基因總覽
VAMP8（vesicle associated membrane protein 8）是蛋白質編碼基因，其產物屬於 synaptobrevin 家族，並擔任囊泡 SNARE（v-SNARE）。此蛋白質為單次穿膜蛋白，主要部分位於細胞質側，另有一段跨膜區及短小的囊泡側區域。作為膜融合機制中的囊泡端成員，VAMP8 可與其他 SNARE 蛋白形成複合體；它的功能涵蓋細胞內囊泡與膜系統的融合，以及特定細胞中的受調控分泌。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000263864 ★ | 85,577,586–85,582,031 | 3 |
| ENST00000432071 | 85,561,562–85,582,032 | 3 |
| ENST00000409760 | 85,577,524–85,582,032 | 4 |
| ENST00000863237 | 85,577,524–85,582,032 | 2 |
| ENST00000863238 | 85,577,524–85,582,032 | 3 |
| ENST00000915989 | 85,577,524–85,582,032 | 3 |
| ENST00000985997 | 85,577,524–85,582,032 | 3 |
| ENST00001099256 | 85,577,524–85,582,032 | 3 |
| ENST00001099257 | 85,577,524–85,582,031 | 4 |
| ENST00001099258 | 85,577,524–85,582,031 | 4 |
| ENST00001099259 | 85,577,524–85,582,032 | 3 |
| ENST00001141059 | 85,577,524–85,582,032 | 3 |
顯示 12/12 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SNARE 蛋白是細胞內膜融合所需的核心組件。位於相對膜面的 SNARE 會組裝成 trans-SNARE 複合體，形成延伸、平行排列的四股螺旋束；組裝過程釋放的能量可推動膜融合。典型核心複合體包含四個 α 螺旋區域，其中三個來自目標膜 SNARE，另一個來自囊泡 SNARE。VAMP8 作為 v-SNARE，參與此類膜融合複合體的形成。
在自然殺手細胞與細胞毒性 T 淋巴球中，VAMP8 與 t-SNARE STX11 及 SNAP23 組成的 SNARE 複合體，對細胞毒性顆粒的受調控胞吐具有關鍵作用。血小板則需要 VAMP8 進行緻密顆粒分泌。此外，VAMP8 也參與胰臟腺泡細胞中受調控的酵素分泌；這項功能的敘述依據為相似性推定。
在自噬過程中，VAMP8 與 SNAP29、STX17 組成的 SNARE 複合體，負責介導自噬體膜與溶酶體膜融合，並參與細胞器之間的膜融合。VAMP8 也與早期及晚期胞內體的同型融合有關，相關描述為相似性推定。這些膜融合活動使不同囊泡或細胞器得以連接，支援細胞內膜系統的運作。
VAMP8 另與細胞分裂時中體的切離有關；此過程使分裂後的子細胞完全分離，該功能同樣屬於相似性推定。除此之外，VAMP8 透過依賴 TRIM6 的機制參與第一型干擾素抗病毒反應的活化。這些作用顯示，VAMP8 除了參與囊泡分泌及自噬相關膜融合，也與細胞分裂及抗病毒反應有所關聯。
Promoter 與基因調控
>VAMP8 ENST00000263864 GRCh38 chr2:85576586-85577686 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTTGAGGCAGAGTCTTGCTCTTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGCATGATCTCAGCTCACTGCAATCT CTGTCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTATAGGCAACTGCCAC CACGCCTGTTTATTATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTTAA CTCCTGACCTTGTGATCTGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACGCC CGGCCTCTTTTTGCTTCTTACCAGCACCATCTGAGCTAAGCATCAGCACCTGCAAACTCCACAGAGGTGA AAAGTTTCCCTGAGGGGCCTGTAACTAGTAACCCAGAACTTTCTGAATCAGAGCCCAGGATCACAGTATT CCAGACTTCAGGGATTTTAGTGCTTTCTGCCACCCAGGGACCTGGGAACAAGTGTTATCCAGCAATACAT TTTCATAACTGCATTTTGTTTCCCTGTGAGCTAGGCCTGGCATGGTTGATCTCAGTCTCTAGAAACTGGA GTCAGATATTCAAGACATTACAAGGAGATGGCTGGTGGGGCATCATGGCTCCTAGGACTTTGGGAGGTTG AGGTGGGAGGATCGCCTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACATGGTGAGAACTCGTCTCTAT TTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCTGCCCTTTCTAGATCAGGAGGTCCAGCCTCTGGAAACCTCGG