基因總覽
VPS51 基因是蛋白質編碼基因，其產物為 VPS51 subunit of GARP complex，屬於 VPS51 family。此蛋白質可作為 GARP 或 EARP 複合體的組成部分，與細胞內膜性區室之間的物質運輸相關。現有資料支持它參與兩類複合體所涉的不同運輸路徑；更具體的運輸方向與作用方式見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000279281 ★ | 65,096,214–65,111,862 | 10 |
| ENST00000528588 | 65,089,324–65,107,628 | 5 |
| ENST00000530773 | 65,096,115–65,108,319 | 4 |
| ENST00000940630 | 65,096,214–65,111,862 | 7 |
| ENST00001095354 | 65,096,214–65,111,862 | 4 |
| ENST00001095355 | 65,096,214–65,111,862 | 6 |
| ENST00001095357 | 65,096,214–65,097,706 | 2 |
| ENST00001127109 | 65,096,214–65,110,960 | 3 |
| ENST00000529180 | 65,096,227–65,108,399 | 4 |
| ENST00000526578 | 65,096,479–65,107,885 | 4 |
| ENST00000534557 | 65,096,753–65,108,494 | 5 |
| ENST00000526856 | 65,109,344–65,110,891 | 4 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
VPS51 是 GARP 複合體的組成部分。GARP 參與由早期及晚期胞內體返回反式高基氏網絡（TGN）的逆向運輸，並支持胞內體至 TGN 的蛋白質回收維持。此複合體也與酸性水解酶的分選、溶酶體功能、胞內體膽固醇運輸及自噬相關。
在酸性水解酶受體的逆向運輸中，VPS51 可能透過促進胞內體來源運輸載體的繫留，以及 SNARE 依賴的載體與 TGN 融合，參與物質送返；來源以可能性描述此作用機制。
VPS51 也可作為 EARP 複合體的組成部分，參與內吞後回收。EARP 與 Rab4 陽性胞內體相關，並促進已內化的轉鐵蛋白受體（TFRC）回收到細胞膜。這些資料顯示，VPS51 所在複合體涉及不同方向與目的地的膜運輸：GARP 相關路徑將物質由胞內體送回 TGN，EARP 則參與受體回收至細胞膜。
Promoter 與基因調控
>VPS51 ENST00000279281 GRCh38 chr11:65095214-65096314 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CCACAGGCGTGCGCCATCATCCTGGCTAATTTTTGTTTTGTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCA TCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGAGATCTAGGCTCACTGCAACCTCTGCCTACCGGGTTCAAGCGATTCTT CTGCCTCAGTCTCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCGCGCTACCACACCCGGCTAATTTTTGTATTTTTA GTAGAGACGGGTGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATCCGCGCCCCCA CCCCCCCGGCCTCCCTAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCGCGCCTGGCCTGTATTTTTTTTTTA TAGAGACGGAGTTTCGCCATTTTGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGGGCTCAAGCGATCCACCCGCCTC GACCTCCCCAGTGCTGGGATTACGGGAGTGCCCGGCGCAGCTCAGCGCAGAGACTTACAATGCGCCACAG ATAGTCCTGAAGGCAATTCTGATGCACGTCAGAGGACCAGGCCCTAAGAAGAACTGCGCTAGAGGCGTGG TACAGAATAGTGTACATGCATTTAATCCTCGTAGCCCCCCTGTGAAGTATGTACCCCAATTTTAGGAATG GGATAAACTGAGCCACTGCCAGTGGCAGGATCCCAGGAACACTCTACTCTGGCCTCACGTCCCGCATCCG TCCATTGCATCTGGGCACATATTCCGTGGGCCCCTTGCCTGCGAGAGTGCAGGTTGGGGAGCCACTACCC GTCCCCCTTCTGGGACAGCAGCAACCCCAGGCAGTTCCACAAAATGCTTCCACCCAGGAAACTGGGGGAA TTCAGGGCTCTCCCGGAACCTTTGCACCCGGGGAAGACAGGTGCGGGGGAACTCTAGTCTCGAAGGACCT AGGGCTGCAGGGGGACGTTTCACCTGAAGGACTGCCTCGTTTCAACAACAACTTTATGGCTCCCGGAAGT GCCTCCTCCCCGTCCCCTTCCTTTCCAGCCTCACGCCCGTGGGCTGCAGTTGGAACGATGGCGGCGGCAG CTGCCGCCGGGCCTAGCCCGGGGTCTGGACCTGGGGACTCCCCAGAAGGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VPS51_1 ↗ | 11:65,096,214 | 正股 | 65,096,165–65,096,224 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR11_9XSLM · promoter · 65095724–65096224 · regulatory
ENSR11_9XSLW · promoter · 65096710–65097174 · regulatory
