演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

VNN2FOAP-4

vanin 2

VNN2 編碼 vanin 2,屬於碳氮水解酶超家族,具有水解 D-pantetheine 的功能,並與骨髓細胞歸巢及嗜中性球活動相關。

Homo sapiens6q23.2UniProt O95498
OFFICIAL SYMBOL
VNN2
CHROMOSOME
6
UNIPROT
O95498
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

VNN2 是蛋白質編碼基因,產物 vanin 2 屬於碳氮水解酶超家族中的 BTD/VNN 家族。這項分類指出其蛋白質家族背景;現有資料另註明其具有 CN hydrolase 結構域。vanin 2 的基本角色包括水解 D-pantetheine,以及參與骨髓細胞歸巢至胸腺的過程;資料也指出它可能調節嗜中性球的細胞黏附、遷移與運動性。其反應與 pantothenic acid(維生素 B5)回收及 cysteamine 釋出有關。

Official symbol
VNN2
Gene name
vanin 2
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:12706
UniProt
O95498
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
FOAP-4GPI-80

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 66q23.2
chr6 · 170,805,979 bp · GRCh38chr6p25.3 · 1–2300000 · gnegchr6p25.2 · 2300001–4200000 · gpos25chr6p25.1 · 4200001–7100000 · gnegchr6p24.3 · 7100001–10600000 · gpos50chr6p24.2 · 10600001–11600000 · gnegchr6p24.1 · 11600001–13400000 · gpos25chr6p23 · 13400001–15200000 · gnegchr6p22.3 · 15200001–25200000 · gpos75chr6p22.2 · 25200001–27100000 · gnegchr6p22.1 · 27100001–30500000 · gpos50chr6p21.33 · 30500001–32100000 · gnegchr6p21.32 · 32100001–33500000 · gpos25chr6p21.31 · 33500001–36600000 · gnegchr6p21.2 · 36600001–40500000 · gpos25chr6p21.1 · 40500001–46200000 · gnegchr6p12.3 · 46200001–51800000 · gpos100chr6p12.2 · 51800001–53000000 · gnegchr6p12.1 · 53000001–57200000 · gpos100chr6p11.2 · 57200001–58500000 · gnegchr6p11.1 · 58500001–59800000 · acenchr6q11.1 · 59800001–62600000 · acenchr6q11.2 · 62600001–62700000 · gnegchr6q12 · 62700001–69200000 · gpos100chr6q13 · 69200001–75200000 · gnegchr6q14.1 · 75200001–83200000 · gpos50chr6q14.2 · 83200001–84200000 · gnegchr6q14.3 · 84200001–87300000 · gpos50chr6q15 · 87300001–92500000 · gnegchr6q16.1 · 92500001–98900000 · gpos100chr6q16.2 · 98900001–100000000 · gnegchr6q16.3 · 100000001–105000000 · gpos100chr6q21 · 105000001–114200000 · gnegchr6q22.1 · 114200001–117900000 · gpos75chr6q22.2 · 117900001–118100000 · gnegchr6q22.31 · 118100001–125800000 · gpos100chr6q22.32 · 125800001–126800000 · gnegchr6q22.33 · 126800001–130000000 · gpos75chr6q23.1 · 130000001–130900000 · gnegchr6q23.2 · 130900001–134700000 · gpos50chr6q23.3 · 134700001–138300000 · gnegchr6q24.1 · 138300001–142200000 · gpos75chr6q24.2 · 142200001–145100000 · gnegchr6q24.3 · 145100001–148500000 · gpos75chr6q25.1 · 148500001–152100000 · gnegchr6q25.2 · 152100001–155200000 · gpos50chr6q25.3 · 155200001–160600000 · gnegchr6q26 · 160600001–164100000 · gpos50chr6q27 · 164100001–170805979 · gnegVNN2pq1 bp170,805,979 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr6:132,743,870–132,763,466
Gene span
19,597 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000326499 ★132,743,870–132,757,9047
ENST00000525270132,743,870–132,763,4668
ENST00001098980132,743,870–132,757,9047
ENST00001140613132,743,870–132,758,0127
ENST00000525289132,744,300–132,757,8835
ENST00001130832132,749,037–132,758,0127
ENST00000524919132,755,882–132,763,4594
ENST00000530536132,755,914–132,763,4555
ENST00000532012132,757,457–132,763,4314

顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

vanin 2 是一種 amidohydrolase,可特異性水解 D-pantetheine 中的一個 carboamide 鍵結。反應物為 (R)-pantetheine,水解後生成 cysteamine 與 (R)-pantothenate;此反應有助於回收 pantothenic acid(維生素 B5),並釋出 cysteamine。資料支持的是這項特定水解作用,未提供進一步的反應步驟或調控細節。

除了水解作用,VNN2 也被列為參與骨髓細胞歸巢至胸腺的因子。現有資料沒有說明其在此過程中的具體作用方式,因此只能指出其參與這項細胞移動相關過程,不能據此推定直接機制。

資料另指出,VNN2 可能調節 beta-2 integrin 介導的細胞黏附、遷移與嗜中性球運動性。這些描述帶有「可能」的限定,表示其調節角色並非在此資料中表述為確定結論;資料也未進一步界定調節方向或作用條件。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 132757904 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>VNN2 ENST00000326499 GRCh38 chr6:132757804-132758904 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GTATCCTGAGGCCTGGGGCCCCTGAGCTGAGATTCCTCCTCTGGCCTAGGTGCCTCGGGGTATTGTTGCT
GTAGGCACTAACTATACAGCAGTGAACAAACCAGACACAAAATCCTGCTTTTCTGGAGCACATGTTTTCA
GTCCTTAATAGCAATAAGTAAGTCAGAGTGTAGATTTGGGTAAATTTTGTTATCAATATTGTCCTGTGTT
ACATTTTCTTAGTAGTAAGTATTTAATATTTTCCCCCCCGTCTAAAAATAAACACAATGTAAGTGACTCA
ACAGAACCAAAAAAATTGTTGTCAATTTTTAAATTTAATAAATGAGATATTTGTTGGGATGTGATTTTTT
TACACGAGAGTTAGTTATGAGTTTCTATTAACAAAAGCTGGAATTGTTCTATATTTGAATTCGGGTGTCT
TTTGGAAATTCAATATTAAATCTTAGTACTAATAGTACATGCTGTTCAATCCCTGTAATACTTTCTGATT
GTCTTAAATGGACTGCAACTTTTCTTTCTTTAAAAGTGGTCAGATATATTGCGTTCTTAAGATTATAAAG
TAGGCCAAGTGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGTGGATGGATCACAAGA
TCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAATATTGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTG
GACGTGGTGGCGCGCACCTGTAGTCCTAGCTGTTTCAGAGACTGAAGAAGGACAATCGCTTGAACCTGGG
AGGTGGAAGTTGTAGTGAGCTGAGCTTGCGCCACTGCATTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAACTCCGCCT
CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAAATGA
TGATAAAGTAAAAGGCCAGTAACTGGCAGCCACATGTTATGCAAACATTCTCCCCTCTGTAAATACTACA
TGAATGTTATTTTTGCTTTCAGAAATCACTAAACCTTGGCCATGGTCACTTCCTCTTTTCCAATCTCTGT
GGCAGTTTTTGCCCTAATAACCCTGCAGGTTGGTACTCAGGACAGTTTTAT
VNN2 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
VNN2_1 ↗6:132,757,904負股132,757,894–132,757,953

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR6_85WDGJ · promoter · 132757873–132758036 · regulatory

· motif · 132756788–132756799 · motif

· motif · 132757831–132757846 · motif

· motif · 132757865–132757878 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:520 aa

1 aa520 aa結構域訊號胜肽
依 O95498 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

vanin 2 為 520 個胺基酸的蛋白質。序列註解標示其第 1–22 個胺基酸為訊號序列,第 31–306 個胺基酸包含 CN hydrolase 結構域。此蛋白質屬於碳氮水解酶超家族的 BTD/VNN 家族。

