基因總覽
WASF1（WASP family member 1）是人類蛋白質編碼基因，產物屬於 SCAR/WAVE family，名稱為 Protein WAVE-1。WASF1 可作為 WAVE1 complex 的組成成員；此複合體由 WASF1/WAVE1、ABI2、BRK1、NCKAP1，以及 CYFIP1 或 CYFIP2 組成。蛋白質長 559 個胺基酸，含有 WH2 domain，並有數段被註記為無序區域。這些基本特徵構成其家族與複合體身分；其如何參與 actin 調節及其他細胞過程，見下方功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000392589 ★ | 110,099,819–110,179,670 | 11 |
| ENST00000392587 | 110,099,581–110,180,032 | 9 |
| ENST00000392586 | 110,099,581–110,180,032 | 11 |
| ENST00000359451 | 110,099,581–110,180,032 | 10 |
| ENST00000392588 | 110,099,581–110,180,032 | 10 |
| ENST00000875406 | 110,099,581–110,180,032 | 9 |
| ENST00000875407 | 110,099,581–110,180,032 | 11 |
| ENST00000875408 | 110,099,581–110,180,032 | 11 |
| ENST00000875409 | 110,099,581–110,180,032 | 12 |
| ENST00000875410 | 110,099,581–110,180,032 | 9 |
| ENST00000875411 | 110,099,581–110,180,032 | 11 |
| ENST00000875412 | 110,099,581–110,179,681 | 9 |
顯示 12/36 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
WASF1 是由酪胺酸激酶受體與小型 GTPase 傳向 actin cytoskeleton 的訊號之下游效應分子。來源指出，它促進 actin filaments 的形成，並參與調控 lamellipodia 的 WAVE complex。這使 WASF1 與細胞骨架重組及膜邊緣結構形成相連；目前資料未進一步說明各種上游訊號如何分別控制這些作用。
WAVE complex 可透過與 Arp2/3 complex 的交互作用調節 actin filament 重組。此機制的敘述標示為 By similarity，因此屬於相似性推論，而非此條目所列的直接證據。依此資料，WASF1 所在的複合體能連結訊號傳遞與 actin 網絡變化，但不能據此推定未列出的細胞情境或調控步驟。
作為 WAVE1 complex 的成員，WASF1 也被指出是 BDNF–NTRK2 內吞運輸及早期胞內體訊號所必需。這項描述同樣標示為 By similarity，應保留其推論性質；來源沒有進一步交代該作用所需的細胞類型、實驗條件或分子步驟。因此可確認的是其與這段受體運輸及訊號過程的功能關聯，而非更細緻的機制。
此外，WASF1 也參與粒線體動態調節，該項功能有文獻證據支持。現有資料未說明它影響粒線體動態的具體方式，也未列出其與 actin 調節之間是否存在直接連結。整體而言，來源支持 WASF1 涉及 actin filament 形成與重組、lamellipodia 調控、特定神經營養因子受體的內吞運輸和訊號，以及粒線體動態，但各項作用的證據性質並不相同。
Promoter 與基因調控
>WASF1 ENST00000392589 GRCh38 chr6:110179570-110180670 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ACAATTCCCACACTGCATTAGTAGCAAAAGTGCTTACCTTAACTGCCACCTCCGGAGCCGAGTCCACTGC CACTGCTAGAGACGGCTTTGATGAAGGCGATTTAGTCAAGTGCATGAGGGAGTCGGCGGCTGGCAGCGGA CACCGACTGCTCTCACTGTCCGAGTCCGATTCGGACCCTGAACCCGAACCATAGGAAGCGGCCAGAGCTG CAATCGCAGCCGACATGACGGCAACAAATCTTCTGCGGAGACCCTGCCAGGGCGGAAGAAGAAGAGGCTC CCAGGTCCTGACAGATTGCAATGGAACACATCATTAACTTTCTTTGCTAAGAAATAATGTCTTACATTTT GAAACAATAAGCTAATTATTATTAGAATAACTACTGTCGAGCTGAGAGCTTAAAAAAGTTTATCTAGGGA AAAAGGGAGAATTATAATAGTTTATAACATTTAGGACCTAGTTGACTAAAGAATATGAGTTCCAAAATAC CTTGAGGCCTCGCGGTCCTGCACTCCCAGCGTGCAGCGCGGCAGGAAGCGCGAGAGGGCACAATGGGAAG TGTAGTTTGCAACGAGGGGGCGGAACGGGGGCGTGTCCCCCTTTGACCCCGCCCCCGAATGGATGTTCCA TTCAATTGGCTATCATCTTCCCTCATTCCCTAGCCAAGCAGTGTTCTCTTCGTCCCCCTCCCCCAAACTG AGGATTGGGCAATACCACAGAACCTCAGGAAAGGGGGGAAGAGCGAGCTTCGGCCCCACTAATGGGGGAG TGGGCGGAGGCTGGATTTCCCACCTCGGCTGCACCTGGGCACTGGAGGCTGAAGAGGAAAGTGAGAATCT