基因總覽
VPS33B late endosome and lysosome associated 是一個蛋白質編碼基因，其產物屬於 STXBP/unc-18/SEC1 家族。此家族歸屬是目前來源對 VPS33B 蛋白質性質的主要描述；來源未提供其長度、結構域或其他序列層級特徵。VPS33B 的功能涉及囊泡介導的蛋白質運輸，並與胞內膜系統中的多種運輸及膜融合情境相關。不同細胞類型中，來源提及其與溶酶體相關運輸、巨噬細胞的吞噬溶酶體融合、上皮細胞的頂端回收路徑，以及巨核細胞中特定貨物的分選有關。這些功能細節及其證據條件見下方功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000333371 ★ | 90,998,673–91,022,594 | 23 |
| ENST00001012001 | 90,997,980–91,022,605 | 23 |
| ENST00000940925 | 90,998,673–91,022,605 | 21 |
| ENST00001132505 | 90,998,673–91,022,605 | 23 |
| ENST00000535906 | 90,998,675–91,022,605 | 22 |
| ENST00000853127 | 90,998,675–91,022,605 | 22 |
| ENST00000940924 | 90,998,675–91,022,605 | 19 |
| ENST00000940926 | 90,998,675–91,022,605 | 21 |
| ENST00000853125 | 90,998,676–91,022,605 | 23 |
| ENST00000853126 | 90,998,676–91,022,605 | 21 |
| ENST00000940927 | 90,998,676–91,022,605 | 23 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
VPS33B 可能參與囊泡介導的蛋白質運輸，將貨物送往溶酶體區室，也可能參與晚期胞內體與溶酶體的膜停靠及融合反應。來源將這些功能描述為可能的角色，並指出 VPS33B 對 lysyl hydroxylase 3（LH3）適當運輸及定位至細胞內 collagen 是必要的；此作用涉及 collagen 修飾酵素的運輸與標的定位。
在巨噬細胞中，VPS33B 介導吞噬體與溶酶體的融合，顯示其功能也涵蓋吞噬途徑中的膜融合事件。另有資料提出 VPS33B 可能參與胞內體成熟，並涉及 VIPAS39；此敘述屬於提出的功能關聯，來源未將其表述為已確立的機制。
在上皮細胞中，VPS33B:VIPAS39 複合體可能參與頂端回收途徑，並有助於維持頂端—基底外側極性。這項描述指向特定細胞中的膜運輸與細胞極性維持，但來源以「可能」限定其角色。
在巨核細胞中，VPS33B 似乎參與將特定貨物由 trans-Golgi network 分選至預定形成 alpha 顆粒的多泡體（MVBs），並促進 MVB 成熟。此項功能依相似性推定，因此不應視為與直接實驗證據同等確立。整體而言，來源支持 VPS33B 涉及多種細胞情境中的胞器運輸、貨物分選與膜融合，但各項作用的確定程度有所不同。
Promoter 與基因調控
>VPS33B ENST00000333371 GRCh38 chr15:91022494-91023594 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTGGCCCAACGTTGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCGGATCACTTGA GGTCAGGAGTTCGAGATCAGCCTGGCCAACATAATGAAACCCCGTCTCTACCAAAAATACAAAAATTAGC CGGGCATGGTGGCACTCGCCTGTAATCCCAGTCTACTCGGGAGACTGAGGCAGGAGAATCTCTTGAACCT GGGGCGGCAGGGGGGTTGTGGCGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGCTCCTCCACTAGGCAAAAGGGCGAGA CTCTGTCAGGAAAAAAAAGAGAAGAAAAGAAATACAATACCCGAAAAGTTTTAGTAATTCCTTAAATCAG TTATCTTTGAATTATTATCCAAAAAAGATCCACACATTGAAACATTTTGTTGATACATCTCTTAAATCTC TTTTATTCTGAAGTGTTTTCCCCTCCCACATTTCCCACTTTGCCATTTTTTTGAAGACGACAGATCATTT GTCCCATATAATTTCCTACATTTTGGATATGGTTGATTTCATACCTTTGGTGTCTTAACATATTCCTGCT AATCTCTATATAGCCTATAAACTGGTAGTTAGATCTTGAGGCTTGATTAGGTTCAATTTTTGGCAATAGG TGATGCTCTGTATTTCCTATGCATCTCACCAGGAAATGATATGATGGTATGATTGATCAGAGTTGAGGTA TTGTTAGCTAGCCTGATGCATTCATTATGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGCAAGGTCT AGCTTTGTTGCCCAGGCTGGGGTGCAGTAGCGCGATCGCAGTTCACTGCAACCTCCGCCTCCCTGACTCG AGCGATTCTCCCACCTCAGCCTCTGGAGTGCTGCGACCCCAGGCGCCGCCACCTAATTAATAGACGCGTT GCCTCCGTTTTTCAAATGTCCCTTTCAGGACGCCGTCCCCTTCCTGGTACGCGAAGCGCTGGGAGCGAAA GGGACTTCCGGGAGATCTAGGAAGTCGCTTCTTTTTCTGGTAGAAGGCGGGGTTCTCCTCGTACGCTGCG GAGTCTCTGCGGGGTGTAGACCGGAATCCTGCTGACGGGCAGAGTGGATCA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VPS33B_3 ↗ | 15:90,999,023 | 負股 | 90,999,013–90,999,072 |
