基因總覽
WDR7 的正式名稱為 WD repeat domain 7,屬於蛋白質編碼基因。現有資料將其產物與 RAVE complex 相連,並指出它可能參與 V-ATPase 的組裝調節;來源未提供更多基因表現或蛋白質基本性質資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000254442 ★ | 56,651,359–57,029,792 | 28 |
| ENST00000357574 | 56,651,248–57,029,811 | 27 |
| ENST00001107125 | 56,651,248–56,964,227 | 25 |
| ENST00001112877 | 56,651,248–56,757,968 | 15 |
| ENST00001131579 | 56,651,248–57,029,811 | 28 |
| ENST00000589935 | 56,651,343–57,029,811 | 2 |
| ENST00000593058 | 56,651,675–56,682,840 | 5 |
| ENST00000585669 | 56,962,435–57,010,314 | 2 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
WDR7 是 RAVE complex 的一部分,可能參與調控質子泵 V-ATPase complex 的組裝。此作用仍以「可能」描述,來源未將其列為已確立的直接作用或提供更詳細的分子步驟。
V-ATPase 的組裝受到調節,可能進而影響胞器酸化。因此,WDR7 透過其在 RAVE complex 中的角色,可能與胞器內部酸化狀態的調控相關。現有資料僅支持這項可能的功能關聯,未提供特定胞器、實驗系統或酸化變化的詳細條件。
Promoter 與基因調控
>WDR7 ENST00000254442 GRCh38 chr18:56650359-56651459 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGACTGTGATAATTTGTTGTAAAGCAATTTTAAAAACCTGAATACCATGTGGTTAGGAAAAGTGCTACAC TATTTATTAGTCAAAAGTCTTCAATTACTTTTCATTGTCTTTGGAATAAAGACCAAAAAGCTTATATGGC CACTAAAAGCCTCTTGTTATCTACATTATTCTATTTTTCCATGTTACTTTTTTATTACCTGGTCTAGGCC GAATGTGATGAAGTCTCTATCAACCCACAAGAGAGCTCCAGGGCATAGACTGCCTGTTAAAGGAGCCGCT CACGGAGCAGAAACAGCTAAGCCCTGATACCACATTTTCCCACTTCACCTACTTCACGTCCCTTGTATTT CTTCCAAATTTAACTTTCTATTTATTGCATATATTCATGTTTTACATTTCAATGCTGGTGACAAAGTTGT TTTCCTTTCCCAATTATTATTCCAAATCTGACCAATTTTTCTAGACTTCCATATGACCTAATGTGATTAT CCTTCCTTACCCCAACCTAGAAATAATTCATCTCTTTTCTTCCTTGCTCCTTATTTGGCATTTCTCATCC TGCACTATACTATAGCTTATCTATCTTGGGGGACATTTGTCATTCTTTTTAGCTTTCCAGCATCCAACAT ACTTTCCAGTGTTTAGGGAATTCCCTACCTCTTGCATCTCAGTGGGAAGCAGTGTGATGGGGTCAGAAGT GTAAACTTGCGCAACATCCTGCTCCCAAGAAAGACGTGCACTTGCTACTTCATCCTTCGCTCCATCTTGG TCCTCCCAACTGGAGAGAGGACAGCCTAGACGAGACTTCCCACAACCAAGATGGCGGCCGTGCACTCCTT GCCCACAGCTGGCCTTTTCTCCACTTTCGGTCTCCATCGTAACGCGGCTGGCTCTCTCGGCGCCGGCTTA GGCCTTGCAAGTAGGGAAATGGTGAGTCTTTCCCGCCCCCTCATTTTTGCGACAGTTGCAGCGAAAGTCA CGGCAGTTGGGGCTGGTGTCAGCTGATTTACTGCAGTGGCGGCGGCGGCGGCACCGGCACCTTGCAGTAT CACTGGGGAGACGGCGGCTGTATAGCGCTTGCCGCCCCACGGATTATCCCA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| WDR7_1 ↗ | 18:56,651,363 | 正股 | 56,651,314–56,651,373 |
| WDR7_2 ↗ | 18:56,651,700 | 正股 | 56,651,651–56,651,710 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR18_9SH53 · enhancer · 56650837–56651117 · regulatory
ENSR18_83MZ89 · promoter · 56651118–56651371 · regulatory
ENSR18_BF8K6 · enhancer · 56651372–56652368 · regulatory
ENSR18_5HBQWL · CTCF_binding_site · 56651519–56651540 · regulatory
· motif · 56647084–56647095 · motif
· motif · 56647084–56647095 · motif
· motif · 56647097–56647109 · motif
· motif · 56647267–56647275 · motif
· motif · 56647267–56647284 · motif
