基因總覽
VENTX(VENT homeobox)是由蛋白質編碼基因產生的蛋白質,屬於帶有 Homeobox 的 homeobox 蛋白。其蛋白質序列長 258 個胺基酸,包含與 DNA 結合相關的 Homeobox 區域;此外,序列兩端也有被註解為無序的區段。這些特徵構成 VENTX 的基本分子輪廓。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000325980 ★ | 133,237,855–133,241,928 | 3 |
| ENST00000928836 | 133,235,769–133,241,929 | 4 |
| ENST00000949222 | 133,237,385–133,241,929 | 3 |
| ENST00001137345 | 133,237,385–133,241,929 | 3 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
VENTX 的功能註解指出,它可能參與腹側化。這項描述具有推測性,表示目前資料支持的是可能的參與關係,並未進一步界定其作用方式或確認其在此過程中的具體角色。
現有功能資料沒有說明 VENTX 如何影響腹側化,也未提供相關的分子機制、作用對象或實驗條件。因此,對其生物學功能的解讀應限於「可能參與腹側化」,不能據此推定特定調控途徑或更廣泛的功能。
Promoter 與基因調控
>VENTX ENST00000325980 GRCh38 chr10:133236855-133237955 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTACCCTCGGCATGGCTGCCTCCCACCCGGTCACGTCGGTCCCCGCGCCCCACGCCGACGCGCAGGCGAC CCGGGGACGCGGAGACGCAGACAGCTCGGGACTCAGGTTCGTGGGAGCAGCGGCCGCGCGTGGCTATGAC CGTCCCGGGGGCCCGTGCTCAGGGCGTCCCCGTGAGGTTTGGGCGCCACAGTCACCGGCGGCTCTGCCCG CGCCCTGGCCACAGTGGGGACAGCCTGGCTTGGCGGGGACGCACCAGTCCCGCCGCCGACGCGGAGTTCC TACCCCGCCGTGCGAGGCAGTGGCTCCGGCCCTTCCAGCTCGGGATGGAGTCAGGGAGCCGCCCGCGCCC GAATGCAGAGGCTCCTGCGATGGCCCCGGAGTGAGTCCCCCAGAGGAGCCGGATTAGGGCTGGAGGCGGC CGAGTCCCCCGAGAGGCCCCTCCCGACATTCCCGCCCCCGCGCGCCGCTCCCCGGGTCCTCCGCGTCTCT TTCCCGGGAAAGCCTCCCTCGGTTCCTGCGCGGCCGCACAGCCTGGACGCAGCGCACGCGGGCACCGGCC TGACTCTCCCACCCCGAAGCCTGCTCCCAACCTAAGTCCGCCCTGACTCTCCCAGCCTGAAGCCTGCTCG CCCTCGGGTGTCCGGGCTGGGCACAGGCGCCAGCGTCCCCCTGGAGAGGAGAGGTCGCCCGGCACCTCCC AGGACAGGCCCAAGTGGGAGTGGGACCCTCCTACCTTCCTGCAGCCTCGGCCCGCGGGGTGGGGGGTTGG GAGAGATGAAAGGAGGTGACCGATCCCGAACCATCGCCTCTCCATTAACCAGGGCCCGCAGCCCCGCCCC TCCCCCAGACATCGAGGAGCCGGGGAGGTGTGAACGGCCTCCTTTGTGCCTCTGAATCGAAGGCAATTAG GCGCTGCTTATCTGGGCATTAGCCGTGTATGCAAACCGGGCTCCCGCCCCCTCCTCCTGGGCTTATAAAC GCCGCCGCCTGGCGAGGCCCGAGGTGGATCCTGCGCCTGGCCAGCCCCGCCTGGCCTTCCCTCCGGCCCA CCTGGCCGCCATGCGCCTCTCCTCCTCCCCACCTCGTGGCCCGCAGCAGCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VENTX_1 ↗ | 10:133,237,855 | 正股 | 133,237,806–133,237,865 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR10_93XTSX · enhancer · 133235302–133235654 · regulatory
ENSR10_93XTT4 · enhancer · 133235779–133236288 · regulatory
ENSR10_93XTTJ · promoter · 133237365–133237865 · regulatory
ENSR10_BZFXS · enhancer · 133241149–133242002 · regulatory
· motif · 133237903–133237919 · motif
· motif · 133237903–133237919 · motif
· motif · 133240932–133240945 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:258 aa
VENTX 蛋白質長 258 個胺基酸。第 91 至 150 位胺基酸為與 DNA 結合相關的 Homeobox 區域。第 1 至 93 位及第 227 至 248 位胺基酸則分別被註解為無序區段。
蛋白質三維結構
細胞內定位
VENTX 的定位註解為細胞核;來源未提供定位變化的條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 80 個夥伴
