基因總覽
VPS26A（VPS26 retromer complex component A）是蛋白質編碼基因，其產物屬於 VPS26 family，並作為 retromer cargo-selective complex（CSC）的組成蛋白。CSC 是 retromer 的核心組成之一，可與不同的 sorting nexins 配合，形成具有不同組成與功能的 retromer 複合體變體。VPS26A 的基本角色是參與細胞內膜運輸系統中的貨物辨識與分選；其功能會依所參與的複合體及運輸路徑而有所不同。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000263559 ★ | 69,124,178–69,174,412 | 9 |
| ENST00000373382 | 69,123,512–69,174,412 | 10 |
| ENST00000395098 | 69,124,058–69,174,412 | 8 |
| ENST00000858432 | 69,124,058–69,174,412 | 9 |
| ENST00000858433 | 69,124,058–69,174,412 | 8 |
| ENST00000858434 | 69,124,058–69,174,412 | 8 |
| ENST00000858435 | 69,124,058–69,174,412 | 9 |
| ENST00000940626 | 69,124,058–69,172,904 | 9 |
| ENST00000940627 | 69,124,058–69,174,412 | 7 |
| ENST00000940628 | 69,124,058–69,174,412 | 9 |
| ENST00000940629 | 69,124,058–69,174,412 | 9 |
| ENST00000949228 | 69,124,058–69,174,412 | 10 |
顯示 12/14 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
VPS26A 是 retromer cargo-selective complex（CSC）的組成部分。CSC 被認為是 retromer 或其不同複合體變體的核心功能組件，可協助避免特定跨膜貨物被錯誤分送至溶酶體降解路徑。CSC 被招募至胞內體膜的過程涉及 RAB7A 與 SNX3；其功能則隨所參與的 retromer 變體而異。
SNX-BAR retromer 介導貨物蛋白由胞內體逆向運送至 trans-Golgi network（TGN），也參與貨物由胞內體運往細胞表面以供再循環。SNX3-retromer 則以不同於 SNX-BAR retromer 的路徑，介導 WLS 從胞內體逆向運送至 TGN。SNX27-retromer 被認為參與胞內體至細胞表面的運輸，並協助多種貨物蛋白再循環；此項功能的證據屬於推定性質。CSC 也可能作為其他蛋白質的招募平台，例如 WASH complex 與 TBC1D5。
VPS26A 對 lysosomal enzyme receptor IGF2R 的逆向運輸，以及 polymeric immunoglobulin receptor（pIgR-pIgA）的跨細胞運輸調節均屬必要。它也支持 WASHC2A 與 TBC1D5 定位至胞內體，並介導 retromer 對 SORL1 的貨物辨識；SORL1 的運輸涉及 APP 的分選與處理。這些作用顯示 VPS26A 參與多種貨物在細胞內的分流與運輸。
此外，VPS26A 也參與不依賴 retromer 的 F2R 溶酶體分選，以及 ADRB2 的再循環。根據相似性資料，VPS26A 還可增強 SNX27 對貨物蛋白 PDZ-binding motifs 的親和力。上述功能涵蓋不同的運輸途徑，並不表示所有貨物都經由同一機制處理。
Promoter 與基因調控
>VPS26A ENST00000263559 GRCh38 chr10:69123178-69124278 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AATTCTATTGCGGTTAGAGATGATACTCTGATTTCAATCCTCTTAAATTTGAGGCTCACACTGAGGATTA AGTATAAAAAAATTTTTTTTGATACCTGTTTCATGGACTCGCCTCACAAACTTCTGTTTTAAGGTGGGGT AATTATAGTGCGTTCAGGGATGGATTTTTCTTCTGCTTTGGTTATGCATAGAGTGCACTGTGGCCCTTCA ACACTATACTCTGAAATCCCACACAGTATTTTCCTCATCTGGAGGTCCTATAGGCTTACACTAGGGAGGA GGATCCAGTTCAGGCCAGCGTAGTCTTCAGCTGCGCCGTGGGACTTTCGGGGGAGCGCCTTTGCCCTCTC AGAACGGCTGGGCGGAACGGTGGGTTTGTGAGCCCTCCAGGCTCAGGGTGGGTCGCTCAGGGGCCATCTG GGGACTTTGGGAAGCAATGAAAGTTGTACCCTAGGATTTTTTTCTACTGGTCTTCTCTTCAGAGGCGAGA AAGCCAAGTTAAGAAAACCCAGACTCAGAAGGAGGTGGAGCGGGACTGCGTTCAGGCAAGGTGGCAGAAC GCCTCGCCGTGGACGAAGAGAGCACATCTCTTCTTGCGAGGCCTAAGGAAGTAGGGCTCCCACTCGCCTC GGCAACCCAAGGACCCAGCCAAGGAGAGAGCCTCCAGATGAATCCTTCCTCTCCTCCTTCCTTCCCAGCC GCTCAAACTTTCACAAAGAGGAACTGGGTGCGGTAAAGAGGCCGGACACGGAACCGCTCGTCCGGTGACC