基因總覽
VAMP associated protein A（VAPA）是由蛋白質編碼基因 VAPA 產生的蛋白質，屬於 VAMP-associated protein（VAP）家族。其大部分區域位於細胞質側，C 端則有一段跨膜螺旋，作為單次穿膜的 IV 型膜蛋白錨定區。VAPA 含有 MSP 結構域，並具有可結合磷酸化 FFAT 基序的區域。這些結構特徵使它能作為膜上的互作平台；其已知角色包括參與內質網與胞內體接觸位點形成，以及在特定互作條件下參與其他細胞過程。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000400000 ★ | 9,914,016–9,960,021 | 6 |
| ENST00000340541 | 9,913,916–9,960,021 | 7 |
| ENST00000897659 | 9,913,916–9,960,021 | 5 |
| ENST00000897660 | 9,913,916–9,960,021 | 6 |
| ENST00000897661 | 9,913,916–9,960,021 | 5 |
| ENST00000897662 | 9,913,916–9,960,021 | 6 |
| ENST00000928106 | 9,913,916–9,960,021 | 6 |
| ENST00000928107 | 9,913,916–9,960,021 | 6 |
| ENST00000928108 | 9,913,916–9,960,021 | 5 |
| ENST00000971047 | 9,913,916–9,960,021 | 6 |
| ENST00000971048 | 9,913,916–9,954,825 | 6 |
| ENST00000971049 | 9,913,916–9,960,021 | 6 |
顯示 12/18 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
VAPA 是錨定於內質網的蛋白質，可透過與含 FFAT 基序的蛋白質互作，促成內質網與胞內體之間接觸位點的形成。與 STARD3 的互作使膽固醇能由內質網轉移至胞內體；與 WDR44 的互作則使 VAPA 參與新合成蛋白質的輸出。這些作用顯示 VAPA 可在細胞器接觸處協助不同膜區室間的物質運送與蛋白質輸出。
VAPA 也可透過結合 OSBPL3 被募集至細胞膜。OSBPL3–VAPA 複合體會刺激 RRAS 訊號，而此訊號會降低細胞表面 integrin beta-1（ITGB1）的活化。來源亦指出，VAPA 與 OSBPL3 可能共同調節內質網形態；此作用仍以可能性描述，並非確定結論。
此外，VAPA 可能參與囊泡運輸。這項描述未進一步限定具體運輸步驟或條件，因此其功能範圍應保留為可能參與囊泡運輸，而不延伸推定特定機制。綜合而言，來源所述的功能集中於內質網相關的膜接觸、膽固醇轉移、新合成蛋白質輸出，以及與細胞膜訊號和囊泡運輸相關的過程。
Promoter 與基因調控
>VAPA ENST00000400000 GRCh38 chr18:9913016-9914116 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGTTTTGTCAGCAAGTTTGCTGCTGGGATTTTTCTTATTTGGTTCAGTTTACTACAGCCTATCGTAAGTG ATGCAGATGGAGTTAGTTTCTAACATGTGAACGTGAGAACTGTTTTGGTTTGGGTCCATCATTAAAACTG AAGAAGATTATTTGGGTTCGATGGTGTAGATTTTTGACTTTTATTTCTAGTTTCTGTGTGCTTTGTCATA TTTCCCCTTGCTTCCTAGACGAGGTGTGTTTCCTTATCTGATTTTGCATCACTGGAGAGAACTCAGGAAG CAGGAGAGGCTGAATTGGATACCACGGGGAATGCAGCCCTGCCAACAGAGGACTGGATAGAATTAGAGCA AACGGACACATCCCCCCACGCCTGTTCTCCACAGGGCAGATTTTATTAATATATTTCTAACATTGGGGCC TCGTTTCAGTCTTCAAGTTTTTTCTTTTTTAGCGCAAACTAGACGCGCTCTGAGAGCCAAAATTAGCGTC CGCGAACCCCACCCCATTGCCTCCAACAGACCTAGCTCTCCTTTCCACCCTCAAACAGCCGTTACTACAG TTCCCAGCAAGCACCGCGCAGGGCCGCAAAGGGCCAGGCCCTCGGCGAAGGCCCCGCCCCGCAGGGGGCA TGCCGGGAGTTGTAGTGAGTGGGCGCTTCCCTACTACTACTTGTCCCTTCCACTGGGCATTCCCACTTGG AAGAGTGTGATGCGCTGCCAGAGCAGTTTCTCTAGTTCCGTACTCGGAGCTCAAGGTGACAGAGGACTGC GCTTCCAGCCCTGCGCTGCGCATCGCGTCGGTCCCGCGGACCTTTGCCCCGCCTCCTTCCACACCCGTTC CCTTGACAGCTGGGCTGCGCTCCGGGCCGCGGCAAGCCGCGAGCGCGCAGGCGCAGCAGCCCCGCGCCGC GCTAGGCCGGCCTGGAGGGCGGGACAAGCGCTAGAAGCTCCCGGCCGGGGGCGCGCACGTAGGCACGCAG AGGCCGTCACGTGGGTCGCCGAGGCTCGCAAGTGCGCGTGGCCGTGGCGGCTGGTGTGGGGTTGAGTCAG TTGTGGGACCCGGAGCTGCTGACCCAGCGGGTGGCCCACCGAACCGGTGAC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VAPA_1 ↗ | 18:9,914,029 | 正股 | 9,913,980–9,914,039 |
| VAPA_2 ↗ | 18:9,914,250 | 正股 | 9,914,201–9,914,260 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR18_89TGF · open_chromatin_region · 9912430–9912620 · regulatory
ENSR18_B3Z58 · enhancer · 9912948–9913877 · regulatory
