基因總覽
VCAM1 是蛋白質編碼基因，其產物 vascular cell adhesion molecule 1 為細胞黏附糖蛋白，主要表現在內皮細胞表面。這種細胞表面分子與免疫監視及發炎相關，並具有跨膜蛋白的特徵：大部分蛋白質區段位於細胞外，另有一段跨膜區與短的細胞質區。其細胞外部分包含多個 Ig-like C2-type 結構域，構成此蛋白質的主要結構特色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000294728 ★ | 100,719,742–100,739,045 | 9 |
| ENST00000370119 | 100,719,684–100,739,045 | 9 |
| ENST00000347652 | 100,719,684–100,739,045 | 8 |
| ENST00000370115 | 100,719,684–100,739,045 | 7 |
| ENST00000855907 | 100,719,684–100,739,045 | 9 |
| ENST00000949395 | 100,719,684–100,739,045 | 8 |
| ENST00000949396 | 100,719,684–100,739,045 | 8 |
| ENST00001112640 | 100,719,684–100,723,434 | 3 |
| ENST00001120419 | 100,719,684–100,723,412 | 3 |
| ENST00001143533 | 100,719,684–100,739,045 | 9 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
VCAM1 是內皮表面的黏附分子，在免疫監視與發炎中具有重要作用。它可透過與不同類型的 integrins 互相作用，調節白血球黏附於內皮的過程，因而參與白血球與血管內皮之間的細胞黏附。
在發炎反應期間，VCAM1 與活化內皮細胞表面的配體結合，進而啟動 calcium channels 及位於質膜相關的 small GTPase RAC1。這些活化事件會導向白血球穿越內皮的移行，將細胞黏附與跨內皮移動連結起來。
除參與白血球移行外，VCAM1 也與骨髓進入過程中的品質管制有關。在 major histocompatibility complex (MHC) class-I 呈現的情境下，它可提供一種「don't-eat-me」標記，作為進入骨髓的檢查點。
Promoter 與基因調控
>VCAM1 ENST00000294728 GRCh38 chr1:100718742-100719842 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CCTGCACGTGTTTAATAAAAGGAAGTGGCTATTCCGGTTTCTTTTTGATGGGCAAGCATTTTGCAAGGCC TTGGGCTATGTGTGTGCAAGGCTAAGCCAGTTAGTTAATTGGGATTTTTTTAAAAAGGCACTTCACTGGG GGGAAAAGGAACATAGAGTTGGTTATTGTCCCCTTGCCTATAATAAAAACCTATTATTTTTAATTTTTTA ACTGGGTTTGCGGTTAAATCTCACAGCCCAAGAGATTTGCCACTTCAGATGGATTCCATACACTTGCATT TAAGTATGCAAAAAAATTCCAATTATCCAGCAATTTAACCAAATTATTGGTAACTTTTCTAAAACAAAAA AAAATTGTTTCCCTTGTTTTGGCAGCAATTTCAGTTACAGTCCTTTACTTTCTACTCAAGAAAATAGTTT CAAAAAGTTGATGTTTGTTGCTAAAAGAACTATTTTTATGAATAAATATAAAACTAAGAAGTTATGGTGT CCCTTTTTTAAAAAATGACTCATCAAAAGAAATAACTTTTTCCTTTCTCTTGTAAGAGAAAAAAATTAAT CTCTTTTAGAATTGCAAACATATTTCCTTGATGGAGAAAATCAATTCACATGGCATAGTCGTTATTTATC CAGTTCAAAAACCAGAGTAGAATTTACTACTCTGTCTCCATTTTTTCTCTCCCCACCCCCTTAACCCACA TTGGATTCAGAAAGCTTCATTCTGCAATCAGCATTGTCCTTTATCTTTCCAGTAAAGATAGCCTTTTGGA GTCGAAGATGAGGAAAAGCCTGTATTTTATAGTCTTGGAAGTGTCTTCTTTTGCCAGGACAGAGAGAGGA GCTTCAGCAGTGAGAGCAACTGAAGGGGTTAATAGTGGAACTTGGCTGGGTGTCTGTTAAACTTTTTTCC CTGGCTCTGCCCTGGGTTTCCCCTTGAAGGGATTTCCCTCCGCCTCTGCAACAAGACCCTTTATAAAGCA CAGACTTTCTATTTCACTCCGCGGTATCTGCATCGGGCCTCACTGGCTTCAGGAGCTGAATACCCTCCCA GGCACACACAGGTGGGACACAAATAAGGGTTTTGGAACCACTATTTTCTCA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VCAM1_1 ↗ | 1:100,719,742 | 正股 | 100,719,693–100,719,752 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_93GZDD · promoter · 100719400–100719774 · regulatory
ENSR1_CCZT2 · enhancer · 100721331–100722503 · regulatory
· motif · 100718755–100718768 · motif
VCAM1 可受促發炎細胞激素調控，其中包括 TNFalpha；ROS、氧化低密度脂蛋白、高葡萄糖濃度、toll-like receptor 致效劑及剪切應力也與其調控相關。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：739 aa
vascular cell adhesion protein 1 長 739 個胺基酸，含 24 個胺基酸的訊號序列。其細胞外區域位於第 25 至 698 位，包含七個 Ig-like C2-type 結構域；第 699 至 720 位為螺旋型跨膜區，第 721 至 739 位則是細胞質區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
