基因總覽
WNT5A 是蛋白質編碼基因，其產物英文名稱為 Wnt family member 5A，也稱 Protein Wnt-5a，屬於 Wnt 家族。此蛋白質為 380 個胺基酸長，具有位於第 1 至 35 位胺基酸的訊號序列，符合其分泌型蛋白質的基本特徵。Wnt family member 5A 是可與 Frizzled 家族受體作用的配體；其下游訊號表現會受受體組合與細胞情境影響，因此不能只以單一方向概括其調節角色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000264634 ★ | 55,465,715–55,487,306 | 5 |
| ENST00000474267 | 55,465,715–55,489,945 | 6 |
| ENST00001031900 | 55,465,860–55,488,550 | 5 |
| ENST00000497027 | 55,469,993–55,481,393 | 5 |
| ENST00000482079 | 55,474,334–55,481,196 | 3 |
| ENST00001108514 | 55,478,315–55,488,550 | 3 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Wnt family member 5A 是 Frizzled 家族七次跨膜受體的配體，可調節典型 Wnt 訊號，但作用方向取決於受體情境。在 FZD4 存在時，它會活化 beta-catenin 訊號；在 ROR2 存在時，則可透過不依賴 GSK3 的途徑促進 beta-catenin 降解，並降低 beta-catenin 誘導的報導基因表現。後一機制的證據標示為相似性推論，應保留其推論性質。
典型 Wnt 路徑受到抑制時，可讓軟骨生成得以進行，並抑制腫瘤形成。Wnt family member 5A 也會抑制軟骨細胞中的第二型膠原蛋白表現；此項作用同樣標示為相似性推論。這些資料指出，其對發育與組織形成的影響，可能與訊號調節方向及細胞類型有關。
在細胞行為方面，Wnt family member 5A 可刺激細胞移動。在癌細胞研究中，它會降低癌細胞的增殖、移動、侵襲性與克隆形成能力，因此可能具有腫瘤抑制作用；此處的「可能」反映來源對其角色的保留。它也參與黑色素瘤細胞的移動，顯示其對移動性的影響會因細胞背景而異，不能簡化為一概促進或抑制。
胚胎發育期間，WNT5A 對初級前後軸的延伸，以及肢體與生殖結節的生長是必要的。綜合而言，來源所述功能涵蓋受體情境依賴的 Wnt 訊號調節、細胞移動、軟骨相關過程及胚胎形態發育；其中部分分子機制與生物學作用明確標為相似性推論，解讀時須與實驗研究所述的細胞表型區分。
Promoter 與基因調控
>WNT5A ENST00000264634 GRCh38 chr3:55487206-55488306 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CGGTCGGTCAGTCTGTTTGCGGGGCACAGGATCGCGTGGAAATCTGCTGCGAGCTCCACGGAGCCGCCTC CGCCGCCCAGAGCCGGGGTCCGTGCGGCAGCTGCCCAGCGAGCCCTTCCGCCGCCGCCGTTGTGCCCGGG ACCGCCCGCCTCCCGCCGGCCCGCTCTCCCGCCCCTCGGACCCGGGCGCCAAACGAGGAGGTGGGCAGCT TCGCCGGCCATGGACCGCCGGAGCTGAGTCGCCGCCGCGGAGCTCCGAGCTCTCGCCCTTCCCCAGCCTC GCGCCCGCGGTGCACTCGCTGCTCTTCGCCCTTCGCCCTGGAAAAACGGGGAAAAGAGAGATCAACCCGA AGAGAGAAAGAACGGGATACGTGGTGGGGGGGGGGAGCCCGCGTCTCCCCTGGGTTAGTCGCACCCCTCC AGCTCACCGCACAGCAATAAGTTCCGGGGCGACTTTCACCTATTTTGCTCCCCGTTTTTGCCGAACCCTA AAATGAAAGGACACAATTTGGGGCTGACTCTTGCAGCTCAGATGGCGACTTGTGCGTTTTCAGCGGCATC TCCCGGAGAAAAAGCCATGCGCGCCTGATTGTTCTGTGGCCCCAAAGCTGCAGCGGGGGTGTGTGTGTTG GGGTGTGTGTCTGTGTGTGTACAGAGACGTCCACACTAACTCGCGGCTGCAGGATCAGCGTCTGGAAGCA GACGTTTCGGCTACAGACCCAGAGAGGAGGAGCTGGAGATCAGGAGGCGTGAGCCGCCAAGAGTTTGCAG AATCTGTGGTGTGAATGAACTGGGGGCACCTGGGCGCACAGATCGCCCCCCTTCCCCCGCCCCGGGCCAC AGTTGAGTAGTGGTACATTTTTTTCACCCTCTTGTGAAGAATTTCTTTTTATTATTATTTGTCGTAAGGT CTTTTGCACAATCACGCCCACATTTGGGGTTGGAAAGCCCTAATTACCGCCGTCGCTGATGGACGTTGGA AACGGAGCGCCTCTCCGTGGAACAGTTGCCTGCGCGCCCTCGCCGGACCGGCGGCTCCCTAGTTGCGCCC CGACCAGGCCCTGCCCTTGCTGCCGGCTCGCGCGCGTCCGCGCCCCCTCCA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| WNT5A_2 ↗ | 3:55,487,303 | 負股 | 55,487,293–55,487,352 |
| WNT5A_3 ↗ | 3:55,487,594 | 負股 | 55,487,584–55,487,643 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR3_5H3CFJ · CTCF_binding_site · 55482298–55482319 · regulatory