ENSR11_5KBFNX · CTCF_binding_site · 65100865–65100886 · regulatory
· motif · 65092683–65092705 · motif
· motif · 65092683–65092705 · motif
· motif · 65095893–65095910 · motif
· motif · 65096068–65096082 · motif
· motif · 65096069–65096082 · motif
· motif · 65096089–65096098 · motif
· motif · 65096183–65096194 · motif
· motif · 65096183–65096194 · motif
· motif · 65096185–65096194 · motif
· motif · 65096249–65096259 · motif
· motif · 65096445–65096460 · motif
· motif · 65096447–65096460 · motif
· motif · 65096455–65096466 · motif
· motif · 65096455–65096466 · motif
· motif · 65096457–65096466 · motif
· motif · 65096587–65096596 · motif
· motif · 65096681–65096698 · motif
· motif · 65100867–65100883 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：782 aa
VPS51 蛋白質全長 782 個胺基酸，屬於 VPS51 family。資料將第 1 至 37 個胺基酸註記為無序區域；此註記來自 MobiDB-lite。
蛋白質三維結構
細胞內定位
VPS51 的定位依所屬複合體而異：作為 GARP 複合體的一部分時位於反式高基氏網絡；作為 EARP 複合體的一部分時則位於回收胞內體。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- STX10O60499-1 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- STX6O43752 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- VPS50Q96JG6 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- VPS52Q8N1B4 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
VPS51 分別參與由 VPS51、VPS52、VPS53 與 VPS54 組成的 GARP（亦稱 VFT）複合體，以及由 VPS51、VPS52、VPS53 與 VPS50/Syndetin 組成的 EARP 複合體。EIPR1 與兩種複合體互作，並協助招募 GARP 至 TGN。VPS51 亦透過 N 端與 STX6 互作；此外，它與 VPS50、VPS54 的互作不依賴 EIPR1。
疾病與遺傳關聯
VPS51 相關變異可能造成第 13 型腦橋小腦發育不全（PCH13），但資料未將此關聯表述為必然因果。PCH13 為常染色體隱性疾病，特徵包括腦橋與小腦結構異常、精神運動發育遲緩、無語言能力、重度智能障礙及出生後小頭症；腦部異常可包括小腦萎縮與胼胝體發育不全。癲癇與視覺障礙則屬於可能出現的變異特徵。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | VPS51 是 GARP 與 EARP 複合體的組成部分。GARP 參與早期、晚期胞內體至 TGN 的逆向運輸，並與蛋白質回收維持、酸性水解酶分選、溶酶體功能、膽固醇運輸及自噬相關；VPS51 可能促進酸性水解酶受體運輸載體的繫留與 SNARE 依賴融合。EARP 則促進內化 TFRC 回收到細胞膜。 | 含實驗來源 | 證據與來源Acts as a component of the GARP complex that is involved in retrograde transport from early and late endosomes to the trans-Golgi network (TGN). The GARP complex is required for the maintenance of protein retrieval from endosomes to the TGN, acid hydrolase sorting, lysosome function, endosomal cholesterol traffic and autophagy. VPS51 participates in retrograde transport of acid hydrolase receptors, likely by promoting tethering and SNARE-dependent fusion of endosome-derived carriers to the TGN. Acts as a component of the EARP complex that is involved in endocytic recycling. The EARP complex associates with Rab4-positive endosomes and promotes recycling of internalized transferrin receptor (TFRC) to the plasma membrane PMID 20685960 ↗ · PMID 25799061 ↗ |