GAAGTTTTGAGACCTCTGACTGGCCAGGAATAGCTCCTGGGGCGGGGGGCAAGGATGGGACCATAGGCGG AAAGAGTCTCGCGGTCCCCCCTGCTTCTGGCGCGGGTCCCTGCGCCCGGTTGTGGAGCGTCTCGCGCGGG GAGGGGGCGGGGGGAACGGCAGCTCGCGGTGTTGTTCACTCGCGCGTCGAGCACACGGTGGGTCCGGCGG CGGGTTGGCGCCCCAGGCGGCGTTCCCTGTGGCCTGGCGCCTGGGCCGCTG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| WASF1_1 ↗ | 6:110,179,670 | 負股 | 110,179,660–110,179,719 |
| WASF1_2 ↗ | 6:110,180,016 | 負股 | 110,180,006–110,180,065 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_CDX75 · enhancer · 110178470–110179659 · regulatory
ENSR6_5XWP4P · CTCF_binding_site · 110178724–110178745 · regulatory
ENSR6_BRTDD · promoter · 110179660–110180437 · regulatory
ENSR6_6GXT6J · CTCF_binding_site · 110180085–110180138 · regulatory
· motif · 110178726–110178742 · motif
· motif · 110179416–110179429 · motif
· motif · 110179416–110179429 · motif
· motif · 110179891–110179901 · motif
· motif · 110179893–110179906 · motif
· motif · 110179897–110179907 · motif
· motif · 110179958–110179967 · motif
· motif · 110179977–110179987 · motif
· motif · 110180050–110180063 · motif
· motif · 110180055–110180065 · motif
· motif · 110180061–110180074 · motif
· motif · 110180071–110180084 · motif
· motif · 110180074–110180084 · motif
· motif · 110180076–110180089 · motif
· motif · 110180085–110180095 · motif
· motif · 110180087–110180100 · motif
· motif · 110180087–110180103 · motif
· motif · 110180119–110180135 · motif
· motif · 110180840–110180850 · motif
· motif · 110181579–110181592 · motif
· motif · 110181579–110181592 · motif
· motif · 110181756–110181769 · motif
· motif · 110181756–110181769 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：559 aa
Protein WAVE-1 長 559 個胺基酸，屬於 SCAR/WAVE family。序列註解包含位於 497–514 的 WH2 domain，以及三段被標記為無序的區域：170–202、304–400 與 412–491。這些區域與結構資訊為資料庫註解所列。
蛋白質三維結構
細胞內定位
WASF1 在細胞質呈點狀分布，也集中於 Rac 調控的膜皺褶區域。 與 SORBS2 的交互作用可能促使部分 WASF1 轉移至 focal adhesion sites。 神經元中，加入 BDNF 後，WASF1 會透過與 TMEM108 的關聯，在內吞位點與活化的 NTRK2 共定位；此項描述標示為 By similarity。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Synapse；Cell junction, focal adhesion。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 12 個夥伴
- ABI3Q9P2A4 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- BAIAP2Q9UQB8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC196A0A1B0GWI1 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- EFHC1Q5JVL4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRB2P62993 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSF2BPO75031 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ING5Q8WYH8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMO2P25791-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NCK2O43639 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- PFN1P07737 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRAF2Q12933 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIP10Q15642 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
