAGCCTCACTACCCAGCGACTGCCAGTTA160
161GCAGAATCAAGACCTACACCATCACGGAAGGCTCCTTGAG200
201AGCAGTAATTTTTATTACCAAACGTGGCCTAAAAGTCTGT240
241GCTGATCCACAAGCCACGTGGGTGAGAGACGTGGTCAGGA280
281GCATGGACAGGAAATCCAACACCAGAAATAACATGATCCA320
321GACCAAGCCAACAGGAACCCAGCAATCGACCAATACAGCT360
361GTGACCCTGACTGGCTAGTAGTCTCTGGCACCCTGTCCGT400
401CTCCAGCCAGCCAGCTCATTTCACTTTACACCCTCATGGA440
441CTGAGATTATACTCACCTTTTATGAAAGCACTGCATGAAT480
481AAAATTATTCCTTTGTATTTTTACTTTTAAATGTCTTCTG520
521TATTCACTTATATGTTCTAATTAATAAATTATTTATTATT560
561AA562

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。