演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

WNT10BWNT-12

Wnt family member 10B

WNT10B 編碼 Wnt family member 10B,屬於可分泌的 Wnt 配體家族,能啟動典型 Wnt/β-catenin 訊號,並與肢體及牙齒發育相關疾病的基因變異有關。

Homo sapiens12q13.12UniProt O00744
OFFICIAL SYMBOL
WNT10B
CHROMOSOME
12
UNIPROT
O00744
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

WNT10B 是蛋白質編碼基因,產物為 Wnt family member 10B,屬於 Wnt 配體家族。此家族成員為可分泌蛋白,WNT10B 亦具有訊號胜肽,符合其分泌性質。現有資料將其描述為參與多種訊號網絡的成員;其主要生物作用與典型 Wnt/β-catenin 訊號相關,並涉及幹性、多能性及細胞命運決定。來源未提供更詳細的序列或結構描述。

Official symbol
WNT10B
Gene name
Wnt family member 10B
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:12775
UniProt
O00744
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
WNT-12SHFM6

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1212q13.12
chr12 · 133,275,309 bp · GRCh38chr12p13.33 · 1–3200000 · gnegchr12p13.32 · 3200001–5300000 · gpos25chr12p13.31 · 5300001–10000000 · gnegchr12p13.2 · 10000001–12600000 · gpos75chr12p13.1 · 12600001–14600000 · gnegchr12p12.3 · 14600001–19800000 · gpos100chr12p12.2 · 19800001–21100000 · gnegchr12p12.1 · 21100001–26300000 · gpos100chr12p11.23 · 26300001–27600000 · gnegchr12p11.22 · 27600001–30500000 · gpos50chr12p11.21 · 30500001–33200000 · gnegchr12p11.1 · 33200001–35500000 · acenchr12q11 · 35500001–37800000 · acenchr12q12 · 37800001–46000000 · gpos100chr12q13.11 · 46000001–48700000 · gnegchr12q13.12 · 48700001–51100000 · gpos25chr12q13.13 · 51100001–54500000 · gnegchr12q13.2 · 54500001–56200000 · gpos25chr12q13.3 · 56200001–57700000 · gnegchr12q14.1 · 57700001–62700000 · gpos75chr12q14.2 · 62700001–64700000 · gnegchr12q14.3 · 64700001–67300000 · gpos50chr12q15 · 67300001–71100000 · gnegchr12q21.1 · 71100001–75300000 · gpos75chr12q21.2 · 75300001–79900000 · gnegchr12q21.31 · 79900001–86300000 · gpos100chr12q21.32 · 86300001–88600000 · gnegchr12q21.33 · 88600001–92200000 · gpos100chr12q22 · 92200001–95800000 · gnegchr12q23.1 · 95800001–101200000 · gpos75chr12q23.2 · 101200001–103500000 · gnegchr12q23.3 · 103500001–108600000 · gpos50chr12q24.11 · 108600001–111300000 · gnegchr12q24.12 · 111300001–111900000 · gpos25chr12q24.13 · 111900001–113900000 · gnegchr12q24.21 · 113900001–116400000 · gpos50chr12q24.22 · 116400001–117700000 · gnegchr12q24.23 · 117700001–120300000 · gpos50chr12q24.31 · 120300001–125400000 · gnegchr12q24.32 · 125400001–128700000 · gpos50chr12q24.33 · 128700001–133275309 · gnegWNT10Bpq1 bp133,275,309 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr12:48,965,185–48,972,669
Gene span
7,485 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000301061 ★48,965,340–48,971,7355
ENST0000040746748,965,185–48,972,6696
ENST0000040395748,965,185–48,972,6696
ENST0000097479548,965,185–48,972,6694
ENST0000113649648,965,185–48,972,6695
ENST0000041363048,968,296–48,970,7564
ENST0000042038848,970,120–48,970,8893

顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

WNT10B 是 Wnt 配體,可啟動 Wnt 訊號級聯反應;其特定作用之一是活化典型 Wnt/β-catenin 訊號。活化後,β-catenin 與 LEF/TCF 介導的轉錄程序受到啟動,將細胞外訊號連結至基因轉錄調控。來源未進一步說明其受體、下游分子步驟或各組織中的具體作用方式。

