基因總覽
VPREB3 的正式名稱為 V-set pre-B cell surrogate light chain 3,屬於蛋白質編碼基因。其蛋白質屬於 immunoglobulin superfamily,來源資料指出它與 Ig-mu chain 形成分子複合體,且此複合體表現在 pre-B cells 表面。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000248948 ★ | 23,752,743–23,754,425 | 2 |
| ENST00001100753 | 23,752,741–23,754,454 | 2 |
| ENST00000398465 | 23,752,743–23,754,454 | 2 |
| ENST00001100754 | 23,752,743–23,754,454 | 2 |
| ENST00001134489 | 23,752,743–23,754,454 | 2 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
VPREB3 蛋白質會與 Ig-mu chain 結合,形成分子複合體;此複合體表現在 pre-B cells 的細胞表面。來源未提供更詳細的分子作用方式或其他生物學功能。
Promoter 與基因調控
>VPREB3 ENST00000248948 GRCh38 chr22:23754325-23755425 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGCATCCAAATATCTAACAATAGGAGAATGGAAAACCTGATTACAGTGCATTCACACAATGGATTACACA CAGCTATGGGCATGAATGAAATATTGCTGCACACACATGGATCACTCCCATCATGTTCAACAAAAGAAGC AGGCACAAAAGAGGGCACACTATCATTCCACTTATAGTTAAAGTTCTAGAGCAGGCACAAACTAATCTAA GGTGATAGAAGTCAGAATGATGATTCCCTTGAGGGTGCATGTCATTAACTGAGGGGCCTTCAGGGGAGAT GGAGGTGTTCTTTTTTCTTTTCTTTTTTTTGAGACATAGTCTCGCTCTGTCGCCCAAGCTGAAGTGCAGT GAAGCAATCTTGGCTTACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAGCCTCTCCAG TAGTTGGGACTACAGGTGTGCACCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAAAAAATATGGAG TTTCACCATGTTGGCCAAGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAAGTGATCCACCTGCCTCCGTCTCCCAAA GTGCTGGGATTATAGGCGTAAGCCACCGCCCTCAGCCGAGATTTTCTAAATCCTGATCTGGGTGGAGGTT GCAGGGGTCTGTGTGTGCGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGTGTGCGTGTGCGCGCACATGC ATGCATGCATGCTTGTGGGCATACATACATATACATAAAATCATCAAGCTATGCACTTAAGATTTATGCA CTTTACTGTATGCTAGTTGTACCTCAATAAAAAAGTAGATTTCCACCTGCTATAACTGCACATGAGGACT TCTGGGCTCCTATTCTTGGAAGGCCTTGTGGTGCCAGGACCCTGACATTTGGGAAGAAAAGGCTTGGCCA TTGGGCCCCAGTCACCGCCCCTCCTTCCTCAGTCAATAGGCTGATTTGCATGCTCTGTTGTGGTCCAGTG GCCTTCCCAGCCCTGTGCCCCAAAGCACCTGGAGCATATAGCCTTGCAGAACTTCTACTTGCCTGCCTCC CTGCCTCTGGCCATGGCCTGCCGGTGCCTCAGCTTCCTTCTGATGGGGACC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VPREB3_2 ↗ | 22:23,754,424 | 負股 | 23,754,414–23,754,473 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR22_C4CM3 · enhancer · 23749812–23751101 · regulatory
ENSR22_9CFJH · promoter · 23751102–23751602 · regulatory
ENSR22_57KSPD · CTCF_binding_site · 23752079–23752100 · regulatory
ENSR22_8NT59 · enhancer · 23753447–23753687 · regulatory
· motif · 23751162–23751171 · motif
· motif · 23751162–23751173 · motif
· motif · 23751162–23751173 · motif
· motif · 23751603–23751616 · motif
· motif · 23751742–23751762 · motif
· motif · 23751963–23751975 · motif
· motif · 23751966–23751973 · motif
· motif · 23752081–23752097 · motif
· motif · 23752447–23752462 · motif
· motif · 23752448–23752461 · motif
· motif · 23752496–23752509 · motif
· motif · 23752521–23752533 · motif
· motif · 23752554–23752567 · motif
· motif · 23752554–23752567 · motif
· motif · 23752608–23752621 · motif
· motif · 23752718–23752733 · motif
· motif · 23752723–23752735 · motif
· motif · 23752871–23752884 · motif
· motif · 23752871–23752884 · motif
· motif · 23754462–23754475 · motif
· motif · 23754689–23754702 · motif
· motif · 23754689–23754702 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:123 aa
VPREB3 蛋白質全長為 123 個胺基酸。其第 1–20 位為 signal peptide,第 21–123 位標註為 Ig-like domain;此蛋白質屬於 immunoglobulin superfamily。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | VPREB3 與 Ig-mu chain 結合,形成表現在 pre-B cells 細胞表面的分子複合體;此敘述說明其複合體組成與細胞表面位置,未提供其他作用機制或功能結果。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Associates with the Ig-mu chain to form a molecular complex that is expressed on the surface of pre-B-cells |
核酸與蛋白質序列
CAAAGCACCTGGAGCATATAGCCTTGCAGAACTTCTACTT40GCCTGCCTCCCTGCCTCTGGCCATGGCCTGCCGGTGCCTC80AGCTTCCTTCTGATGGGGACCTTCCTGTCAGTTTCCCAGA120CAGTCCTGGCCCAGCTGGATGCACTGCTGGTCTTCCCAGG160CCAAGTGGCTCAACTCTCCTGCACGCTCAGCCCCCAGCAC200GTCACCATCAGGGACTACGGTGTGTCCTGGTACCAGCAGC240GGGCAGGCAGTGCCCCTCGATATCTCCTCTACTACCGCTC280GGAGGAGGATCACCACCGGCCTGCTGACATCCCCGATCGA320TTCTCGGCAGCCAAGGATGAGGCCCACAATGCCTGTGTCC360TCACCATTAGTCCCGTGCAGCCTGAAGACGACGCGGATTA400CTACTGCTCTGTTGGCTACGGCTTTAGTCCCTAGGGGTGG440GGTGTGAGATGGGTGCCTCCCCTCTGCCTCCCATTTCTGC480CCCTGACCTTGGGTCCCTTTTAAACTTTCTCTGAGCCTTG520CTTCCCCTCTGTAAAATGGGTTAATAATATTCAACATGTC560AACAACA567cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。