基因總覽
WHR1（winged helix repair factor 1）是蛋白質編碼基因，產物屬於 STK19 家族，具有 DNA 結合能力。其蛋白質全長 254 個胺基酸，包含三個 winged helix 結構域與一段雙分區核定位訊號，顯示其具備與核內活動相關的結構特徵。WHR1 的主要角色與轉錄耦聯核苷酸切除修復有關；此外，它也能結合 RNA，並與多種 mRNA 的表現量調控相關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000685781 ★ | 31,972,363–31,981,446 | 7 |
| ENST00000466132 | 31,971,091–31,981,446 | 8 |
| ENST00000460018 | 31,971,091–31,981,446 | 9 |
| ENST00000375331 | 31,971,831–31,981,451 | 8 |
| ENST00000375333 | 31,971,831–31,981,446 | 8 |
| ENST00000492583 | 31,971,899–31,981,164 | 7 |
| ENST00001096112 | 31,972,298–31,981,448 | 5 |
| ENST00001070621 | 31,972,318–31,981,446 | 5 |
| ENST00000923321 | 31,972,332–31,981,446 | 7 |
| ENST00000858578 | 31,972,337–31,981,444 | 7 |
| ENST00001070624 | 31,972,339–31,981,448 | 7 |
| ENST00000968133 | 31,972,342–31,981,446 | 7 |
顯示 12/26 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
WHR1 是轉錄耦聯核苷酸切除修復（TC-NER）所需的 DNA 結合蛋白，可促進此修復途徑有效進行。當 RNA polymerase II（RNAPII）在 DNA 損傷處停滯時，含有 WHR1 的 TC-NER 複合體會組裝並與 RNAPII 互動。WHR1 直接結合 RNAPII，也能結合其下游 DNA，協助修復因轉錄停滯而啟動。
在複合體的因子銜接過程中，UVSSA 與轉錄因子複合體 TFIIH 的 GTF2H1/p62 次單元結合，使 TFIIH 連接至 TC-NER 複合體；WHR1/STK19 接著與 TFIIH 的 XPD 解旋酶次單元互動，協助引導 TFIIH 到達停滯 RNAPII 下游的 DNA。這些步驟有助於在受損 DNA 上進行修復。
WHR1 也促進 DNA 損傷所致停滯的 RNAPII 及時移除，使後續核苷酸切除修復（NER）因子得以接近 DNA 損傷位點。此外，它是 UVSSA 單泛素化所必需的因子，並調節 UVSSA 在 TC-NER 複合體中的重新定位與穩定；WHR1 亦會刺激 RNAPII 複合體成員 RBP1 的泛素化。這些作用共同連結修復複合體的組織與受損轉錄機器的處理。
除 DNA 修復外，WHR1 還可結合 RNA，並調節多種 mRNA 的表現量。因此，來源所述的功能同時涵蓋 DNA 損傷時的轉錄耦聯修復，以及 RNA 相關的表現量調控。
Promoter 與基因調控
>WHR1 ENST00000685781 GRCh38 chr6:31971363-31972463 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GGTCCAGCCTTTCCTGGACCTCCTCGTCCCGGGGCTGGTATCGATCCGGGTATCCGTCTCTGAGGTCAAA GTTGGGGCCTGGACCGTTAGTGGGGGGTGGGCTATAGTAGCGCAGGGCTCGGGCATCTCCATGGTACTGG CGTTGAGCATCCAGGGAGAAGCAGCCCAGTTCCGAAGGGCGCCGGTAGAAAGGAAAGGGCCCAGAGTAGA GGGCAGGGTCTGTGGGCAGAGAAGGTGCTGGACGAGGTAGTTTGTTCCGAGGCTCAGCTACCTCTGTCTT CTCAGCTCCTCTCTTGGTCCCCCTGGGATCCATGAGGTCCTAAGACAAGCAGGGGTACAGAGTTTCCATT CTACAGAGGAGGCCTGGAGAAGGATGACTGGTTTAGGACTAAGCGAGCCACCTGATCGCCAGGCTCTGGC CTTGAAACATTCAGGCCCCTCAGACGCCACCGCGGCCAAGCTCTCATCCTGCCTCTTTCCTTGCCCTTCA CCCACCCTCCCTCCAGGTCCTCCAAATGCAGTGAGGTTAGGAAGGACGTCTGCGCTCAGATCAAGAATCC AGTTACCTCAAAGCTCCCCAACTTCCACCTCCGCAGAGCTATGACGTCATGGCAGGCACGCCAGAGGCCG AAGGATGCAAAAGTGGTTTTCTGCTTTCGATGATGCAATCATTCAGCGACAGTGGCGGGCAAACCCCTCC CGGGGCGGGGGAGGTGTGAGCTTCACGAAGGAGGTTGACACCAACGTGGCCACCGGCGCCCCTCCACGCC GCCAACGAGTCCCCGGGCGTGCGTGCCCTTGGAGGGAGCCAATCCGCGGCCGGCGTGGGGCCCGGCCTGG CGGAGGTGATGCTGGTATGTGCGTCGCCACCGCCCCTCCCAGCACTGACGGGCCTGAGGGACGACAAGTT GACGCTCCTTTCGTCATCACCTGGTCTAGGAGGGACGCCCGGGGAGACCGTACGTCACTGCTCTGCGCCG GAAGACCCTATTTTCAGGTTCTCTTCCCTCCATTCCTACCCCTTCCCCGGTACCATAAAATCCCGGGATA TGAGCTGGAAGAGGCATCACCTGATCCCGGAGACCTTTGGAGTTAAGAGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| STK19_2 ↗ | 6:31,970,950 | 正股 | 31,970,901–31,970,960 |