WNT10B 所參與的訊號網絡與幹性、多能性及細胞命運決定有關。這些描述指出它涉及維持細胞特性及調節細胞發展方向的訊號活動,但資料未界定各過程中 WNT10B 的作用條件,也未提供其效應方向或不同細胞情境間的差異。

來源亦指出 WNT10B 在免疫系統、乳腺、脂肪組織、骨骼與皮膚中發揮作用。這些組織與系統範圍顯示其生物學作用並不限於單一部位;然而,資料未列出各處的特定細胞類型、發育階段或生理結果,因此不宜據此推定更細的組織功能。整體而言,現有功能描述支持 WNT10B 作為可分泌 Wnt 配體,透過典型 β-catenin 相關轉錄訊號參與細胞狀態與命運相關網絡。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 48971735 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>WNT10B ENST00000301061 GRCh38 chr12:48971635-48972735 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TGGGCTGCGGTCTGGCAGGGGCGGGGGGCGGCTGGAAAGCCTGGGGCCCCTCTCTGGCAAAAATAGCCCA
CAGTGGTTAGAGCTTCGAGGGTGAGTCAGGCGGGAGCACGGTGGCGCCTAACCCGTTCGCTGCCACTGGG
TCTCCCTAAGGCGGTTTGCCTTTGCCTGTGCACCCCAAGACCAGGCTCTTTCCCGGCTGCCCTTGGGCTT
GGCTCAATTTTGGATCCCAAGGCCCTCCTCATCCCATAAGAAGCAAGTCTACAGCTTGGAGCAGGAATCC
AGGCCACCCAAAGTGCAGACCGGGGGAATCCCGAGAAGGGTAGGATACCTCTGTTGGCAAGCATCCCTGC
CAGGCAAGGAAGCATCGGGGCAGGCTGACAATCTTTGGTGCTACTTGAACCTCTGCTAGGGCCAAACTCT
GAGGCCAAAGCTGTCCCCTCCAAAGGGGCAGGCGCAGGGCTTGGAGGAGGGTGGGAACCAAGCTGCCCAG
ACGTGTGCTTCTCCTGCCCGCTCTGAGTACCCCGGGTGCGCTCAGGCTGTGGGTGCCACATGTGACTGTC
CCACACCGAGAAGCCCAAAGACTGTCTGGCTCCATCCTCATCTTGTCAAAGGCACCTTCCAGCCACCCTG
ATCTTGGTGGAGAAACTGACGCAAAGAGGAGTGATGAAAGATGTGGCCATCTGGGCCCCATTCTGGCTCC
CTAGGAAGGTTACTACACCCTCCCTGCAGCCTTGGCGACCCCAGATCAGGTGAGAGGAACTCTGGCCACC
TCCTTCTTCAGTGGGGCCAAGCCTGAACCCAGGCGTCGGGGGAGAGGGTGTGTGAGAGAGAGAGAGTGTG
TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCTGGGAGGAGGGGG
AGGCTGCATTCGCCTGGTCAAGGCTGGGAGTGGAGGGTAGGGTGGGGAAGCCCCAGGCTCGGGGAGGGGC
TGCAGCTCCGTCAGCCCGGCAGAGCCACCCTGAGCTCGGTGAGAGCAAAGCCAGAGCCCCCAGTCCTTTG
CTCGCCGGCTTGCTAGCTCTCTCGATCACTCCCTCCCTTCCTCCCTCCCTT
WNT10B 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
WNT10B_1 ↗12:48,971,671負股48,971,661–48,971,720
WNT10B_2 ↗12:48,971,853負股48,971,843–48,971,902

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR12_5FHZPF · CTCF_binding_site · 48969659–48969680 · regulatory

