演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

VPREB38HS20

V-set pre-B cell surrogate light chain 3

VPREB3 是蛋白質編碼基因,其產物可與 Ig-mu chain 結合,形成表現在 pre-B cells 表面的分子複合體。

Homo sapiens22q11.23UniProt Q9UKI3
OFFICIAL SYMBOL
VPREB3
CHROMOSOME
22
UNIPROT
Q9UKI3
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

VPREB3 的正式名稱為 V-set pre-B cell surrogate light chain 3,屬於蛋白質編碼基因。其蛋白質屬於 immunoglobulin superfamily,來源資料指出它與 Ig-mu chain 形成分子複合體,且此複合體表現在 pre-B cells 表面。

Official symbol
VPREB3
Gene name
V-set pre-B cell surrogate light chain 3
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:12710
UniProt
Q9UKI3
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
8HS20

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 2222q11.23
chr22 · 50,818,468 bp · GRCh38chr22p13 · 1–4300000 · gvarchr22p12 · 4300001–9400000 · stalkchr22p11.2 · 9400001–13700000 · gvarchr22p11.1 · 13700001–15000000 · acenchr22q11.1 · 15000001–17400000 · acenchr22q11.21 · 17400001–21700000 · gnegchr22q11.22 · 21700001–23100000 · gpos25chr22q11.23 · 23100001–25500000 · gnegchr22q12.1 · 25500001–29200000 · gpos50chr22q12.2 · 29200001–31800000 · gnegchr22q12.3 · 31800001–37200000 · gpos50chr22q13.1 · 37200001–40600000 · gnegchr22q13.2 · 40600001–43800000 · gpos50chr22q13.31 · 43800001–48100000 · gnegchr22q13.32 · 48100001–49100000 · gpos50chr22q13.33 · 49100001–50818468 · gnegVPREB3pq1 bp50,818,468 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr22:23,752,741–23,754,454
Gene span
1,714 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000248948 ★23,752,743–23,754,4252
ENST0000110075323,752,741–23,754,4542
ENST0000039846523,752,743–23,754,4542
ENST0000110075423,752,743–23,754,4542
ENST0000113448923,752,743–23,754,4542

顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

VPREB3 蛋白質會與 Ig-mu chain 結合,形成分子複合體;此複合體表現在 pre-B cells 的細胞表面。來源未提供更詳細的分子作用方式或其他生物學功能。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 23754425 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>VPREB3 ENST00000248948 GRCh38 chr22:23754325-23755425 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
AGCATCCAAATATCTAACAATAGGAGAATGGAAAACCTGATTACAGTGCATTCACACAATGGATTACACA
CAGCTATGGGCATGAATGAAATATTGCTGCACACACATGGATCACTCCCATCATGTTCAACAAAAGAAGC
AGGCACAAAAGAGGGCACACTATCATTCCACTTATAGTTAAAGTTCTAGAGCAGGCACAAACTAATCTAA
GGTGATAGAAGTCAGAATGATGATTCCCTTGAGGGTGCATGTCATTAACTGAGGGGCCTTCAGGGGAGAT
GGAGGTGTTCTTTTTTCTTTTCTTTTTTTTGAGACATAGTCTCGCTCTGTCGCCCAAGCTGAAGTGCAGT
GAAGCAATCTTGGCTTACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAGCCTCTCCAG
TAGTTGGGACTACAGGTGTGCACCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAAAAAATATGGAG
TTTCACCATGTTGGCCAAGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAAGTGATCCACCTGCCTCCGTCTCCCAAA
GTGCTGGGATTATAGGCGTAAGCCACCGCCCTCAGCCGAGATTTTCTAAATCCTGATCTGGGTGGAGGTT
GCAGGGGTCTGTGTGTGCGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGTGTGCGTGTGCGCGCACATGC
ATGCATGCATGCTTGTGGGCATACATACATATACATAAAATCATCAAGCTATGCACTTAAGATTTATGCA
CTTTACTGTATGCTAGTTGTACCTCAATAAAAAAGTAGATTTCCACCTGCTATAACTGCACATGAGGACT
TCTGGGCTCCTATTCTTGGAAGGCCTTGTGGTGCCAGGACCCTGACATTTGGGAAGAAAAGGCTTGGCCA
TTGGGCCCCAGTCACCGCCCCTCCTTCCTCAGTCAATAGGCTGATTTGCATGCTCTGTTGTGGTCCAGTG
GCCTTCCCAGCCCTGTGCCCCAAAGCACCTGGAGCATATAGCCTTGCAGAACTTCTACTTGCCTGCCTCC
CTGCCTCTGGCCATGGCCTGCCGGTGCCTCAGCTTCCTTCTGATGGGGACC
VPREB3 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
VPREB3_2 ↗22:23,754,424負股23,754,414–23,754,473

