基因總覽
VLDLR 是蛋白質編碼基因，產物名稱為 very low density lipoprotein receptor。此蛋白質是細胞表面受體，屬於 LDL-receptor 類型的膜蛋白，能辨識 VLDL，也可與 Reelin、含 apolipoprotein E 的配體及 clusterin 等分子結合。其主要角色涵蓋脂蛋白進入細胞，以及神經發育相關訊號的傳遞。蛋白質具有大型細胞外區段、單次穿膜區段與短細胞質區段；細胞外區含多個 LDL-receptor class A 結構域，構成辨識配體的特色區域。以下功能說明其受體作用與相關生物學過程。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000382100 ★ | 2,621,787–2,660,056 | 19 |
| ENST00000382096 | 2,621,182–2,639,981 | 4 |
| ENST00000680746 | 2,621,567–2,655,931 | 18 |
| ENST00000681306 | 2,621,567–2,656,916 | 18 |
| ENST00000681618 | 2,621,567–2,656,039 | 17 |
| ENST00000916501 | 2,621,567–2,656,110 | 17 |
| ENST00000916502 | 2,621,567–2,656,112 | 18 |
| ENST00000947327 | 2,621,567–2,656,097 | 19 |
| ENST00000947328 | 2,621,567–2,656,110 | 18 |
| ENST00000947329 | 2,621,567–2,654,480 | 18 |
| ENST00000947330 | 2,621,567–2,654,483 | 18 |
| ENST00001126266 | 2,621,567–2,656,103 | 19 |
顯示 12/16 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
VLDLR 可結合 VLDL，並透過受體介導的內吞將其帶入細胞，因此參與能量代謝。它也能辨識多種其他分子，包括 Reelin、含 apolipoprotein E 的配體及 clusterin，顯示其作用不限於脂蛋白攝取。
在 Reelin 訊號路徑中，未受配體刺激時，VLDLR 可形成同源寡聚體，也可與 LRP8 形成異源寡聚體。配體結合後，VLDLR 同源寡聚體會重新排列成較高階的受體群集，並透過與 DAB1 結合，把細胞外的 RELN 訊號傳至細胞內。此結合促使 DAB1 磷酸化，進而引發新生神經元正確定位所需的細胞反應。
在神經元遷移較後階段，VLDLR 還可介導停止訊號，避免遷移中的神經元進入邊緣區；此項功能的註解依據為相似性推論。另有資料指出，VLDLR 可作為 Semliki Forest virus 與 yellow fever virus 的受體，與病毒感染相關。
Promoter 與基因調控
>VLDLR ENST00000382100 GRCh38 chr9:2620787-2621887 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ATTCTTTCCTCGATTCTTGTAATTGAATGTTACAAAGTATATCAAGAGGAATAAACGTATGGGGCCCCTC TCTTCCAAACAAGAAAAGGTTAAGCTTTTAATTACAGGCCCTCAAACTATCATTTTGTGCAATTAGCAAT TAACTATAATCGTTGATGAGCAAATGCAAAGCTGCGCTAGCAATTTCCCTTCTCCTCATCCCAGGCTGGG TTATTTCAGTCTTGTTCTATTACAGAGGACCAGCCACAACCGCGCGCACTCTCTTTCAAACATACACACT CTCTCACTTAAAGACACATTTAGTTTTCGGCAAAACGGCATCTCAGCGTGCGATTGAGACCGGCATCCCA AACCCCACTTTTGAGCAGCCCAAACGTTTGGAGCCCCTCCGCTTCATCACTTTCTGAGTGGATAGAGGAG GCCCGAAGAAGATGCTACCTACCAGCCTCTCTCAGGGGCGCAGGAGAGGGTGGTAGAGAGATGCTTGTTG CCCCTGGAAACTGCAAGTACCCCCCAGGTGCACGCCCCGTCAGTGGGGAGGCGGTGGCAACAGCAACGAT AGTTGCATCAGCGCTAACTGCTGCTGCTGCTGCGTGTTCTGCCGGAGGCTGCCGGGAGGGTACAGTAATG ACTGTAGGGAGCGCACAGCCGCTGCGGCGGCAGGTTCCCTGGATCAGGAAATTAGGACAGGCACCCGGGA TTGGAGGCGAGGGCGGCGCGCGAGCCAACCAGCGGTCGCCCCGGGCCCCCGTGAGCCCCAGGCGAACGCG CGGAGCAGCCGGGCCCCTAGAGCGGTCCGGGTGGCGGCGGCGGCAGCCACGACCACGACCGCGGTCACTC ACGCACGCTCACACTCGCACGCTCCCCGCGCGGGCACCCGGCTGCCCGGCGCGTGCAAGAGGAGCGCGTC GAGGGAAAGGAGGGCCGAAGCCGCCGCGCTCCCGCCCGCCCGCCGCGCCTCCCGTTGACCACGCCCCCTC CGGCCCCCTCCCCGCTGCTCACCCCGCTCTCCGGCCGCCGCCGGTGCGGGTGCTCCGCTACCGGCTCCTC TCCGTTCTGTGCTCTCTTCTGCTCTCGGCTCCCCACCCCCTCTCCCTTCCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VLDLR_3 ↗ | 9:2,621,574 | 正股 | 2,621,525–2,621,584 |