ENSR12_BCPF3 · promoter · 48971488–48972225 · regulatory

ENSR12_C6T7N · enhancer · 48973226–48974529 · regulatory

ENSR12_67QHQB · CTCF_binding_site · 48974230–48974278 · regulatory

ENSR12_5FJ2J8 · CTCF_binding_site · 48974370–48974391 · regulatory

ENSR12_5FJ2N2 · CTCF_binding_site · 48975189–48975210 · regulatory

ENSR12_83FTPZ · enhancer · 48976558–48976755 · regulatory

· motif · 48969404–48969417 · motif

· motif · 48969661–48969677 · motif

· motif · 48969803–48969812 · motif

· motif · 48969893–48969902 · motif

· motif · 48969955–48969968 · motif

· motif · 48970013–48970026 · motif

· motif · 48970036–48970049 · motif

· motif · 48970369–48970386 · motif

· motif · 48970371–48970386 · motif

· motif · 48972723–48972738 · motif

· motif · 48972816–48972833 · motif

· motif · 48974232–48974248 · motif

· motif · 48974257–48974273 · motif

· motif · 48974259–48974275 · motif

· motif · 48974372–48974388 · motif

· motif · 48975191–48975207 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:389 aa

1 aa389 aa功能區域訊號胜肽
依 O00744 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

Protein Wnt-10b 長 389 個胺基酸,屬於 Wnt family。其 N 端第 1–28 位胺基酸為訊號胜肽;第 171–197 位胺基酸區段被註記為無序區。來源未提供其他結構域或功能區域資訊。

訊號胜肽1–28 aa
功能區域Disordered171–197 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · O00744…

AlphaFold · O00744

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。細胞外定位以細胞周圍、與細胞膜保持距離的圓點表示。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Secreted, extracellular space, extracellular matrix;Secreted

WNT10B 為分泌型蛋白,定位資料記載其位於細胞外空間及細胞外基質。 來源未指出其定位會隨條件或異構型而改變。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 1 個夥伴 · 最多顯示 50 個
WNT-12WNT10BAPP
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

WNT10B 與 AFM 形成可溶性的 1:1 複合體。此複合體可防止 WNT10B 寡聚化,且被描述為維持較長時間生物活性所必需;該複合體也可能是體液中的生理形式。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

影響 WNT10B 的基因變異與 split-hand/foot malformation 6(SHFM6)相關;此肢體畸形涉及自體末端肢體的中央射線,可有併指、手足正中裂,以及指骨、掌骨或蹠骨缺如或發育不全。部分患者另有智能障礙、外胚層或顱顏表徵及口顏裂。

影響此基因的變異也與 selective tooth agenesis 8(STHAG8)相關,該病為先天缺少一顆或多顆牙齒,遺傳方式為體染色體顯性。來源提及變異與缺牙位置間可能存在基因型-表型關聯;此為潛在關聯,並非確定的對應關係。

個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

5 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 5 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能WNT10B 屬於 Wnt 配體基因家族,編碼可分泌並能活化 Wnt 訊號級聯反應的蛋白質。它特別啟動典型 Wnt/β-catenin 訊號,促使 β-catenin/LEF/TCF 介導的轉錄程序運作,並參與調控幹性、多能性與細胞命運的訊號網絡;其作用涉及免疫系統、乳腺、脂肪組織、骨骼及皮膚。推論支持
證據與來源

Member of the Wnt ligand gene family that encodes for secreted proteins, which activate the Wnt signaling cascade. Specifically activates canonical Wnt/beta-catenin signaling and thus triggers beta-catenin/LEF/TCF-mediated transcriptional programs. Involved in signaling networks controlling stemness, pluripotency and cell fate decisions. Acts in the immune system, mammary gland, adipose tissue, bone and skin

PMID 16477437 ↗ · PMID 21447090 ↗ · PMID 27321946 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用WNT10B 與 AFM 形成可溶性的 1:1 複合體。此複合體能防止 WNT10B 寡聚化,並且是維持較長時間生物活性所必需;該複合體也可能代表 WNT10B 在體液中的生理形式。資料庫紀錄
證據與來源

Forms a soluble 1:1 complex with AFM; this prevents oligomerization and is required for prolonged biological activity. The complex with AFM may represent the physiological form in body fluids

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位WNT10B 被記載為分泌型蛋白,定位於細胞外空間及細胞外基質;定位註解亦再次標示其為分泌蛋白。含實驗來源
證據與來源

