基因總覽
VCX(variable charge X-linked)是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因,產物屬於 VCX/VCY 家族。其蛋白質長 206 個胺基酸,整段序列皆註解為無序區域。蛋白質的第 104 至 203 個胺基酸包含十個串聯重複單元,序列模式為 L-S-Q-E-S-[EQ]-V-E-E-P;這些重複單元各長十個胺基酸。現有資料將其生物學角色描述為可能與精子發生過程相關,或可能參與性別比例偏移,但未提供確切機制。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000688183 ★ | 7,843,171–7,844,143 | 2 |
| ENST00000381059 | 7,842,262–7,844,143 | 3 |
| ENST00000341408 | 7,843,088–7,844,113 | 3 |
| ENST00000692567 | 7,843,088–7,844,102 | 3 |
| ENST00000620630 | 7,843,088–7,844,143 | 3 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
VCX 的可能生物學作用與生殖相關。現有註解指出,它可能介導精子發生中的某項過程,也可能在性別比例偏移中發揮作用;兩種可能性均以推測方式提出,資料未說明涉及哪一個精子發生階段,也未指出性別比例如何改變。
目前提供的資訊沒有描述 VCX 如何介導相關過程,也未交代其作用對象、調控方式或其他分子機制。因此,這些註解只能支持其可能與精子發生或性別比例偏移有關,不能據此判定它確切促進或抑制哪一項生殖事件,亦不能將可能的關聯解讀為已確認的因果作用。
Promoter 與基因調控
>VCX ENST00000688183 GRCh38 chrX:7842171-7843271 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TACAAATACCCAGCTGAGCGAGTGTCTTTGCTGATCTTCACCGCCTGAAGCCAGTGCTTTAAACCATGAG AATGAAACATTGAGGGGCACTATGTGGACACTGGGAGAAGGAAGTGAGATGGAAAAGTTCTTTGATTGCA TCCAAGAAGTGAATGGTCCTCAAGGTGCAGCAGAGGAATTTGTAGGAGAGAGGGATGATTGATTGACGGC TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGCAGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCTTGAGTGCAATGGCGCT ATATTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCCAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTG GGATTATGGGCATGCGCCACCATGCCTGACTAATTTTGTATTTTTCGTAGAGATGGGTTTTCTCCATGTA GGTCAGGCTGGTCTCAAACTGCCGACCTCAGGTGATCCAGCCACCTTGGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTA CAAGCGTGAGCCACTGTGCCTGGTCAACTGACGTCTTCATATAGCCCTCCGTCTATCCCAGTTAGCATGG AGGGATTTTAGGTAGGTCATACAGAAACCGGGTAATGATGGCAGGTGTGGAGGAACAGAATGTACCACTG AATGGGAGGTCCGGGGGAAACATGTGGCGGAAATATCCTCCCGTGCCACGTGATCTGCCAAAATTGAACA CGGGGAGTTTAGGAGGGGTGACATGTCAGTTTGGGAACTATCTTTAGGGGTGCTAACCCAAATCTCCCTT TCTCCAATTAGAGCACCCTGCCTTCCTCATTAGATGTCACCCCCCCCCCCGCCCCCGACTTCATCCGCCA TGTCCTGATGGTGCTTTGTGACGTATAAGGCCTTCCTTCCCGCCCAGGGCGACCATTGGCTGGGTAGTGG AGTGTTGACCAATCACAGCTCAGGGGCGTGATTGTCTCGTCCTGGGATCGCGAGAGGGGTATATACAGGG AGGCCAGGCAGCCTGGAGTTAGCCGACCGTTGCGAGACGTTGAGCTGCGGAAGATGAGTCCAAAGCCGAG AGCCTCGGGACCTCCGGCCAAGGCCACGGAGGCAGGAAAGAGGAAGTCCTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VCX_1 ↗ | X:7,843,171 | 正股 | 7,843,122–7,843,181 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
· motif · 7844664–7844673 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:206 aa
VCX 蛋白質長 206 個胺基酸,所提供的序列註解將全長標示為無序區域。第 104 至 203 個胺基酸由十個相鄰的十胺基酸重複單元構成,其模式為 L-S-Q-E-S-[EQ]-V-E-E-P。VCX 屬於 VCX/VCY 家族。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | VCX 可能介導精子發生中的某項過程,也可能在性別比例偏移中發揮作用。這兩項描述均為可能性,來源沒有指出具體的精子發生階段、性別比例變化方向或作用機制。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
AGCCGACCGTTGCGAGACGTTGAGCTGCGGAAGATGAGTC40CAAAGCCGAGAGCCTCGGGACCTCCGGCCAAGGCCACGGA80GGCAGGAAAGAGGAAGTCCTCCTCTCAGCCGAGCCCCAGT120GACCCGAAGAAGAAGACTACCAAGGTGGCCAAGAAGGGAA160AAGCAGTTCGTAGAGGGAGACGCGGGAAGAAAGGGGCTGC200GACAAAGATGGCGGCCGTGACGGCACCTGAGGCGGAGAGC240GCGCCAGCGGCACCCGGCCCCAGCGACCAGCCCAGCCAGG280AGCTCCCTCAGCACGAGCTGCCGCCGGAGGAGCCAGTGAG320CGAGGGGACCCAGCACGACCCCCTGAGTCAGGAGGCCGAG360CTGGAGGAACCACTGAGTCAGGAGAGCGAGGTGGAAGAAC400CACTGAGTCAGGAGAGCCAGGTGGAGGAACCACTGAGTCA440GGAGAGCGAGGTGGAAGAACCACTGAGTCAGGAGAGCCAG480GTGGAGGAACCACTGAGTCAGGAGAGCGAGGTGGAGGAAC520CACTGAGTCAGGAGAGCCAGGTGGAGGAACCACTGAGTCA560GGAGAGCGAGATGGAAGAACCACTGAGTCAGGAGAGCCAG600GTGGAGGAACCACCGAGTCAGGAGAGCGAGATGGAAGAAC640TACCGAGTGTGTAGACGGCCAAGTACTCCCCTATCTCCGA680GAGCAGCGACTAAGTTCAGGCCCAGCCGCCAGACCTCAGA720GATCTCACCAGCGGGGTGCTTGCCATTCTGAAGATAATAA760AATGAATGTGTTGCAAATTGA781cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。