AGGGCTGCTTGATCTTTCTTTTCTAATTCCTGACAAGTTAGAAGACCTTTGGCTTCTGAGAACCCTATTA CTTTAAGTTTAAGCTCTTGTTTGGGAAGCCACTGGGAGGACAGTGAAGAATGCCCGCCTACCTGGGGAAA CCTGAGTTAGGTGTGGCTGGAGCGACTCGAGATGCGAGGTGGGCGGGGGCAGGCTGAAAGTTGGAGCAAG CAGGAAGTGAACTGAGGGCCACCCTGGGAGGAAGCCGACTAGGCGAATTCACTTACTGACCGGCCTGGGC TGCTCTGAGACATGGTGAGCCAACTGGGAACTAGGAAAGGGCTGGTTTAAA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VAMP8_1 ↗ | 2:85,577,586 | 正股 | 85,577,537–85,577,596 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR2_938Z4Z · promoter · 85577096–85577603 · regulatory
· motif · 85575230–85575241 · motif
· motif · 85577563–85577574 · motif
· motif · 85577563–85577574 · motif
· motif · 85577565–85577574 · motif
· motif · 85577970–85577985 · motif
· motif · 85577970–85577985 · motif
· motif · 85578101–85578121 · motif
· motif · 85578322–85578333 · motif
· motif · 85578389–85578398 · motif
· motif · 85578389–85578398 · motif
· motif · 85578411–85578424 · motif
· motif · 85578701–85578714 · motif
· motif · 85578701–85578714 · motif
· motif · 85579611–85579625 · motif
· motif · 85579611–85579625 · motif
· motif · 85579856–85579871 · motif
· motif · 85579936–85579947 · motif
· motif · 85580170–85580177 · motif
· motif · 85580170–85580185 · motif
· motif · 85580175–85580187 · motif
· motif · 85580178–85580185 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：100 aa
VAMP8 全長 100 個胺基酸，屬於 synaptobrevin 家族。其第 12–72 位胺基酸區域具有 v-SNARE coiled-coil homology；第 1–75 位位於細胞質側，第 76–96 位為螺旋型跨膜區，作為 type IV 膜蛋白的錨定區，第 97–100 位則位於囊泡側。
蛋白質三維結構
細胞內定位
VAMP8 位於溶酶體、早期與晚期胞內體、細胞膜及酵素原顆粒膜。 其定位也見於細胞分裂時的中體區域，以及視網膜色素上皮細胞緊密連結下方區域。 依相似性推定，在腎小管細胞中可見於朝向腔面的頂端膜，並經頂端而非基底外側質膜循環；在腺泡細胞則位於頂端區域及酵素原顆粒膜。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Zymogen granule membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- SNAP29O95721 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- STX17P56962 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- STX7O15400 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
VAMP8 與 SNAP29、STX17 形成參與自噬體與溶酶體融合的 SNARE 複合體；在活化的細胞毒性 T 淋巴球中，則與 STX11、SNAP23 形成複合體。它也出現在含 NAPA、SNAP23、SNAP25、STX1A、STX4、STX7、STX8 或 VTI1B 的多種 SNARE 複合體中。另有與 PICALM、SBF2/MTMR13、TRIM6、STX17 及 RAB44 的互作紀錄；VAMP8 與 PICALM 的結合和 SNARE 複合體形成互斥。飢餓反應下，VAMP8 與 GTP 結合型 RAB21 互作，可能調節其內溶酶體運輸；與 RAB44 的互作則可能使 VAMP8 成為肥大細胞去顆粒作用中的效應蛋白。缺少 TMEM39A 時，VAMP8 與 STX17 的互作增加；SARS-CoV-2 ORF3A 存在時，此互作減少。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNARE 是細胞內膜融合所需的蛋白質；位於相對膜面的 SNARE 組裝成延伸、平行的四股螺旋 trans-SNARE 複合體，組裝釋放的能量推動膜融合。VAMP8 作為 v-SNARE，與 STX11、SNAP23 形成的複合體支援自然殺手細胞及細胞毒性 T 淋巴球受調控的細胞毒性顆粒胞吐；與 SNAP29、STX17 形成的複合體介導自噬體和溶酶體膜融合。