基因總覽
VAPB 是蛋白質編碼基因，正式名稱為 VAMP associated protein B and C。其產物屬於 VAMP-associated protein（VAP）家族，是一種 243 個胺基酸的單次穿膜蛋白。蛋白質大部分位於膜的細胞質側，並帶有 MSP domain；其末端區域形成螺旋狀穿膜段，作為膜錨定部分。這些結構特徵構成 VAPB 與細胞膜系統及其他分子互動的基礎。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000475243 ★ | 58,389,229–58,451,101 | 6 |
| ENST00000395802 | 58,389,114–58,451,101 | 3 |
| ENST00000903508 | 58,389,114–58,451,101 | 5 |
| ENST00000903509 | 58,389,114–58,451,101 | 5 |
| ENST00000903510 | 58,389,114–58,451,101 | 7 |
| ENST00000915806 | 58,389,114–58,451,101 | 4 |
| ENST00000946349 | 58,389,114–58,451,101 | 4 |
| ENST00001111806 | 58,389,114–58,390,436 | 2 |
| ENST00001118179 | 58,389,114–58,451,101 | 2 |
| ENST00001125214 | 58,389,114–58,445,550 | 6 |
| ENST00001128950 | 58,389,114–58,439,158 | 3 |
| ENST00001133706 | 58,389,114–58,451,101 | 6 |
顯示 12/12 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
VAPB 是錨定於內質網的蛋白質，可透過與含有 FFAT motif 的蛋白質互動，促成內質網與胞內體之間接觸位點的形成。來源列出的互動對象包括 STARD3 與 WDR44；其中，VAPB 與 STARD3 的互動取決於 FFAT motif 是否磷酸化，顯示此接觸具有特定的分子辨識條件。
VAPB 與 WDR44 的互動也參與新合成蛋白質的輸出。這項功能與內質網和胞內體小管之間的連結相關，將 VAPB 的膜接觸作用連到蛋白質運送過程；來源未進一步說明輸出的蛋白種類或運送步驟。
此外，VAPB 參與內質網未摺疊蛋白反應（UPR），其作用方式是誘導 ERN1/IRE1 活性。這項描述指出 VAPB 能影響該反應中的訊號活性，但來源沒有提供其調節的完整路徑或下游結果，因此不宜延伸推論其他反應環節。
VAPB 也參與細胞內鈣離子恆定的調節。來源將此功能與其內質網定位並列，但未交代具體作用機制。整體而言，現有資料支持 VAPB 涉及內質網與胞內體膜接觸、新合成蛋白質輸出、UPR 調節及細胞鈣離子恆定；各項功能的細節與彼此關係仍以來源所述範圍為限。
Promoter 與基因調控
>VAPB ENST00000475243 GRCh38 chr20:58388229-58389329 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCATGAAAAATTTCAAGTATACAGCAAAGTGGGAGAAACAGTACAAGAAAACCATATACCTGCGATGTAG AGTCAGCCATTGCTAGCAATTTGCCACATTTGTCTCACCTATATGGGTATGTATAGGAGACTATTAAGAA CACCTATTTAACTTCCATAGTAAACATAATATAATGAAATACAATTTAAACGGTAATCATGATGTAGAGT ATCCACTTTTGAGGTCAAGCAGATCTGGATTCTCCAGCAATTTTTAATTATTTAACTTACGTGTGTGGTT ATTTATTCAAAAGATGTCTCTTCACTAGGCTATAGTAAAAGGATTGGAATCAGGTTCGCTTTTCTGATCA TTGTATTTCTAAATATTTGTTGCATAAACAAATAGAATTTACTAGTAAAGAATTCAGCACAGTGCCAGTT GCATAGTAAACATTTAACGTAGAGTAGCTTGTATTTATTGTAGTTGCTGTTGTTATTGGAAGCATTCAGT AGAGTGATACAAAATAAATAAGCAATAATTGGTAGTTTATTATATTTATAATTATTATTTACAAGACGTC ACAGTGCCTAGCCCATATCACTCACCCATAAACATTATACTTATACTAAGTACTTTCACTATTATTCAAA GTCTCTAACAGTGCCTGGCACTACATAAGCAAGAGAAAAGTGGAAGTTTATTCTAATTGTTATTATTGAA TAAAGCACTTAACACGAAGCTGGCCCCCAGCGGGCCCTTAATAGTTTCCGCGGTGGCTGTCGTAGCTGGA CTACAGACCCCGCCTCCTGAGCGGCCCGAAGCCCCGCCCCTTACTGCCCCGCAGTCCCGCCCCCGTGGCT TGTGCCGCGCCTGCGCACTGTCCCGGAAGGGGCTCTACGCGCGCAGCTTTAGTCCCCGCCCCTGGAGCCG GCGGCGCAGGGCGCAGCTTCCCGCCGCCAGAGCGGGCCAGCCTGCTGCGTGCGTGCGTGTGTACGACTCT GCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCCGTCAGCTCGCCGGGCACCGCGGCCTCGCCCTCGCCCTCCGCCC CTGCGCCTGCACCGCGTAGACCGACCCCCCCCCAGCGCGCCCACCCGGTAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VAPB_1 ↗ | 20:58,389,231 | 正股 | 58,389,182–58,389,241 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR20_BFKTH · promoter · 58388739–58389323 · regulatory
ENSR20_BFKTL · enhancer · 58389324–58390318 · regulatory
ENSR20_5HPRWX · CTCF_binding_site · 58389529–58389550 · regulatory