| STK19_1 ↗ | 6:31,972,374 | 正股 | 31,972,325–31,972,384 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_B8CBF · promoter · 31970601–31971176 · regulatory
ENSR6_B8CBJ · promoter · 31971341–31971954 · regulatory
ENSR6_B8CBL · promoter · 31971974–31972565 · regulatory
· motif · 31967458–31967467 · motif
· motif · 31969784–31969792 · motif
· motif · 31969916–31969924 · motif
· motif · 31971085–31971096 · motif
· motif · 31971946–31971959 · motif
· motif · 31971961–31971974 · motif
· motif · 31971961–31971974 · motif
· motif · 31972063–31972073 · motif
· motif · 31972064–31972077 · motif
· motif · 31972069–31972079 · motif
· motif · 31972071–31972080 · motif
· motif · 31972073–31972085 · motif
· motif · 31972229–31972239 · motif
· motif · 31972351–31972371 · motif
· motif · 31972511–31972526 · motif
· motif · 31972511–31972526 · motif
· motif · 31972529–31972539 · motif
· motif · 31972542–31972551 · motif
· motif · 31972708–31972717 · motif
· motif · 31972779–31972788 · motif
· motif · 31973446–31973458 · motif
· motif · 31973617–31973628 · motif
紫外線照射與 WHR1 的調控相關：來源記載其蛋白質層級受到紫外線影響，並指出紫外線會使黑色素細胞中的 WHR1 增加。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：254 aa
WHR1 蛋白質長 254 個胺基酸，屬於 STK19 family。其序列包含三個 winged helix 區域：第 32–104 位、第 120–179 位及第 180–254 位胺基酸；另有位於第 4–21 位胺基酸的雙分區核定位訊號。
蛋白質三維結構
細胞內定位
WHR1 的定位依異構型而異：異構型 1 位於細胞核與細胞質；異構型 3 位於細胞核，且與染色質緊密相關；異構型 4 則位於細胞核。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- ASB3Q9Y575 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
WHR1 在溶液中以單體存在，結合 DNA 時則形成同源二聚體。它也是 TC-NER 複合體的組成成員；該複合體包含 STK19、ERCC6、ERCC8、DDA1、DDB1、ELOF1 與 UVSSA，並會在 RNAPII 因 DNA 損傷而停滯時組裝，與多蛋白質組成的 RNAPII 複合體互動。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | WHR1 是 DNA 結合蛋白，為有效進行轉錄耦聯核苷酸切除修復（TC-NER）所需。RNA polymerase II（RNAPII）在 DNA 損傷處停滯時，含 WHR1 的 TC-NER 複合體會組裝並與之互動；WHR1 連結 TFIIH、結合 RNAPII 及下游 DNA，促進停滯 RNAPII 移除並使修復因子接近損傷位點。它也參與 UVSSA 單泛素化、UVSSA 在複合體中的重新定位與穩定，以及 RBP1 泛素化；此外可結合 RNA 並調節多種 mRNA 表現量。 | 含實驗來源 | 證據與來源DNA-binding protein which is required for efficient transcription-coupled nucleotide excision repair (TC-NER). Acts as part of a TC-NER complex which assembles and interacts with RNA polymerase II (RNAPII) when it stalls at DNA lesions. TC-NER complex subunit UVSSA binds to the GTF2H1/p62 subunit of the TFIIH transcription factor complex, tethering TFIIH to the TC-NER complex. WHR1/STK19 then interacts with the XPD