ENSR3_5H3CHC · CTCF_binding_site · 55482686–55482707 · regulatory
ENSR3_5H3CX8 · CTCF_binding_site · 55485255–55485276 · regulatory
ENSR3_5H3D7X · CTCF_binding_site · 55486920–55486941 · regulatory
ENSR3_9S2MF · promoter · 55487296–55487709 · regulatory
ENSR3_5H3DB9 · CTCF_binding_site · 55487426–55487447 · regulatory
ENSR3_D4QBZ · enhancer · 55487710–55489934 · regulatory
ENSR3_5H3DCP · CTCF_binding_site · 55487737–55487758 · regulatory
ENSR3_9S2N7 · promoter · 55489935–55490435 · regulatory
ENSR3_BF2C9 · enhancer · 55491143–55491843 · regulatory
· motif · 55482300–55482316 · motif
· motif · 55482688–55482704 · motif
· motif · 55483508–55483521 · motif
· motif · 55485257–55485273 · motif
· motif · 55486922–55486938 · motif
· motif · 55487040–55487056 · motif
· motif · 55487124–55487140 · motif
· motif · 55487428–55487444 · motif
· motif · 55487739–55487755 · motif
· motif · 55488531–55488542 · motif
· motif · 55488531–55488542 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：380 aa
Wnt family member 5A 屬於 Wnt 家族，蛋白質全長為 380 個胺基酸。其序列註解包含第 1 至 35 位胺基酸的訊號序列；來源未提供其他結構域或功能區段註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
Wnt family member 5A 為分泌蛋白，定位資料包括細胞外空間與細胞外基質。 來源未描述其定位隨條件或異構型而變化的情形。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- TRABD2BA6NFA1 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- WIF1Q9Y5W5 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- WLSQ5T9L3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
Wnt family member 5A 與 AFM 形成可溶性 1:1 複合體；此複合體可避免寡聚化，並是維持較長時間生物活性所需，且可能是體液中的生理形式。體外觀察到的二硫鍵連結同源寡聚體會失活。另有與 PORCN、WLS、glypican GCP3、PKD1（經由胞外結構域）及 TMEM67 的互作記錄；來源未將這些互作一概界定為複合體或功能關係。
疾病與遺傳關聯
WNT5A 相關變異被記載與常染色體顯性 Robinow syndrome 1（DRS1）有關。此病可見短肢型侏儒、肋椎節段缺陷，以及頭部、臉部與外生殖器異常；顯性病例的臨床表徵通常較輕。來源將此疾病描述為由影響該基因的變異所致。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | Wnt family member 5A 是 Frizzled 家族七次跨膜受體的配體，可依受體情境活化或抑制典型 Wnt 訊號；有 FZD4 時活化 beta-catenin 訊號，有 ROR2 時則可經不依賴 GSK3 的途徑促進 beta-catenin 降解。抑制典型路徑可讓軟骨生成進行並抑制腫瘤形成；它也影響癌細胞與黑色素瘤細胞移動，且參與胚胎軸延伸、肢體及生殖結節生長。部分機制標示為相似性推論。 | 含實驗來源 | 證據與來源Ligand for members of the frizzled family of seven transmembrane receptors. Can activate or inhibit canonical Wnt signaling, depending on receptor context. In the presence of FZD4, activates beta-catenin signaling. In the presence of ROR2, inhibits the canonical Wnt pathway by promoting beta-catenin degradation through a GSK3-independent pathway which involves down-regulation of beta-catenin-induced reporter gene expression (By similarity). Suppression of the canonical pathway allows chondrogenesis to occur and inhibits tumor formation. Stimulates cell migration. Decreases proliferation, migration, invasiveness and clonogenicity of carcinoma cells and may act as a tumor suppressor. Mediates motility of melanoma cells. Required during embryogenesis for extension of the primary anterior-posterior axis and for outgrowth of limbs and the genital tubercle. Inhibits type II collagen expression in chondrocytes (By similarity) PMID 15735754 ↗ · PMID 17426020 ↗ |
