基因總覽
VNN2 是蛋白質編碼基因,產物 vanin 2 屬於碳氮水解酶超家族中的 BTD/VNN 家族。這項分類指出其蛋白質家族背景;現有資料另註明其具有 CN hydrolase 結構域。vanin 2 的基本角色包括水解 D-pantetheine,以及參與骨髓細胞歸巢至胸腺的過程;資料也指出它可能調節嗜中性球的細胞黏附、遷移與運動性。其反應與 pantothenic acid(維生素 B5)回收及 cysteamine 釋出有關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000326499 ★ | 132,743,870–132,757,904 | 7 |
| ENST00000525270 | 132,743,870–132,763,466 | 8 |
| ENST00001098980 | 132,743,870–132,757,904 | 7 |
| ENST00001140613 | 132,743,870–132,758,012 | 7 |
| ENST00000525289 | 132,744,300–132,757,883 | 5 |
| ENST00001130832 | 132,749,037–132,758,012 | 7 |
| ENST00000524919 | 132,755,882–132,763,459 | 4 |
| ENST00000530536 | 132,755,914–132,763,455 | 5 |
| ENST00000532012 | 132,757,457–132,763,431 | 4 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
vanin 2 是一種 amidohydrolase,可特異性水解 D-pantetheine 中的一個 carboamide 鍵結。反應物為 (R)-pantetheine,水解後生成 cysteamine 與 (R)-pantothenate;此反應有助於回收 pantothenic acid(維生素 B5),並釋出 cysteamine。資料支持的是這項特定水解作用,未提供進一步的反應步驟或調控細節。
除了水解作用,VNN2 也被列為參與骨髓細胞歸巢至胸腺的因子。現有資料沒有說明其在此過程中的具體作用方式,因此只能指出其參與這項細胞移動相關過程,不能據此推定直接機制。
資料另指出,VNN2 可能調節 beta-2 integrin 介導的細胞黏附、遷移與嗜中性球運動性。這些描述帶有「可能」的限定,表示其調節角色並非在此資料中表述為確定結論;資料也未進一步界定調節方向或作用條件。
Promoter 與基因調控
>VNN2 ENST00000326499 GRCh38 chr6:132757804-132758904 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GTATCCTGAGGCCTGGGGCCCCTGAGCTGAGATTCCTCCTCTGGCCTAGGTGCCTCGGGGTATTGTTGCT GTAGGCACTAACTATACAGCAGTGAACAAACCAGACACAAAATCCTGCTTTTCTGGAGCACATGTTTTCA GTCCTTAATAGCAATAAGTAAGTCAGAGTGTAGATTTGGGTAAATTTTGTTATCAATATTGTCCTGTGTT ACATTTTCTTAGTAGTAAGTATTTAATATTTTCCCCCCCGTCTAAAAATAAACACAATGTAAGTGACTCA ACAGAACCAAAAAAATTGTTGTCAATTTTTAAATTTAATAAATGAGATATTTGTTGGGATGTGATTTTTT TACACGAGAGTTAGTTATGAGTTTCTATTAACAAAAGCTGGAATTGTTCTATATTTGAATTCGGGTGTCT TTTGGAAATTCAATATTAAATCTTAGTACTAATAGTACATGCTGTTCAATCCCTGTAATACTTTCTGATT GTCTTAAATGGACTGCAACTTTTCTTTCTTTAAAAGTGGTCAGATATATTGCGTTCTTAAGATTATAAAG TAGGCCAAGTGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGTGGATGGATCACAAGA TCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAATATTGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTG GACGTGGTGGCGCGCACCTGTAGTCCTAGCTGTTTCAGAGACTGAAGAAGGACAATCGCTTGAACCTGGG AGGTGGAAGTTGTAGTGAGCTGAGCTTGCGCCACTGCATTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAACTCCGCCT CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAAATGA TGATAAAGTAAAAGGCCAGTAACTGGCAGCCACATGTTATGCAAACATTCTCCCCTCTGTAAATACTACA TGAATGTTATTTTTGCTTTCAGAAATCACTAAACCTTGGCCATGGTCACTTCCTCTTTTCCAATCTCTGT GGCAGTTTTTGCCCTAATAACCCTGCAGGTTGGTACTCAGGACAGTTTTAT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VNN2_1 ↗ | 6:132,757,904 | 負股 | 132,757,894–132,757,953 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR6_85WDGJ · promoter · 132757873–132758036 · regulatory