helicase subunit of TFIIH which guides TFIIH to DNA downstream of the stalled RNAPII, ensuring DNA repair. Directly interacts with RNAPII and also binds to downstream DNA. Promotes the timely removal of DNA damage-stalled RNAPII, allowing downstream NER factors to access DNA lesions. Required for monoubiquitination of UVSSA. Regulates repositioning and stabilization of UVSSA within the TC-NER complex. Stimulates ubiquitination of RNAPII complex member RBP1. Also binds to RNA and regulates the expression levels of many mRNAs PMID 38252411 ↗ · PMID 38890355 ↗ · PMID 39353615 ↗ · PMID 39547223 ↗ · PMID 39547228 ↗ · PMID 39547229 ↗ |
| 交互作用 | WHR1 在溶液中以單體存在，結合 DNA 時則形成同源二聚體。它是 TC-NER 複合體的組成成員，該複合體包含 STK19、ERCC6、ERCC8、DDA1、DDB1、ELOF1 與 UVSSA；當 RNA polymerase II 複合體因 DNA 損傷而停滯時，TC-NER 複合體會組裝並與之互動。 | 含實驗來源 | 證據與來源Monomer in solution. Homodimer; when bound to DNA. Component of a transcription-coupled nucleotide excision repair (TC-NER) complex composed of STK19, ERCC6, ERCC8, DDA1, DDB1, ELOF1 and UVSSA which assembles and interacts with the multiprotein RNA polymerase II complex when it stalls at DNA lesions PMID 38252411 ↗ · PMID 38890355 ↗ · PMID 39547223 ↗ · PMID 39547228 ↗ · PMID 39547229 ↗ |
| 細胞定位 | WHR1 的異構型 4 位於細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | WHR1 的異構型 3 位於細胞核，並與染色質緊密相關。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | WHR1 的異構型 1 位於細胞核與細胞質。 | 含實驗來源 | |
| 調控 | 紫外線與 WHR1 的蛋白質層級調控相關。 | 含實驗來源 | |
| 調控 | 紫外線照射會使黑色素細胞中的 WHR1 增加。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CTCTTCCCTCCATTCCTACCCCTTCCCCGGTACCATAAAA40TCCCGGGATATGAGCTGGAAGAGGCATCACCTGATCCCGG80AGACCTTTGGAGTTAAGAGGCGGCGGAAGCGAGGGCCTGT120GGAGTCGGATCCTCTTCGGGGTGAGCCAGGGTCGGCGCGC160GCGGCTGTCTCAGAACTCATGCAGCTGTTCCCGCGAGGCC200TGTTTGAGGACGCGCTGCCGCCCATCGTGCTGAGGAGCCA240GGTGTACAGCCTTGTGCCTGACAGGACCGTGGCCGACCGG280CAGCTGAAGGAGCTTCAAGAGCAGGGGGAGATCAGAATCG320TCCAGCTGGGCTTCGACTTGGATGCCCATGGAATTATCTT360CACTGAGGACTACAGGACCAGAGTCCTCAAGGCCTGTGAT400GGCCGACCGTATGCTGGGGCAGTGCAGAAATTTCTAGCTT440CAGTACTTCCAGCCTGTGGGGACCTTAGTTTCCAGCAGGA480CCAAATGACACAGACCTTTGGCTTCAGGGACTCAGAAATC520ACGCATCTGGTGAATGCTGGAGTCCTCACCGTCCGAGATG560CTGGGAGCTGGTGGCTAGCTGTGCCTGGAGCTGGGAGATT600CATCAAGTACTTTGTTAAAGGGCGCCAGGCTGTCCTTAGC640ATGGTCCGGAAGGCAAAGTACCGGGAACTGCTCCTATCAG680AGCTCCTGGGCCGGCGGGCGCCTGTCGTGGTGCGGCTTGG720CCTCACCTACCATGTGCACGACCTCATTGGGGCCCAGCTA760GTGGACTGCATCTCTACCACTTCAGGAACCCTCCTCCGCC800TGCCAGAGACATGAAGATTCTGCTCATCATTGCTCAGCTC840CTCAGAGTGGGCCGGGAGGGGACTAGAAGAGCTGCATGAT880GGTGGCTGAGACAGGGTCACCTTGGGAAGGCTTGGGAGCC920AGGATGAGTGTCGGGCTCTCGTGTGTGCAAAAGGTCAGAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。