ENSR20_83PCKJ · enhancer · 58393397–58393588 · regulatory
· motif · 58389040–58389053 · motif
· motif · 58389054–58389067 · motif
· motif · 58389074–58389085 · motif
· motif · 58389074–58389085 · motif
· motif · 58389090–58389099 · motif
· motif · 58389403–58389418 · motif
· motif · 58389408–58389420 · motif
· motif · 58389458–58389468 · motif
· motif · 58389531–58389547 · motif
· motif · 58389876–58389888 · motif
· motif · 58389879–58389886 · motif
· motif · 58389947–58389956 · motif
· motif · 58390028–58390048 · motif
· motif · 58390509–58390515 · motif
· motif · 58390907–58390922 · motif
· motif · 58392480–58392493 · motif
· motif · 58392480–58392493 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：243 aa
VAPB 長 243 個胺基酸，屬於 VAMP-associated protein（VAP）家族。其 MSP domain 位於第 7 至 124 位胺基酸；第 2 至 222 位屬細胞質區域。第 223 至 243 位為螺旋狀穿膜區，作為 IV 型膜蛋白的錨定段。
蛋白質三維結構
細胞內定位
VAPB 是內質網膜上的單次穿膜蛋白，也存在於粒線體相關膜；後者是與粒線體外膜緊密相鄰的內質網膜區域。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 41 個夥伴
- AIG1Q9NVV5-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AP2B1P63010-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AQP6Q13520 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARL16Q0P5N6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CD79AP11912 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CFTRP13569 · UniProt INTERACTION · 12 experiments
- CYB561P49447 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CYBRD1Q53TN4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EBAG9O00559 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EBPQ15125 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ELOVL4Q9GZR5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EMDP50402 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- FAM174AQ8TBP5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GPR25O00155 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSD17B13Q7Z5P4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- JAGN1Q8N5M9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP9-2Q9BYQ4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- OSBPL1AQ9BXW6 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- OSBPL2Q9H1P3 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- PTGESO14684 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- REEP4Q9H6H4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RETREG3Q86VR2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RMDN2Q96LZ7 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- RNASEKQ6P5S7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SCN3BQ9NY72 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
VAPB 可形成同源二聚體，也能與 VAPA 形成異源二聚體，並與 VAMP1、VAMP2 互動。其 MSP domain 與多種含 FFAT motif 的蛋白質互動，包括 STARD3、WDR44、VPS13A 及 OSBPL1A；部分互動取決於 FFAT motif 的磷酸化。VAPB 也與 PLEKHA3、SACM1L 形成三元複合體。另有資料指出，在微生物感染情境中，VAPB 與 hepatitis C virus（HCV）的非結構蛋白 5A 及 RNA-directed RNA polymerase 互動。
疾病與遺傳關聯