| VPS33B_4 ↗ | 15:91,007,461 | 負股 | 91,007,451–91,007,510 |
| VPS33B_2 ↗ | 15:91,007,982 | 負股 | 91,007,972–91,008,031 |
| VPS33B_1 ↗ | 15:91,022,576 | 負股 | 91,022,566–91,022,625 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR15_BN3PN · enhancer · 91021573–91022583 · regulatory
ENSR15_6DP2PG · promoter · 91022584–91022632 · regulatory
ENSR15_93C5GM · enhancer · 91022633–91023100 · regulatory
ENSR15_5RF3GG · CTCF_binding_site · 91022705–91022726 · regulatory
· motif · 91017879–91017893 · motif
· motif · 91022248–91022261 · motif
· motif · 91022601–91022612 · motif
· motif · 91022601–91022612 · motif
· motif · 91022603–91022612 · motif
· motif · 91022636–91022647 · motif
· motif · 91022707–91022723 · motif
· motif · 91022927–91022938 · motif
· motif · 91023046–91023068 · motif
· motif · 91023046–91023068 · motif
· motif · 91023060–91023075 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：617 aa
VPS33B 蛋白質屬於 STXBP/unc-18/SEC1 家族。來源未提供其特定結構域、功能區段或序列註解，因此無法進一步描述蛋白質的區域組成。
蛋白質三維結構
細胞內定位
VPS33B 位於胞內體與溶酶體膜的細胞質側，並與早期胞內體、回收胞內體及網格蛋白包被囊泡相關。 其定位會依相關胞器與運輸情境而異：可在回收胞內體與 RAB11A、VIPAS39 共定位；在受結核分枝桿菌感染的巨噬細胞中，則與 PtpA 在細胞質共定位並與吞噬體相關。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- C14orf133Q6IA61 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TNIP1Q15025 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- VIPAS39Q9H9C1 · UniProt INTERACTION · 39 experiments
VPS33B 與 RAB11A、RAB25 及 VIPAS39 有相互作用；此外，它與 adapter protein complex 3（AP-3）、clathrin:AP-3 及 clathrin:HGS 複合體相關。微生物感染情境下，VPS33B 也與 M.tuberculosis PtpA 相互作用。這些資料分別描述蛋白質互作或複合體關聯，不能單憑互作資訊推定其具體功能結果。
疾病與遺傳關聯
影響 VPS33B 的變異與多種常染色體隱性疾病相關。Arthrogryposis, renal dysfunction, and cholestasis 1（ARCS1）可涉及先天性關節攣縮、腎小管功能異常、新生兒膽汁鬱積、魚鱗癬及血小板 alpha 顆粒生成缺陷，多數患者無法存活超過一歲。Keratoderma-ichthyosis-deafness syndrome, autosomal recessive（KDIDAR）以嚴重掌蹠角化、全身性魚鱗癬及雙側感音神經性聽力損失為特徵，亦可能出現攣縮、輕度出血傾向或精神運動發展遲緩。Cholestasis, progressive familial intrahepatic, 12（PFIC12）是常染色體隱性進行性膽汁鬱積疾病，可於新生兒期出現黃疸、結合型高膽紅素血症及嚴重搔癢，並可能進展至肝纖維化、肝硬化及末期肝病。來源將這些疾病歸因於影響 VPS33B 的變異。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | VPS33B 可能參與囊泡介導的蛋白質運輸至溶酶體區室，以及晚期胞內體和溶酶體的膜停靠與融合。它對 lysyl hydroxylase 3（LH3）適當運輸並定位至細胞內 collagen 是必要的，也在巨噬細胞中介導吞噬溶酶體融合。另有提出其可能涉及 VIPAS39 相關的胞內體成熟；在上皮細胞中，VPS33B:VIPAS39 複合體可能參與頂端回收路徑與頂端—基底外側極性維持。