VAMP8 也參與血小板緻密顆粒分泌、胰臟腺泡細胞受調控酵素分泌、中體切離、早晚期胞內體同型融合，以及依賴 TRIM6 的第一型干擾素抗病毒反應活化；部分功能依據為相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源SNAREs (soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor-attachment protein receptors) are essential proteins for intracellular membrane fusion. SNAREs localized on opposing membranes assemble to form a trans-SNARE complex, an extended, parallel four-helix bundle whose assembly releases energy that drives membrane fusion. The core SNARE complex typically consists of four alpha-helical domains, three from target membrane SNAREs (t-SNAREs) and one from a vesicle SNARE (v-SNARE). VAMP8 is a v-SNARE that forms a SNARE complex with the t-SNARE STX11 and SNAP23. This SNARE complex plays a critical role in the regulated exocytosis of cytotoxic granules by natural killer (NK) cells and cytotoxic T-lymphocytes. VAMP8 plays a role in autophagy where it controls organelle-organelle membrane fusion through a VAMP8, SNAP29 and STX17 SNARE complex that mediates the fusion of autophagosome and lysososome membranes. VAMP8 is required for dense-granule secretion in platelets. Also plays a role in regulated enzyme secretion in pancreatic acinar cells (By similarity). Involved in the abscission of the midbody during cell division, which leads to completely separate daughter cells (By similarity). Involved in the homotypic fusion of early and late endosomes (By similarity). Also participates in the activation of type I interferon antiviral response through a TRIM6-dependent mechanism PMID 12130530 ↗ · PMID 23217709 ↗ · PMID 25686604 ↗ · PMID 28265073 ↗ · PMID 31694946 ↗ |
| 交互作用 | VAMP8 與 SNAP29、STX17 形成參與自噬體與溶酶體融合的 SNARE 複合體，並在活化的細胞毒性 T 淋巴球中與 STX11、SNAP23 組成複合體。它也出現在含 NAPA、SNAP23、SNAP25、STX1A、STX4、STX7、STX8 及 VTI1B 的多種 SNARE 複合體中。VAMP8 與 PICALM 互作，但 PICALM 結合和 SNARE 複合體形成互斥。它也與 SBF2/MTMR13、TRIM6、STX17 及 RAB44 互作；缺少 TMEM39A 時，與 STX17 的互作增加。飢餓時，VAMP8 與 GTP 結合型 RAB21 互作，可能調節其內溶酶體運輸；VAMP8 亦可能是 RAB44 在肥大細胞去顆粒中的效應蛋白。 | 含實驗來源 | 證據與來源Forms a SNARE complex composed of VAMP8, SNAP29 and STX17 involved in fusion of autophagosome with lysosome. Forms a SNARE complex with STX11 and SNAP23; in activated cytotoxic T-lymphocytes. Found in a number of SNARE complexes with NAPA, SNAP23, SNAP25, STX1A, STX4, STX7, STX8 and VTI1B. Interacts with PICALM (By similarity). SNARE complex formation and binding by PICALM are mutually exclusive processes for VAMP8 (By similarity). Interacts with SBF2/MTMR13. Interacts with RAB21 (in GTP-bound