基因總覽
VPS9D1 是人類蛋白質編碼基因，正式名稱為 VPS9 domain containing 1。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 16q24.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000389386 ★ | 89,707,134–89,720,898 | 15 |
| ENST00000561976 | 89,707,128–89,719,369 | 14 |
| ENST00000906740 | 89,707,128–89,721,324 | 15 |
| ENST00000906741 | 89,707,128–89,721,324 | 15 |
| ENST00000906742 | 89,707,128–89,721,324 | 14 |
| ENST00000906743 | 89,707,128–89,721,324 | 15 |
| ENST00000906744 | 89,707,128–89,721,324 | 15 |
| ENST00000906745 | 89,707,128–89,721,324 | 15 |
| ENST00000962837 | 89,707,128–89,721,324 | 14 |
| ENST00000962838 | 89,707,128–89,721,324 | 14 |
| ENST00000962839 | 89,707,128–89,721,324 | 15 |
| ENST00000995650 | 89,707,128–89,721,324 | 15 |
顯示 12/14 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>VPS9D1 ENST00000389386 GRCh38 chr16:89720798-89721898 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ACGAGCAACCCCTGCCGCGACCCCAACCCGCCACGCCCGGGCCGCGGACCCACCTGCCTCGTCCGCGCCG TCCTCGCCCGCGTCCCCGCAGGACCCCACCGGGCCCCAGGCGCGCCGCGCCGTCGCCCCGTCCACCCTCG GCCCACCGCTAAGGGAAGGGCGGCCCCGAGTCCGGCTGACGCCGCCGCCGCCGTCCGAGGCCCCGCACTG TCGGGACGACCCAGGAGACAGGAAGCGGCCCAGCCGGTCCCGCTTCATGGCAGCGGAGGACGCCAGCAGA ATCCCGCGGGTGCTGCCCGGCCCGAGGTTCCTAGAGGACCCGGCGTTAGGCTCCGCTCGGCGCGCTGGAA GCGAGGCGGGGCGGGGGAGGGGCGGAGCGAGAAGCAAAGCGAGGCGGGCGGGGCGGGCCAGGGGCCAGGG GCGGGACCCCGCCGGCCGAGGTTCCACCCGCGGTGCCAGCGCCCCCGCTCGTACCGCTCCCCTCTCGGGC CCGAGGGCGGCCGTGCCCGCCTCTGTCGCCAATGGAGCGCTGGCCTGGGGCGGGGCGGTGGGCGGAGGGG CTCGCCGACACCTCACGACGAGTCCTCCAGGGAGAGGCGACGCGGCCCTCACCGCCTCTTACCGTGGGAG ACGGAGGCGCGGGGCGGGCAGGCGCCGGCGGAGGCCACGCGGCGCGCAGGTGGCGGGCGGGCTGCAGAAA GGGGAGGGGGGCCGGGGTCTCACGTAGAGAGGGGCCTGGCTGCCGCGGTTAGACGCCCATGGCAACTCCG TGAGGGGCCCTTCTCGCCAGCCCCGTCTCAAGACGGCGAAGAGGCCCGGCTCCGTCGCGACAACCCACCC GGACTCTGCCGCCCCCGCCACTAACACCCGTGGGGCCCGCAGTACGCGCGGAGGGGGCCCGTCGCCGGAA GTGCGGCCGCGTCCCTTCCTGCGGTCCGCTGCTCGGGCGGCTCCAGCACCAGCGCCGGCTGCGTTCCGGG CCTCCGGTCGCCCGTCCAGCCCCTCGGCTACCGCCGCCGCCTCCCCCGCTCGGCGCCATGGCCGCTGCGG CCGGGGACGGCACGGTGAAGCCGCTGCAGAGCGCCATGAAGCTTGCCAACG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VPS9D1_2 ↗ | 16:89,719,383 | 負股 | 89,719,373–89,719,432 |
| VPS9D1_1 ↗ | 16:89,720,898 | 負股 | 89,720,888–89,720,947 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR16_93BLHJ · promoter · 89719359–89719859 · regulatory
ENSR16_84M82S · promoter · 89720888–89721017 · regulatory
ENSR16_93BLJ2 · promoter · 89721047–89721547 · regulatory
ENSR16_5R4RC2 · CTCF_binding_site · 89721423–89721444 · regulatory
ENSR16_5R4RNK · CTCF_binding_site · 89723491–89723512 · regulatory
· motif · 89717827–89717839 · motif
· motif · 89718026–89718038 · motif
· motif · 89718029–89718036 · motif
· motif · 89718060–89718072 · motif
· motif · 89718063–89718070 · motif
· motif · 89718093–89718105 · motif
· motif · 89718096–89718103 · motif
· motif · 89718928–89718938 · motif
· motif · 89719208–89719214 · motif
· motif · 89719441–89719452 · motif
· motif · 89720605–89720618 · motif
· motif · 89720742–89720755 · motif
· motif · 89720810–89720820 · motif
· motif · 89720867–89720880 · motif
· motif · 89720876–89720889 · motif
· motif · 89720986–89720995 · motif
· motif · 89720986–89720997 · motif
· motif · 89721038–89721051 · motif
· motif · 89721217–89721233 · motif
· motif · 89721217–89721233 · motif