在巨核細胞中，它似乎參與特定貨物分選至預定形成 alpha 顆粒的 MVBs，並促進 MVB 成熟；此項依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源May play a role in vesicle-mediated protein trafficking to lysosomal compartments and in membrane docking/fusion reactions of late endosomes/lysosomes. Required for proper trafficking and targeting of the collagen-modifying enzyme lysyl hydroxylase 3 (LH3) to intracellular collagen. Mediates phagolysosomal fusion in macrophages. Proposed to be involved in endosomal maturation implicating VIPAS39. In epithelial cells, the VPS33B:VIPAS39 complex may play a role in the apical recycling pathway and in the maintenance of the apical-basolateral polarity. Seems to be involved in the sorting of specific cargos from the trans-Golgi network to alpha-granule-destined multivesicular bodies (MVBs) promoting MVBs maturation in megakaryocytes (By similarity) PMID 18474358 ↗ · PMID 28017832 ↗ · PMID 20190753 ↗ · PMID 23918659 ↗ |
| 交互作用 | VPS33B 與 RAB11A、VIPAS39 及 RAB25 有相互作用，並與 adapter protein complex 3（AP-3）、clathrin:AP-3 和 clathrin:HGS 複合體相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with RAB11A and VIPAS39. Interacts with RAB25. Associates with adapter protein complex 3 (AP-3), clathrin:AP-3 and clathrin:HGS complexes PMID 20190753 ↗ · PMID 21411634 ↗ · PMID 23901104 ↗ · PMID 28017832 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下，VPS33B 與 M.tuberculosis PtpA 相互作用。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | VPS33B 位於晚期胞內體與溶酶體膜的細胞質側，也見於早期胞內體、回收胞內體及網格蛋白包被囊泡。它與 VIPAS39 在細胞質胞器形成共定位群集，並在回收胞內體與 RAB11A、VIPAS39 共定位；亦與 AP-3、clathrin、Rab5 和 Rab7b 共定位。在結核感染巨噬細胞中，VPS33B 與 M.tuberculosis PtpA 在細胞質共定位，並與吞噬體相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Late endosome membrane / Peripheral membrane protein / Cytoplasmic side; Lysosome membrane / Peripheral membrane protein / Cytoplasmic side; Early endosome; Cytoplasmic vesicle, clathrin-coated vesicle; Recycling endosome; Colocalizes in clusters with VIPAS39 at cytoplasmic organelles. Colocalizes with RAB11A and VIPAS39 on recycling endosomes. Colocalizes with AP-3, clathrin, Rab5 and Rab7b. Colocalizes with M.tuberculosis PtpA in the cytosol of tuberculosis-infected macrophages and associates with phagosomes PMID 15052268 ↗ · PMID 21411634 ↗ · PMID 22753090 ↗ |
| 疾病關聯 | Arthrogryposis, renal dysfunction, and cholestasis 1（ARCS1）是常染色體隱性多系統疾病，可有先天性關節攣縮、腎小管功能異常、新生兒膽汁鬱積、膽管發育不全、低 gamma glutamyl transpeptidase 活性、嚴重生長不良、魚鱗癬及血小板 alpha 顆粒生成缺陷。多數患者無法存活超過一歲。此疾病由影響 VPS33B 的變異造成。 | 含實驗來源 | 證據與來源Arthrogryposis, renal dysfunction, and cholestasis 1 ARCS1 An autosomal recessive multisystem disorder with characteristics of congenital joint contractures, renal tubular dysfunction, neonatal cholestasis with bile duct hypoplasia and low gamma glutamyl transpeptidase activity, severe failure to thrive, ichthyosis, and a defect in platelet alpha-granule biogenesis. Most patients do not survive past the first year of life. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 208085 PMID 15052268 ↗ · PMID 18853461 ↗ · PMID 20190753 ↗ · PMID 22753090 ↗ · PMID 23918659 ↗ · PMID 31479177 ↗ |