form) in response to starvation; the interaction probably regulates VAMP8 endolysosomal trafficking. Interacts with STX17; this interaction is increased in the absence of TMEM39A. Interacts with TRIM6. Interacts with RAB44; VAMP8 may act as RAB44 effector in mast cell degranulation (By similarity) PMID 12130530 ↗ · PMID 25648148 ↗ · PMID 25686604 ↗ · PMID 28265073 ↗ · PMID 31694946 ↗ · PMID 31806350 ↗ · PMID 33422265 ↗ · PMID 37821429 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下，存在 SARS-CoV-2 ORF3A 蛋白時，VAMP8 與 STX17 的互作減少。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) The interaction with STX17 is decreased in presence of SARS coronavirus-2/SARS-CoV-2 ORF3A protein PMID 33422265 ↗ |
| 細胞定位 | VAMP8 位於溶酶體、早期與晚期胞內體、細胞膜及酵素原顆粒膜，也見於早晚期胞內體周核囊泡結構、被覆小窩及反式高基氏網。其定位包括視網膜色素上皮細胞緊密連結下方區域與細胞分裂時的中體區域。依相似性推定，在腎小管細胞中位於朝向腔面的頂端膜，並經頂端而非基底外側質膜循環；在腺泡細胞則位於頂端區域及酵素原顆粒膜。 | 含實驗來源 | 證據與來源Lysosome membrane / Single-pass type IV membrane protein; Early endosome membrane / Single-pass type IV membrane protein; Late endosome membrane / Single-pass type IV membrane protein; Cell membrane / Single-pass type IV membrane protein; Zymogen granule membrane / Single-pass type IV membrane protein; Perinuclear vesicular structures of the early and late endosomes, coated pits, and trans-Golgi (By similarity). Sub-tight junctional domain in retinal pigment epithelium cells. Midbody region during cytokinesis. Lumenal oriented, apical membranes of nephric tubular cell (By similarity). Cycles through the apical but not through the basolateral plasma membrane (By similarity). Apical region of acinar cells; in zymogen granule membranes (By similarity) PMID 25686604 ↗ · PMID 25648148 ↗ · PMID 9614193 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ACCCTGGGAGGAAGCCGACTAGGCGAATTCACTTACTGAC40CGGCCTGGGCTGCTCTGAGACATGGAGGAAGCCAGTGAAG80GTGGAGGAAATGATCGTGTGCGGAACCTGCAAAGTGAGGT120GGAGGGAGTTAAGAATATTATGACCCAGAATGTGGAGCGG160ATCCTGGCCCGGGGGGAAAACTTGGAACATCTCCGCAACA200AGACAGAGGATCTGGAAGCCACATCTGAGCACTTCAAGAC240GACATCGCAGAAGGTGGCTCGAAAATTCTGGTGGAAGAAC280GTGAAGATGATTGTCCTTATCTGCGTGATTGTTTTTATCA320TCATCCTCTTCATTGTGCTCTTTGCCACTGGTGCCTTCTC360TTAAGTAACAGGGAACCTCTCCCACCTGCCCTTCTCTTCA400GGGACAACCCTCCATAAATGTGTGCCAAGAGGGTCTCCTT440TCCTGTCTTCCTCTACAGAGAATGCTGCTCGGTCCTCCTA480CCCCTCTTCCCGAGGCCCTGCTGCCATGTTGTATGCCCCA520GAAGGTACCTTGGTCCCCCGGAAGGAGAGAAAAAAGAGAG560ATGGACTGTGGCTGCATTTCTTGGGTCCTTAGAGTGGGCT600GGAGAGACCTAGAGGGCCCAGCATGTGGCTGGGAAACTGT640TGGTGGCCAGTGGGTAATAAAGACCTTTCAGTATCCCTA679cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。