VAPB 變異與肌萎縮性側索硬化症 8（ALS8）及成人型常染色體顯性近端脊髓性肌肉萎縮症（SMAPAD）相關；來源將兩者描述為由影響 VAPB 基因的變異所致。ALS8 會影響上、下運動神經元，並可造成致命性癱瘓；SMAPAD 則以成年後發病、由下肢開始並進展至上肢的近端肌無力為特徵。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | VAPB 是錨定於內質網的蛋白質，透過與 STARD3、WDR44 等含 FFAT motif 的蛋白質互動，促成內質網與胞內體接觸位點形成；與 STARD3 的互動依賴 FFAT motif 磷酸化。它也透過 WDR44 參與新合成蛋白質輸出，並藉誘導 ERN1/IRE1 活性參與內質網未摺疊蛋白反應，另涉及細胞鈣離子恆定調節。 | 含實驗來源 | 證據與來源Endoplasmic reticulum (ER)-anchored protein that mediates the formation of contact sites between the ER and endosomes via interaction with FFAT motif-containing proteins such as STARD3 or WDR44. Interacts with STARD3 in a FFAT motif phosphorylation dependent manner. Via interaction with WDR44 participates in neosynthesized protein export. Participates in the endoplasmic reticulum unfolded protein response (UPR) by inducing ERN1/IRE1 activity. Involved in cellular calcium homeostasis regulation PMID 16891305 ↗ · PMID 20940299 ↗ · PMID 22131369 ↗ · PMID 32344433 ↗ · PMID 33124732 ↗ |
| 交互作用 | VAPB 可形成同源二聚體或與 VAPA 形成異源二聚體，並與 VAMP1、VAMP2 等蛋白互動。其 MSP domain 可結合多種分子，包括 ZFYVE27、STARD3、WDR44；部分互動仰賴磷酸化或未磷酸化的 FFAT motif。VAPB 亦與 PLEKHA3、SACM1L 形成三元複合體，並有若干依賴夥伴或 motif 的膜接觸及其他互動關係。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer, and heterodimer with VAPA. Interacts with VAMP1 and VAMP2. Interacts (via MSP domain) with ZFYVE27. Interacts with RMDN3. Interacts with KIF5A in a ZFYVE27-dependent manner. Interacts (via MSP domain) with STARD3 (via phospho-FFAT motif). Interacts with STARD3NL (via FFAT motif). Interacts with CERT1. Interacts with PLEKHA3 and SACM1L to form a ternary complex. Interacts with VPS13A (via FFAT motif). Interacts with RB1CC1 (via phosphorylated FFAT motif), MIGA2 (via phosphorylated FFAT motif), RMDN3 (via phosphorylated FFAT motif), OSBPL1A (via FFAT motif), KCNB1 (via phosphorylated FFAT motif) and KCNB2 (via phosphorylated FFAT motif). Interacts (via MSP domain) with WDR44 (via FFAT motif); the interactions connect the endoplasmic reticulum (ER) with the endosomal tubule. Interacts (via MSP) with PITPNM1 (via FFAT motif), the interaction is required for ER-PM membrane contact sites formation (By similarity) PMID 16227268 ↗ · PMID 16895911 ↗ · PMID 19289470 ↗ · PMID 20940299 ↗ · PMID 21976701 ↗ · PMID 22131369 ↗ · PMID 24105263 ↗ · PMID 30659099 ↗ · PMID 30741634 ↗ · PMID 32344433 ↗ · PMID 33124732 ↗ · PMID 9920726 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，VAPB 透過 MSP domain 與 hepatitis C virus（HCV）非結構蛋白 5A 的無序 D3 domain 互動；此外，VAPB 也與 HCV 的 RNA-directed RNA polymerase 互動。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts (via MSP domain) with hepatitis C virus (HCV) non-structural protein 5A (via disordered domain D3). Interacts with HCV RNA-directed RNA polymerase PMID 16227268 ↗ · PMID 22720086 ↗ |
| 細胞定位 | VAPB 是定位於內質網膜的單次穿膜 IV 型膜蛋白，也存在於粒線體相關膜；粒線體相關膜是與粒線體外膜緊密相鄰的內質網膜區域。 | 含實驗來源 | 證據與來源Endoplasmic reticulum membrane / Single-pass type IV membrane protein; Present in mitochondria-associated membranes that are endoplasmic reticulum membrane regions closely apposed to the outer mitochondrial membrane PMID 32344433 ↗ · PMID 33124732 ↗ |