ENSR18_89TH8 · promoter · 9913878–9914072 · regulatory
ENSR18_54BXX2 · CTCF_binding_site · 9913962–9913983 · regulatory
ENSR18_54BZ32 · CTCF_binding_site · 9914608–9914629 · regulatory
ENSR18_54BZ3R · CTCF_binding_site · 9914776–9914797 · regulatory
ENSR18_B3Z5W · enhancer · 9917738–9918313 · regulatory
· motif · 9913511–9913521 · motif
· motif · 9913596–9913611 · motif
· motif · 9913626–9913636 · motif
· motif · 9913823–9913836 · motif
· motif · 9913882–9913897 · motif
· motif · 9913899–9913910 · motif
· motif · 9913899–9913910 · motif
· motif · 9913964–9913980 · motif
· motif · 9914001–9914010 · motif
· motif · 9914001–9914010 · motif
· motif · 9914206–9914221 · motif
· motif · 9914215–9914228 · motif
· motif · 9914229–9914242 · motif
· motif · 9914310–9914323 · motif
· motif · 9914312–9914327 · motif
· motif · 9914436–9914449 · motif
· motif · 9914540–9914553 · motif
· motif · 9914601–9914614 · motif
· motif · 9914604–9914617 · motif
· motif · 9914609–9914619 · motif
· motif · 9914610–9914626 · motif
· motif · 9914626–9914639 · motif
· motif · 9914721–9914734 · motif
· motif · 9914778–9914794 · motif
· motif · 9914856–9914869 · motif
· motif · 9914856–9914869 · motif
· motif · 9914883–9914896 · motif
· motif · 9915061–9915070 · motif
· motif · 9915091–9915106 · motif
· motif · 9915236–9915251 · motif
· motif · 9915243–9915251 · motif
· motif · 9915743–9915752 · motif
· motif · 9915932–9915946 · motif
· motif · 9915932–9915946 · motif
· motif · 9916962–9916971 · motif
· motif · 9916962–9916971 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：249 aa
VAPA 長 249 個胺基酸，含有 MSP 結構域（第 14–131 位），以及位於第 50–53 位、與磷酸化 FFAT 基序結合相關的區域。第 2–227 位為細胞質區域；C 端第 228–248 位是作為 IV 型膜蛋白錨定區的螺旋跨膜區。第 135–167 位另註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
VAPA 位於內質網膜，也可見於細胞膜、核膜、緊密連結及細胞內囊泡；在極化上皮細胞中，VAPA 與 OCLN 共定位於緊密連結。 來源亦指出它可能與細胞骨架相關。 與 STARD3 互作時，VAPA 可被募集至胞內體；這是定位隨互作而變化的情形。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cell junction, tight junction。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 44 個夥伴
- ADGRG7Q96K78 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- APODP05090 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- AQP6Q13520 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CACNG1Q06432 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CD79AP11912 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CFTRP13569 · UniProt INTERACTION · 13 experiments