GAAGAGACGGCGAGGAGGAGCCCGCGAACCCGCCTCTGTTCAGGCCCCGCCCACTCGACGTAATTTGCCC GCCCCTCTCCACCCTCCGAAGGGTGGAGCCTGAGGCCCCGCCTCCAAGCGGCCTCTCCCCGGAGTGCCTG GCGGCCAGCAGGGCGGGGCAGGAGGCTGGGAGAGGGACGGGTGCGGGGGTGGGGGAGAGGAAGGGAGCGG TCACGTGTGAGGGGCGGCCCGAGGTCACGTGACGGAGCGCCGGAGCGGAGGGAGCCGGGGCTGGGAGTTC TCCTGAGGGAAGAGGAGTGGAGTAGGGGGGACGCGGCGGCGGCGTTGACAA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VPS26A_1 ↗ | 10:69,124,184 | 正股 | 69,124,135–69,124,194 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR10_932FQZ · promoter · 69123230–69123522 · regulatory
ENSR10_842TK4 · enhancer · 69123523–69123703 · regulatory
ENSR10_932FR5 · promoter · 69123704–69124188 · regulatory
ENSR10_5L8ZJR · CTCF_binding_site · 69124052–69124073 · regulatory
ENSR10_C8T7C · enhancer · 69124189–69125468 · regulatory
· motif · 69123502–69123513 · motif
· motif · 69123890–69123903 · motif
· motif · 69123974–69123984 · motif
· motif · 69123991–69124001 · motif
· motif · 69123993–69124006 · motif
· motif · 69124052–69124062 · motif
· motif · 69124054–69124070 · motif
· motif · 69124127–69124140 · motif
· motif · 69124132–69124142 · motif
· motif · 69124157–69124166 · motif
· motif · 69124157–69124166 · motif
· motif · 69124176–69124188 · motif
· motif · 69124181–69124190 · motif
· motif · 69124181–69124190 · motif
· motif · 69124257–69124270 · motif
· motif · 69124260–69124273 · motif
· motif · 69124485–69124498 · motif
· motif · 69124578–69124591 · motif
· motif · 69124998–69125013 · motif
阿茲海默病中 VPS26A 的表現量下調；不過，VPS26A 並無已知與阿茲海默病相關的多型性或變異。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：327 aa
VPS26A 蛋白長 327 個胺基酸，屬於 VPS26 family。序列註解指出第 306 至 327 位胺基酸區段為無序區；此區域資訊來自資料庫註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
VPS26A 位於細胞質與胞內體膜，並以周邊膜蛋白形式存在；亦見於鄰近胞內體的管狀結構。 相似性資料指出，它主要位於早期胞內體，而非晚期胞內體。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- MORF4L1Q9UBU8-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NDUFV2P19404 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VPS29Q9UBQ0 · UniProt INTERACTION · 14 experiments
- VPS35Q96QK1 · UniProt INTERACTION · 30 experiments
- ZSCAN12O43309 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
VPS26A 與 VPS29、VPS35 組成異源三聚體 CSC；VPS26 與 VPS29 分別結合在作為中央平台的 VPS35 兩端，此結構描述依據相似性資料。CSC 可與不同 sorting nexins 組成不同複合體：與 SNX1 或 SNX2、以及 SNX5 或 SNX6 所成的膜變形次複合體共同構成 SNX-BAR retromer；與 SNX3 組成 SNX3-retromer；也可與 SNX27、WASH complex 及 SNX-BAR 次複合體形成 SNX27-retromer，後者屬推定組成。另有資料記載 VPS26A 與 SNX1、SNX2、SNX5、SNX6、SNX3、SNX27、RAB7A、ECPAS、EHD1、WASHC5 及 SORL1 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | VPS26A 是 retromer cargo-selective complex（CSC）的組成部分；CSC 被認為能防止特定跨膜貨物被錯誤送入溶酶體降解路徑。不同 retromer 變體參與各異的運輸：SNX-BAR retromer 和 SNX3-retromer介導不同的胞內體至 TGN 路徑，SNX27-retromer則被認為參與貨物再循環。