演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

VCYBPY1

variable charge Y-linked

VCY(variable charge Y-linked)是位於 Y 染色體的蛋白質編碼基因;其產物可能參與精子發生,或與性別比例偏移有關。

Homo sapiensYq11.221UniProt O14598
OFFICIAL SYMBOL
VCY
CHROMOSOME
Y
UNIPROT
O14598
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

VCY(variable charge Y-linked)是位於 Y 染色體的蛋白質編碼基因,屬於 VCX/VCY family。現有資料指出,其蛋白質產物可能與精子發生或性別比例偏移相關,但尚未確定具體作用。蛋白質序列長 125 個胺基酸;所提供的序列註解將全長區域標示為無序區。

Official symbol
VCY
Gene name
variable charge Y-linked
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:12668
UniProt
O14598
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
BPY1VCY1AVCY1

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome YYq11.221
chrY · 57,227,415 bp · GRCh38chrYp11.32 · 1–300000 · gnegchrYp11.31 · 300001–600000 · gpos50chrYp11.2 · 600001–10300000 · gnegchrYp11.1 · 10300001–10400000 · acenchrYq11.1 · 10400001–10600000 · acenchrYq11.21 · 10600001–12400000 · gnegchrYq11.221 · 12400001–17100000 · gpos50chrYq11.222 · 17100001–19600000 · gnegchrYq11.223 · 19600001–23800000 · gpos50chrYq11.23 · 23800001–26600000 · gnegchrYq12 · 26600001–57227415 · gvarVCYpq1 bp57,227,415 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chrY:13,985,772–13,986,473
Gene span
702 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000250825 ★13,985,772–13,986,4732

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

現有資料對 VCY 的生物學功能提出兩種可能性:其產物可能介導精子發生中的某個過程,也可能在性別比例偏移中發揮作用。這些描述均屬可能性,資料未指出其介導的具體過程、作用方式或性別比例偏移的方向,也未說明兩者是否相關。因此,目前不能據此確定 VCY 在上述生物學現象中的確切角色。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 13986473 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>VCY ENST00000250825 GRCh38 chrY:13986373-13987473 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CCCAAACCATAGCGTGCCTTTTCATTGTGTTGATTGTTGGCTGTGCAGAAACTTTTAGTTTCCAGGATGC
TCACTTGCCCTATACATTTCAGCTGCCTAGACCCCCACATTGTGTGAATGTGTGAGCCAATTGTTTAGAA
TAAACTGTATCTCATATATAATATTATTCATAAATAAATACTACATGGTAGTAAATACATATTTATGATA
TATAATATTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGTATCCTGTTTG
GTTTAGTTTCTCCTTCTCTGAGGAACCCAGCCCGATACAGATACCCAGCTGAGCTAGTGTGTTTGCTAAT
CTTGACCTCTGGAAGCCAGTGCTTTAAACCATGAGAATGAAAAATTGTGAGGCACTATGTGGATGCTGGG
AGAAGCATGTGAGATGGAAAAGTTGTTCCATGGCAGCCAAGAAGTGAATGATCCTCAAGGTGTAGCAGAG
GAATTTGTAGGAGAGAGGGATGACTGACGTCTTCGTACAGCCCTCCATCCATCCCAGTTAGCATGGAGGG
ATTTTAGGTAGGACATACAGAAACTGGGTAATGATGGTAGTTGTGGAGGAACAGAATGTACCACTGAATG
GGGGTTCCGGGGGAAACATGTGGGGGAAATATCCTCCCTTGCCACATGATCTGCCAAAACTGAACATGGG
GAGTTTAGGAGGGGCGACATGTCAGTTTGGGAACTATCTTTAGGGGTGCTAACCCAAATCTCCCTTTCTC
CAACTAGAGCACCCTGCCTTCCTCATTAGATGTCACCGCCCCCCCCCCCCGCCCCCGACTTCATCCGCCA
TGTCCTGATGGTGCTTTATGACGTATAAGGCCTTCCTTCCCACCCAGGGCTACCATTGGCTGGGTAGTGG
AGTGTTGACCAATCACAGCTCAGGGGCGTGATCGTCTCGTCCTGGGATCGCGAGAGGGGTATACACAGGG
AGGCCAGGCAGCCTGGAGTTAGTCGACCGTTGCGAGACGTTGAGCTGCGGCAGATGAGTCCAAAGCCGAG
AGCCTCGGGACCTCCGGCCAAGGCCAAGGAGACAGGAAAGAGGAAGTCCTC
VCY 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:125 aa

1 aa125 aa功能區域
依 O14598 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

VCY 蛋白長 125 個胺基酸,屬於 VCX/VCY family。序列註解將第 1 至第 125 位標示為無序區,涵蓋全長蛋白。

功能區域Disordered1–125 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · O14598…

AlphaFold · O14598

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 1 個夥伴 · 最多顯示 50 個
BPY1VCYSH3GL3
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能VCY 可能介導精子發生中的某個過程,也可能在性別比例偏移中發揮作用;資料未進一步指出具體過程或作用方式,兩種可能性的確切關係亦未說明。資料庫紀錄
證據與來源

May mediate a process in spermatogenesis or may play a role in sex ratio distortion

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000250825 · 510 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGTCGACCGTTGCGAGACGTTGAGCTGCGGCAGATGAGTC40
41CAAAGCCGAGAGCCTCGGGACCTCCGGCCAAGGCCAAGGA80
81GACAGGAAAGAGGAAGTCCTCCTCTCAGCCGAGCCCCAGT120
121GGCCCGAAGAAGAAGACTACCAAGGTGGCCGAGAAGGGAG160
161AAGCAGTTCGTGGAGGGAGACGCGGGAAGAAAGGGGCTGC200
201GACAAAGATGGCGGCCGTGACGGCACCTGAGGCGGAGAGC240
241GGGCCAGCGGCACCCGGCCCCAGCGACCAGCCCAGCCAGG280
281AGCTCCCTCAGCACGAGCTGCCGCCGGAGGAGCCAGTGAG320
321CGAGGGGACCCAGCACGACCCCCTGAGTCAGGAGAGCGAG360
361CTGGAGGAACCACTGAGTAAGGGGCGCCCATCTACTCCCC400
401TATCTCCCTGAGCAGCAACTAAGTTTAGGCCCAGCTGCCA440
441GACCTCAGAGATCTCACCAGCAGGGTGCTTCCCATGTTGA480
481TGACAATAAAATGAATGTGTTGCAAACCGA510

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。