- CYB561P49447 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CYBRD1Q53TN4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EBAG9O00559 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EBPQ15125 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EGFRP00533 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- GKN1Q9NS71 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HACD3Q9P035 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- HSD17B11Q8NBQ5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSD17B13Q7Z5P4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- JAGN1Q8N5M9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LEPROTL1O95214 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- OPRM1P35372 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- OSBPP22059 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
- OSBPL1AQ9BXW6 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- OSBPL2Q9H1P3 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PGRMC2O15173 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- RETREG3Q86VR2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RMDN2Q96LZ7 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- RMDN3Q96TC7 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
VAPA 可形成以雙硫鍵連結的同源二聚體，也可與 VAPB 形成異源二聚體。它與多種蛋白質互作，包括 VAMP1、VAMP2、STX1A、BET1、SEC22C、OCLN、OSBPL3、STARD3 及 WDR44；其中 STARD3、WDR44 等透過 FFAT 或類 FFAT 基序與 VAPA 的 MSP 結構域互作。VAPA 也與 PLEKHA3、SACM1L 形成三元複合體。微生物感染情境下，VAPA 與 HCV 蛋白 NS5A、NS5B 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | VAPA 錨定於內質網，並與 STARD3 或 WDR44 等含 FFAT 基序的蛋白質互作，促成內質網與胞內體接觸位點形成。STARD3–VAPA 互作促進膽固醇由內質網移至胞內體；與 WDR44 互作則參與新合成蛋白質輸出。VAPA 也可經 OSBPL3 結合被募集至細胞膜，該複合體刺激 RRAS 訊號，進而降低細胞表面 ITGB1 活化。VAPA 與 OSBPL3 可能調節內質網形態，並可能參與囊泡運輸。 | 含實驗來源 | 證據與來源Endoplasmic reticulum (ER)-anchored protein that mediates the formation of contact sites between the ER and endosomes via interaction with FFAT motif-containing proteins such as STARD3 or WDR44. STARD3-VAPA interaction enables cholesterol transfer from the ER to endosomes. Via interaction with WDR44 participates in neosynthesized protein export. In addition, recruited to the plasma membrane through OSBPL3 binding. The OSBPL3-VAPA complex stimulates RRAS signaling which in turn attenuates integrin beta-1 (ITGB1) activation at the cell surface. With OSBPL3, may regulate ER morphology. May play a role in vesicle trafficking PMID 11511104 ↗ · PMID 16143324 ↗ · PMID 19289470 ↗ · PMID 25447204 ↗ · PMID 32344433 ↗ · PMID 33124732 ↗ |
| 交互作用 | VAPA 可形成雙硫鍵連結的同源二聚體，並與 VAPB 形成異源二聚體；另與多種 SNARE 蛋白及其他蛋白質互作。MSP 結構域可辨識含 FFAT 或類 FFAT 基序的夥伴，包括 STARD3、WDR44、OSBPL1A、VPS13A 等；與 STARD3 互作可將 VAPA 招募至胞內體，與 WDR44 的互作則連接內質網和胞內體小管。VAPA 亦可能使 ZFYVE27 留在內質網並調節其在細胞突起形成中的功能，且與 KIF5A 的互作依賴 ZFYVE27。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer; disulfide-linked. Heterodimer with VAPB. Interacts with VAMP1, VAMP2, STX1A, BET1, SEC22C and with the C-terminal domain of OCLN. Interacts (via MSP domain) with OSBPL1A (via FFAT motif). Interacts (via MSP domain) with ZFYVE27; may retain ZFYVE27 in the endoplasmic reticulum and regulate its function in cell projections formation. Interacts with OSBP. Interacts (via C-terminus) with RSAD2/viperin (via C-terminus). Interacts with IFITM3. Interacts with OSBPL3 (phosphorylated form). Interacts