基因總覽
WARS2 是蛋白質編碼基因，其產物名稱為 tryptophanyl tRNA synthetase 2, mitochondrial，也稱 Tryptophan--tRNA ligase, mitochondrial。此蛋白質屬於 class-I aminoacyl-tRNA synthetase 家族，參與粒線體內與 tRNA(Trp) 相關的反應。蛋白質長度為 360 個胺基酸，序列起始端含有一段粒線體轉運胜肽；這項結構註解與其粒線體定位相符。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000235521 ★ | 119,031,216–119,140,653 | 6 |
| ENST00000900322 | 119,030,284–119,140,673 | 6 |
| ENST00000900323 | 119,030,284–119,140,673 | 5 |
| ENST00001079590 | 119,031,205–119,140,673 | 3 |
| ENST00001079592 | 119,031,205–119,140,673 | 6 |
| ENST00000369426 | 119,031,216–119,140,673 | 6 |
| ENST00001144628 | 119,031,216–119,140,673 | 6 |
| ENST00000900324 | 119,031,218–119,140,673 | 5 |
| ENST00001015150 | 119,031,218–119,140,673 | 6 |
| ENST00001015151 | 119,031,220–119,140,673 | 5 |
| ENST00000900325 | 119,031,221–119,140,673 | 5 |
| ENST00000928547 | 119,031,223–119,140,673 | 7 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
WARS2 的產物催化 tryptophan 與 tRNA(Trp) 的連接，形成可供後續使用的 L-tryptophyl-tRNA(Trp)。這項反應分成兩步進行：首先，tryptophan 在 ATP 參與下被活化，形成 Trp-AMP；接著，tryptophan 由此中間產物轉移至 tRNA(Trp) 的受體端。
反應的整體化學計量式為 tRNA(Trp)、L-tryptophan 與 ATP 生成 L-tryptophyl-tRNA(Trp)、AMP、diphosphate 和 H(+)。因此，WARS2 催化的過程同時涉及胺基酸活化與其在 tRNA 上的接合，產物則是帶有 tryptophan 的 tRNA(Trp)。
Promoter 與基因調控
>WARS2 ENST00000235521 GRCh38 chr1:119140553-119141653 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTTTAGGTGAATTAACAGAAGCAGAAAAACTGTATTAAACTTTCTCATAACCCCAAACAAAACAATTTCT TCCATCAGGTATAACCTTCCTGCAGCCTTCCCTAGACTAGGTTGAAACACCACAGTCATAACCACTCCTC CTTAAAACTTGCGGTGCTTGCTTCTTTAACACCTATTAAGTGTACATCATTTATTTATCCGCTACTCTAT TAGACTGTACACAACTTGAAGACAAGATATGTCTTTCTCTGTACCTTCAGTGCCCAGCACATTACGGTAG GGTTCAACAAAGTTTACAGGACGAATGAAATAAGGCCACATAAGTCCAGTGCGGTGGCACATGCCTGTAA TCCCAGCACTTTAGGAGGCCGAGGCAGATGGCTTGGCTTGAGCTCAGGAGTTTGAGAGAGCCTGGGCAAC ATGGTGAAACCCTGTCTCCACCAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCACCCTTGTGGTCCCAG CTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATAGCTTGAGTCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGC GCCATTGCACTCCAGCCTGGGCGAGAGTGAGACCTTGTCTCAAAGAAAAAAAAGGGAAATGAGGCCACAC ATGTCTAAAAAGACCACTTATATTACCCTCTAAGAGAACTGGGAGTTTCTAAACAAACTTTTTAAAGGTT GCCTTCACATAGCTAAGATCAGAAATGCAGCCTACTTGACTTTCTTCCAGTCTAAAGCGTTGCTACTAAT AACCCCCAAGGAAATTCTCCTTCCAGGAAGGCTGAGCAGACAAGGGATCCAGGGAAAAACACTAAAGCCC CACCCCGCTCCTGTCCCCACCTGCTCGGCAAGAACTGCAGTCCGCCCGATAGCGGCTGCGCTGCGCAGCC TGGAGGCCCAAGCCGCGCCCAGCAAGCAGGAGTCGCGAGACTGGGATTGGCTCTCTGAACAGACGTCATT CCAAACAAGACGGCTCCGCCCTTCTCAAGATGGCGCTGCACTCAATGCGGAAAGCGCGTGAGCGCTGGAG CTTCATCCGGGCACTTCATAAGGGATCCGCAGCTGCTCCCGCTCTCCAGGT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| WARS2_1 ↗ | 1:119,140,650 | 負股 | 119,140,640–119,140,699 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_93Q9QD · enhancer · 119136455–119136819 · regulatory