| 交互作用 | VPS51 是 GARP（亦稱 VFT）與 EARP 複合體的組成部分，兩者各由 VPS51、VPS52、VPS53 加上 VPS54 或 VPS50/Syndetin 組成。EIPR1 與兩種複合體互作並協助 GARP 招募至 TGN；VPS51 透過 N 端與 STX6 互作，也能以不依賴 EIPR1 的方式與 VPS50、VPS54 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the Golgi-associated retrograde protein (GARP) complex, also called VFT (VPS fifty-three) complex, composed of VPS51, VPS52, VPS53 and VPS54. Component of the endosome-associated retrograde protein (EARP) complex, composed of VPS51, VPS52, VPS53 and VPS50/Syndetin. EIPR1 interacts with both EARP and GARP complexes and mediates the recruitment of the GARP complex to the trans-Golgi network. Interacts with STX6 (via N-terminus). Interacts with VPS50 and VPS54 in an EIPR1-independent manner PMID 20685960 ↗ · PMID 25799061 ↗ · PMID 27440922 ↗ · PMID 30624672 ↗ · PMID 31721635 ↗ |
| 細胞定位 | VPS51 隨所屬複合體而定位不同：在 GARP 複合體中位於反式高基氏網絡，在 EARP 複合體中則位於回收胞內體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Golgi apparatus, trans-Golgi network; Recycling endosome; Localizes to the trans-Golgi network as part of the GARP complex, while it localizes to recycling endosomes as part of the EARP complex PMID 20685960 ↗ · PMID 25799061 ↗ |
| 疾病關聯 | VPS51 相關變異可能造成常染色體隱性疾病 PCH13，患者可有腦橋與小腦結構異常、精神運動發育遲緩、無語言能力、重度智能障礙及出生後小頭症；小腦萎縮與胼胝體發育不全亦可見。癲癇和視覺障礙為可變表徵。 | 含實驗來源 | 證據與來源Pontocerebellar hypoplasia 13 PCH13 A form of pontocerebellar hypoplasia, a disorder characterized by structural defects of the pons and cerebellum, evident upon brain imaging. PCH13 is an autosomal recessive form characterized by delayed psychomotor development, absent speech, severe intellectual disability and postnatal microcephaly, with brain malformations consisting of cerebellar atrophy and hypoplastic corpus callosum. Additional features, including seizures and visual impairment, are variable. The disease may be caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 618606 PMID 30624672 ↗ · PMID 31207318 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CTTTCCAGCCTCACGCCCGTGGGCTGCAGTTGGAACGATG40GCGGCGGCAGCTGCCGCCGGGCCTAGCCCGGGGTCTGGAC80CTGGGGACTCCCCAGAAGGGCCCGAGGGGGAGGCTCCGGA120GCGTCGGCGGAAGGCGCACGGGATGCTGAAGCTTTACTAC160GGCCTCTCGGAAGGGGAGGCGGCGGGACGCCCCGCGGGGC200CCGACCCCCTGGACCCGACTGATCTGAACGGGGCGCACTT240CGACCCGGAAGTTTACCTAGACAAGCTGCGTAGAGAGTGC280CCTCTGGCCCAGTTGATGGACAGTGAGACGGACATGGTGC320GGCAGATCCGGGCTCTAGACAGCGACATGCAGACCCTGGT360CTATGAGAACTACAACAAGTTCATCTCAGCCACAGACACC400ATCCGGAAGATGAAGAACGATTTCCGGAAGATGGAGGATG440AGATGGACCGGCTGGCCACCAACATGGCAGTGATCACCGA480CTTCAGCGCTCGCATCAGCGCCACGCTGCAGGACCGCCAC520GAGCGCATCACCAAGCTGGCAGGGGTCCACGCGCTGCTGC560GGAAGCTGCAGTTCCTCTTTGAGCTGCCCTCGCGCCTCAC600CAAGTGCGTGGAACTGGGCGCCTATGGGCAGGCGGTGCGC640TACCAGGGCCGCGCGCAGGCCGTGCTGCAGCAGTACCAAC680ACCTGCCCTCGTTCCGCGCCATCCAGGACGACTGCCAGGT720CATCACGGCCCGCCTGGCCCAGCAGCTGCGGCAGCGCTTT760AGGGAGGGCGGCTCAGGCGCCCCGGAGCAGGCAGAGTGCG800TGGAGCTGCTGCTGGCCCTGGGCGAGCCTGCGGAGGAGCT840GTGCGAGGAGTTCCTGGCGCACGCCCGCGGCCGGCTGGAG880AAGGAGCTGAGAAACCTGGAGGCCGAGCTGGGGCCCTCAC920CTCCGGCTCCCGACGTGTTAGAGTTCACCGACCATGGAGG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。