with KIF5A in a ZFYVE27-dependent manner. Interacts (via MSP domain) with STARD3 (via phosphorylated FFAT motif); this interaction recruits VAPA to the endosome. Interacts with STARD3NL (via FFAT motif). Interacts with CERT1. Interacts with PLEKHA3 and SACM1L to form a ternary complex. Interacts with VPS13A (via FFAT motif). Interacts with RB1CC1 (via phosphorylated FFAT motif), MIGA2 (via phosphorylated FFAT motif), RMDN3 (via phosphorylated FFAT motif), KCNB1 (via phosphorylated FFAT motif) and KCNB2 (via phosphorylated FFAT motif). Interacts (via MSP domain) with WDR44 (via FFAT-like motif); the interactions connect the endoplasmic reticulum (ER) with the endosomal tubule PMID 10523508 ↗ · PMID 11511104 ↗ · PMID 16143324 ↗ · PMID 16895911 ↗ · PMID 19289470 ↗ · PMID 20178991 ↗ · PMID 21957124 ↗ · PMID 21976701 ↗ · PMID 23601107 ↗ · PMID 24105263 ↗ · PMID 25447204 ↗ · PMID 30659099 ↗ · PMID 30741634 ↗ · PMID 32344433 ↗ · PMID 33124732 ↗ · PMID 9657962 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下，VAPA 與 HCV 蛋白 NS5A 及 NS5B 互作；來源未進一步說明此互作的功能後果。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | VAPA 位於內質網膜、細胞膜、核膜與緊密連結，也存在於細胞膜及含 SNARE 蛋白的細胞內囊泡中；它可能與細胞骨架相關。在極化上皮細胞中，VAPA 與 OCLN 共定位於緊密連結。 | 含實驗來源 | 證據與來源Endoplasmic reticulum membrane / Single-pass type IV membrane protein; Cell membrane / Single-pass type IV membrane protein; Cell junction, tight junction; Nucleus membrane; Present in the plasma membrane and in intracellular vesicles, together with SNARE proteins. May also associate with the cytoskeleton. Colocalizes with OCLN at the tight junction in polarized epithelial cells PMID 10523508 ↗ · PMID 16143324 ↗ · PMID 19289470 ↗ · PMID 25447204 ↗ · PMID 30741634 ↗ · PMID 32344433 ↗ · PMID 33124732 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GAGGCTCGCAAGTGCGCGTGGCCGTGGCGGCTGGTGTGGG40GTTGAGTCAGTTGTGGGACCCGGAGCTGCTGACCCAGCGG80GTGGCCCACCGAACCGGTGACACAGCGGCAGGCGTTAGGG120CTCGGGAGCCGCGAGCCTGGCCTCGTCCTAGAGCTCGGCC160GAGCCGTCGCCGCCGTCGTCCCCCGCCCCCAGTCAGCAAA200CCGCCGCCGCGGGCGCGCCCCCGCTCTGCGCTGTCTCTCC240GATGGCGTCCGCCTCAGGGGCCATGGCGAAGCACGAGCAG280ATCCTGGTCCTCGATCCGCCCACAGACCTCAAATTCAAAG320GCCCCTTCACAGATGTAGTCACTACAAATCTTAAATTGCG360AAATCCATCGGATAGAAAAGTGTGTTTCAAAGTGAAGACT400ACAGCACCTCGCCGGTACTGTGTGAGGCCCAACAGTGGAA440TTATTGACCCAGGGTCAACTGTGACTGTTTCAGTAATGCT480ACAGCCCTTTGACTATGATCCGAATGAAAAGAGTAAACAC520AAGTTTATGGTACAGACAATTTTTGCTCCACCAAACACTT560CAGATATGGAAGCTGTGTGGAAAGAGGCAAAACCTGATGA600ATTAATGGATTCCAAATTGAGATGCGTATTTGAAATGCCC640AATGAAAATGATAAATTGAATGATATGGAACCTAGCAAAG680CTGTTCCACTGAATGCATCTAAGCAAGATGGACCTATGCC720AAAACCACACAGTGTTTCACTTAATGATACCGAAACAAGG760AAACTAATGGAAGAGTGTAAAAGACTTCAGGGAGAAATGA800TGAAGCTATCAGAAGAAAATCGGCACCTGAGAGATGAAGG840TTTAAGGCTCAGAAAGGTAGCACATTCGGATAAACCTGGA880TCAACCTCAACTGCATCCTTCAGAGATAATGTCACCAGTC920CTCTTCCTTCACTTCTTGTTGTAATTGCAGCCATTTTCAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。