· motif · 56648049–56648062 · motif
· motif · 56648049–56648062 · motif
· motif · 56651064–56651073 · motif
· motif · 56651064–56651073 · motif
· motif · 56651177–56651187 · motif
· motif · 56651300–56651313 · motif
· motif · 56651374–56651387 · motif
· motif · 56651377–56651390 · motif
· motif · 56651521–56651537 · motif
· motif · 56651606–56651614 · motif
· motif · 56651635–56651647 · motif
· motif · 56651637–56651644 · motif
· motif · 56651637–56651650 · motif
· motif · 56651642–56651654 · motif
· motif · 56651643–56651658 · motif
· motif · 56651644–56651651 · motif
· motif · 56651644–56651657 · motif
· motif · 56651649–56651661 · motif
· motif · 56651650–56651665 · motif
· motif · 56651651–56651658 · motif
· motif · 56651651–56651664 · motif
· motif · 56651656–56651668 · motif
· motif · 56651772–56651789 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:1490 aa
WDR7 蛋白長 1490 個胺基酸,序列註解包含九個 WD 重複區,分布於胺基酸 17–56、62–104、156–199、324–366、404–443、462–507、558–597、1351–1390 與 1392–1432。另有兩段註解為無序區,位於 761–783 與 911–945。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
資料將 ROGDI 與 WDR7 描述為形成 RAVE complex,並指出該複合體會與 V-ATPase 互動;此處支持的是複合體及複合體與 V-ATPase 的互動關係,未說明各蛋白質之間的直接結合細節。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | WDR7 作為 RAVE complex 的一部分,可能調控質子泵 V-ATPase complex 的組裝,並因此調節胞器酸化;此作用屬於可能性描述。 | 推論支持 | 證據與來源As part of the RAVE complex it may control the assembly of the proton-pumping V-ATPase complex and therefore regulate organelle acidification |
| 交互作用 | ROGDI 與 WDR7 形成 RAVE complex,該複合體會與 V-ATPase 互動;此敘述未進一步界定各成分間的直接結合方式。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGCTGATTTACTGCAGTGGCGGCGGCGGCGGCACCGGCAC40CTTGCAGTATCACTGGGGAGACGGCGGCTGTATAGCGCTT80GCCGCCCCACGGATTATCCCAGCAGGATCTACGCACCCCG120CATCCTCCGTAGTTCCGCCCTATCCTTGTCCTCCTTGGCT160GGGGCGCCCACCGGCGGTCTGATAGGCTACATCGCGGCAT200GAGATGAAGCTGTGACAGGTTTGAAAACACAAACACAATG240GCAGGAAACAGCCTTGTTCTACCCATTGTTCTTTGGGGTC280GAAAAGCGCCCACACATTGCATCTCAGCCGTACTTTTAAC320AGATGATGGGGCCACGATCGTAACAGGATGTCACGACGGA360CAAATATGTCTCTGGGATCTTTCAGTAGAACTGCAAATTA400ATCCTCGAGCACTGTTGTTTGGTCATACAGCATCAATCAC440TTGTTTGTCTAAAGCTTGTGCTTCCAGTGACAAACAGTAT480ATTGTGAGTGCATCTGAAAGTGGAGAGATGTGCCTCTGGG520ATGTGAGTGATGGCAGATGTATTGAATTTACAAAATTAGC560TTGCACACATACTGGCATACAGTTCTACCAGTTCTCTGTT600GGGAATCAGCGAGAAGGAAGGCTTTTATGCCACGGACATT640ACCCTGAAATCCTTGTTGTGGATGCTACCAGCCTTGAAGT680ATTATACTCCTTAGTATCAAAGATATCACCAGACTGGATT720AGCTCCATGAGTATTATTCGATCCCACCGAACACAAGAGG760ACACAGTGGTAGCACTCTCGGTGACTGGCATCCTGAAGGT800CTGGATTGTTACCTCGGAAATAAGTGACATGCAGGATACT840GAGCCAATATTTGAGGAGGAATCCAAACCAATTTATTGTC880AGAATTGCCAAAGCATCTCTTTTTGTGCATTTACACAAAG920GTCACTTTTGGTTGTGTGTTCCAAATATTGGAGGGTGTTC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。