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR22_C4CM3 · enhancer · 23749812–23751101 · regulatory

ENSR22_9CFJH · promoter · 23751102–23751602 · regulatory

ENSR22_57KSPD · CTCF_binding_site · 23752079–23752100 · regulatory

ENSR22_8NT59 · enhancer · 23753447–23753687 · regulatory

· motif · 23751162–23751171 · motif

· motif · 23751162–23751173 · motif

· motif · 23751162–23751173 · motif

· motif · 23751603–23751616 · motif

· motif · 23751742–23751762 · motif

· motif · 23751963–23751975 · motif

· motif · 23751966–23751973 · motif

· motif · 23752081–23752097 · motif

· motif · 23752447–23752462 · motif

· motif · 23752448–23752461 · motif

· motif · 23752496–23752509 · motif

· motif · 23752521–23752533 · motif

· motif · 23752554–23752567 · motif

· motif · 23752554–23752567 · motif

· motif · 23752608–23752621 · motif

· motif · 23752718–23752733 · motif

· motif · 23752723–23752735 · motif

· motif · 23752871–23752884 · motif

· motif · 23752871–23752884 · motif

· motif · 23754462–23754475 · motif

· motif · 23754689–23754702 · motif

· motif · 23754689–23754702 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:123 aa

1 aa123 aa結構域訊號胜肽
依 Q9UKI3 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

VPREB3 蛋白質全長為 123 個胺基酸。其第 1–20 位為 signal peptide,第 21–123 位標註為 Ig-like domain;此蛋白質屬於 immunoglobulin superfamily。

訊號胜肽1–20 aa
結構域Ig-like21–123 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9UKI3…

AlphaFold · Q9UKI3

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
8HS20VPREB3
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能VPREB3 與 Ig-mu chain 結合,形成表現在 pre-B cells 細胞表面的分子複合體;此敘述說明其複合體組成與細胞表面位置,未提供其他作用機制或功能結果。資料庫紀錄
證據與來源

Associates with the Ig-mu chain to form a molecular complex that is expressed on the surface of pre-B-cells

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000248948 · 567 nt · GRCh38
完整拼接轉錄本,保留來源註解的 5′ UTR、CDS 和 3′ UTR。
1CAAAGCACCTGGAGCATATAGCCTTGCAGAACTTCTACTT40
41GCCTGCCTCCCTGCCTCTGGCCATGGCCTGCCGGTGCCTC80
81AGCTTCCTTCTGATGGGGACCTTCCTGTCAGTTTCCCAGA120
121CAGTCCTGGCCCAGCTGGATGCACTGCTGGTCTTCCCAGG160
161CCAAGTGGCTCAACTCTCCTGCACGCTCAGCCCCCAGCAC200
201GTCACCATCAGGGACTACGGTGTGTCCTGGTACCAGCAGC240
241GGGCAGGCAGTGCCCCTCGATATCTCCTCTACTACCGCTC280
281GGAGGAGGATCACCACCGGCCTGCTGACATCCCCGATCGA320
321TTCTCGGCAGCCAAGGATGAGGCCCACAATGCCTGTGTCC360
361TCACCATTAGTCCCGTGCAGCCTGAAGACGACGCGGATTA400
401CTACTGCTCTGTTGGCTACGGCTTTAGTCCCTAGGGGTGG440
441GGTGTGAGATGGGTGCCTCCCCTCTGCCTCCCATTTCTGC480
481CCCTGACCTTGGGTCCCTTTTAAACTTTCTCTGAGCCTTG520
521CTTCCCCTCTGTAAAATGGGTTAATAATATTCAACATGTC560
561AACAACA567

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。