| VLDLR_1 ↗ | 9:2,621,787 | 正股 | 2,621,738–2,621,797 |
| VLDLR_2 ↗ | 9:2,622,135 | 正股 | 2,622,086–2,622,145 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR9_9334F · enhancer · 2620939–2621404 · regulatory
ENSR9_BJ3B · promoter · 2621405–2622120 · regulatory
ENSR9_9334T · promoter · 2622447–2622947 · regulatory
ENSR9_9335B · enhancer · 2623948–2624367 · regulatory
ENSR9_5LMXF · CTCF_binding_site · 2624053–2624074 · regulatory
· motif · 2616959–2616972 · motif
· motif · 2617289–2617302 · motif
· motif · 2617403–2617416 · motif
· motif · 2617403–2617416 · motif
· motif · 2618484–2618495 · motif
· motif · 2618488–2618502 · motif
· motif · 2621090–2621101 · motif
· motif · 2621299–2621308 · motif
· motif · 2623485–2623494 · motif
· motif · 2623485–2623494 · motif
· motif · 2623804–2623820 · motif
· motif · 2624055–2624071 · motif
· motif · 2624485–2624494 · motif
· motif · 2624485–2624494 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：873 aa
very low density lipoprotein receptor 長 873 個胺基酸。其 N 端含訊號肽，細胞外區包含 8 個 LDL-receptor class A 結構域、EGF-like 結構域及 6 個 LDL-receptor class B 重複序列；另有 clustered O-linked oligosaccharides 區域。蛋白質以單次穿膜螺旋連接細胞外區與細胞質區，細胞質端帶有內吞訊號。
蛋白質三維結構
細胞內定位
VLDLR 是單次穿膜的第一型膜蛋白，定位於細胞膜，也見於網格蛋白包被小窩。 資料未提供不同異構型或條件造成定位變化的細節。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Membrane, clathrin-coated pit。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- LRPAP1P30533 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- Lrpap1Q99068 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RelnQ60841 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- ZSCAN12O43309 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
VLDLR 可形成同源寡聚體，並與 LRP8、Reelin、DAB1、CLU、PCSK9、LDLRAP1 及 SNX17 等分子互作；與 PAFAH1B3、PAFAH1B2 的互作可能調節 Reelin 路徑。它也與 STX5 互作，該互作可促進 VLDLR 從內質網移至細胞膜。感染相關互作包括：透過第二及第三個 LDL-receptor class A 結構域結合小組鼻病毒（rhinovirus）的 VP1；透過 class A 重複序列結合 Semliki Forest virus 的 E1 與 Eastern equine encephalitis virus 的 E2，並介導病毒進入細胞；另與 yellow fever virus 的 E 蛋白互作，促進病毒進入。
疾病與遺傳關聯
VLDLR 變異與小腦共濟失調、智力發展受損及平衡障礙症候群 1（CAMRQ1）相關。此病為體染色體隱性、先天且非進行性的小腦共濟失調，可伴隨平衡障礙、延遲行走、智能障礙、小腦發育不全及輕度大腦腦回簡化；其他特徵包括身材矮小、斜視、扁平足，少數患者有癲癇。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 10 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | VLDLR 是多功能細胞表面受體，可結合 VLDL 並經內吞將其帶入細胞，參與能量代謝；也能結合 Reelin、含 apolipoprotein E 的配體及 clusterin。未受配體刺激時可形成同源或與 LRP8 組成異源寡聚體；配體結合後同源寡聚體重組為較高階受體群集，藉由結合 DAB1 傳遞 RELN 訊號並促使 DAB1 磷酸化，支持新生神經元定位。依相似性推論，亦可在後期阻止遷移神經元進入邊緣區。 | 含實驗來源 | 證據與來源Multifunctional cell surface receptor that binds VLDL and transports it into cells by endocytosis and therefore plays an important role in energy metabolism. Also binds to a wide range of other molecules including Reelin/RELN or apolipoprotein E/APOE-containing ligands as well as clusterin/CLU. In the off-state of the pathway, forms homooligomers or heterooligomers with LRP8. Upon binding to ligands, homooligomers are rearranged to higher order receptor clusters that transmit the extracellular RELN signal to intracellular signaling processes by binding to DAB1. This interaction results in phosphorylation of DAB1 leading to the ultimate cell responses required for the correct positioning of newly generated neurons. Later, mediates a stop signal for migrating neurons, preventing them from entering the marginal zone (By similarity) PMID 24381170 ↗ · PMID 30873003 ↗ |
| 功能 | 在微生物感染相關情境中，VLDLR 可作為 Semliki Forest virus 的受體。 | 含實驗來源 | |
| 功能 | 在微生物感染相關情境中，VLDLR 可作為 yellow fever virus 的受體。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | VLDLR 可形成同源寡聚體，並與 Reelin、LRP8、LDLRAP1、SNX17、DAB1、PCSK9 及 CLU 互作。它也與 PAF-AH (I) 異四聚體酵素催化複合體中的 PAFAH1B3、PAFAH1B2 互作，這些互作可能調節 Reelin 路徑。與 STX5 的互作則介導 VLDLR 從內質網轉位至細胞膜。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homooligomer. Binds to the extracellular matrix protein Reelin/RELN. Interacts with LRP8. Interacts with LDLRAP1 (By similarity). Interacts with SNX17 (By similarity). Interacts with DAB1. Interacts with PCSK9. Interacts with PAFAH1B3 and PAFAH1B2, the catalytic complex of (PAF-AH (I)) heterotetrameric enzyme; these interactions may modulate the Reelin pathway. Interacts with STX5; this interaction mediates VLDLR translocation from the endoplasmic reticulum to the plasma membrane. Interacts with CLU PMID 15064754 ↗ · PMID 17330141 ↗ · PMID 18039658 ↗ · PMID 23701949 ↗ · PMID 30873003 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，VLDLR 透過第二及第三個 LDL-receptor class A 結構域，與小組鼻病毒（HRVs）的 VP1 蛋白互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with protein VP1 of the minor-group human rhinoviruses (HRVs) through the second and third LDL-receptor class A domains PMID 12857919 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，VLDLR 透過 class A 重複序列與 Semliki Forest virus 的刺突醣蛋白 E1 結合；病毒蛋白的 DIII 區域參與此互作，而該結合介導病毒進入宿主細胞。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts (via class A repeats) with Semliki Forest virus spike glycoprotein E1 (via DIII); this interaction mediates viral entry into host cell PMID 37098345 ↗ · PMID 34929721 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，VLDLR 透過 class A 重複序列與 Eastern equine encephalitis virus 的刺突醣蛋白 E2 結合；E2-A 區域參與互作，且此結合介導病毒進入宿主細胞。