Secreted, extracellular space, extracellular matrix; Secreted

PMID 26902720 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯影響 WNT10B 的基因變異可造成 split-hand/foot malformation 6(SHFM6)。此肢體畸形涉及自體末端肢體中央射線,表現可包括併指、手足正中裂,以及指骨、掌骨或蹠骨缺如或發育不全;部分患者另有智能障礙、外胚層或顱顏表徵及口顏裂。含實驗來源
證據與來源

Split-hand/foot malformation 6 SHFM6 A limb malformation involving the central rays of the autopod and presenting with syndactyly, median clefts of the hands and feet, and aplasia and/or hypoplasia of the phalanges, metacarpals, and metatarsals. Some patients have been found to have intellectual disability, ectodermal and craniofacial findings, and orofacial clefting. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 225300

PMID 18515319 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯影響 WNT10B 的變異與 selective tooth agenesis 8(STHAG8)相關,患者先天缺少一顆或多顆牙齒,遺傳方式為體染色體顯性。缺牙可分為缺少六顆以上恆牙的 oligodontia,或少於六顆的 hypodontia,兩者均不計第三大臼齒;變異與缺牙位置之間可能存在基因型-表型關聯。含實驗來源
證據與來源

Tooth agenesis, selective, 8 STHAG8 A form of selective tooth agenesis, a common anomaly characterized by the congenital absence of one or more teeth. Selective tooth agenesis without associated systemic disorders has sometimes been divided into 2 types: oligodontia, defined as agenesis of 6 or more permanent teeth, and hypodontia, defined as agenesis of less than 6 teeth. The number in both cases does not include absence of third molars (wisdom teeth). STHAG8 inheritance is autosomal dominant. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry. Potential genotype-phenotype correlation between variants and the positions of missing teeth MIM: 617073

PMID 27321946 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 5 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000301061 · 2,246 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGAGCCACCCTGAGCTCGGTGAGAGCAAAGCCAGAGCCCC40
41CAGTCCTTTGCTCGCCGGCTTGCTAGCTCTCTCGATCACT80
81CCCTCCCTTCCTCCCTCCCTTCCTCCCGGCGGCCGCGGCG120
121GCGCTGGGGAAGCGGTGAAGAGGAGTGGCCCGGCCCTGGA160
161AGAATGCGGCTCTGACAAGGGGACAGAACCCAGCGCAGTC200
201TCCCCACGGTTTAAGCAGCACTAGTGAAGCCCAGGCAACC240
241CAACCGTGCCTGTCTCGGACCCCGCACCCAAACCACTGGA280
281GGTCCTGATCGATCTGCCCACCGGAGCCTCCGGGCTTCGA320
321CATGCTGGAGGAGCCCCGGCCGCGGCCTCCGCCCTCGGGC360
361CTCGCGGGTCTCCTGTTCCTGGCGTTGTGCAGTCGGGCTC400
401TAAGCAATGAGATTCTGGGCCTGAAGTTGCCTGGCGAGCC440
441GCCGCTGACGGCCAACACCGTGTGCTTGACGCTGTCCGGC480
481CTGAGCAAGCGGCAGCTAGGCCTGTGCCTGCGCAACCCCG520
521ACGTGACGGCGTCCGCGCTTCAGGGTCTGCACATCGCGGT560
561CCACGAGTGTCAGCACCAGCTGCGCGACCAGCGCTGGAAC600
601TGCTCCGCGCTTGAGGGCGGCGGCCGCCTGCCGCACCACA640
641GCGCCATCCTCAAGCGCGGTTTCCGAGAAAGTGCTTTTTC680
681CTTCTCCATGCTGGCTGCTGGGGTCATGCACGCAGTAGCC720
721ACGGCCTGCAGCCTGGGCAAGCTGGTGAGCTGTGGCTGTG760
761GCTGGAAGGGCAGTGGTGAGCAGGATCGGCTGAGGGCCAA800
801ACTGCTGCAGCTGCAGGCACTGTCCCGAGGCAAGAGTTTC840
841CCCCACTCTCTGCCCAGCCCTGGCCCTGGCTCAAGCCCCA880
881GCCCTGGCCCCCAGGACACATGGGAATGGGGTGGCTGTAA920
921CCATGACATGGACTTTGGAGAGAAGTTCTCTCGGGATTTC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。