· motif · 89721425–89721441 · motif
· motif · 89721428–89721441 · motif
· motif · 89721528–89721541 · motif
· motif · 89721841–89721850 · motif
· motif · 89721866–89721881 · motif
· motif · 89722182–89722191 · motif
· motif · 89722239–89722256 · motif
· motif · 89722509–89722518 · motif
· motif · 89722816–89722825 · motif
· motif · 89723493–89723509 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：631 aa
VPS9 domain-containing protein 1 全長 631 個胺基酸；其第 467–630 位胺基酸區段註解為 VPS9 結構域，第 318–379 位則註解為無序區域。
蛋白質三維結構
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 25 個夥伴
- AAMDCQ9H7C9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AHSPQ9NZD4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AKAP9Q6PJH3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATOSBQ7L5A3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC172P0C7W6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCHCR1Q8TD31-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DYDC1Q8WWB3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IST1P53990 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- KRT31Q15323 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT35Q92764 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT39Q6A163 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MAP1LC3AQ9H492 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- MKRN3Q13064 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PNMA1Q8ND90 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- POU6F2P78424 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PSMD2Q13200 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RAD51DO75771 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RSPH14Q9UHP6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SYT17Q9BSW7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM21P19474 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM27P14373 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM54Q9BYV2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TTC23LQ6PF05 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBXN11Q5T124-6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF655Q8N720 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
CCCTCGGCTACCGCCGCCGCCTCCCCCGCTCGGCGCCATG40GCCGCTGCGGCCGGGGACGGCACGGTGAAGCCGCTGCAGA80GCGCCATGAAGCTTGCCAACGGGGCCATCGAGCTGGACAC120CGGCAACCGGCCCCGGGAGGCATACACGGAATACCTGAGG160AGCATCCACTATATCTCCCAGGTGTTACTAGAAGAAGTGG200AAACCACTAAAGAAGCTGGGGAAACTGTGCCCCCCGACAC240CTCCAAGATGCTGAAGCTAGCACAGCAGTGTCTGGAGAGG280GCCCAGTCGACGGCCGCCAAGCTTGGGAAAACACGCCTGA320AGCCAACCATGCCTGCAGCTGCTCCCATTCCCCAGCCTGC360CGGCCGACACCGCCGTGTATACTCCGATGAAGGAGGAAAG400CTCTCTCCTTTTCTGCCACCCGAGATCTTCCAGAAGCTTC440AGGGGGCAGAGTCACAAAGCTGTAAGAAAGAGCTGACGCC480ACTGGAGGAGGCCTCCCTGCAGAATCAGAAGCTGAAGGCT520GCGTATGAGGCCCGAATGGCGCGGCTAGACCCCAGCCAGG560CCATGCAGAAGACATCCCTGACCCTCTCTCTACAGCGGCA600GATGATGGAGAACCTAGTGATTGCCAAAGCCCGGGAGGAG640ACACTCCAGAGAAAGATGGAGGAGCGCCGGCTGCGGCTCC680AGGAGGCCGCCAACAGGAGGTTTTGCAGCCAAGTCGCCCT720GACCCCGGAGGAACGGGAGCAGCGGGCCCTTTACGCCGCC760ATCCTGGAGTACGAACAGGACCATGACTGGCCGAAGCACT800GGAAGGCCAAGCTCAAGAGGAATCCGGGGGACCTGTCACT840CGTGACCAGCCTGGTCTCACACCTGCTCAGCCTCCCCGAC880CACCCGATCGCGCAGCTCCTGAGGCGGCTGCAGTGCTCCG920TGTACAGCGCCCTGTATCCCGCCGTGAGCAGAGCAGCCGC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。