基因總覽
VIM 是蛋白質編碼基因，產物 vimentin 屬於中間絲家族，為 III 型中間絲，常見於多種非上皮細胞，尤其是間葉細胞。其蛋白質長 466 個胺基酸，由 N 端 Head、中央 IF rod 與 C 端 Tail 等區域組成；rod 區內另分為 Coil 1A、Coil 1B、Coil 2，並由 Linker 1 和 Linker 12 區隔。蛋白質可由基本二聚體組裝成同源結構。這些結構特徵構成 vimentin 作為細胞骨架中間絲成分的基礎。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000544301 ★ | 17,228,241–17,237,593 | 10 |
| ENST00001141527 | 17,228,241–17,237,594 | 10 |
| ENST00000881961 | 17,228,315–17,237,594 | 9 |
| ENST00000881962 | 17,228,315–17,237,594 | 9 |
| ENST00000881963 | 17,228,315–17,237,594 | 8 |
| ENST00000946784 | 17,228,315–17,237,594 | 10 |
| ENST00000946785 | 17,228,315–17,237,594 | 9 |
| ENST00000946786 | 17,228,315–17,237,594 | 7 |
| ENST00001031282 | 17,228,315–17,237,593 | 9 |
| ENST00001124066 | 17,228,315–17,237,594 | 8 |
| ENST00001124067 | 17,228,315–17,237,594 | 7 |
| ENST00000478746 | 17,228,515–17,229,870 | 2 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Vimentin 是非上皮細胞中常見的中間絲成分，特別出現在間葉細胞。它可與細胞核、內質網及粒線體側向或末端相連。依相似性推定，vimentin 參與細胞定向移動與方向建立，也與細胞片層的組織排列，以及細胞遷移前緣 Golgi complex 的極化有關；這些角色將其細胞骨架位置與細胞移動時的空間組織連結起來。
Vimentin 也與 SCRIB 有關。依相似性推定，它可保護 SCRIB 免於蛋白酶體降解，並以細胞接觸為條件，促進 SCRIB 定位至中間絲。這項關係會隨細胞接觸狀態而變化；來源指出，SCRIB 與 vimentin 的互作在細胞接觸抑制時減弱。
在神經相關情境中，依相似性推定，DSP 可協助招募 vimentin 至軸突生長尖端，vimentin 可能因此促進軸突生長及運動神經纖維修復。另有資料指出，VIM 與 LARP6 共同參與穩定 CO1A1 與 CO1A2 的 I 型膠原蛋白 mRNA；此功能涉及特定 mRNA 的穩定，而非僅限於中間絲的結構角色。
Promoter 與基因調控
>VIM ENST00000544301 GRCh38 chr10:17227241-17228341 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGTGAAAGAGAGAATAAAAGAAAGCCCCAGCAGGCGAGCTGGGCAGTAGAGAGTCCTGTAATTCCACCTT GGCAAGCACCATTTGCAAGAACGAACTGGGATAAGGTAAACAAAATATTGCCTAAAAGAGGCTTGTCCAA AGAAGTCAGAATACGCTCTTCATTTACCTCTAAATTATGTTTCTTAAATACCAAGTAACCTGCAGTACCC CCTGCCGCCACCAAAAAAAAAGAGAGAAATACTTTTTTTTCTCCTATCCACTGCAGAATCAATTTTACAG TGGTTCTGCAGTTAATCCTTTCAGTACACCATAAATCTAAATACTCAAAAAAACCTGTGCCTTTTCAATT GCTACTAAATCACGAGAAGACTGATTTACATAGTCTCCTTTTATCTCCCTTGGCGGGTAAGTACTCAGCT CTGCTCGTTACTAATATTGAAACAACAGCCCTTGAATTGAGTGATTTCCCTAGAAAGGTTAAGGTGACCG AATCTGAACACTCCCTCCATGTCTTGGACACGAAGTTTTTTGCTGCGTAGACAGTTTTATCCCCCTCACC CCAAGGTCAATTGCACGAATTCTTTTGGAAAACAGGACCTATGGCATTTCCCAGACAAATCACCGTGAAC CCTGTACTGTGCATTGCTGTCCTAAAATTAACACATAAATCTATTGCCGCCAAAGATTCTGTCATTTGTG TTACATAATTGCCTTTCATTTGAACTCATTAATCAAATTGGGGTTTTTAAGCAACACCTAATTAATTCTT TAACTGGCTCATATTATACCTTTAATGACTTCCACCAGGGTAAAAACCACTGATCACTGAGTTCTATTTT GAAACTACGGACGTCGAGTTTCCTCTTTCACCCAGAATTTTCAGATCTTGTTTAAAAAGTTGGGTGTGGT TTCATGGGGGGAGGGGGAAGAGCGAGAGGAGACCAGAGGGACGGGGGCGGGGACTCTGCAAGAAAAACCT TCCCGGTGCAATCGTGATCTGGGAGGCCCACGTATGGCGCCTCTCCAAAGGCTGCAGAAGTTTCTTGCTA ACAAAAAGTCCGCACATTCGAGCAAAGACAGGCTTTAGCGAGTTATTAAAA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VIM_1 ↗ | 10:17,229,278 | 正股 | 17,229,229–17,229,288 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR10_98SLP · promoter · 17226888–17227388 · regulatory
ENSR10_563DXP · CTCF_binding_site · 17227442–17227463 · regulatory
ENSR10_98SLX · promoter · 17227751–17228251 · regulatory
ENSR10_98SM8 · promoter · 17228788–17229288 · regulatory
ENSR10_98SML · promoter · 17230019–17230519 · regulatory
ENSR10_8HNC2 · enhancer · 17231520–17231741 · regulatory
ENSR10_B5FC5 · enhancer · 17232259–17232900 · regulatory
