基因總覽
WASH4P 的正式名稱為 WASP family homolog 4, pseudogene,基因類型為假基因。現有資料將其歸類為假基因,未提供可據以描述的蛋白質或 RNA 產物性質、家族結構特徵或已確認的生物學角色。另有資料庫註記提出若干預測性的分子功能、相關過程與定位,這些內容應視為預測,而非已證實的產物特性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000564273 ★ | 14,381–18,068 | 9 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
已知功能與來源註解
資料庫預測 WASH4P 相關分子功能可能包括 alpha-tubulin 結合,並可能參與 Arp2/3 complex-mediated actin nucleation、胞內體運輸及胞吐作用。這些是預測性註記;來源未提供實驗結果或機制細節,因此不能據此視為已確認的功能,也不宜推定其產物或作用方式。
定位方面,資料庫預測其可能位於早期胞內體膜,並可能在早期胞內體與回收胞內體中具有活性;另預測其可能屬於 WASH complex。這些定位與複合體關聯同樣未在來源中提供驗證細節,且假基因的分類不支持將上述預測直接解讀為已確認的蛋白質功能。
Promoter 與基因調控
>WASH4P ENST00000564273 GRCh38 chr16:17968-19068 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTCAAACCCCTCCACCATCCCACACCCTCCTCCTGCCCTTCCTCATGAACCCCAGTCGCGCCTCTGCCTT CTCATCCCTGCGCACCACACAGGCTCGCTCGTGCCCGGTGAATGCTGAGGCTGCTCTGCACGTGGAGTGT GGCCCTGTGGGCAAGGGCTGGGCTCTTGGAGGTAGGGGAGCTACAGGGGCGACTGGGAGGAGGATGTTGT GTTACACACGCATCAGAGTTAACTTTGCAGTGAGAGCGGCCTTGCTGCGGCCAAAGAACATGGAAAAGCA TGAGTGGGGTGATGTGCCTTAAAGCATCAGACACTTGGGCCTCGGGCATCAGGAGCCAGCCACAGGGATG TCTGGGGAAATGGCGTTCCATGAGATGCAAGCACACAAGAATGCACTTGGCACATCTGGGGAACAGCAGG CAGCTGATATCACTGGGCCCACCCCGCACCAGGGAGGATGGAAGCAGGTGAGGAGCTAGACCACACTGAG GCGGTGGTCGGGACTCAGAGTTTGCTCAGTGAGCCGTTCACTAGGTGCAGGGGCAGTTCCCCGTCTGAAT TTAGGTGACGACACTCAGGTCCAGCCTTGCCAGTCTCAGCCTCCGGTCTCCGTTCCCCCTCTGCAGAGGT CACTTTGTCTGCTGCACGTGATCATGAGGGGTTGTGAAGTGCTTGCCCCATCAGTAGCCATGTGTGCATG TGTAAATACCATCCTCTGTGTGCCCTGGAGGCTGTCCTTCAGATAGCATGTACAGGTGGCAGCATAGGGC CTGTCCCTAGTGAGAGTGCAGGGAACTCAGCACCGTCAACTCCTCGACCCTGCAGGTCAGATTATCCTTG TAGAGGCCCCCTGGATGGCACCAAGATCGGCCCTGGCAAGCAGGTGACCCTGACTTCAGAGCCCTTGCCT GAGGGCCTGGCCTGGCAGCTCTGCTGTTAGAAGCAGGAGGTGTGCAGGGGGTGGGGAGCAGCCCAGCCTC TGTGATCTTCTCCATGGCAGGATCTCCCAGCAGGTAGAGCAGAGCCGGAGCCAGGTGCAGGCCATTGGAG AGAAGGTCTCCTTGGCCCAGGCCAAGATTGAGAAGATCAAGGGCAGCAAGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_CZ · enhancer · 12670–14338 · regulatory
ENSR16_B47 · enhancer · 14817–15464 · regulatory
ENSR16_98K · promoter · 22590–22857 · regulatory
ENSR16_55WR · CTCF_binding_site · 22839–22860 · regulatory
ENSR16_B5C · enhancer · 22858–23374 · regulatory
· motif · 13653–13661 · motif
· motif · 13881–13892 · motif
· motif · 15277–15288 · motif
· motif · 19544–19557 · motif
· motif · 19561–19576 · motif
· motif · 19575–19590 · motif
· motif · 19641–19656 · motif
