演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

VCXVCX1

variable charge X-linked

VCX 是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因,產物屬於 VCX/VCY 家族;其可能參與精子發生,或與性別比例偏移有關。

Homo sapiensXp22.31UniProt Q9H320
OFFICIAL SYMBOL
VCX
CHROMOSOME
X
UNIPROT
Q9H320
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

VCX(variable charge X-linked)是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因,產物屬於 VCX/VCY 家族。其蛋白質長 206 個胺基酸,整段序列皆註解為無序區域。蛋白質的第 104 至 203 個胺基酸包含十個串聯重複單元,序列模式為 L-S-Q-E-S-[EQ]-V-E-E-P;這些重複單元各長十個胺基酸。現有資料將其生物學角色描述為可能與精子發生過程相關,或可能參與性別比例偏移,但未提供確切機制。

Official symbol
VCX
Gene name
variable charge X-linked
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:12667
UniProt
Q9H320
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
VCX1VCX10RVCX-10rVCX-B1

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome XXp22.31
chrX · 156,040,895 bp · GRCh38chrXp22.33 · 1–4400000 · gnegchrXp22.32 · 4400001–6100000 · gpos50chrXp22.31 · 6100001–9600000 · gnegchrXp22.2 · 9600001–17400000 · gpos50chrXp22.13 · 17400001–19200000 · gnegchrXp22.12 · 19200001–21900000 · gpos50chrXp22.11 · 21900001–24900000 · gnegchrXp21.3 · 24900001–29300000 · gpos100chrXp21.2 · 29300001–31500000 · gnegchrXp21.1 · 31500001–37800000 · gpos100chrXp11.4 · 37800001–42500000 · gnegchrXp11.3 · 42500001–47600000 · gpos75chrXp11.23 · 47600001–50100000 · gnegchrXp11.22 · 50100001–54800000 · gpos25chrXp11.21 · 54800001–58100000 · gnegchrXp11.1 · 58100001–61000000 · acenchrXq11.1 · 61000001–63800000 · acenchrXq11.2 · 63800001–65400000 · gnegchrXq12 · 65400001–68500000 · gpos50chrXq13.1 · 68500001–73000000 · gnegchrXq13.2 · 73000001–74700000 · gpos50chrXq13.3 · 74700001–76800000 · gnegchrXq21.1 · 76800001–85400000 · gpos100chrXq21.2 · 85400001–87000000 · gnegchrXq21.31 · 87000001–92700000 · gpos100chrXq21.32 · 92700001–94300000 · gnegchrXq21.33 · 94300001–99100000 · gpos75chrXq22.1 · 99100001–103300000 · gnegchrXq22.2 · 103300001–104500000 · gpos50chrXq22.3 · 104500001–109400000 · gnegchrXq23 · 109400001–117400000 · gpos75chrXq24 · 117400001–121800000 · gnegchrXq25 · 121800001–129500000 · gpos100chrXq26.1 · 129500001–131300000 · gnegchrXq26.2 · 131300001–134500000 · gpos25chrXq26.3 · 134500001–138900000 · gnegchrXq27.1 · 138900001–141200000 · gpos75chrXq27.2 · 141200001–143000000 · gnegchrXq27.3 · 143000001–148000000 · gpos100chrXq28 · 148000001–156040895 · gnegVCXpq1 bp156,040,895 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chrX:7,842,262–7,844,143
Gene span
1,882 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000688183 ★7,843,171–7,844,1432
ENST000003810597,842,262–7,844,1433
ENST000003414087,843,088–7,844,1133
ENST000006925677,843,088–7,844,1023
ENST000006206307,843,088–7,844,1433

顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

VCX 的可能生物學作用與生殖相關。現有註解指出,它可能介導精子發生中的某項過程,也可能在性別比例偏移中發揮作用;兩種可能性均以推測方式提出,資料未說明涉及哪一個精子發生階段,也未指出性別比例如何改變。