VPS26A 另涉及 IGF2R 運輸、pIgR-pIgA 跨細胞運輸、WASHC2A 與 TBC1D5 的胞內體定位、SORL1 貨物辨識，以及 F2R 分選和 ADRB2 再循環；對 SNX27 親和力的影響依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Acts as a component of the retromer cargo-selective complex (CSC). The CSC is believed to be the core functional component of retromer or respective retromer complex variants acting to prevent missorting of selected transmembrane cargo proteins into the lysosomal degradation pathway. The recruitment of the CSC to the endosomal membrane involves RAB7A and SNX3. The SNX-BAR retromer mediates retrograde transport of cargo proteins from endosomes to the trans-Golgi network (TGN) and is involved in endosome-to-plasma membrane transport for cargo protein recycling. The SNX3-retromer mediates the retrograde endosome-to-TGN transport of WLS distinct from the SNX-BAR retromer pathway. The SNX27-retromer is believed to be involved in endosome-to-plasma membrane trafficking and recycling of a broad spectrum of cargo proteins (Probable). The CSC seems to act as recruitment hub for other proteins, such as the WASH complex and TBC1D5 (Probable). Required for retrograde transport of lysosomal enzyme receptor IGF2R. Required to regulate transcytosis of the polymeric immunoglobulin receptor (pIgR-pIgA). Required for the endosomal localization of WASHC2A (indicative for the WASH complex). Required for the endosomal localization of TBC1D5. Mediates retromer cargo recognition of SORL1 and is involved in trafficking of SORL1 implicated in sorting and processing of APP. Involved in retromer-independent lysosomal sorting of F2R. Involved in recycling of ADRB2. Enhances the affinity of SNX27 for PDZ-binding motifs in cargo proteins (By similarity) PMID 15078902 ↗ · PMID 15078903 ↗ · PMID 15247922 ↗ · PMID 16407403 ↗ · PMID 22070227 ↗ · PMID 22279231 ↗ · PMID 20923837 ↗ · PMID 21602791 ↗ · PMID 21725319 ↗ · PMID 23563491 ↗ |
| 交互作用 | VPS26A 可與 VPS29、VPS35 組成 CSC；相似性資料描述 VPS26 與 VPS29 分別結合於 VPS35 兩端。CSC 可與不同 sorting nexins 形成 retromer 變體，包括 SNX-BAR retromer、SNX3-retromer，以及被推定可包含 SNX27、WASH complex 與 SNX-BAR 次複合體的 SNX27-retromer。另記載 VPS26A 與多種 sorting nexins、RAB7A、ECPAS、EHD1、WASHC5 及 SORL1 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the heterotrimeric retromer cargo-selective complex (CSC), also described as vacuolar protein sorting subcomplex (VPS), formed by VPS26 (VPS26A or VPS26B), VPS29 and VPS35. The CSC has a highly elongated structure with VPS26 and VPS29 binding independently at opposite distal ends of VPS35 as central platform (By similarity). The CSC is believed to associate with variable sorting nexins to form