· motif · 19660–19675 · motif
· motif · 19669–19682 · motif
· motif · 19689–19702 · motif
· motif · 19708–19721 · motif
· motif · 19750–19763 · motif
· motif · 19774–19787 · motif
· motif · 19854–19866 · motif
· motif · 19858–19871 · motif
· motif · 19861–19873 · motif
· motif · 19864–19871 · motif
· motif · 19879–19891 · motif
· motif · 19883–19896 · motif
· motif · 19886–19898 · motif
· motif · 19889–19896 · motif
· motif · 19895–19902 · motif
· motif · 22841–22857 · motif
· motif · 23015–23032 · motif
基因座與轉錄註解
WASH4P 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000564273 ★ | transcribed_unprocessed_pseudogene | 1,246 nt | 9 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 資料庫預測 WASH4P 可能具有 alpha-tubulin 結合活性,並可能參與 Arp2/3 complex 介導的 actin 成核、胞內體運輸與胞吐作用。另預測其可能位於早期胞內體膜、屬於 WASH complex,且在早期胞內體及回收胞內體中具有活性;這些均為預測性註記。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to enable alpha-tubulin binding activity. Predicted to be involved in Arp2/3 complex-mediated actin nucleation; endosomal transport; and exocytosis. Predicted to be located in early endosome membrane. Predicted to be part of WASH complex. Predicted to be active in early endosome and recycling endosome. · CC BY 4.0 |
DNA 與 RNA 序列
GATCTCCCAGCAGGTAGAGCAGAGCCGGAGCCAGGTGCAG40GCCATTGGAGAGAAGGTCTCCTTGGCCCAGGCCAAGATTG80AGAAGATCAAGGGCAGCAAGAAGGCCATCAAGGTGTTCTC120CAGTGCCAAGTACCCTGCTCCAGAGCGCCTGCAGGAATAT160GGCTCCATCTTCACCGACGCCCAGGACCCTGGCCTGCAGA200GACGCCCCCGCCACAGGATCCAGAGCAAGCAGCGCCCCCT240GGACGAGCGGGCCCTGCAAGAGAAGCTGAAGGACTTTCCT280GTGTGCGTGAGCACCAAGCCAGAGCCCGAGGACGATGCAG320AAGAGGGACTTGGGGGTCTTCCCAGCAACATCAGCTCTGT360CAGCTCCTTGCTGCTCTTCAACACCACCGAGAACCTGTAC400AAGAAGTATGTCTTCCTGGACCCCCTGGCTGGTGCTGTAA440CAAAGACCCATGTGATGCTGGGGGCAGAGACAGAGGAGAA480GCTGTTTGATGCCCCCTTGTCCATCAGCAAGAGAGAGCAG520CTGGAACAGCAGGTCCCAGAGAACTACTTCTATGTGCCAG560ACCTGGGCCAGGTGCCTGAGATTGATGTTCCATCCTACCT600GCCTGACCTGCCCGGCATTGCCAACGACCTCATGTACATT640GCCGACCTGGGCCCCGGCATTGCCCCCTCTGCCCCTGGCA680CCATTCCAGAACTGCCCACCTTCCACACTGAGGTAGCCGA720GCCTCTCAAGGTAGACCTACAAGATGGGGTACTAACACCA760CCCCCACCGCCCCCACCACCACCCCCAGCTCCTGAGGTGC800TGGCCAGTGCACCCCCACTCCCACCCTCAACCGCGGCCCC840TGTAGGCCAAGGCGCCAGGCAGGACGACAGCAGCAGCAGC880GCATCTCCTTCAGTCCAGGGAGCTCCCAGAGAAGTGGTCG920ACCCCTCCGGTGGCTGGGCCACTCTGCTAGAGTCCATCCG960cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。