ENSR1_BTMDP · promoter · 119139901–119140546 · regulatory
ENSR1_5332LPJ · CTCF_binding_site · 119140303–119140324 · regulatory
ENSR1_5332LR3 · CTCF_binding_site · 119140635–119140656 · regulatory
ENSR1_79267B · promoter · 119140638–119140751 · regulatory
ENSR1_5332LRJ · CTCF_binding_site · 119140734–119140755 · regulatory
ENSR1_BTMDT · enhancer · 119140752–119141599 · regulatory
ENSR1_5332LTJ · CTCF_binding_site · 119141166–119141187 · regulatory
· motif · 119139096–119139108 · motif
· motif · 119139544–119139559 · motif
· motif · 119139576–119139591 · motif
· motif · 119139578–119139591 · motif
· motif · 119139581–119139593 · motif
· motif · 119139584–119139591 · motif
· motif · 119139638–119139650 · motif
· motif · 119139648–119139660 · motif
· motif · 119139672–119139685 · motif
· motif · 119139672–119139685 · motif
· motif · 119139676–119139689 · motif
· motif · 119139983–119139998 · motif
· motif · 119139990–119139998 · motif
· motif · 119140201–119140209 · motif
· motif · 119140201–119140218 · motif
· motif · 119140305–119140321 · motif
· motif · 119140316–119140331 · motif
· motif · 119140322–119140334 · motif
· motif · 119140324–119140331 · motif
· motif · 119140345–119140356 · motif
· motif · 119140360–119140373 · motif
· motif · 119140360–119140373 · motif
· motif · 119140614–119140630 · motif
· motif · 119140614–119140630 · motif
· motif · 119140637–119140653 · motif
· motif · 119140736–119140752 · motif
· motif · 119140789–119140798 · motif
· motif · 119141168–119141184 · motif
· motif · 119141177–119141192 · motif
· motif · 119141467–119141489 · motif
· motif · 119141467–119141489 · motif
· motif · 119141479–119141491 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：360 aa
WARS2 蛋白質長 360 個胺基酸，屬於 class-I aminoacyl-tRNA synthetase 家族。其第 1 至 18 位胺基酸被註解為粒線體轉運胜肽。
蛋白質三維結構
細胞內定位
WARS2 蛋白質定位於粒線體，並有粒線體基質的定位註解。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
WARS2 變異與兩種常染色體隱性疾病相關。粒線體神經發育疾病 NEMMLAS 的表現範圍廣，可從新生兒期嚴重乳酸性酸中毒、腦脊髓病變及早逝，到較輕的病程；特徵包括精神動作發展遲緩、智能障礙、肌張力低下、肌張力不全、共濟失調與痙攣，嚴重患者可能有複合呼吸鏈缺陷。另一疾病 PKDYS3 通常在嬰兒期或幼兒期發病，具有進行性運動異常，可包括巴金森症、顫抖、肌張力不全、肌陣攣性共濟失調及舞蹈樣動作；部分患者另有輕度認知或精神症狀。巴金森症狀可能對 levodopa 治療有反應，但許多患者會出現 levodopa 引起的異動症。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | WARS2 催化 tryptophan 接到 tRNA(Trp) 上，反應分兩步進行：先由 ATP 活化 tryptophan 形成 Trp-AMP，再將其轉移至 tRNA(Trp) 的受體端。 | 含實驗來源 | 證據與來源Catalyzes the attachment of tryptophan to tRNA(Trp) in a two-step reaction: tryptophan is first activated by ATP to form Trp-AMP and then transferred to the acceptor end of tRNA(Trp) PMID 10828066 ↗ |
| 分子活性 | tRNA(Trp) + L-tryptophan + ATP = L-tryptophyl-tRNA(Trp) + AMP + diphosphate + H(+) | 含實驗來源 | 證據與來源tRNA(Trp) + L-tryptophan + ATP = L-tryptophyl-tRNA(Trp) + AMP + diphosphate + H(+) PMID 10828066 ↗ |