· motif · 132756788–132756799 · motif
· motif · 132757831–132757846 · motif
· motif · 132757865–132757878 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:520 aa
vanin 2 為 520 個胺基酸的蛋白質。序列註解標示其第 1–22 個胺基酸為訊號序列,第 31–306 個胺基酸包含 CN hydrolase 結構域。此蛋白質屬於碳氮水解酶超家族的 BTD/VNN 家族。
蛋白質三維結構
細胞內定位
vanin 2 定位於細胞膜,並以脂質錨定及 GPI 錨定方式與膜相關。 資料未提供其他定位或定位變化條件。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- KAT5Q92993 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMO3Q8TAP4-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRKCAP17252 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SETDB1Q15047-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- YWHAGP61981 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | vanin 2 是 amidohydrolase,可特異性水解 D-pantetheine 的一個 carboamide 鍵結,回收 pantothenic acid(維生素 B5)並釋出 cysteamine。它也參與骨髓細胞歸巢至胸腺,且可能調節 beta-2 integrin 介導的細胞黏附、遷移及嗜中性球運動性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Amidohydrolase that hydrolyzes specifically one of the carboamide linkages in D-pantetheine thus recycling pantothenic acid (vitamin B5) and releasing cysteamine. Involved in the thymus homing of bone marrow cells. May regulate beta-2 integrin-mediated cell adhesion, migration and motility of neutrophil PMID 11491533 ↗ |
| 分子活性 | (R)-pantetheine + H2O = cysteamine + (R)-pantothenate | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | vanin 2 位於細胞膜,並以脂質錨定及 GPI 錨定方式與膜相關;此項定位資料未提供其他條件或定位變化資訊。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGAAATCACTAAACCTTGGCCATGGTCACTTCCTCTTTTC40CAATCTCTGTGGCAGTTTTTGCCCTAATAACCCTGCAGGT80TGGTACTCAGGACAGTTTTATAGCTGCAGTGTATGAACAT120GCTGTCATTTTGCCAAATAAAACAGAAACACCAGTTTCTC160AGGAGGATGCCTTGAATCTCATGAACGAGAATATAGACAT200TCTGGAGACAGCGATCAAGCAGGCAGCTGAGCAGGGTGCT240CGAATCATTGTGACTCCAGAAGATGCACTTTATGGATGGA280AATTTACCAGGGAAACTGTTTTCCCTTATCTGGAGGATAT320CCCAGACCCTCAGGTGAACTGGATTCCGTGTCAAGACCCC360CACAGATTTGGTCACACACCAGTACAAGCAAGACTCAGCT400GCCTGGCCAAGGACAACTCTATCTATGTCTTGGCAAATTT440GGGGGACAAAAAGCCATGTAATTCCCGTGACTCCACATGT480CCTCCTAATGGCTACTTTCAATACAATACCAATGTGGTGT520ATAATACAGAAGGAAAACTCGTGGCACGTTACCATAAGTA560CCACCTGTACTCTGAGCCTCAGTTTAATGTCCCTGAAAAG600CCGGAGTTGGTGACTTTCAACACCGCATTTGGAAGGTTTG640GCATTTTCACGTGCTTTGATATATTCTTCTATGATCCTGG680TGTTACCCTGGTGAAAGATTTCCATGTGGACACCATACTG720TTTCCCACAGCTTGGATGAACGTTTTGCCCCTTTTGACAG760CTATTGAATTCCATTCAGCTTGGGCAATGGGAATGGGAGT800TAATCTTCTTGTGGCCAACACACATCATGTCAGCCTAAAT840ATGACAGGAAGTGGTATTTATGCACCAAATGGTCCCAAAG880TGTATCATTATGACATGAAGACAGAGTTGGGAAAACTTCT920CCTTTCAGAGGTGGATTCACATCCCCTATCCTCGCTTGCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。