WASF1 是 WAVE1 complex 的成員；複合體內含 NCKAP1–CYFIP1 異源二聚體，並與 WAVE1、ABI2、BRK1 組成的異源三聚體互動。CYFIP2 結合活化的 RAC1 後會使複合體解離並釋出活化的 WASF1；NCK1 也可活化此複合體。WASF1 另與 actin、Arp2/3 complex、BAIAP2、SHANK3、ABI1 及 SORBS2 互動。SHANK3 的互動可介導其與 WAVE1 complex 的關聯；SORBS2 則增強 ABL1 對 WASF1 的磷酸化及 PTPN12 對其去磷酸化，並可能介導其部分定位至 focal adhesion sites。
疾病與遺傳關聯
影響 WASF1 的變異與一種神經發育疾病相關，其特徵包括中度至重度智能障礙、自閉特徵、癲癇、嚴重語言障礙及粗大動作發展遲緩。疾病名稱為 Neurodevelopmental disorder with absent language and variable seizures。資料指出該疾病由影響此基因的變異造成，但未提供特定變異資訊。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | WASF1 是酪胺酸激酶受體與小型 GTPase 傳遞至 actin cytoskeleton 訊號的下游效應分子，可促進 actin filaments 形成，並作為調控 lamellipodia 的 WAVE complex 成員。WAVE complex 透過與 Arp2/3 complex 互動調節 actin filament 重組，此項描述屬相似性推論。WAVE1 complex 中的 WASF1 也被指出是 BDNF–NTRK2 內吞運輸及早期胞內體訊號所必需，同樣為相似性推論；此外，WASF1 參與粒線體動態調節。 | 含實驗來源 | 證據與來源Downstream effector molecule involved in the transmission of signals from tyrosine kinase receptors and small GTPases to the actin cytoskeleton. Promotes formation of actin filaments. Part of the WAVE complex that regulates lamellipodia formation. The WAVE complex regulates actin filament reorganization via its interaction with the Arp2/3 complex (By similarity). As component of the WAVE1 complex, required for BDNF-NTRK2 endocytic trafficking and signaling from early endosomes (By similarity). Also involved in the regulation of mitochondrial dynamics PMID 29961568 ↗ · PMID 9889097 ↗ |
| 交互作用 | WASF1 是由 ABI2、CYFIP1 或 CYFIP2、BRK1、NCKAP1 與 WASF1/WAVE1 組成的 WAVE1 complex 成員；NCKAP1–CYFIP1 異源二聚體與 WAVE1、ABI2、BRK1 異源三聚體互動。CYFIP2 結合活化 RAC1 會使複合體解離並釋出活化的 WASF1，NCK1 亦可活化複合體。WASF1 結合 actin 與 Arp2/3 complex，並與 BAIAP2、SHANK3、ABI1、SORBS2 互動；SHANK3 的互動介導其與複合體的關聯。SORBS2 會增強 ABL1 磷酸化及 PTPN12 去磷酸化，並可能介導部分至 focal adhesion sites 的定位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the WAVE1 complex composed of ABI2, CYFIP1 or CYFIP2, BRK1, NCKAP1 and WASF1/WAVE1. Within the complex, a heterodimer containing NCKAP1 and CYFIP1 interacts with a heterotrimer formed by WAVE1, ABI2 and BRK1. CYFIP2 binds to activated RAC1 which causes the complex to dissociate, releasing activated WASF1. The complex can also be activated by NCK1. Binds actin and the Arp2/3 complex. Interacts with BAIAP2. Interacts with SHANK3; the interaction mediates the association of SHANK3 with the WAVE1 complex. Interacts with ABI1 (via N-terminus). Interacts with SORBS2; this interaction greatly enhances phosphorylation by ABL1 and dephosphorylation by PTPN12 and might mediate partial to focal adhesion sites PMID 11130076 ↗ · PMID 18559503 ↗ · PMID 21107423 ↗ |