functionally distinct retromer complex variants. The originally described retromer complex (also called SNX-BAR retromer) is a pentamer containing the CSC and a heterodimeric membrane-deforming subcomplex formed between SNX1 or SNX2 and SNX5 or SNX6 (also called SNX-BAR subcomplex); the respective CSC and SNX-BAR subcomplexes associate with low affinity. The CSC associates with SNX3 to form a SNX3-retromer complex. The CSC associates with SNX27, the WASH complex and the SNX-BAR subcomplex to form the SNX27-retromer complex (Probable). Interacts with VPS29, VPS35, SNX1, SNX2, SNX5, SNX6, SNX3, SNX27, RAB7A, ECPAS, EHD1, WASHC5, SORL1 PMID 11102511 ↗ · PMID 16190980 ↗ · PMID 16732284 ↗ · PMID 17868075 ↗ · PMID 19531583 ↗ · PMID 20682791 ↗ · PMID 20923837 ↗ · PMID 21725319 ↗ · PMID 22279231 ↗ · PMID 23563491 ↗ · PMID 24344282 ↗ · PMID 28892079 ↗ · PMID 19619496 ↗ · PMID 21602791 ↗ |
| 細胞定位 | VPS26A 位於細胞質及胞內體膜，屬周邊膜蛋白，也出現在鄰近胞內體的管狀結構。根據相似性資料，它主要位於早期胞內體，而非晚期胞內體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Endosome membrane / Peripheral membrane protein; Early endosome; Localizes to tubular profiles adjacent to endosomes. Predominantly found in early not late endosomes (By similarity) PMID 15078903 ↗ · PMID 22431521 ↗ · PMID 16190980 ↗ · PMID 16732284 ↗ · PMID 20682791 ↗ |
| 調控 | VPS26A 在阿茲海默病中表現量下調；然而，並無多型性或變異被指出與 VPS26A 的阿茲海默病關聯相連。 | 含實驗來源 | 證據與來源Down-regulated in Alzheimer disease. No polymorphism or variant is however associated with Alzheimer disease for VPS26A PMID 16315276 ↗ · PMID 16784798 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GAGGTCACGTGACGGAGCGCCGGAGCGGAGGGAGCCGGGG40CTGGGAGTTCTCCTGAGGGAAGAGGAGTGGAGTAGGGGGG80ACGCGGCGGCGGCGTTGACAATGAGTTTTCTTGGAGGCTT120TTTTGGTCCAATTTGTGAGATCGATATTGTTCTTAATGAT160GGGGAAACCAGGAAAATGGCAGAAATGAAAACTGAAGATG200GCAAAGTAGAAAAACACTATCTCTTCTATGACGGAGAATC240CGTTTCAGGAAAGGTAAACCTAGCCTTTAAGCAACCTGGA280AAGAGGCTAGAACACCAAGGAATTAGAATTGAATTTGTAG320GTCAAATTGAACTTTTCAATGACAAGAGTAATACTCATGA360ATTTGTAAACCTAGTGAAAGAACTAGCCTTACCTGGAGAA400CTGACTCAGAGCAGAAGTTATGATTTTGAATTTATGCAAG440TTGAAAAGCCATATGAATCTTACATCGGTGCCAATGTCCG480CTTGAGGTATTTTCTTAAAGTGACAATAGTGAGAAGACTG520ACAGATTTGGTAAAAGAGTATGATCTTATTGTTCACCAGC560TTGCCACCTATCCTGATGTTAACAACTCTATTAAGATGGA600AGTGGGCATTGAAGATTGTCTACATATAGAATTTGAATAT640AATAAATCAAAGTATCATTTAAAGGATGTGATTGTTGGAA680AAATTTACTTCTTATTAGTAAGAATAAAAATACAACATAT720GGAGTTACAGCTGATCAAAAAAGAGATCACAGGAATTGGA760CCCAGTACCACAACAGAAACAGAAACAATCGCCAAATATG800AAATAATGGATGGTGCACCAGTAAAAGGTGAATCAATTCC840AATAAGGCTATTTTTAGCAGGATATGACCCAACTCCAACA880ATGAGAGATGTGAACAAAAAATTTTCAGTAAGGTACTTTT920TGAATTTAGTGCTTGTTGATGAGGAAGACCGGAGGTACTT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。