目前提供的資訊沒有描述 VCX 如何介導相關過程,也未交代其作用對象、調控方式或其他分子機制。因此,這些註解只能支持其可能與精子發生或性別比例偏移有關,不能據此判定它確切促進或抑制哪一項生殖事件,亦不能將可能的關聯解讀為已確認的因果作用。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 7843171 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>VCX ENST00000688183 GRCh38 chrX:7842171-7843271 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TACAAATACCCAGCTGAGCGAGTGTCTTTGCTGATCTTCACCGCCTGAAGCCAGTGCTTTAAACCATGAG
AATGAAACATTGAGGGGCACTATGTGGACACTGGGAGAAGGAAGTGAGATGGAAAAGTTCTTTGATTGCA
TCCAAGAAGTGAATGGTCCTCAAGGTGCAGCAGAGGAATTTGTAGGAGAGAGGGATGATTGATTGACGGC
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGCAGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCTTGAGTGCAATGGCGCT
ATATTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCCAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTG
GGATTATGGGCATGCGCCACCATGCCTGACTAATTTTGTATTTTTCGTAGAGATGGGTTTTCTCCATGTA
GGTCAGGCTGGTCTCAAACTGCCGACCTCAGGTGATCCAGCCACCTTGGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTA
CAAGCGTGAGCCACTGTGCCTGGTCAACTGACGTCTTCATATAGCCCTCCGTCTATCCCAGTTAGCATGG
AGGGATTTTAGGTAGGTCATACAGAAACCGGGTAATGATGGCAGGTGTGGAGGAACAGAATGTACCACTG
AATGGGAGGTCCGGGGGAAACATGTGGCGGAAATATCCTCCCGTGCCACGTGATCTGCCAAAATTGAACA
CGGGGAGTTTAGGAGGGGTGACATGTCAGTTTGGGAACTATCTTTAGGGGTGCTAACCCAAATCTCCCTT
TCTCCAATTAGAGCACCCTGCCTTCCTCATTAGATGTCACCCCCCCCCCCGCCCCCGACTTCATCCGCCA
TGTCCTGATGGTGCTTTGTGACGTATAAGGCCTTCCTTCCCGCCCAGGGCGACCATTGGCTGGGTAGTGG
AGTGTTGACCAATCACAGCTCAGGGGCGTGATTGTCTCGTCCTGGGATCGCGAGAGGGGTATATACAGGG
AGGCCAGGCAGCCTGGAGTTAGCCGACCGTTGCGAGACGTTGAGCTGCGGAAGATGAGTCCAAAGCCGAG
AGCCTCGGGACCTCCGGCCAAGGCCACGGAGGCAGGAAAGAGGAAGTCCTC
VCX 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
VCX_1 ↗X:7,843,171正股7,843,122–7,843,181

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

· motif · 7844664–7844673 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:206 aa

1 aa206 aa功能區域重複區
依 Q9H320 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

VCX 蛋白質長 206 個胺基酸,所提供的序列註解將全長標示為無序區域。第 104 至 203 個胺基酸由十個相鄰的十胺基酸重複單元構成,其模式為 L-S-Q-E-S-[EQ]-V-E-E-P。VCX 屬於 VCX/VCY 家族。

重複區1104–113 aa
重複區2114–123 aa
重複區3124–133 aa
重複區4134–143 aa
重複區5144–153 aa
重複區6154–163 aa
重複區7164–173 aa
重複區8174–183 aa
重複區9184–193 aa
重複區10194–203 aa
功能區域Disordered1–206 aa
功能區域10 X 10 AA tandem repeats of L-S-Q-E-S-[EQ]-V-E-E-P104–203 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9H320…

AlphaFold · Q9H320

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
VCX1VCX
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能VCX 可能介導精子發生中的某項過程,也可能在性別比例偏移中發揮作用。這兩項描述均為可能性,來源沒有指出具體的精子發生階段、性別比例變化方向或作用機制。資料庫紀錄
證據與來源

May mediate a process in spermatogenesis or may play a role in sex ratio distortion

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000688183 · 781 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGCCGACCGTTGCGAGACGTTGAGCTGCGGAAGATGAGTC40
41CAAAGCCGAGAGCCTCGGGACCTCCGGCCAAGGCCACGGA80
81GGCAGGAAAGAGGAAGTCCTCCTCTCAGCCGAGCCCCAGT120
121GACCCGAAGAAGAAGACTACCAAGGTGGCCAAGAAGGGAA160
161AAGCAGTTCGTAGAGGGAGACGCGGGAAGAAAGGGGCTGC200
201GACAAAGATGGCGGCCGTGACGGCACCTGAGGCGGAGAGC240
241GCGCCAGCGGCACCCGGCCCCAGCGACCAGCCCAGCCAGG280
281AGCTCCCTCAGCACGAGCTGCCGCCGGAGGAGCCAGTGAG320
321CGAGGGGACCCAGCACGACCCCCTGAGTCAGGAGGCCGAG360
361CTGGAGGAACCACTGAGTCAGGAGAGCGAGGTGGAAGAAC400
401CACTGAGTCAGGAGAGCCAGGTGGAGGAACCACTGAGTCA440
441GGAGAGCGAGGTGGAAGAACCACTGAGTCAGGAGAGCCAG480
481GTGGAGGAACCACTGAGTCAGGAGAGCGAGGTGGAGGAAC520
521CACTGAGTCAGGAGAGCCAGGTGGAGGAACCACTGAGTCA560
561GGAGAGCGAGATGGAAGAACCACTGAGTCAGGAGAGCCAG600
601GTGGAGGAACCACCGAGTCAGGAGAGCGAGATGGAAGAAC640
641TACCGAGTGTGTAGACGGCCAAGTACTCCCCTATCTCCGA680
681GAGCAGCGACTAAGTTCAGGCCCAGCCGCCAGACCTCAGA720
721GATCTCACCAGCGGGGTGCTTGCCATTCTGAAGATAATAA760
761AATGAATGTGTTGCAAATTGA781

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。