· motif · 17225962–17225975 · motif
· motif · 17227444–17227460 · motif
· motif · 17227624–17227638 · motif
· motif · 17227639–17227650 · motif
· motif · 17227801–17227813 · motif
· motif · 17227913–17227924 · motif
· motif · 17228144–17228152 · motif
· motif · 17228373–17228388 · motif
· motif · 17228525–17228533 · motif
· motif · 17228897–17228912 · motif
· motif · 17229597–17229613 · motif
· motif · 17229917–17229934 · motif
· motif · 17230061–17230074 · motif
· motif · 17230061–17230074 · motif
· motif · 17230073–17230086 · motif
· motif · 17230399–17230412 · motif
· motif · 17230399–17230412 · motif
· motif · 17230407–17230417 · motif
· motif · 17230583–17230593 · motif
· motif · 17230595–17230605 · motif
· motif · 17230605–17230613 · motif
· motif · 17230788–17230810 · motif
· motif · 17230788–17230810 · motif
· motif · 17231682–17231697 · motif
· motif · 17232319–17232330 · motif
· motif · 17232439–17232453 · motif
· motif · 17232439–17232453 · motif
· motif · 17232446–17232457 · motif
· motif · 17232557–17232565 · motif
VIM 表現會受到 muramyl-dipeptide 與 lipopolysaccharide 上調。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：466 aa
vimentin 長 466 個胺基酸，屬於中間絲家族。中央 IF rod 區位於第 103–411 個胺基酸，包含 Coil 1A、Coil 1B 與 Coil 2，並由兩段 linker 區隔；N 端包含 Head，C 端為 Tail。第 1–32 個胺基酸區段註記為無序區，另有一個位於第 326–329 個胺基酸的 [IL]-x-C-x-x-[DE] motif。
蛋白質三維結構
PDB · 8RVE
EM · 7.20 A · 0/1/2/3/4/5/6/7/8/9/A/AA/AB/AC/AD/AE/AF/AG/AH/AI/AJ/AK/AL/AM/AN/AO/AP/B/C/D=1-466
查看原始結構紀錄 ↗實驗模型；依序列位置著色，可能只覆蓋局部區域。
細胞內定位
資料記載 vimentin 位於細胞質及其細胞骨架、細胞核基質、細胞膜與軸突突起；另指出它可與細胞核、內質網及粒線體側向或末端相連。 軸突尖端的募集則是在可能參與軸突生長的情境中提出，依相似性推定。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cell projection, axon。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 100 個夥伴
- ACE2Q9BYF1 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ADALQ6DHV7-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AGGF1Q8N302-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AK2P54819 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AKT1P31749 · UniProt INTERACTION · 29 experiments
- AKT2P31751 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- ARMC7Q9H6L4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ASCL4Q6XD76 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATXN10Q9UBB4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BCAS3Q9H6U6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BECN1Q14457 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BLKP51451 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BYSLQ13895 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- C1orf216Q8TAB5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CAMK2AQ9UQM7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CBX8Q9HC52 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC120Q96HB5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CIAO2BQ9Y3D0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CREB1P16220 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- CRMP1Q14194 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CT55Q8WUE5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CWF19L2Q2TBE0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DESP17661 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- DXOO77932 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ESRP1Q6NXG1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