- ABHD11Q8NFV4-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ACTMAPQ5BKX5-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ADAMTSL4Q6UY14-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARID5AQ03989 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- ARSAP15289 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BATF2Q8N1L9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BHLHE40O14503 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- C10orf55Q5SWW7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- C1orf94Q6P1W5 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- C6orf15Q6UXA7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CEACAM6P40199 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CERCAMQ5T4B2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CES1P23141-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CFPP27918 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- CREMQ03060-25 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CSN3P07498 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CTAG1BP78358 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- CYSRT1A8MQ03 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DAB1O75553 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- DAZAP2Q15038 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM168BA1KXE4-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM86C1PQ9NVL1-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GLIS2Q9BZE0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HOXC8P31273 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- INTS11Q5TA45 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GAGGTGGATCCTGCGCCTGGCCAGCCCCGCCTGGCCTTCC40CTCCGGCCCACCTGGCCGCCATGCGCCTCTCCTCCTCCCC80ACCTCGTGGCCCGCAGCAGCTCTCCAGCTTTGGCTCCGTG120GACTGGCTCTCCCAGAGCAGCTGCTCAGGGCCGACCCACA160CCCCCAGGCCTGCCGACTTCTCCCTGGGGAGCCTCCCTGG200CCCAGGCCAGACATCCGGCGCCCGGGAGCCCCCTCAGGCC240GTCAGCATCAAGGAGGCCGCCGGGTCCTCAAATCTGCCTG280CGCCGGAGAGGACCATGGCCGGGTTGAGTAAGGAGCCAAA320TACCTTGCGGGCCCCCCGTGTCCGCACAGCCTTCACCATG360GAGCAGGTCCGCACCTTGGAGGGCGTCTTCCAGCACCACC400AGTACCTGAGCCCTCTGGAGCGGAAGAGGCTGGCCAGGGA440GATGCAGCTCTCAGAGGTCCAGATAAAAACCTGGTTTCAG480AATCGCCGCATGAAACACAAACGGCAAATGCAGGACCCCC520AGCTGCACAGCCCCTTCTCGGGGTCTCTCCATGCGCCCCC560AGCTTTCTACTCAACGTCTTCTGGCCTTGCCAATGGCCTG600CAGCTGCTGTGCCCTTGGGCACCCCTGTCCGGGCCCCAGG640CTCTGATGCTGCCCCCTGGCTCCTTCTGGGGTCTCTGCCA680AGTGGCACAAGAGGCCCTGGCATCTGCGGGAGCTTCCTGC720TGCGGGCAGCCTCTGGCGTCCCACCCCCCTACCCCAGGCC760GGCCTTCGCTGGGACCAGCCCTGTCCACGGGGCCCCGGGG800CCTGTGTGCTATGCCACAGACGGGGGATGCATTTTGAGGA840GGCACCTCTGACTCCCACACTCGCGGTCTTGCTGATCGCA880CCTGGCTCCTACCTGGAGGACTCAGTTGTTCTGTTTACAT920CCTGGTGGCACCTCTCACCCTGACCCACACAAAGGTTCTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。