| 細胞定位 | WASF1 在細胞質呈點狀分布，並集中於 Rac 調控的膜皺褶區域。與 SORBS2 的互動可能介導其部分轉移至 focal adhesion sites。神經元中，加入 BDNF 後，WASF1 透過與 TMEM108 的關聯，在內吞位點與活化的 NTRK2 共定位；此項描述標示為相似性推論。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm, cytoskeleton; Synapse; Cell junction, focal adhesion; Dot-like pattern in the cytoplasm. Concentrated in Rac-regulated membrane-ruffling areas. Partial translocation to focal adhesion sites might be mediated by interaction with SORBS2. In neurons, colocalizes with activated NTRK2 after BDNF addition in endocytic sites through the association with TMEM108 (By similarity) PMID 9889097 ↗ · PMID 18559503 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 WASF1 的變異與 Neurodevelopmental disorder with absent language and variable seizures 相關。此病症包含神經發育異常，表現可包括中度至重度智能障礙、自閉特徵、癲癇、嚴重語言障礙及粗大動作發展遲緩；資料指出此疾病由影響該基因的變異造成。 | 含實驗來源 | 證據與來源Neurodevelopmental disorder with absent language and variable seizures NEDALVS A disorder characterized by neurodevelopmental abnormalities, including moderate to profound intellectual disability, with autistic features, seizures, severe impairments in speech, and gross motor delay. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 618707 PMID 29961568 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGCTCGCGGTGTTGTTCACTCGCGCGTCGAGCACACGGTG40GGTCCGGCGGCGGGTTGGCGCCCCAGGCGGCGTTCCCTGT80GGCCTGGCGCCTGGGCCGCTGCCCTGAGCGGGTTCCGCCC120CAGAGCCCGACCCTCCTGGGGGCTCTAGGCGGAGTCCCGC160GAGCCGAGGGGGACCGGCGACCGCTGCCGAAGCATGAAGA200AGGGGTAAGGCGTGAGCCCCCAAGATTTCACGCATGCCCC240CTAGCTTCGGTACTCTGACACCTTCTCTTGCACTTGCGGA280TGATGAACTGGAATAACGATGAAAGAAAGCACATCCGATC320TCAACATTCACGTCCTGCCCTATAACCGATTAATTAATTG360ATCCCCAGCTAGACTAGTGTTGGAGAAATCAGCATGTTAA400AACAACTGTTGATGATAGCTGTTGGAGTAAAGTTGCAGTG440GAAGCTATGGCTGCAAAATCGTTAAAATCTTCAAGGTGAA480CTGGCACAAAGGTTAATCTCAAGATGCCGCTAGTGAAAAG520AAACATCGATCCTAGGCACTTGTGCCACACAGCACTGCCT560AGAGGCATTAAGAATGAACTGGAATGTGTAACCAATATTT600CCTTGGCAAATATAATTAGACAACTAAGTAGCCTAAGTAA640ATATGCTGAAGATATATTTGGAGAATTATTCAATGAAGCA680CATAGTTTTTCCTTCAGAGTCAACTCATTGCAAGAACGTG720TGGACCGTTTATCTGTTAGTGTTACACAGCTTGATCCAAA760GGAAGAAGAATTGTCTTTGCAAGATATAACAATGAGGAAA800GCTTTCCGAAGTTCTACAATTCAAGACCAGCAGCTTTTCG840ATCGCAAGACTTTGCCTATTCCATTACAGGAGACGTACGA880TGTTTGTGAACAGCCTCCACCTCTCAATATACTCACTCCT920TATAGAGATGATGGTAAAGAAGGTCTGAAGTTTTATACCA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。