Vimentin 可由基本二聚體組成同源結構，並被辨識於包含多種細胞骨架相關蛋白的複合體中。已記載的互作包括 PLEC、LARP6、TOR1A、DIAPH1、SCRIB 等；其中 SRMS 互作會導致 VIM 磷酸化，vimentin 與 LARP6 則共同參與特定膠原蛋白 mRNA 的穩定。另有至少含 DSP、JUP、VIM 與 CDH2 的複合體，在再生中的運動神經元受壓傷後含量增加，可能促進軸突生長及運動神經纖維修復。感染情境下，vimentin 也與 HCV core protein 及 Chandipura virus glycoprotein 互作；後者可能促進病毒與細胞結合。
疾病與遺傳關聯
VIM 變異與多種類型的白內障 30（CTRCT30）相關。此疾病涉及眼睛晶狀體混濁，可能造成視覺受損或失明；混濁的形態各異，可局限於晶狀體部分區域，病程可能穩定或進展。資料將疾病歸因於影響 VIM 的變異。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 8 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | Vimentin 是常見於非上皮細胞、尤其間葉細胞的 III 型中間絲，可與細胞核、內質網及粒線體相連。依相似性推定，它參與細胞定向移動、方向與細胞片層組織，以及遷移前緣 Golgi complex 極化；也可能保護 SCRIB 並促進其定位至中間絲，且與細胞接觸有關。它還可能經 DSP 招募至生長尖端，促進軸突生長及運動神經纖維修復。 | 推論支持 | 證據與來源Vimentins are class-III intermediate filaments found in various non-epithelial cells, especially mesenchymal cells. Vimentin is attached to the nucleus, endoplasmic reticulum, and mitochondria, either laterally or terminally. Plays a role in cell directional movement, orientation, cell sheet organization and Golgi complex polarization at the cell migration front (By similarity). Protects SCRIB from proteasomal degradation and facilitates its localization to intermediate filaments in a cell contact-mediated manner (By similarity). May promote axon outgrowth and motor fiber repair via DSP-mediated recruitment to outgrowth tips (By similarity) |
| 功能 | Vimentin 與 LARP6 共同參與穩定 CO1A1 與 CO1A2 的 I 型膠原蛋白 mRNA。 | 含實驗來源 | 證據與來源Involved with LARP6 in the stabilization of type I collagen mRNAs for CO1A1 and CO1A2 PMID 21746880 ↗ |
| 交互作用 | Vimentin 可由基本二聚體組成同源結構，亦出現在多種蛋白複合體中，並與 PLEC、LARP6、TOR1A、SRMS、SCRIB 等蛋白互作。SRMS 互作會導致 VIM 磷酸化；SCRIB 互作可保護 SCRIB 並促進其定位至中間絲，且在細胞接觸抑制時減弱。含 DSP、JUP、VIM、CDH2 的複合體在運動神經元受壓傷後增加，可能參與軸突生長與運動神經纖維修復。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homomer assembled from elementary dimers. Identified in complexes that contain VIM, EZR, AHNAK, BFSP1, BFSP2, ANK2, PLEC, PRX and spectrin (By similarity). Identified in a complex containing at least DSP, JUP, VIM and CDH2; the complex is more abundant following crush injury in regenerating motor neurons and may promote axon outgrowth and motor fiber repair (By similarity). Interacts with BCAS3. Interacts with LGSN (By similarity). Interacts with SYNM (By similarity). Interacts (via rod region) with PLEC (via CH 1 domain) (By similarity). Interacts with PLEC isoform 1C. Interacts with STK33. Interacts with LARP6. Interacts with RAB8B (By similarity). Interacts with TOR1A; the interaction associates TOR1A with the cytoskeleton. Interacts with TOR1AIP1. Interacts with DIAPH1. Interacts with EPPK1; interaction is dependent of higher-order structure of intermediate filament. Interacts with the non-receptor tyrosine kinase SRMS; the interaction leads to phosphorylation of VIM. Interacts with NOD2. Interacts (via head region) with CORO1C (By similarity). Interacts with HDGF (isoform 2). Interacts with PRKCE (via