訊號胜肽1–22 aa
結構域CN hydrolase31–306 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · O95498…

AlphaFold · O95498

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cell membrane

vanin 2 定位於細胞膜,並以脂質錨定及 GPI 錨定方式與膜相關。 資料未提供其他定位或定位變化條件。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 5 個夥伴 · 最多顯示 50 個
FOAP-4VNN2KAT5LMO3PRKCASETDB1YWHAG
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能vanin 2 是 amidohydrolase,可特異性水解 D-pantetheine 的一個 carboamide 鍵結,回收 pantothenic acid(維生素 B5)並釋出 cysteamine。它也參與骨髓細胞歸巢至胸腺,且可能調節 beta-2 integrin 介導的細胞黏附、遷移及嗜中性球運動性。含實驗來源
證據與來源

Amidohydrolase that hydrolyzes specifically one of the carboamide linkages in D-pantetheine thus recycling pantothenic acid (vitamin B5) and releasing cysteamine. Involved in the thymus homing of bone marrow cells. May regulate beta-2 integrin-mediated cell adhesion, migration and motility of neutrophil

PMID 11491533 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性(R)-pantetheine + H2O = cysteamine + (R)-pantothenate含實驗來源
證據與來源

(R)-pantetheine + H2O = cysteamine + (R)-pantothenate

PMID 11491533 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位vanin 2 位於細胞膜,並以脂質錨定及 GPI 錨定方式與膜相關;此項定位資料未提供其他條件或定位變化資訊。推論支持
證據與來源

Cell membrane / Lipid-anchor, GPI-anchor

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000326499 · 2,014 nt · GRCh38
完整拼接轉錄本,保留來源註解的 5′ UTR、CDS 和 3′ UTR。
1AGAAATCACTAAACCTTGGCCATGGTCACTTCCTCTTTTC40
41CAATCTCTGTGGCAGTTTTTGCCCTAATAACCCTGCAGGT80
81TGGTACTCAGGACAGTTTTATAGCTGCAGTGTATGAACAT120
121GCTGTCATTTTGCCAAATAAAACAGAAACACCAGTTTCTC160
161AGGAGGATGCCTTGAATCTCATGAACGAGAATATAGACAT200
201TCTGGAGACAGCGATCAAGCAGGCAGCTGAGCAGGGTGCT240
241CGAATCATTGTGACTCCAGAAGATGCACTTTATGGATGGA280
281AATTTACCAGGGAAACTGTTTTCCCTTATCTGGAGGATAT320
321CCCAGACCCTCAGGTGAACTGGATTCCGTGTCAAGACCCC360
361CACAGATTTGGTCACACACCAGTACAAGCAAGACTCAGCT400
401GCCTGGCCAAGGACAACTCTATCTATGTCTTGGCAAATTT440
441GGGGGACAAAAAGCCATGTAATTCCCGTGACTCCACATGT480
481CCTCCTAATGGCTACTTTCAATACAATACCAATGTGGTGT520
521ATAATACAGAAGGAAAACTCGTGGCACGTTACCATAAGTA560
561CCACCTGTACTCTGAGCCTCAGTTTAATGTCCCTGAAAAG600
601CCGGAGTTGGTGACTTTCAACACCGCATTTGGAAGGTTTG640
641GCATTTTCACGTGCTTTGATATATTCTTCTATGATCCTGG680
681TGTTACCCTGGTGAAAGATTTCCATGTGGACACCATACTG720
721TTTCCCACAGCTTGGATGAACGTTTTGCCCCTTTTGACAG760
761CTATTGAATTCCATTCAGCTTGGGCAATGGGAATGGGAGT800
801TAATCTTCTTGTGGCCAACACACATCATGTCAGCCTAAAT840
841ATGACAGGAAGTGGTATTTATGCACCAAATGGTCCCAAAG880
881TGTATCATTATGACATGAAGACAGAGTTGGGAAAACTTCT920
921CCTTTCAGAGGTGGATTCACATCCCCTATCCTCGCTTGCC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。