| 疾病關聯 | 常染色體隱性 Keratoderma-ichthyosis-deafness syndrome（KDIDAR）以嚴重掌蹠角化、全身性魚鱗癬及雙側感音神經性聽力損失為特徵；其他可變表現包括攣縮、輕度出血傾向及精神運動發展遲緩。此疾病由影響 VPS33B 的變異造成。 | 含實驗來源 | 證據與來源Keratoderma-ichthyosis-deafness syndrome, autosomal recessive KDIDAR An autosomal recessive disorder characterized by severe palmoplantar keratoderma, generalized ichthyosis, and sensorineural bilateral hearing loss. Additional variable features include contractures, mild bleeding diathesis, and psychomotor retardation. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 620009 PMID 28017832 ↗ · PMID 30561130 ↗ |
| 疾病關聯 | Cholestasis, progressive familial intrahepatic, 12（PFIC12）是進行性膽汁鬱積的一種形式，屬常染色體隱性疾病，可於新生兒期出現黃疸、結合型高膽紅素血症及嚴重搔癢；進行性膽汁鬱積可能發展為肝纖維化、肝硬化及末期肝病。此疾病由影響 VPS33B 的變異造成。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cholestasis, progressive familial intrahepatic, 12 PFIC12 A form of progressive cholestasis, a disorder characterized by early onset of cholestasis that progresses to hepatic fibrosis, cirrhosis, and end-stage liver disease. PFIC12 is an autosomal recessive form characterized by neonatal-onset jaundice and conjugated hyperbilirubinemia, associated with intense pruritus. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 620010 PMID 31479177 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GAAGTCGCTTCTTTTTCTGGTAGAAGGCGGGGTTCTCCTC40GTACGCTGCGGAGTCTCTGCGGGGTGTAGACCGGAATCCT80GCTGACGGGCAGAGTGGATCAGGGAGGGAGGGTCGAGACA120CGGTGGCTGCAGGTCTGAGACAAGGCTGCTCCGAGGTAGT160AGCTCTCTTGCCTGGAGGTGGCCATTCATTCCTGGAGTGC200TGCTGAGGAGCGAGGGCCCATCTGGGGTCTCTGGAAGTCG240GTGCCCAGGCCTGAAGGATAGCCCCCCTTGCGCTTCCCTG280GGCTGCGGCCGGCCTTCTCAGAACGAAGGGCGTCCTTCCA320CCCCGCGGCGCAGGTGACCGCTGCCATGGCTTTTCCCCAT360CGGCCGGACGCCCCTGAGCTGCCTGACTTCTCCATGCTGA400AGAGGCTGGCTCGAGACCAGCTCATCTATCTGCTGGAGCA440GCTTCCTGGAAAAAAGGATTTATTCATTGAGGCAGATCTC480ATGAGCCCTTTGGATCGAATTGCCAATGTCTCCATCCTGA520AGCAACACGAAGTAGACAAGCTATACAAGGTGGAGAACAA560GCCAGCCCTCAGCTCCAATGAACAATTGTGCTTCTTGGTC600AGACCCCGCATCAAGAATATGCGATACATTGCCAGTCTTG640TCAATGCTGACAAATTGGCTGGCCGAACTCGCAAATACAA680AGTGATCTTCAGCCCTCAAAAGTTCTATGCGTGTGAGATG720GTGCTTGAGGAAGAGGGAATCTATGGAGATGTGAGCTGTG760ATGAATGGGCCTTCTCTTTGCTGCCTCTTGATGTGGATCT800GCTGAGCATGGAACTACCAGAATTTTTCAGGGATTACTTT840CTGGAAGGAGATCAGCGTTGGATCAACACTGTAGCTCAGG880CCTTACACCTTCTCAGCACTCTCTATGGACCCTTTCCAAA920CTGCTATGGAATTGGCAGGTGCGCCAAGATGGCATATGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。