| 疾病關聯 | VAPB 基因變異與肌萎縮性側索硬化症 8（ALS8）相關。此神經退化疾病影響腦部上運動神經元及腦幹、脊髓的下運動神經元，可導致致命性癱瘓，通常沒有感覺異常；病理特徵包括皮質脊髓徑變淡、存活運動神經元內的泛素陽性包涵體及病理性聚集物。疾病成因可能涉及遺傳與環境因素，約 5–10% 病例為遺傳。 | 含實驗來源 | 證據與來源Amyotrophic lateral sclerosis 8 ALS8 A neurodegenerative disorder affecting upper motor neurons in the brain and lower motor neurons in the brain stem and spinal cord, resulting in fatal paralysis. Sensory abnormalities are absent. The pathologic hallmarks of the disease include pallor of the corticospinal tract due to loss of motor neurons, presence of ubiquitin-positive inclusions within surviving motor neurons, and deposition of pathologic aggregates. The etiology of amyotrophic lateral sclerosis is likely to be multifactorial, involving both genetic and environmental factors. The disease is inherited in 5-10% of the cases. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 608627 PMID 15372378 ↗ · PMID 16891305 ↗ · PMID 20940299 ↗ · PMID 22131369 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 VAPB 基因的變異與成人型常染色體顯性近端脊髓性肌肉萎縮症（SMAPAD）相關。此神經肌肉疾病涉及脊髓前角細胞退化，造成對稱性肌無力與萎縮；患者通常在成年後發病，近端肌無力先從下肢開始，再進展至上肢。病程較良性，多數患者在臨床發病後 10 至 40 年仍可行走。 | 含實驗來源 | 證據與來源Spinal muscular atrophy, proximal, adult, autosomal dominant SMAPAD A form of spinal muscular atrophy, a neuromuscular disorder characterized by degeneration of the anterior horn cells of the spinal cord, leading to symmetrical muscle weakness and atrophy. SMAPAD is characterized by proximal muscle weakness that begins in the lower limbs and then progresses to upper limbs, onset in late adulthood (after third decade) and a benign course. Most of the patients remain ambulatory 10 to 40 years after clinical onset. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 182980 PMID 15372378 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCGTGCCGTCAGCTCGCCGGGCACCGCGGCCTCGCCCTCG40CCCTCCGCCCCTGCGCCTGCACCGCGTAGACCGACCCCCC80CCCAGCGCGCCCACCCGGTAGAGGACCCCCGCCCGTGCCC120CGACCGGTCCCCGCCTTTTTGTAAAACTTAAAGCGGGCGC160AGCATTAACGCTTCCCGCCCCGGTGACCTCTCAGGGGTCT200CCCCGCCAAAGGTGCTCCGCCGCTAAGGAACATGGCGAAG240GTGGAGCAGGTCCTGAGCCTCGAGCCGCAGCACGAGCTCA280AATTCCGAGGTCCCTTCACCGATGTTGTCACCACCAACCT320AAAGCTTGGCAACCCGACAGACCGAAATGTGTGTTTTAAG360GTGAAGACTACAGCACCACGTAGGTACTGTGTGAGGCCCA400ACAGCGGAATCATCGATGCAGGGGCCTCAATTAATGTATC440TGTGATGTTACAGCCTTTCGATTATGATCCCAATGAGAAA480AGTAAACACAAGTTTATGGTTCAGTCTATGTTTGCTCCAA520CTGACACTTCAGATATGGAAGCAGTATGGAAGGAGGCAAA560ACCGGAAGACCTTATGGATTCAAAACTTAGATGTGTGTTT600GAATTGCCAGCAGAGAATGATAAACCACATGATGTAGAAA640TAAATAAAATTATATCCACAACTGCATCAAAGACAGAAAC680ACCAATAGTGTCTAAGTCTCTGAGTTCTTCTTTGGATGAC720ACCGAAGTTAAGAAGGTTATGGAAGAATGTAAGAGGCTGC760AAGGTGAAGTTCAGAGGCTACGGGAGGAGAACAAGCAGTT800CAAGGAAGAAGATGGACTGCGGATGAGGAAGACAGTGCAG840AGCAACAGCCCCATTTCAGCATTAGCCCCAACTGGGAAGG880AAGAAGGCCTTAGCACCCGGCTCTTGGCTCTGGTGGTTTT920GTTCTTTATCGTTGGTGTAATTATTGGGAAGATTGCCTTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。