| 交互作用 | Wnt family member 5A 與 AFM 形成可溶性 1:1 複合體，可防止寡聚化並維持較長時間的生物活性；該複合體可能是體液中的生理形式。體外二硫鍵連結的同源寡聚體會失活。另有與 PORCN、WLS、glypican GCP3、PKD1（經由胞外結構域）及 TMEM67 的互作記錄。 | 含實驗來源 | 證據與來源Forms a soluble 1:1 complex with AFM; this prevents oligomerization and is required for prolonged biological activity. The complex with AFM may represent the physiological form in body fluids. Homooligomer; disulfide-linked, leading to inactivation (in vitro). Interacts with PORCN. Interacts with WLS (By similarity). Interacts with glypican GCP3. Interacts with PKD1 (via extracellular domain). Interacts with TMEM67 PMID 14610063 ↗ · PMID 26902720 ↗ · PMID 27214281 ↗ · PMID 34731008 ↗ |
| 細胞定位 | Wnt family member 5A 為分泌蛋白，記錄的定位包括細胞外空間與細胞外基質。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 常染色體顯性 Robinow syndrome 1（DRS1）與影響 WNT5A 的變異相關。疾病特徵包括短肢型侏儒、肋椎節段缺陷，以及頭部、臉部和外生殖器異常；顯性病例的臨床表徵通常較輕。 | 含實驗來源 | 證據與來源Robinow syndrome, autosomal dominant 1 DRS1 A disease characterized by short-limb dwarfism, costovertebral segmentation defects and abnormalities of the head, face and external genitalia. The clinical signs are generally milder in dominant cases. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 180700 PMID 19918918 ↗ · PMID 29276006 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AACAGTTGCCTGCGCGCCCTCGCCGGACCGGCGGCTCCCT40AGTTGCGCCCCGACCAGGCCCTGCCCTTGCTGCCGGCTCG80CGCGCGTCCGCGCCCCCTCCATTCCTGGGCGCATCCCAGC120TCTGCCCCAACTCGGGAGTCCAGGCCCGGGCGCCAGTGCC160CGCTTCAGCTCCGGTTCACTGCGCCCGCCGGACGCGCGCC200GGAGGACTCCGCAGCCCTGCTCCTGACCGTCCCCCCAGGC240TTAACCCGGTCGCTCCGCTCGGATTCCTCGGCTGCGCTCG280CTCGGGTGGCGACTTCCTCCCCGCGCCCCCTCCCCCTCGC320CATGAAGAAGTCCATTGGAATATTAAGCCCAGGAGTTGCT360TTGGGGATGGCTGGAAGTGCAATGTCTTCCAAGTTCTTCC400TAGTGGCTTTGGCCATATTTTTCTCCTTCGCCCAGGTTGT440AATTGAAGCCAATTCTTGGTGGTCGCTAGGTATGAATAAC480CCTGTTCAGATGTCAGAAGTATATATTATAGGAGCACAGC520CTCTCTGCAGCCAACTGGCAGGACTTTCTCAAGGACAGAA560GAAACTGTGCCACTTGTATCAGGACCACATGCAGTACATC600GGAGAAGGCGCGAAGACAGGCATCAAAGAATGCCAGTATC640AATTCCGACATCGAAGGTGGAACTGCAGCACTGTGGATAA680CACCTCTGTTTTTGGCAGGGTGATGCAGATAGGCAGCCGC720GAGACGGCCTTCACATACGCGGTGAGCGCAGCAGGGGTGG760TGAACGCCATGAGCCGGGCGTGCCGCGAGGGCGAGCTGTC800CACCTGCGGCTGCAGCCGCGCCGCGCGCCCCAAGGACCTG840CCGCGGGACTGGCTCTGGGGCGGCTGCGGCGACAACATCG880ACTATGGCTACCGCTTTGCCAAGGAGTTCGTGGACGCCCG920CGAGCGGGAGCGCATCCACGCCAAGGGCTCCTACGAGAGT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。