phorbol-ester/DAG-type 2 domain). Interacts with BFSP2 (By similarity). Interacts with PPL (By similarity). Interacts (via rod domain) with PKP1. Interacts with PKP2. Interacts with SCRIB (via PDZ domains); the interaction protects SCRIB from proteasomal degradation and facilitates SCRIB localization to intermediate filaments, the interaction is reduced by cell contact inhibition PMID 10852826 ↗ · PMID 16361107 ↗ · PMID 16923132 ↗ · PMID 17505058 ↗ · PMID 18408015 ↗ · PMID 18811945 ↗ · PMID 18827015 ↗ · PMID 19386766 ↗ · PMID 20176112 ↗ · PMID 21746880 ↗ · PMID 23325789 ↗ · PMID 24940650 ↗ · PMID 26845719 ↗ · PMID 27812135 ↗ · PMID 29496907 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下，vimentin 與 HCV core protein 互作。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下，vimentin 與 Chandipura virus glycoprotein 互作；此互作可能促進病毒與細胞結合。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with Chandipura virus glycoprotein; this interaction might facilitate the binding of the virus to the cells PMID 32418904 ↗ |
| 細胞定位 | Vimentin 被記載於細胞質、細胞質細胞骨架、細胞核基質、細胞膜及軸突突起。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Cytoplasm, cytoskeleton; Nucleus matrix; Cell membrane; Cell projection, axon PMID 19386766 ↗ · PMID 21465480 ↗ · PMID 29496907 ↗ · PMID 18408015 ↗ |
| 調控 | muramyl-dipeptide 與 lipopolysaccharide 會上調 VIM。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 影響 VIM 的變異與多種類型的白內障 30（CTRCT30）相關。疾病表現為眼睛晶狀體混濁，可造成視覺受損或失明；混濁形態不一，可局限於部分晶狀體，並可能維持穩定或持續進展。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cataract 30, multiple types CTRCT30 An opacification of the crystalline lens of the eye that frequently results in visual impairment or blindness. Opacities vary in morphology, are often confined to a portion of the lens, and may be static or progressive. In general, the more posteriorly located and dense an opacity, the greater the impact on visual function. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 116300 PMID 19126778 ↗ · PMID 26694549 ↗ · PMID 28450710 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GGGAGGCCCACGTATGGCGCCTCTCCAAAGGCTGCAGAAG40TTTCTTGCTAACAAAAAGTCCGCACATTCGAGCAAAGACA80GGCTTTAGCGAGTTATTAAAAACTTAGGGGCGCTCTTGTC120CCCCACAGGGCCCGACCGCACACAGCAAGGCGATGGCCCA160GCTGTAAGTTGGTAGCACTGAGAACTAGCAGCGCGCGCGG200AGCCCGCTGAGACTTGAATCAATCTGGTCTAACGGTTTCC240CCTAAACCGCTAGGAGCCCTCAATCGGCGGGACAGCAGGG280CGCGTCCTCTGCCACTCTCGCTCCGAGGTCCCCGCGCCAG320AGACGCAGCCGCGCTCCCACCACCCACACCCACCGCGCCC360TCGTTCGCCTCTTCTCCGGGAGCCAGTCCGCGCCACCGCC400GCCGCCCAGGCCATCGCCACCCTCCGCAGCCATGTCCACC440AGGTCCGTGTCCTCGTCCTCCTACCGCAGGATGTTCGGCG480GCCCGGGCACCGCGAGCCGGCCGAGCTCCAGCCGGAGCTA520CGTGACTACGTCCACCCGCACCTACAGCCTGGGCAGCGCG560CTGCGCCCCAGCACCAGCCGCAGCCTCTACGCCTCGTCCC600CGGGCGGCGTGTATGCCACGCGCTCCTCTGCCGTGCGCCT640GCGGAGCAGCGTGCCCGGGGTGCGGCTCCTGCAGGACTCG680GTGGACTTCTCGCTGGCCGACGCCATCAACACCGAGTTCA720AGAACACCCGCACCAACGAGAAGGTGGAGCTGCAGGAGCT760GAATGACCGCTTCGCCAACTACATCGACAAGGTGCGCTTC800CTGGAGCAGCAGAATAAGATCCTGCTGGCCGAGCTCGAGC840AGCTCAAGGGCCAAGGCAAGTCGCGCCTGGGGGACCTCTA880CGAGGAGGAGATGCGGGAGCTGCGCCGGCAGGTGGACCAG920CTAACCAACGACAAAGCCCGCGTCGAGGTGGAGCGCGACA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。