基因總覽
WDR13 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 WD repeat domain 13。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 Xp11.23。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000376729 ★ | 48,597,492–48,608,869 | 10 |
| ENST00000888024 | 48,589,838–48,608,869 | 10 |
| ENST00000470124 | 48,590,042–48,598,827 | 3 |
| ENST00000888025 | 48,597,475–48,608,869 | 10 |
| ENST00000888026 | 48,597,475–48,608,869 | 10 |
| ENST00000888027 | 48,597,475–48,608,869 | 10 |
| ENST00000921735 | 48,597,475–48,608,869 | 10 |
| ENST00000949618 | 48,597,475–48,608,869 | 10 |
| ENST00000949619 | 48,597,475–48,608,869 | 10 |
| ENST00000949621 | 48,597,475–48,608,869 | 9 |
| ENST00001121039 | 48,597,475–48,608,869 | 10 |
| ENST00001125194 | 48,597,475–48,608,869 | 11 |
顯示 12/21 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>WDR13 ENST00000376729 GRCh38 chrX:48596492-48597592 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGTTAACACGGTGAAACCCCCTCTCTACTAAAAACACAAAAATTTAGCCAGGCGTGGTGTCGGACGCCTG TAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCAGGAGGCGGAGCTTGCAATGAGC CGAGATCGCGCCACTGGACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCCGTCTCAAAAAGAAAAAAAAAAA AAAAAAAGAAAGAAACTCAAGCCTCAAGCTGTCTGGGGGCATCCAAGTCCAACCATCCCAGTCACACACA CACAACCGACCTTACTCATCCCAGGGGTGTGCAGAGGCCCACTGCAAGAACTGGTGAACTTTCAAGGCGT CTTTGCATATATGATGATTTTTTATTCTATTATTCAAGTTTTGCTTGGACAAGATTGTGCTGCTAAAAAG TGGCCTACACCACTTTTTTTGTTTTTGTTTTTGAGACAGGGTTTCACTCCCGTCGCCCAGGCTAGAGTGC AGTGGCGCGATCTCAGCTCACTACAACCTCCGCGTCCTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCACAACCTCCC GAGTAGCTGGGACTACAAGCGCCCGCCACCATACCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTT TCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCTAAGT GCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCCTACACCACTTTTTAAAAGTCGTGTTTCTTCTCTT TTTTATAATGTTGTACTTCTGATTTCTAGGGAATGATTAGCAAACTCACCCCTGACGCTATGTCCCTTGG ACATTATCCTTGTATACACAAAAAGTGCAATTAACGAGTGGGTAGAAGTCAAGGGGTGGAGCCTCCGTCC TTGGGCTTGAAGCCAATGTCCCTCAATGCGCCTGCGAGACTCCCACGCCCTGGGAAGGATGCCTATCGAT TCGCTCTGGGCTCGGCAGTTCTTTCTGATAGCAGGCAGCCATCTTGCCTGGAGCCTGAGAAAGGGAGGAG AGACAGAAGGAACCGGCGACAGTGGTCTCAGGGCCGCTCCGGGGGGCCTCA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| WDR13_3 ↗ | X:48,590,033 | 正股 | 48,589,984–48,590,043 |
| WDR13_1 ↗ | X:48,597,492 | 正股 | 48,597,443–48,597,502 |
| WDR13_2 ↗ | X:48,597,793 | 正股 | 48,597,744–48,597,803 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSRX_9P9RP · promoter · 48597144–48597502 · regulatory
ENSRX_C6S7H · enhancer · 48597503–48598674 · regulatory
· motif · 48596118–48596132 · motif
· motif · 48596118–48596132 · motif
· motif · 48597313–48597328 · motif
· motif · 48597376–48597391 · motif
· motif · 48597439–48597452 · motif
· motif · 48597596–48597605 · motif
· motif · 48597608–48597617 · motif
· motif · 48597710–48597723 · motif
· motif · 48597808–48597821 · motif
· motif · 48597808–48597821 · motif
· motif · 48597838–48597851 · motif
· motif · 48598047–48598054 · motif
· motif · 48598054–48598067 · motif
· motif · 48598080–48598091 · motif
· motif · 48598080–48598091 · motif
· motif · 48598090–48598100 · motif
· motif · 48598154–48598165 · motif
· motif · 48598154–48598165 · motif
· motif · 48598249–48598260 · motif
· motif · 48598249–48598260 · motif
· motif · 48598364–48598371 · motif
· motif · 48598364–48598379 · motif
· motif · 48598386–48598393 · motif
· motif · 48598451–48598466 · motif
· motif · 48598512–48598519 · motif
· motif · 48598512–48598527 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:485 aa
WDR13 蛋白質長 485 個胺基酸,含有七個 WD repeat,分布於第 162–482 位胺基酸區間。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | WDR13 的細胞內定位為細胞核。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CTTTCTGATAGCAGGCAGCCATCTTGCCTGGAGCCTGAGA40AAGGGAGGAGAGACAGAAGGAACCGGCGACAGTGGTCTCA80GGGCCGCTCCGGGGGGCCTCAAGAACCGGAGGCAGCCCCG120GAGGCTGCCGCGGGCGGACACGCCAGAGGAGGAGGCCGGG160GAATGGCCGCGGTGTGGCAGCAAGTCTTAGCAGTGGACGC200GAGGTACAACGCGTACCGCACACCAACGTTTCCACAGTTT240CGGACGCAGTATATCCGCCGGCGCAGCCAGCTGCTGCGGG280AGAATGCCAAGGCTGGGCACCCCCCAGCGCTGCGTCGGCA320GTACCTGAGGCTTCGGGGGCAGCTGCTGGGCCAGCGCTAC360GGGCCCCTCTCCGAGCCAGGCAGTGCTCGTGCCTATAGCA400ACAGCATCGTCCGCAGTAGCCGCACTACTCTTGACCGCAT440GGAGGACTTTGAGGATGATCCTCGGGCCCTGGGGGCCCGT480GGGCACCGTCGTTCTGTCAGCAGAGGCTCCTACCAGCTGC520AGGCGCAGATGAACCGTGCCGTCTATGAGGACAGGCCCCC560TGGCAGCGTGGTGCCCACGTCAGCAGCAGAGGCAAGTCGG600GCCATGGCCGGGGACACGTCACTGAGCGAGAACTATGCCT640TTGCGGGCATGTATCATGTTTTTGACCAGCACGTGGATGA680GGCAGTCCCAAGGGTGCGCTTCGCCAATGATGACCGACAC720CGCCTGGCCTGCTGCTCACTCGACGGCAGCATCTCCCTGT760GCCAGCTGGTGCCTGCCCCACCCACAGTGCTTCGCGTGCT800ACGGGGCCACACCCGTGGTGTCTCCGACTTCGCCTGGTCC840CTCTCCAATGACATCCTCGTGTCCACCTCACTGGATGCCA880CCATGCGCATCTGGGCCTCTGAGGATGGTCGCTGCATCCG920AGAGATCCCTGACCCCGATAGCGCTGAACTGCTCTGCTGC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。