| 細胞定位 | WARS2 的定位註解包括粒線體及粒線體基質。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | WARS2 變異可造成常染色體隱性粒線體神經發育疾病 NEMMLAS，病程從新生兒期嚴重乳酸性酸中毒、腦脊髓病變與早逝至較輕表現不等；可見發展遲緩、智能障礙、肌張力低下、肌張力不全、共濟失調或痙攣，重症可能有複合呼吸鏈缺陷。 | 含實驗來源 | 證據與來源Neurodevelopmental disorder, mitochondrial, with abnormal movements and lactic acidosis, with or without seizures NEMMLAS An autosomal recessive, mitochondrial disorder with a broad phenotypic spectrum ranging from severe neonatal lactic acidosis, encephalomyopathy and early death to an attenuated course with milder manifestations. Clinical features include delayed psychomotor development, intellectual disability, hypotonia, dystonia, ataxia, and spasticity. Severe combined respiratory chain deficiency may be found in severely affected individuals. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 617710 PMID 28236339 ↗ · PMID 28650581 ↗ · PMID 28905505 ↗ · PMID 30920170 ↗ · PMID 35074316 ↗ |
| 疾病關聯 | WARS2 變異可造成常染色體隱性、嬰兒期或幼兒期發病的神經退化疾病 PKDYS3，表現為進行性運動異常。巴金森症狀可能對 levodopa 有反應，但許多患者出現藥物引起的異動症；部分患者有輕度認知障礙或精神症狀。 | 含實驗來源 | 證據與來源Parkinsonism-dystonia 3, childhood-onset PKDYS3 An autosomal recessive neurodegenerative disorder with onset in infancy or early childhood. Affected individuals present with progressive movement abnormalities, including parkinsonism with tremor, dystonia, myoclonus ataxia, and hyperkinetic movements such as ballismus. The parkinsonism features may be responsive to treatment with levodopa, although many patients develop levodopa-induced dyskinesia. Some patients may have mild cognitive impairment or psychiatric disturbances. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 619738 PMID 29120065 ↗ · PMID 31970218 ↗ · PMID 34890876 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CTTCTCAAGATGGCGCTGCACTCAATGCGGAAAGCGCGTG40AGCGCTGGAGCTTCATCCGGGCACTTCATAAGGGATCCGC80AGCTGCTCCCGCTCTCCAGAAAGACAGCAAGAAGCGAGTA120TTTTCCGGCATTCAACCTACAGGAATCCTCCACCTGGGCA160ATTACCTGGGAGCCATTGAGAGCTGGGTGAGGTTACAGGA200TGAATATGACTCTGTATTATACAGCATTGTTGACCTCCAC240TCCATTACTGTCCCCCAAGACCCAGCTGTCCTTCGGCAGA280GCATCCTGGACATGACTGCTGTTCTTCTTGCCTGTGGCAT320AAACCCGGAAAAAAGCATCCTTTTCCAACAATCTCAGGTG360TCTGAACACACACAATTAAGTTGGATCCTTTCCTGCATGG400TCAGACTACCTCGATTACAACATTTACATCAGTGGAAGGC440AAAGACTACCAAGCAGAAGCACGATGGCACGGTGGGCCTG480CTCACATACCCAGTACTCCAGGCAGCCGACATTCTGTTGT520ACAAGTCCACACACGTTCCTGTTGGGGAGGATCAAGTCCA560GCACATGGAACTAGTTCAGGATCTAGCACAAGGTTTCAAC600AAGAAGTATGGGGAGTTCTTTCCAGTGCCCGAGTCCATTC640TCACATCCATGAAGAAGGTAAAATCCCTACGTGATCCTTC680TGCCAAAATGTCGAAATCAGACCCTGACAAACTGGCCACC720GTCCGAATAACAGACAGCCCAGAGGAGATAGTGCAGAAAT760TCCGCAAGGCTGTGACAGACTTCACCTCGGAGGTCACCTA800TGACCCGGCTGGCCGCGCTGGCGTGTCCAACATAGTGGCG840GTGCATGCCGCGGTGACGGGGCTCTCCGTGGAGGAAGTGG880TGCGCCGCAGCGCGGGCATGAACACTGCTCGCTACAAGCT920GGCCGTGGCAGATGCTGTGATTGAGAAGTTTGCCCCAATT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。