vascular cell adhesion protein 1 是單次穿膜的 I 型膜蛋白，定位於細胞膜。 另有可溶性 Vascular Cell Adhesion Molecule-1，定位資訊標示為分泌型；來源未提供其與膜型之間的形成條件或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | VCAM1 是主要表現在內皮細胞表面的細胞黏附糖蛋白，參與免疫監視與發炎。它透過和不同類型的 integrins 作用，調節白血球黏附內皮；發炎時與活化內皮表面配體結合，啟動 calcium channels 與質膜相關的 RAC1，促進白血球穿越內皮移行。此外，在 MHC class-I 呈現情境下，也提供骨髓進入的「don't-eat-me」品質管制標記。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell adhesion glycoprotein predominantly expressed on the surface of endothelial cells that plays an important role in immune surveillance and inflammation. Acts as a major regulator of leukocyte adhesion to the endothelium through interaction with different types of integrins. During inflammatory responses, binds ligands on the surface of activated endothelial cells to initiate the activation of calcium channels and the plasma membrane-associated small GTPase RAC1 leading to leukocyte transendothelial migration. Also serves as a quality-control checkpoint for entry into bone marrow by providing a 'don't-eat-me' stamping in the context of major histocompatibility complex (MHC) class-I presentation PMID 10209034 ↗ · PMID 22970700 ↗ · PMID 31310649 ↗ · PMID 35210567 ↗ |
| 細胞定位 | vascular cell adhesion protein 1 定位於細胞膜，屬於單次穿膜的 I 型膜蛋白。 | 推論支持 | 證據與來源Vascular cell adhesion protein 1; Cell membrane / Single-pass type I membrane protein PMID 12878595 ↗ |
| 細胞定位 | Soluble Vascular Cell Adhesion Molecule-1; Secreted | 含實驗來源 | |
| 調控 | VCAM1 的調控與多種因素相關，包括促發炎細胞激素 TNFalpha、ROS、氧化低密度脂蛋白、高葡萄糖濃度、toll-like receptor 致效劑，以及剪切應力。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源By pro-inflammatory cytokines, including TNFalpha, and also by ROS, oxidized low density lipoprotein, high glucose concentration, toll-like receptor agonists, and shear stress |
核酸與蛋白質序列
GCGGTATCTGCATCGGGCCTCACTGGCTTCAGGAGCTGAA40TACCCTCCCAGGCACACACAGGTGGGACACAAATAAGGGT80TTTGGAACCACTATTTTCTCATCACGACAGCAACTTAAAA120TGCCTGGGAAGATGGTCGTGATCCTTGGAGCCTCAAATAT160ACTTTGGATAATGTTTGCAGCTTCTCAAGCTTTTAAAATC200GAGACCACCCCAGAATCTAGATATCTTGCTCAGATTGGTG240ACTCCGTCTCATTGACTTGCAGCACCACAGGCTGTGAGTC280CCCATTTTTCTCTTGGAGAACCCAGATAGATAGTCCACTG320AATGGGAAGGTGACGAATGAGGGGACCACATCTACGCTGA360CAATGAATCCTGTTAGTTTTGGGAACGAACACTCTTACCT400GTGCACAGCAACTTGTGAATCTAGGAAATTGGAAAAAGGA440ATCCAGGTGGAGATCTACTCTTTTCCTAAGGATCCAGAGA480TTCATTTGAGTGGCCCTCTGGAGGCTGGGAAGCCGATCAC520AGTCAAGTGTTCAGTTGCTGATGTATACCCATTTGACAGG560CTGGAGATAGACTTACTGAAAGGAGATCATCTCATGAAGA600GTCAGGAATTTCTGGAGGATGCAGACAGGAAGTCCCTGGA640AACCAAGAGTTTGGAAGTAACCTTTACTCCTGTCATTGAG680GATATTGGAAAAGTTCTTGTTTGCCGAGCTAAATTACACA720TTGATGAAATGGATTCTGTGCCCACAGTAAGGCAGGCTGT760AAAAGAATTGCAAGTCTACATATCACCCAAGAATACAGTT800ATTTCTGTGAATCCATCCACAAAGCTGCAAGAAGGTGGCT840CTGTGACCATGACCTGTTCCAGCGAGGGTCTACCAGCTCC880AGAGATTTTCTGGAGTAAGAAATTAGATAATGGGAATCTA920CAGCACCTTTCTGGAAATGCAACTCTCACCTTAATTGCTA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。