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts (via class A repeats) with Eastern equine encephalitis virus spike glycoprotein E2 (via E2-A); this interaction mediates viral entry into host cell PMID 38176410 ↗ · PMID 39095394 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，VLDLR 與 yellow fever virus 的包膜蛋白 E 互作，並促進病毒進入細胞。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with yellow fever virus envelope protein E; this interaction facilitates virus entry PMID 41162706 ↗ |
| 細胞定位 | VLDLR 是單次穿膜的第一型膜蛋白，定位於細胞膜及網格蛋白包被小窩。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell membrane / Single-pass type I membrane protein; Membrane, clathrin-coated pit / Single-pass type I membrane protein PMID 23701949 ↗ · PMID 34929721 ↗ |
| 疾病關聯 | VLDLR 變異可造成小腦共濟失調、智力發展受損及平衡障礙症候群 1（CAMRQ1）。此病為體染色體隱性、先天且非進行性，表現可包括平衡障礙、延遲行走、智能障礙、小腦發育不全及輕度大腦腦回簡化；其他特徵有身材矮小、斜視、扁平足，癲癇則較少見。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cerebellar ataxia, impaired intellectual development, and dysequilibrium syndrome 1 CAMRQ1 An autosomal recessive, congenital, non-progressive cerebellar ataxia associated with disturbed equilibrium, delayed ambulation, intellectual disability, cerebellar hypoplasia and mild cerebral gyral simplification. Additional features include short stature, strabismus, pes planus and, rarely, seizures. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 224050 PMID 16080122 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ACCCCGCTCTCCGGCCGCCGCCGGTGCGGGTGCTCCGCTA40CCGGCTCCTCTCCGTTCTGTGCTCTCTTCTGCTCTCGGCT80CCCCACCCCCTCTCCCTTCCCTCCTCTCCCCTTGCCTCCC120CTCCTCTGCAGCGCCTGCATTATTTTCTGCCCGCAGGCTC160GGCTTGCACTGCTGCTGCAGCCCGGGGAGGTGGCTGGGTG200GGTGGGGAGGAGACTGTGCAAGTTGTAGGGGAGGGGGTGC240CCTCTTCTTCCCCGCTCCCTTCCCCCGCCAACTCCTTCCC280CTCCTTCTCCCCCTTTCCCCTCCCCGCCCCCACCTTCTTC320CTCCTTTCGGAAGGACTGGTAACTTGTCGTGCGGAGCGAA360CGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCACCATCCAGGCGGGC400ACCATGGGCACGTCCGCGCTCTGGGCGCTCTGGCTGCTGC440TCGCGCTGTGCTGGGCGCCCCGGGAGAGCGGCGCCACCGG480AACCGGGAGAAAAGCCAAATGTGAACCCTCCCAATTCCAG520TGCACAAATGGTCGCTGTATTACGCTGTTGTGGAAATGTG560ATGGGGATGAAGACTGTGTTGACGGCAGTGATGAAAAGAA600CTGTGTAAAGAAGACGTGTGCTGAATCTGACTTCGTGTGC640AACAATGGCCAGTGTGTTCCCAGCCGATGGAAGTGTGATG680GAGATCCTGACTGCGAAGATGGTTCAGATGAAAGCCCAGA720ACAGTGCCATATGAGAACATGCCGCATACATGAAATCAGC760TGTGGCGCCCATTCTACTCAGTGTATCCCAGTGTCCTGGA800GATGTGATGGTGAAAATGATTGTGACAGTGGAGAAGATGA840AGAAAACTGTGGCAATATAACATGTAGTCCCGACGAGTTC880ACCTGCTCCAGTGGCCGCTGCATCTCCAGGAACTTTGTAT920GCAATGGCCAGGATGACTGCAGCGATGGCAGTGATGAGCT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。